MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 chromosome

Total Repeats: 125962

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004578	GTC	2	6	273	278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_004578	GGC	2	6	295	300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_004578	GCA	2	6	356	361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867244
4	NC_004578	CGA	2	6	380	385	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867244
5	NC_004578	TCCG	2	8	415	422	0 %	25 %	25 %	50 %	28867244
6	NC_004578	CGA	2	6	443	448	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867244
7	NC_004578	GT	3	6	454	459	0 %	50 %	50 %	0 %	28867244
8	NC_004578	TTA	2	6	564	569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	28867244
9	NC_004578	AAGC	2	8	575	582	50 %	0 %	25 %	25 %	28867244
10	NC_004578	GCT	2	6	621	626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867244
11	NC_004578	CAG	2	6	659	664	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867244
12	NC_004578	GCCTGT	2	12	716	727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867244
13	NC_004578	ACG	2	6	745	750	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867244
14	NC_004578	GCA	2	6	794	799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867244
15	NC_004578	TCG	2	6	892	897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867244
16	NC_004578	GCC	2	6	927	932	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	28867244
17	NC_004578	TGG	2	6	983	988	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867244
18	NC_004578	ATC	2	6	1030	1035	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867244
19	NC_004578	GAA	3	9	1040	1048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867244
20	NC_004578	TCGC	2	8	1189	1196	0 %	25 %	25 %	50 %	28867244
21	NC_004578	GCT	2	6	1238	1243	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867244
22	NC_004578	CAG	2	6	1254	1259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867244
23	NC_004578	GAA	2	6	1391	1396	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867244
24	NC_004578	GCG	2	6	1431	1436	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867244
25	NC_004578	GC	3	6	1483	1488	0 %	0 %	50 %	50 %	28867244
26	NC_004578	TAC	2	6	1626	1631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867244
27	NC_004578	AAGATC	2	12	1632	1643	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	28867244
28	NC_004578	CTG	2	6	1650	1655	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867244
29	NC_004578	CGT	2	6	1662	1667	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867244
30	NC_004578	ACCA	2	8	1722	1729	50 %	0 %	0 %	50 %	28867244
31	NC_004578	TGG	2	6	1757	1762	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867244
32	NC_004578	CTG	2	6	1851	1856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867244
33	NC_004578	TGA	2	6	1872	1877	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867244
34	NC_004578	CAAGG	2	10	1894	1903	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_004578	CGC	2	6	1979	1984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	28867245
36	NC_004578	CAG	2	6	2030	2035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867245
37	NC_004578	CG	3	6	2125	2130	0 %	0 %	50 %	50 %	28867245
38	NC_004578	ATG	2	6	2163	2168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867245
39	NC_004578	TGA	2	6	2188	2193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867245
40	NC_004578	CTGC	2	8	2243	2250	0 %	25 %	25 %	50 %	28867245
41	NC_004578	GAA	2	6	2270	2275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867245
42	NC_004578	GCAAA	2	10	2305	2314	60 %	0 %	20 %	20 %	28867245
43	NC_004578	CAG	2	6	2354	2359	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867245
44	NC_004578	TGC	2	6	2385	2390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867245
45	NC_004578	TCA	2	6	2485	2490	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867245
46	NC_004578	CCA	2	6	2589	2594	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	28867245
47	NC_004578	TTTACC	2	12	2603	2614	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	28867245
48	NC_004578	GT	3	6	2652	2657	0 %	50 %	50 %	0 %	28867245
49	NC_004578	CAA	2	6	2797	2802	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	28867245
50	NC_004578	AGA	3	9	2821	2829	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867245
51	NC_004578	ACC	2	6	2909	2914	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	28867245
52	NC_004578	TC	3	6	2932	2937	0 %	50 %	0 %	50 %	28867245
53	NC_004578	CAG	2	6	2947	2952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867245
54	NC_004578	ACG	2	6	2976	2981	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867245
55	NC_004578	CTCCCC	2	12	3095	3106	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	28867246
56	NC_004578	CTG	2	6	3171	3176	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867246
57	NC_004578	GCA	2	6	3196	3201	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867246
58	NC_004578	GTC	2	6	3202	3207	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867246
59	NC_004578	AGC	2	6	3229	3234	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867246
60	NC_004578	GGC	2	6	3273	3278	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867246
61	NC_004578	AATC	2	8	3389	3396	50 %	25 %	0 %	25 %	28867246
62	NC_004578	GC	3	6	3421	3426	0 %	0 %	50 %	50 %	28867246
63	NC_004578	GCAG	2	8	3436	3443	25 %	0 %	50 %	25 %	28867246
64	NC_004578	AGC	2	6	3517	3522	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867246
65	NC_004578	CGC	2	6	3554	3559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	28867246
66	NC_004578	GGC	2	6	3566	3571	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867246
67	NC_004578	TCG	2	6	3617	3622	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867246
68	NC_004578	TTG	2	6	3673	3678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28867246
69	NC_004578	CTA	2	6	3701	3706	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867246
70	NC_004578	CCT	2	6	3748	3753	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	28867246
71	NC_004578	CAGG	2	8	3786	3793	25 %	0 %	50 %	25 %	28867246
72	NC_004578	TGG	2	6	3871	3876	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867246
73	NC_004578	TGG	2	6	3943	3948	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867246
74	NC_004578	GAC	2	6	3969	3974	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867246
75	NC_004578	CG	3	6	3984	3989	0 %	0 %	50 %	50 %	28867246
76	NC_004578	GAA	2	6	4005	4010	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867246
77	NC_004578	GGT	2	6	4278	4283	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867247
78	NC_004578	TCGA	2	8	4291	4298	25 %	25 %	25 %	25 %	28867247
79	NC_004578	CGA	2	6	4320	4325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867247
80	NC_004578	CAT	3	9	4332	4340	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867247
81	NC_004578	AGA	2	6	4404	4409	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867247
82	NC_004578	TCA	2	6	4430	4435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867247
83	NC_004578	GGT	2	6	4453	4458	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867247
84	NC_004578	CGG	2	6	4488	4493	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867247
85	NC_004578	TCG	2	6	4619	4624	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867247
86	NC_004578	CTG	2	6	4667	4672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867247
87	NC_004578	GAA	2	6	4786	4791	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867247
88	NC_004578	TGCG	2	8	4814	4821	0 %	25 %	50 %	25 %	28867247
89	NC_004578	CAA	2	6	4842	4847	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	28867247
90	NC_004578	TGT	2	6	4946	4951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28867247
91	NC_004578	CAA	2	6	4959	4964	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	28867247
92	NC_004578	GGC	2	6	4981	4986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	28867247
93	NC_004578	TGG	2	6	4994	4999	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867247
94	NC_004578	AAC	2	6	5029	5034	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	28867247
95	NC_004578	AAG	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867247
96	NC_004578	ACC	2	6	5077	5082	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	28867247
97	NC_004578	CTG	2	6	5230	5235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867247
98	NC_004578	CGAA	2	8	5243	5250	50 %	0 %	25 %	25 %	28867247
99	NC_004578	CGT	2	6	5259	5264	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867247
100	NC_004578	GAT	2	6	5271	5276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867247
101	NC_004578	GCCCGT	2	12	5284	5295	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	28867247
102	NC_004578	CG	3	6	5301	5306	0 %	0 %	50 %	50 %	28867247
103	NC_004578	GC	3	6	5336	5341	0 %	0 %	50 %	50 %	28867247
104	NC_004578	TGG	2	6	5414	5419	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	28867247
105	NC_004578	CTG	2	6	5429	5434	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867247
106	NC_004578	GAT	2	6	5529	5534	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867247
107	NC_004578	ACA	2	6	5597	5602	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	28867247
108	NC_004578	CAT	4	12	5625	5636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867247
109	NC_004578	CTG	3	9	5674	5682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867247
110	NC_004578	CTT	3	9	5685	5693	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	28867247
111	NC_004578	GCC	2	6	5742	5747	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	28867247
112	NC_004578	GAC	2	6	5791	5796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867247
113	NC_004578	GAA	2	6	5806	5811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867247
114	NC_004578	GCC	2	6	5985	5990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	28867247
115	NC_004578	AGC	2	6	6002	6007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867247
116	NC_004578	CTGG	2	8	6033	6040	0 %	25 %	50 %	25 %	28867247
117	NC_004578	AGCC	2	8	6093	6100	25 %	0 %	25 %	50 %	28867247
118	NC_004578	CTT	2	6	6189	6194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	28867247
119	NC_004578	GCA	2	6	6197	6202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867247
120	NC_004578	GC	3	6	6230	6235	0 %	0 %	50 %	50 %	28867247
121	NC_004578	GCT	2	6	6246	6251	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	28867247
122	NC_004578	GAA	2	6	6253	6258	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	28867247
123	NC_004578	GCGT	2	8	6422	6429	0 %	25 %	50 %	25 %	28867247
124	NC_004578	CTGA	2	8	6662	6669	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_004578	GA	3	6	6668	6673	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_004578	GGC	2	6	6688	6693	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_004578	GAT	2	6	6729	6734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_004578	A	6	6	6760	6765	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_004578	GGC	2	6	6853	6858	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_004578	AGCC	7	28	6904	6931	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
131	NC_004578	GGAT	2	8	7059	7066	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_004578	T	6	6	7110	7115	0 %	100 %	0 %	0 %	28867248
133	NC_004578	AGT	2	6	7139	7144	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867248
134	NC_004578	GATT	2	8	7175	7182	25 %	50 %	25 %	0 %	28867248
135	NC_004578	ACG	2	6	7318	7323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867248
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265	NC_004578	TCC	2	6	14367	14372	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
266	NC_004578	T	6	6	14426	14431	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
267	NC_004578	GTT	2	6	14551	14556	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28867252
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275	NC_004578	TCT	2	6	14988	14993	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	28867252
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279	NC_004578	GATG	2	8	15155	15162	25 %	25 %	50 %	0 %	28867252
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281	NC_004578	TG	3	6	15225	15230	0 %	50 %	50 %	0 %	28867252
282	NC_004578	CGC	2	6	15245	15250	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	28867252
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287	NC_004578	AAT	2	6	15749	15754	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_004578	CT	3	6	15860	15865	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
289	NC_004578	T	6	6	15879	15884	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_004578	TCAT	2	8	15905	15912	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
291	NC_004578	CTG	2	6	15972	15977	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300781803
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299	NC_004578	AGC	3	9	16581	16589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
300	NC_004578	ATG	2	6	16608	16613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
301	NC_004578	CAT	2	6	16626	16631	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
302	NC_004578	CTG	2	6	16654	16659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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398	NC_004578	TG	3	6	21986	21991	0 %	50 %	50 %	0 %	28867259
399	NC_004578	GAT	2	6	22001	22006	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	28867259
400	NC_004578	CAGCG	2	10	22046	22055	20 %	0 %	40 %	40 %	28867259
401	NC_004578	TCA	2	6	22059	22064	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867259
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455	NC_004578	GCA	2	6	24872	24877	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	28867261
456	NC_004578	GC	3	6	24903	24908	0 %	0 %	50 %	50 %	28867261
457	NC_004578	GCC	2	6	25133	25138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
458	NC_004578	G	6	6	25150	25155	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
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491	NC_004578	ACCTTG	2	12	26868	26879	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	28867263
492	NC_004578	T	6	6	26934	26939	0 %	100 %	0 %	0 %	28867263
493	NC_004578	CGGA	2	8	26947	26954	25 %	0 %	50 %	25 %	28867263
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497	NC_004578	TGAA	2	8	27129	27136	50 %	25 %	25 %	0 %	28867263
498	NC_004578	TTG	2	6	27171	27176	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	28867263
499	NC_004578	G	6	6	27186	27191	0 %	0 %	100 %	0 %	28867263
500	NC_004578	ATC	2	6	27257	27262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	28867263

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