MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis MAP4

Total Repeats: 125321

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
14501	NC_021200	CCCG	2	8	552408	552415	0 %	0 %	25 %	75 %	499074890
14502	NC_021200	CG	3	6	552422	552427	0 %	0 %	50 %	50 %	499074890
14503	NC_021200	CAA	2	6	552444	552449	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074890
14504	NC_021200	GCC	2	6	552478	552483	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074890
14505	NC_021200	CGC	2	6	552486	552491	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074890
14506	NC_021200	CGG	2	6	552515	552520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074890
14507	NC_021200	GCCCG	2	10	552543	552552	0 %	0 %	40 %	60 %	499074890
14508	NC_021200	CGGC	2	8	552554	552561	0 %	0 %	50 %	50 %	499074890
14509	NC_021200	GAG	2	6	552619	552624	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	499074890
14510	NC_021200	GAA	2	6	552639	552644	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	499074890
14511	NC_021200	CCG	2	6	552695	552700	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074890
14512	NC_021200	CAA	2	6	552726	552731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074890
14513	NC_021200	GTG	2	6	552790	552795	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074890
14514	NC_021200	GGGC	2	8	552816	552823	0 %	0 %	75 %	25 %	499074890
14515	NC_021200	CCG	2	6	552827	552832	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074890
14516	NC_021200	GGT	2	6	552852	552857	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074890
14517	NC_021200	CAC	2	6	552867	552872	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	499074890
14518	NC_021200	TCG	2	6	552896	552901	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074890
14519	NC_021200	CGGGA	2	10	552903	552912	20 %	0 %	60 %	20 %	499074890
14520	NC_021200	CCG	2	6	552920	552925	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074890
14521	NC_021200	CGG	2	6	552945	552950	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074890
14522	NC_021200	CGC	2	6	552969	552974	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074890
14523	NC_021200	GAA	2	6	553011	553016	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	499074890
14524	NC_021200	TCCG	2	8	553041	553048	0 %	25 %	25 %	50 %	499074890
14525	NC_021200	CGGG	2	8	553112	553119	0 %	0 %	75 %	25 %	499074890
14526	NC_021200	CCG	2	6	553123	553128	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074890
14527	NC_021200	GCT	2	6	553130	553135	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074890
14528	NC_021200	CTGATC	2	12	553260	553271	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	499074891
14529	NC_021200	TGC	2	6	553291	553296	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14530	NC_021200	CTG	2	6	553416	553421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14531	NC_021200	GGC	2	6	553425	553430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074891
14532	NC_021200	CCCG	2	8	553465	553472	0 %	0 %	25 %	75 %	499074891
14533	NC_021200	CAACGA	2	12	553487	553498	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	499074891
14534	NC_021200	GC	3	6	553506	553511	0 %	0 %	50 %	50 %	499074891
14535	NC_021200	CGGCTG	2	12	553533	553544	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	499074891
14536	NC_021200	CTG	2	6	553575	553580	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14537	NC_021200	CAT	2	6	553586	553591	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074891
14538	NC_021200	CGG	2	6	553631	553636	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074891
14539	NC_021200	GCT	3	9	553709	553717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14540	NC_021200	TCG	2	6	553729	553734	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14541	NC_021200	GC	3	6	553810	553815	0 %	0 %	50 %	50 %	499074891
14542	NC_021200	GC	3	6	553827	553832	0 %	0 %	50 %	50 %	499074891
14543	NC_021200	TGC	2	6	553864	553869	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14544	NC_021200	CTGG	2	8	553886	553893	0 %	25 %	50 %	25 %	499074891
14545	NC_021200	TGT	2	6	553906	553911	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	499074891
14546	NC_021200	CGG	2	6	553922	553927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074891
14547	NC_021200	TGC	2	6	553969	553974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14548	NC_021200	TGC	4	12	554074	554085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14549	NC_021200	GTC	2	6	554087	554092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14550	NC_021200	TCG	2	6	554122	554127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14551	NC_021200	GCA	2	6	554182	554187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14552	NC_021200	CAG	2	6	554271	554276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14553	NC_021200	CGA	2	6	554282	554287	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14554	NC_021200	ACC	2	6	554295	554300	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	499074891
14555	NC_021200	GCT	2	6	554312	554317	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14556	NC_021200	CGA	2	6	554323	554328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14557	NC_021200	CAG	2	6	554355	554360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14558	NC_021200	CTA	2	6	554372	554377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074891
14559	NC_021200	GTG	2	6	554439	554444	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074891
14560	NC_021200	CGG	2	6	554588	554593	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074891
14561	NC_021200	CGT	2	6	554615	554620	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14562	NC_021200	CCG	2	6	554707	554712	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074891
14563	NC_021200	TCG	2	6	554722	554727	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14564	NC_021200	CTACAC	2	12	554783	554794	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	499074891
14565	NC_021200	TGGG	2	8	554800	554807	0 %	25 %	75 %	0 %	499074891
14566	NC_021200	CGC	2	6	554843	554848	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074891
14567	NC_021200	CTT	2	6	554867	554872	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	499074891
14568	NC_021200	CGGCG	2	10	554923	554932	0 %	0 %	60 %	40 %	499074891
14569	NC_021200	ACC	2	6	554958	554963	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	499074891
14570	NC_021200	CAA	2	6	554990	554995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074891
14571	NC_021200	ACC	2	6	555024	555029	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	499074891
14572	NC_021200	CAA	2	6	555101	555106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074891
14573	NC_021200	ACG	2	6	555169	555174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14574	NC_021200	TGC	2	6	555328	555333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
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14581	NC_021200	TCG	3	9	555477	555485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14582	NC_021200	GGC	2	6	555530	555535	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074891
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14584	NC_021200	CAC	2	6	555635	555640	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	499074891
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14586	NC_021200	CGGT	2	8	555724	555731	0 %	25 %	50 %	25 %	499074891
14587	NC_021200	GGGC	2	8	555734	555741	0 %	0 %	75 %	25 %	499074891
14588	NC_021200	CGT	3	9	555790	555798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
14589	NC_021200	GAT	2	6	555821	555826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	499074891
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14591	NC_021200	CCG	2	6	555951	555956	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074891
14592	NC_021200	CGCCGG	2	12	555964	555975	0 %	0 %	50 %	50 %	499074891
14593	NC_021200	CCG	2	6	555996	556001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074891
14594	NC_021200	GCCGC	2	10	556005	556014	0 %	0 %	40 %	60 %	499074891
14595	NC_021200	TGC	2	6	556060	556065	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074891
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14598	NC_021200	CGGCG	2	10	556130	556139	0 %	0 %	60 %	40 %	499074891
14599	NC_021200	GAC	2	6	556152	556157	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074891
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14601	NC_021200	CGC	2	6	556563	556568	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074892
14602	NC_021200	TCG	2	6	556580	556585	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074892
14603	NC_021200	GCC	3	9	556597	556605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074892
14604	NC_021200	ACT	2	6	556616	556621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074892
14605	NC_021200	CCAGAT	2	12	556659	556670	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	499074892
14606	NC_021200	AGC	2	6	556724	556729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074892
14607	NC_021200	TCA	2	6	556742	556747	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074892
14608	NC_021200	AGC	2	6	556751	556756	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074892
14609	NC_021200	CGA	2	6	556758	556763	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074892
14610	NC_021200	CGTGAT	2	12	556801	556812	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	499074892
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14612	NC_021200	GGT	2	6	556861	556866	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074892
14613	NC_021200	AGC	3	9	556868	556876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074892
14614	NC_021200	CAG	2	6	556897	556902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074892
14615	NC_021200	GCCG	2	8	556917	556924	0 %	0 %	50 %	50 %	499074892
14616	NC_021200	CCGA	2	8	556930	556937	25 %	0 %	25 %	50 %	499074892
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14738	NC_021200	GGT	2	6	561557	561562	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074896
14739	NC_021200	CGC	2	6	561563	561568	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074896
14740	NC_021200	GAC	2	6	561569	561574	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074896
14741	NC_021200	CGT	2	6	561598	561603	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074896
14742	NC_021200	TGCG	2	8	561621	561628	0 %	25 %	50 %	25 %	499074896
14743	NC_021200	CAA	3	9	561646	561654	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	499074896
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14750	NC_021200	GCG	2	6	562142	562147	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074897
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14756	NC_021200	CGG	2	6	562340	562345	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074897
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14858	NC_021200	ACT	2	6	566483	566488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	499074898
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14973	NC_021200	GC	3	6	570078	570083	0 %	0 %	50 %	50 %	499074902
14974	NC_021200	CGG	2	6	570107	570112	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074902
14975	NC_021200	GGCG	2	8	570132	570139	0 %	0 %	75 %	25 %	499074902
14976	NC_021200	CGG	2	6	570146	570151	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074902
14977	NC_021200	TCG	2	6	570223	570228	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14978	NC_021200	GCG	2	6	570229	570234	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074902
14979	NC_021200	GCTGCG	2	12	570258	570269	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	499074902
14980	NC_021200	ATCGCC	2	12	570301	570312	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	499074902
14981	NC_021200	GCC	2	6	570316	570321	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074902
14982	NC_021200	TGC	2	6	570332	570337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14983	NC_021200	TGGCGG	2	12	570386	570397	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	499074902
14984	NC_021200	GCG	3	9	570403	570411	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074902
14985	NC_021200	TGC	2	6	570422	570427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14986	NC_021200	GC	3	6	570426	570431	0 %	0 %	50 %	50 %	499074902
14987	NC_021200	AGC	2	6	570476	570481	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14988	NC_021200	CTG	2	6	570511	570516	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14989	NC_021200	GGC	2	6	570531	570536	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074902
14990	NC_021200	TGG	2	6	570590	570595	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	499074902
14991	NC_021200	TTC	2	6	570670	570675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	499074902
14992	NC_021200	CTG	2	6	570733	570738	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14993	NC_021200	TGCGG	2	10	570754	570763	0 %	20 %	60 %	20 %	499074902
14994	NC_021200	GCT	2	6	570786	570791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14995	NC_021200	GGC	3	9	570846	570854	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	499074902
14996	NC_021200	CAG	2	6	570868	570873	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14997	NC_021200	CTG	2	6	570877	570882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14998	NC_021200	GCT	2	6	570918	570923	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	499074902
14999	NC_021200	CGC	3	9	570930	570938	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	499074902
15000	NC_021200	ATCG	2	8	570939	570946	25 %	25 %	25 %	25 %	499074902

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