MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis MAP4

Total Repeats: 125321

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
15001	NC_021200	GC	3	6	570961	570966	0 %	0 %	50 %	50 %	499074902
15002	NC_021200	GGC	2	6	571109	571114	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074903
15003	NC_021200	CTC	2	6	571124	571129	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	499074903
15004	NC_021200	GTA	2	6	571145	571150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	499074903
15005	NC_021200	GCT	2	6	571234	571239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15006	NC_021200	GGCC	2	8	571252	571259	0 %	0 %	50 %	50 %	499074903
15007	NC_021200	AGC	2	6	571302	571307	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15008	NC_021200	TGCGG	2	10	571321	571330	0 %	20 %	60 %	20 %	499074903
15009	NC_021200	ACG	2	6	571401	571406	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15010	NC_021200	TCC	2	6	571443	571448	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	499074903
15011	NC_021200	CAA	2	6	571469	571474	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074903
15012	NC_021200	TGCG	2	8	571531	571538	0 %	25 %	50 %	25 %	499074903
15013	NC_021200	CGG	2	6	571556	571561	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074903
15014	NC_021200	CAG	2	6	571571	571576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15015	NC_021200	CGG	3	9	571612	571620	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074903
15016	NC_021200	CGG	2	6	571666	571671	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074903
15017	NC_021200	C	6	6	571719	571724	0 %	0 %	0 %	100 %	499074903
15018	NC_021200	TCG	2	6	571731	571736	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15019	NC_021200	AAGGT	2	10	571761	571770	40 %	20 %	40 %	0 %	499074903
15020	NC_021200	ACG	2	6	571771	571776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15021	NC_021200	GTT	2	6	571827	571832	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	499074903
15022	NC_021200	GCCG	2	8	571835	571842	0 %	0 %	50 %	50 %	499074903
15023	NC_021200	CTG	2	6	571862	571867	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15024	NC_021200	CGA	2	6	571917	571922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15025	NC_021200	GCCG	2	8	571943	571950	0 %	0 %	50 %	50 %	499074903
15026	NC_021200	AAG	2	6	571968	571973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	499074903
15027	NC_021200	GTC	2	6	571997	572002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15028	NC_021200	TCG	2	6	572052	572057	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074903
15029	NC_021200	GTCA	2	8	572099	572106	25 %	25 %	25 %	25 %	499074903
15030	NC_021200	GAA	2	6	572206	572211	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	499074904
15031	NC_021200	GCC	3	9	572276	572284	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074904
15032	NC_021200	GC	3	6	572328	572333	0 %	0 %	50 %	50 %	499074904
15033	NC_021200	CGGCG	2	10	572338	572347	0 %	0 %	60 %	40 %	499074904
15034	NC_021200	TGA	2	6	572349	572354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	499074904
15035	NC_021200	GC	3	6	572402	572407	0 %	0 %	50 %	50 %	499074904
15036	NC_021200	CCG	2	6	572412	572417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074904
15037	NC_021200	GCT	2	6	572527	572532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15038	NC_021200	GCT	2	6	572536	572541	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15039	NC_021200	CGA	2	6	572551	572556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15040	NC_021200	CGC	2	6	572560	572565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074904
15041	NC_021200	TCGTG	2	10	572568	572577	0 %	40 %	40 %	20 %	499074904
15042	NC_021200	GCCGCG	2	12	572591	572602	0 %	0 %	50 %	50 %	499074904
15043	NC_021200	TCG	3	9	572607	572615	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15044	NC_021200	GCC	3	9	572618	572626	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074904
15045	NC_021200	CTG	2	6	572684	572689	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15046	NC_021200	CGT	2	6	572746	572751	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15047	NC_021200	CGG	2	6	572760	572765	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074904
15048	NC_021200	CGC	2	6	572769	572774	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074904
15049	NC_021200	TCG	2	6	572793	572798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15050	NC_021200	GGT	2	6	572890	572895	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074904
15051	NC_021200	GCG	3	9	572900	572908	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074904
15052	NC_021200	TGGG	2	8	572918	572925	0 %	25 %	75 %	0 %	499074904
15053	NC_021200	CGA	2	6	573001	573006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15054	NC_021200	CGG	2	6	573011	573016	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074904
15055	NC_021200	GGC	3	9	573022	573030	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074904
15056	NC_021200	TGGCCG	2	12	573042	573053	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	499074904
15057	NC_021200	CCG	2	6	573087	573092	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074904
15058	NC_021200	GGC	2	6	573100	573105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074904
15059	NC_021200	TCG	2	6	573156	573161	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15060	NC_021200	GGT	2	6	573163	573168	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074904
15061	NC_021200	CGT	2	6	573172	573177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
15062	NC_021200	GTG	2	6	573296	573301	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074904
15063	NC_021200	TGG	2	6	573305	573310	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074904
15064	NC_021200	GGT	2	6	573337	573342	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074904
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15068	NC_021200	GCG	2	6	573407	573412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074904
15069	NC_021200	GCG	2	6	573434	573439	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074904
15070	NC_021200	CTG	2	6	573443	573448	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074904
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15084	NC_021200	AGT	2	6	573820	573825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	499074905
15085	NC_021200	CG	3	6	573992	573997	0 %	0 %	50 %	50 %	499074906
15086	NC_021200	GCG	2	6	574051	574056	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074906
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15090	NC_021200	TGC	2	6	574162	574167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074906
15091	NC_021200	TTC	3	9	574182	574190	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	499074906
15092	NC_021200	CGGCG	2	10	574193	574202	0 %	0 %	60 %	40 %	499074906
15093	NC_021200	GCGT	2	8	574203	574210	0 %	25 %	50 %	25 %	499074906
15094	NC_021200	TCC	2	6	574212	574217	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	499074906
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15101	NC_021200	GGC	2	6	574472	574477	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074906
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15103	NC_021200	CGC	3	9	574634	574642	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074906
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15114	NC_021200	TGG	2	6	574990	574995	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074906
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15119	NC_021200	CG	3	6	575083	575088	0 %	0 %	50 %	50 %	499074906
15120	NC_021200	CTG	2	6	575112	575117	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074906
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15239	NC_021200	CGA	2	6	578832	578837	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15240	NC_021200	GTC	2	6	578845	578850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15241	NC_021200	CGC	2	6	578851	578856	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074911
15242	NC_021200	CTC	2	6	578874	578879	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	499074911
15243	NC_021200	TCG	2	6	578897	578902	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15244	NC_021200	CGG	2	6	578942	578947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074911
15245	NC_021200	ACGGCA	2	12	578987	578998	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15246	NC_021200	CGT	2	6	579056	579061	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15247	NC_021200	CGA	2	6	579069	579074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15248	NC_021200	TCA	2	6	579116	579121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074911
15249	NC_021200	GCT	2	6	579180	579185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15250	NC_021200	GCC	3	9	579196	579204	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074911
15251	NC_021200	GAAC	2	8	579271	579278	50 %	0 %	25 %	25 %	499074911
15252	NC_021200	GCT	2	6	579279	579284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15253	NC_021200	GCT	2	6	579288	579293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15254	NC_021200	CGC	2	6	579321	579326	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074911
15255	NC_021200	GCT	2	6	579372	579377	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074911
15256	NC_021200	GGC	2	6	579408	579413	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074911
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15258	NC_021200	GCCG	2	8	579442	579449	0 %	0 %	50 %	50 %	499074911
15259	NC_021200	CCG	2	6	579451	579456	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074911
15260	NC_021200	CGA	2	6	579494	579499	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074912
15261	NC_021200	GGC	2	6	579503	579508	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074912
15262	NC_021200	CG	4	8	579509	579516	0 %	0 %	50 %	50 %	499074912
15263	NC_021200	CTG	2	6	579531	579536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074912
15264	NC_021200	CGACG	2	10	579572	579581	20 %	0 %	40 %	40 %	499074912
15265	NC_021200	ATC	2	6	579591	579596	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074912
15266	NC_021200	GCG	2	6	579704	579709	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074912
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15268	NC_021200	GCT	2	6	579737	579742	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074912
15269	NC_021200	CTG	2	6	579753	579758	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074912
15270	NC_021200	GAC	2	6	579780	579785	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074912
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15272	NC_021200	CGCGG	2	10	579867	579876	0 %	0 %	60 %	40 %	499074912
15273	NC_021200	CCGACG	2	12	579925	579936	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	499074912
15274	NC_021200	CG	4	8	579944	579951	0 %	0 %	50 %	50 %	499074912
15275	NC_021200	CGG	3	9	579964	579972	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074912
15276	NC_021200	CGAGCG	2	12	579998	580009	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	499074912
15277	NC_021200	AGCC	2	8	580031	580038	25 %	0 %	25 %	50 %	499074912
15278	NC_021200	CAC	2	6	580046	580051	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	499074912
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15292	NC_021200	AGC	2	6	580426	580431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074912
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15294	NC_021200	CCAC	2	8	580474	580481	25 %	0 %	0 %	75 %	499074912
15295	NC_021200	GCC	2	6	580482	580487	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074912
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15298	NC_021200	CG	3	6	580520	580525	0 %	0 %	50 %	50 %	499074912
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15300	NC_021200	CGA	2	6	580676	580681	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074912
15301	NC_021200	ATC	2	6	580692	580697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074912
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15304	NC_021200	CGG	2	6	580735	580740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074912
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15310	NC_021200	CAG	2	6	581072	581077	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074912
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15312	NC_021200	GCG	2	6	581086	581091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074912
15313	NC_021200	GCT	2	6	581117	581122	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074912
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15317	NC_021200	ATCAGC	2	12	581359	581370	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	499074913
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15320	NC_021200	TCG	2	6	581509	581514	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074913
15321	NC_021200	CGA	4	12	581528	581539	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074913
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15326	NC_021200	ATCG	2	8	581613	581620	25 %	25 %	25 %	25 %	499074913
15327	NC_021200	GGC	2	6	581622	581627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074913
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15330	NC_021200	TGC	2	6	581687	581692	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074913
15331	NC_021200	CGG	2	6	581771	581776	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074913
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15333	NC_021200	GCC	2	6	581787	581792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074913
15334	NC_021200	TCCC	2	8	581850	581857	0 %	25 %	0 %	75 %	499074913
15335	NC_021200	GAC	2	6	581978	581983	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074914
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15337	NC_021200	CGC	2	6	582019	582024	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074914
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15339	NC_021200	GGCC	2	8	582203	582210	0 %	0 %	50 %	50 %	499074914
15340	NC_021200	GC	3	6	582216	582221	0 %	0 %	50 %	50 %	499074914
15341	NC_021200	TCGATG	2	12	582240	582251	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	499074914
15342	NC_021200	CCG	2	6	582334	582339	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074914
15343	NC_021200	TGGT	2	8	582363	582370	0 %	50 %	50 %	0 %	499074914
15344	NC_021200	GTCG	2	8	582373	582380	0 %	25 %	50 %	25 %	499074914
15345	NC_021200	ATG	2	6	582411	582416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	499074914
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15347	NC_021200	GCC	2	6	582630	582635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074915
15348	NC_021200	CCG	2	6	582719	582724	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074915
15349	NC_021200	CGA	2	6	582734	582739	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074915
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15351	NC_021200	CGG	2	6	582841	582846	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074915
15352	NC_021200	CCG	2	6	582898	582903	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074915
15353	NC_021200	GGT	2	6	583031	583036	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074916
15354	NC_021200	GC	3	6	583042	583047	0 %	0 %	50 %	50 %	499074916
15355	NC_021200	CCCG	2	8	583081	583088	0 %	0 %	25 %	75 %	499074916
15356	NC_021200	GGC	2	6	583092	583097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074916
15357	NC_021200	GTC	2	6	583113	583118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074916
15358	NC_021200	TGG	2	6	583126	583131	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074916
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15361	NC_021200	CTG	2	6	583200	583205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074916
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15473	NC_021200	CTA	2	6	588246	588251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074920
15474	NC_021200	CGA	3	9	588261	588269	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15475	NC_021200	TAC	2	6	588277	588282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074920
15476	NC_021200	ACCGGC	2	12	588292	588303	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	499074920
15477	NC_021200	GCC	2	6	588406	588411	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074920
15478	NC_021200	ACG	2	6	588431	588436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15479	NC_021200	CGGGC	2	10	588522	588531	0 %	0 %	60 %	40 %	499074920
15480	NC_021200	CGC	2	6	588554	588559	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074920
15481	NC_021200	GCG	2	6	588611	588616	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074920
15482	NC_021200	CGA	2	6	588630	588635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15483	NC_021200	AC	3	6	588675	588680	50 %	0 %	0 %	50 %	499074920
15484	NC_021200	GCCG	2	8	588686	588693	0 %	0 %	50 %	50 %	499074920
15485	NC_021200	ACG	2	6	588722	588727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15486	NC_021200	ACA	2	6	588788	588793	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074920
15487	NC_021200	ACG	2	6	588794	588799	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15488	NC_021200	GCG	2	6	588827	588832	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074920
15489	NC_021200	GACC	2	8	588839	588846	25 %	0 %	25 %	50 %	499074920
15490	NC_021200	GAC	2	6	588847	588852	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15491	NC_021200	CAG	2	6	588880	588885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15492	NC_021200	GAT	2	6	588927	588932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	499074920
15493	NC_021200	CGA	2	6	588942	588947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15494	NC_021200	CAA	3	9	588969	588977	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074920
15495	NC_021200	CTG	2	6	589036	589041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074920
15496	NC_021200	GTG	2	6	589054	589059	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074920
15497	NC_021200	GC	3	6	589068	589073	0 %	0 %	50 %	50 %	499074920
15498	NC_021200	CCG	2	6	589089	589094	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074920
15499	NC_021200	TTC	2	6	589102	589107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	499074920
15500	NC_021200	CGA	2	6	589188	589193	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074920

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