MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methylophaga sp. JAM1 chromosome

Total Repeats: 53702

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017857	GTC	2	6	356	361	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125903
2	NC_017857	AATC	2	8	437	444	50 %	25 %	0 %	25 %	387125903
3	NC_017857	TA	5	10	504	513	50 %	50 %	0 %	0 %	387125903
4	NC_017857	CTG	2	6	720	725	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125903
5	NC_017857	ACC	2	6	765	770	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125903
6	NC_017857	TGGC	2	8	802	809	0 %	25 %	50 %	25 %	387125903
7	NC_017857	T	6	6	819	824	0 %	100 %	0 %	0 %	387125903
8	NC_017857	CCG	2	6	836	841	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387125903
9	NC_017857	AATCC	2	10	935	944	40 %	20 %	0 %	40 %	387125903
10	NC_017857	AAT	2	6	1046	1051	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125904
11	NC_017857	AAAAT	2	10	1096	1105	80 %	20 %	0 %	0 %	387125904
12	NC_017857	CCTGAT	2	12	1189	1200	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	387125904
13	NC_017857	CAC	2	6	1312	1317	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125904
14	NC_017857	CA	3	6	1348	1353	50 %	0 %	0 %	50 %	387125904
15	NC_017857	TAA	2	6	1361	1366	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125904
16	NC_017857	CGC	2	6	1396	1401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387125904
17	NC_017857	CAA	2	6	1444	1449	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387125904
18	NC_017857	ACTT	2	8	1454	1461	25 %	50 %	0 %	25 %	387125904
19	NC_017857	T	6	6	1465	1470	0 %	100 %	0 %	0 %	387125904
20	NC_017857	ATG	2	6	1728	1733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387125905
21	NC_017857	TTA	2	6	1802	1807	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387125905
22	NC_017857	AAT	2	6	1893	1898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125905
23	NC_017857	TTC	2	6	2104	2109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125905
24	NC_017857	TGG	2	6	2167	2172	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387125905
25	NC_017857	TGC	2	6	2174	2179	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125905
26	NC_017857	TC	3	6	2289	2294	0 %	50 %	0 %	50 %	387125905
27	NC_017857	TGAG	2	8	2312	2319	25 %	25 %	50 %	0 %	387125905
28	NC_017857	AAT	2	6	2344	2349	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125905
29	NC_017857	TAC	2	6	2431	2436	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125905
30	NC_017857	GTT	2	6	2445	2450	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125905
31	NC_017857	ATT	2	6	2487	2492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387125906
32	NC_017857	TCA	2	6	2523	2528	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125906
33	NC_017857	CAG	2	6	2539	2544	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125906
34	NC_017857	TTG	2	6	2576	2581	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125906
35	NC_017857	TCGC	2	8	2630	2637	0 %	25 %	25 %	50 %	387125906
36	NC_017857	CAA	2	6	2737	2742	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387125906
37	NC_017857	CTTC	2	8	2832	2839	0 %	50 %	0 %	50 %	387125906
38	NC_017857	CAA	2	6	2854	2859	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387125906
39	NC_017857	TGAAGT	2	12	2915	2926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387125906
40	NC_017857	CTC	2	6	2936	2941	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	387125906
41	NC_017857	ATT	2	6	3061	3066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387125907
42	NC_017857	T	6	6	3065	3070	0 %	100 %	0 %	0 %	387125907
43	NC_017857	CAG	2	6	3148	3153	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125907
44	NC_017857	C	6	6	3428	3433	0 %	0 %	0 %	100 %	387125907
45	NC_017857	AAGTA	2	10	3442	3451	60 %	20 %	20 %	0 %	387125907
46	NC_017857	TTG	2	6	3504	3509	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125907
47	NC_017857	AT	3	6	3548	3553	50 %	50 %	0 %	0 %	387125907
48	NC_017857	T	6	6	3590	3595	0 %	100 %	0 %	0 %	387125907
49	NC_017857	AGG	2	6	3637	3642	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387125907
50	NC_017857	CTG	2	6	3671	3676	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125907
51	NC_017857	ATA	2	6	3753	3758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125907
52	NC_017857	CATCGG	2	12	3796	3807	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	387125907
53	NC_017857	AAT	2	6	4005	4010	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125907
54	NC_017857	TC	3	6	4030	4035	0 %	50 %	0 %	50 %	387125907
55	NC_017857	CTG	2	6	4044	4049	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125907
56	NC_017857	TAA	2	6	4079	4084	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125907
57	NC_017857	GA	3	6	4126	4131	50 %	0 %	50 %	0 %	387125907
58	NC_017857	ACT	2	6	4166	4171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125907
59	NC_017857	AAT	2	6	4187	4192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125907
60	NC_017857	ACC	2	6	4268	4273	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125907
61	NC_017857	A	6	6	4316	4321	100 %	0 %	0 %	0 %	387125907
62	NC_017857	ATTA	2	8	4408	4415	50 %	50 %	0 %	0 %	387125908
63	NC_017857	GCA	2	6	4424	4429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125908
64	NC_017857	GCATTG	2	12	4443	4454	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	387125908
65	NC_017857	AGC	2	6	4574	4579	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125908
66	NC_017857	GTT	3	9	4668	4676	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125908
67	NC_017857	GTT	2	6	4680	4685	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125908
68	NC_017857	CTT	2	6	4716	4721	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125908
69	NC_017857	TTTCG	2	10	4769	4778	0 %	60 %	20 %	20 %	387125908
70	NC_017857	CAG	2	6	4788	4793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125908
71	NC_017857	CTT	3	9	4806	4814	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125908
72	NC_017857	CTT	3	9	4878	4886	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125908
73	NC_017857	CTG	2	6	4926	4931	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125908
74	NC_017857	CTT	2	6	4962	4967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125908
75	NC_017857	TGT	2	6	4994	4999	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125908
76	NC_017857	TTG	2	6	5014	5019	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125908
77	NC_017857	CTT	2	6	5046	5051	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125908
78	NC_017857	GTT	2	6	5064	5069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125908
79	NC_017857	GTT	2	6	5118	5123	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125908
80	NC_017857	TG	3	6	5467	5472	0 %	50 %	50 %	0 %	387125909
81	NC_017857	TAA	2	6	5526	5531	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125909
82	NC_017857	ATA	2	6	5682	5687	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125909
83	NC_017857	GTT	3	9	5888	5896	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125909
84	NC_017857	TTA	2	6	5921	5926	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387125910
85	NC_017857	TTG	2	6	5930	5935	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125910
86	NC_017857	TTC	2	6	5957	5962	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125910
87	NC_017857	AATC	2	8	5984	5991	50 %	25 %	0 %	25 %	387125910
88	NC_017857	TC	3	6	5990	5995	0 %	50 %	0 %	50 %	387125910
89	NC_017857	GAAT	2	8	6134	6141	50 %	25 %	25 %	0 %	387125910
90	NC_017857	CAAA	2	8	6163	6170	75 %	0 %	0 %	25 %	387125910
91	NC_017857	T	7	7	6305	6311	0 %	100 %	0 %	0 %	387125910
92	NC_017857	AAAT	2	8	6434	6441	75 %	25 %	0 %	0 %	387125910
93	NC_017857	T	6	6	6476	6481	0 %	100 %	0 %	0 %	387125910
94	NC_017857	AAT	2	6	6485	6490	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125910
95	NC_017857	CAG	2	6	6512	6517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125910
96	NC_017857	AAG	2	6	6614	6619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	387125911
97	NC_017857	CA	3	6	6695	6700	50 %	0 %	0 %	50 %	387125911
98	NC_017857	CAT	2	6	6767	6772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125911
99	NC_017857	CGA	2	6	6787	6792	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125911
100	NC_017857	CCA	2	6	6931	6936	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125911
101	NC_017857	ATCA	2	8	6985	6992	50 %	25 %	0 %	25 %	387125911
102	NC_017857	A	6	6	7029	7034	100 %	0 %	0 %	0 %	387125912
103	NC_017857	TGG	2	6	7042	7047	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	387125912
104	NC_017857	TCCT	2	8	7079	7086	0 %	50 %	0 %	50 %	387125912
105	NC_017857	GCA	2	6	7143	7148	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125912
106	NC_017857	AAT	2	6	7187	7192	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125912
107	NC_017857	CAA	2	6	7196	7201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387125912
108	NC_017857	CGT	2	6	7320	7325	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125912
109	NC_017857	GTT	2	6	7521	7526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	387125912
110	NC_017857	ACA	2	6	7627	7632	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387125912
111	NC_017857	CTT	2	6	7633	7638	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125912
112	NC_017857	ACC	2	6	7641	7646	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125912
113	NC_017857	ACAA	2	8	7671	7678	75 %	0 %	0 %	25 %	387125912
114	NC_017857	CAT	2	6	7681	7686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125912
115	NC_017857	TGC	2	6	7709	7714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125912
116	NC_017857	ATA	2	6	7782	7787	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125912
117	NC_017857	GGA	2	6	7815	7820	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	387125912
118	NC_017857	CTT	2	6	7846	7851	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125912
119	NC_017857	CAA	2	6	7870	7875	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387125912
120	NC_017857	CAC	2	6	7895	7900	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125912
121	NC_017857	TCA	3	9	7956	7964	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125912
122	NC_017857	TAA	2	6	7981	7986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125912
123	NC_017857	TAGT	2	8	7999	8006	25 %	50 %	25 %	0 %	387125912
124	NC_017857	TGA	2	6	8025	8030	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387125913
125	NC_017857	TCTG	2	8	8074	8081	0 %	50 %	25 %	25 %	387125913
126	NC_017857	CGG	2	6	8085	8090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387125913
127	NC_017857	CTT	2	6	8124	8129	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125913
128	NC_017857	GCT	3	9	8140	8148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125913
129	NC_017857	TCG	2	6	8157	8162	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125913
130	NC_017857	TCA	2	6	8171	8176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125913
131	NC_017857	CTT	2	6	8196	8201	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125913
132	NC_017857	TAA	2	6	8223	8228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125913
133	NC_017857	CTG	2	6	8235	8240	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	387125913
134	NC_017857	ATA	2	6	8385	8390	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125913
135	NC_017857	AGT	2	6	8401	8406	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387125913
136	NC_017857	TA	3	6	8454	8459	50 %	50 %	0 %	0 %	387125913
137	NC_017857	CGG	2	6	8554	8559	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	387125913
138	NC_017857	ATA	2	6	8570	8575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125913
139	NC_017857	GAC	2	6	8586	8591	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125913
140	NC_017857	ATC	2	6	8594	8599	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125913
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142	NC_017857	CGA	3	9	8617	8625	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125914
143	NC_017857	CTT	2	6	8732	8737	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125914
144	NC_017857	CAT	2	6	8757	8762	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125914
145	NC_017857	T	6	6	8778	8783	0 %	100 %	0 %	0 %	387125914
146	NC_017857	T	7	7	8808	8814	0 %	100 %	0 %	0 %	387125914
147	NC_017857	TTGA	2	8	8850	8857	25 %	50 %	25 %	0 %	387125914
148	NC_017857	CACC	2	8	9023	9030	25 %	0 %	0 %	75 %	387125914
149	NC_017857	ATG	2	6	9079	9084	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	387125914
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151	NC_017857	CAT	2	6	9211	9216	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125915
152	NC_017857	TTC	2	6	9221	9226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125915
153	NC_017857	TCCAG	2	10	9321	9330	20 %	20 %	20 %	40 %	387125915
154	NC_017857	TCT	2	6	9363	9368	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125915
155	NC_017857	TCT	2	6	9414	9419	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125915
156	NC_017857	CATCA	2	10	9443	9452	40 %	20 %	0 %	40 %	387125915
157	NC_017857	ATA	2	6	9480	9485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	387125915
158	NC_017857	CCG	2	6	9534	9539	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	387125915
159	NC_017857	TTC	2	6	9647	9652	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	387125915
160	NC_017857	CAC	2	6	9679	9684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125915
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165	NC_017857	TCA	2	6	10133	10138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	387125916
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169	NC_017857	TTGGCT	2	12	10382	10393	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	387125916
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232	NC_017857	CTGT	2	8	13597	13604	0 %	50 %	25 %	25 %	387125917
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236	NC_017857	TAT	2	6	14095	14100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	387125918
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239	NC_017857	TGGT	2	8	14220	14227	0 %	50 %	50 %	0 %	387125918
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248	NC_017857	ACA	2	6	14778	14783	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	387125919
249	NC_017857	ACG	2	6	14837	14842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	387125919
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252	NC_017857	T	6	6	14993	14998	0 %	100 %	0 %	0 %	387125919
253	NC_017857	TTTCA	2	10	15002	15011	20 %	60 %	0 %	20 %	387125919
254	NC_017857	ACC	2	6	15047	15052	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	387125919
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