MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 chromosome

Total Repeats: 125962

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_004578	TGGC	2	8	260706	260713	0 %	25 %	50 %	25 %	28867471
5002	NC_004578	AAG	2	6	260732	260737	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867471
5003	NC_004578	GCT	2	6	260788	260793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5004	NC_004578	A	6	6	260796	260801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5005	NC_004578	T	8	8	260819	260826	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5006	NC_004578	CGA	2	6	260880	260885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5007	NC_004578	A	6	6	260942	260947	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5008	NC_004578	AGC	2	6	261022	261027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5009	NC_004578	GTG	2	6	261175	261180	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867472
5010	NC_004578	CTG	2	6	261278	261283	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867472
5011	NC_004578	AGG	2	6	261307	261312	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	28867472
5012	NC_004578	TC	3	6	261428	261433	0 %	50 %	0 %	50 %	28867473
5013	NC_004578	GCT	2	6	261436	261441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867473
5014	NC_004578	TGAT	2	8	261458	261465	25 %	50 %	25 %	0 %	28867473
5015	NC_004578	TGAG	2	8	261521	261528	25 %	25 %	50 %	0 %	28867473
5016	NC_004578	GAT	2	6	261598	261603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867473
5017	NC_004578	GGT	2	6	261634	261639	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867473
5018	NC_004578	TGGA	2	8	261698	261705	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
5019	NC_004578	TGT	2	6	261756	261761	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5020	NC_004578	TTCA	2	8	261770	261777	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5021	NC_004578	TTAA	2	8	261823	261830	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5022	NC_004578	GTGAT	2	10	261855	261864	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
5023	NC_004578	CAG	2	6	261912	261917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5024	NC_004578	GGC	2	6	261940	261945	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5025	NC_004578	GCT	2	6	261960	261965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5026	NC_004578	TG	3	6	262050	262055	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5027	NC_004578	A	6	6	262136	262141	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5028	NC_004578	GTA	2	6	262146	262151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5029	NC_004578	TCG	2	6	262177	262182	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5030	NC_004578	TTG	2	6	262273	262278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5031	NC_004578	CCA	2	6	262291	262296	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5032	NC_004578	TG	3	6	262308	262313	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5033	NC_004578	GCG	2	6	262357	262362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5034	NC_004578	A	6	6	262399	262404	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5035	NC_004578	ATTT	2	8	262415	262422	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5036	NC_004578	T	6	6	262475	262480	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5037	NC_004578	T	6	6	262490	262495	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5038	NC_004578	CTG	2	6	262499	262504	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5039	NC_004578	TC	4	8	262537	262544	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5040	NC_004578	TGT	2	6	262718	262723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5041	NC_004578	CGC	2	6	262780	262785	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5042	NC_004578	GCG	2	6	262821	262826	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5043	NC_004578	CGC	2	6	262863	262868	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	28867474
5044	NC_004578	AAT	2	6	262887	262892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28867474
5045	NC_004578	TCGA	2	8	262960	262967	25 %	25 %	25 %	25 %	28867474
5046	NC_004578	GAC	2	6	263019	263024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867474
5047	NC_004578	GCT	2	6	263089	263094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867474
5048	NC_004578	CTG	3	9	263115	263123	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867474
5049	NC_004578	GC	3	6	263145	263150	0 %	0 %	50 %	50 %	28867474
5050	NC_004578	TCG	2	6	263224	263229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867474
5051	NC_004578	CAA	2	6	263321	263326	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	28867474
5052	NC_004578	AGG	2	6	263334	263339	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	28867474
5053	NC_004578	GTT	2	6	263359	263364	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28867474
5054	NC_004578	CA	3	6	263399	263404	50 %	0 %	0 %	50 %	28867474
5055	NC_004578	TCC	2	6	263453	263458	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5056	NC_004578	TCG	2	6	263497	263502	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5057	NC_004578	TTC	2	6	263533	263538	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5058	NC_004578	CCT	2	6	263555	263560	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	28867475
5059	NC_004578	GT	3	6	263563	263568	0 %	50 %	50 %	0 %	28867475
5060	NC_004578	GACT	2	8	263569	263576	25 %	25 %	25 %	25 %	28867475
5061	NC_004578	GT	3	6	263582	263587	0 %	50 %	50 %	0 %	28867475
5062	NC_004578	GGC	2	6	263628	263633	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867475
5063	NC_004578	G	6	6	263664	263669	0 %	0 %	100 %	0 %	28867475
5064	NC_004578	TCG	2	6	263734	263739	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867475
5065	NC_004578	AGT	2	6	263783	263788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867475
5066	NC_004578	TTTC	2	8	263806	263813	0 %	75 %	0 %	25 %	28867475
5067	NC_004578	ATAA	2	8	263841	263848	75 %	25 %	0 %	0 %	28867475
5068	NC_004578	T	6	6	263887	263892	0 %	100 %	0 %	0 %	28867475
5069	NC_004578	GTC	2	6	263946	263951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867475
5070	NC_004578	CGT	2	6	263969	263974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867475
5071	NC_004578	T	6	6	264025	264030	0 %	100 %	0 %	0 %	28867475
5072	NC_004578	T	6	6	264046	264051	0 %	100 %	0 %	0 %	28867475
5073	NC_004578	CTG	2	6	264061	264066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867475
5074	NC_004578	TGC	2	6	264084	264089	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867475
5075	NC_004578	GCT	2	6	264090	264095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867475
5076	NC_004578	ACTG	2	8	264101	264108	25 %	25 %	25 %	25 %	28867475
5077	NC_004578	GT	3	6	264231	264236	0 %	50 %	50 %	0 %	28867475
5078	NC_004578	ATCA	2	8	264249	264256	50 %	25 %	0 %	25 %	28867475
5079	NC_004578	TGC	2	6	264257	264262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867475
5080	NC_004578	CCAG	2	8	264315	264322	25 %	0 %	25 %	50 %	28867475
5081	NC_004578	GCGT	2	8	264349	264356	0 %	25 %	50 %	25 %	28867475
5082	NC_004578	ACGC	2	8	264370	264377	25 %	0 %	25 %	50 %	28867475
5083	NC_004578	CAG	2	6	264403	264408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5084	NC_004578	GA	3	6	264423	264428	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5085	NC_004578	GCC	2	6	264461	264466	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5086	NC_004578	GGT	2	6	264533	264538	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5087	NC_004578	AGTA	2	8	264619	264626	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
5088	NC_004578	G	6	6	264639	264644	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
5089	NC_004578	CTG	2	6	264754	264759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5090	NC_004578	AAT	2	6	264840	264845	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5091	NC_004578	CGA	2	6	264895	264900	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5092	NC_004578	TCGT	2	8	264914	264921	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5093	NC_004578	TAATA	2	10	265015	265024	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5094	NC_004578	GTT	3	9	265105	265113	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5095	NC_004578	TTC	2	6	265154	265159	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5096	NC_004578	T	6	6	265178	265183	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5097	NC_004578	CAA	2	6	265272	265277	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5098	NC_004578	TTC	2	6	265280	265285	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	28867476
5099	NC_004578	TCA	2	6	265430	265435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867476
5100	NC_004578	GTT	2	6	265527	265532	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28867476
5101	NC_004578	ATG	2	6	265561	265566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867476
5102	NC_004578	TCGGG	2	10	265568	265577	0 %	20 %	60 %	20 %	28867476
5103	NC_004578	GCG	2	6	265887	265892	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867476
5104	NC_004578	GGT	2	6	265929	265934	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867476
5105	NC_004578	TACC	2	8	265943	265950	25 %	25 %	0 %	50 %	28867476
5106	NC_004578	TTGGG	2	10	265997	266006	0 %	40 %	60 %	0 %	28867476
5107	NC_004578	GAT	2	6	266138	266143	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5108	NC_004578	TTC	2	6	266145	266150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5109	NC_004578	GCT	2	6	266264	266269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867477
5110	NC_004578	GTGG	2	8	266293	266300	0 %	25 %	75 %	0 %	28867477
5111	NC_004578	CAG	2	6	266338	266343	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867477
5112	NC_004578	TGCT	2	8	266362	266369	0 %	50 %	25 %	25 %	28867477
5113	NC_004578	ACC	2	6	266384	266389	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	28867477
5114	NC_004578	GCA	2	6	266421	266426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867477
5115	NC_004578	GTT	2	6	266479	266484	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28867477
5116	NC_004578	TCT	2	6	266585	266590	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	28867477
5117	NC_004578	TAA	2	6	266596	266601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	28867477
5118	NC_004578	GCT	2	6	266634	266639	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867477
5119	NC_004578	TGC	2	6	266727	266732	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867477
5120	NC_004578	TGCCTT	2	12	266763	266774	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	28867477
5121	NC_004578	GTC	2	6	266779	266784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867477
5122	NC_004578	TGG	2	6	266805	266810	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867477
5123	NC_004578	TGA	2	6	266822	266827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867477
5124	NC_004578	GCA	2	6	266892	266897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867477
5125	NC_004578	CGG	3	9	266964	266972	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867477
5126	NC_004578	GAGC	2	8	267006	267013	25 %	0 %	50 %	25 %	28867477
5127	NC_004578	GT	3	6	267066	267071	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5128	NC_004578	CCG	2	6	267133	267138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
5129	NC_004578	GCA	2	6	267181	267186	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867478
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5131	NC_004578	GCG	2	6	267260	267265	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867478
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5179	NC_004578	CGT	3	9	269570	269578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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5188	NC_004578	ACT	2	6	270380	270385	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867481
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5209	NC_004578	GGA	2	6	271308	271313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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5222	NC_004578	GCTG	2	8	271809	271816	0 %	25 %	50 %	25 %	28867482
5223	NC_004578	TGA	2	6	271884	271889	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867482
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5232	NC_004578	CTGG	2	8	272349	272356	0 %	25 %	50 %	25 %	28867483
5233	NC_004578	CTG	2	6	272359	272364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867483
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5251	NC_004578	CGG	2	6	273021	273026	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867483
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5253	NC_004578	GTC	2	6	273128	273133	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867483
5254	NC_004578	GAC	2	6	273292	273297	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867484
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5497	NC_004578	ATTC	2	8	285193	285200	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5498	NC_004578	TGA	2	6	285207	285212	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5499	NC_004578	AGGATA	2	12	285258	285269	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5500	NC_004578	AGGATC	4	24	285270	285293	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding

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