MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanocaldococcus sp. FS406-22 chromosome

Total Repeats: 41352

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013887	AGA	2	6	165	170	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191497
2	NC_013887	GCT	2	6	349	354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	289191497
3	NC_013887	TCT	2	6	410	415	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289191497
4	NC_013887	TTG	2	6	448	453	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191497
5	NC_013887	TGC	2	6	510	515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	289191497
6	NC_013887	TC	3	6	549	554	0 %	50 %	0 %	50 %	289191497
7	NC_013887	GCA	2	6	577	582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191497
8	NC_013887	TTG	2	6	673	678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191497
9	NC_013887	ATAAA	2	10	785	794	80 %	20 %	0 %	0 %	289191498
10	NC_013887	GAA	3	9	850	858	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191498
11	NC_013887	AGA	2	6	885	890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191498
12	NC_013887	AGAAA	2	10	896	905	80 %	0 %	20 %	0 %	289191498
13	NC_013887	A	6	6	918	923	100 %	0 %	0 %	0 %	289191498
14	NC_013887	AAG	2	6	932	937	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191498
15	NC_013887	ATT	2	6	958	963	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289191498
16	NC_013887	TTA	2	6	994	999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289191498
17	NC_013887	AGA	2	6	1044	1049	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191498
18	NC_013887	TAA	2	6	1100	1105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191498
19	NC_013887	GGA	2	6	1129	1134	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191498
20	NC_013887	A	7	7	1224	1230	100 %	0 %	0 %	0 %	289191498
21	NC_013887	GAA	2	6	1242	1247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191498
22	NC_013887	CTG	2	6	1289	1294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	289191498
23	NC_013887	ATA	2	6	1313	1318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191498
24	NC_013887	CTTATG	2	12	1563	1574	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	289191499
25	NC_013887	AAG	2	6	1596	1601	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191499
26	NC_013887	AATT	2	8	1632	1639	50 %	50 %	0 %	0 %	289191499
27	NC_013887	AGA	2	6	1654	1659	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191499
28	NC_013887	GTT	2	6	1669	1674	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191499
29	NC_013887	TGT	2	6	1699	1704	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191499
30	NC_013887	CTGTTG	2	12	1731	1742	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	289191499
31	NC_013887	AT	3	6	1784	1789	50 %	50 %	0 %	0 %	289191499
32	NC_013887	AAAG	2	8	1810	1817	75 %	0 %	25 %	0 %	289191499
33	NC_013887	A	6	6	1835	1840	100 %	0 %	0 %	0 %	289191499
34	NC_013887	TAA	2	6	1866	1871	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191499
35	NC_013887	GTT	2	6	1985	1990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191499
36	NC_013887	AGG	2	6	2028	2033	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191499
37	NC_013887	ATA	2	6	2063	2068	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191499
38	NC_013887	TAGA	2	8	2085	2092	50 %	25 %	25 %	0 %	289191499
39	NC_013887	AAT	2	6	2119	2124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191499
40	NC_013887	TTG	2	6	2160	2165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191499
41	NC_013887	AAT	2	6	2170	2175	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191499
42	NC_013887	CAG	2	6	2226	2231	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191499
43	NC_013887	GGA	2	6	2306	2311	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191499
44	NC_013887	GAA	2	6	2375	2380	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191499
45	NC_013887	A	6	6	2385	2390	100 %	0 %	0 %	0 %	289191499
46	NC_013887	AAG	2	6	2447	2452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191499
47	NC_013887	CAA	2	6	2457	2462	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289191499
48	NC_013887	ATT	2	6	2486	2491	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289191499
49	NC_013887	AAT	2	6	2536	2541	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191499
50	NC_013887	AGA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191499
51	NC_013887	CTTG	2	8	2584	2591	0 %	50 %	25 %	25 %	289191499
52	NC_013887	GTT	2	6	2624	2629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191500
53	NC_013887	ATG	2	6	2694	2699	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191500
54	NC_013887	AAT	2	6	2732	2737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191500
55	NC_013887	TCATTA	2	12	2751	2762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	289191500
56	NC_013887	GA	3	6	2765	2770	50 %	0 %	50 %	0 %	289191500
57	NC_013887	A	6	6	2797	2802	100 %	0 %	0 %	0 %	289191500
58	NC_013887	GA	3	6	2849	2854	50 %	0 %	50 %	0 %	289191500
59	NC_013887	TAA	2	6	2874	2879	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191500
60	NC_013887	ATA	2	6	2905	2910	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	289191500
61	NC_013887	GTT	2	6	2948	2953	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191501
62	NC_013887	GAA	2	6	3038	3043	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191501
63	NC_013887	GAT	2	6	3074	3079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191501
64	NC_013887	GAA	2	6	3101	3106	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191501
65	NC_013887	TATG	2	8	3190	3197	25 %	50 %	25 %	0 %	289191501
66	NC_013887	AGT	2	6	3310	3315	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191501
67	NC_013887	TGA	2	6	3361	3366	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191501
68	NC_013887	TTG	2	6	3420	3425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191501
69	NC_013887	AGG	2	6	3432	3437	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191501
70	NC_013887	GAA	2	6	3452	3457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191501
71	NC_013887	AGT	2	6	3466	3471	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191501
72	NC_013887	GAAA	2	8	3488	3495	75 %	0 %	25 %	0 %	289191501
73	NC_013887	ATG	2	6	3506	3511	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191501
74	NC_013887	ACC	2	6	3556	3561	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	289191501
75	NC_013887	ATTA	2	8	3571	3578	50 %	50 %	0 %	0 %	289191501
76	NC_013887	TTC	2	6	3602	3607	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289191501
77	NC_013887	AGG	2	6	3619	3624	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191501
78	NC_013887	CAG	2	6	3627	3632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191501
79	NC_013887	GAA	2	6	3758	3763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191501
80	NC_013887	CAG	2	6	3927	3932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191501
81	NC_013887	GA	4	8	3961	3968	50 %	0 %	50 %	0 %	289191501
82	NC_013887	GAG	2	6	3998	4003	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191501
83	NC_013887	AGGAC	2	10	4072	4081	40 %	0 %	40 %	20 %	289191501
84	NC_013887	CAC	2	6	4119	4124	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	289191501
85	NC_013887	AGG	2	6	4126	4131	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191501
86	NC_013887	AAG	3	9	4207	4215	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191501
87	NC_013887	TGA	2	6	4261	4266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191501
88	NC_013887	GTG	2	6	4276	4281	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	289191501
89	NC_013887	TTG	2	6	4334	4339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191501
90	NC_013887	AGAA	2	8	4341	4348	75 %	0 %	25 %	0 %	289191501
91	NC_013887	AGTT	2	8	4371	4378	25 %	50 %	25 %	0 %	289191501
92	NC_013887	AG	3	6	4436	4441	50 %	0 %	50 %	0 %	289191501
93	NC_013887	TGA	2	6	4465	4470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191501
94	NC_013887	ATAC	2	8	4476	4483	50 %	25 %	0 %	25 %	289191501
95	NC_013887	CCA	2	6	4487	4492	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	289191501
96	NC_013887	GA	3	6	4556	4561	50 %	0 %	50 %	0 %	289191501
97	NC_013887	GAAT	2	8	4681	4688	50 %	25 %	25 %	0 %	289191501
98	NC_013887	CAG	2	6	4759	4764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191502
99	NC_013887	TCA	2	6	4782	4787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191502
100	NC_013887	TTG	2	6	4816	4821	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191502
101	NC_013887	AGC	2	6	4835	4840	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191502
102	NC_013887	GA	3	6	4846	4851	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
103	NC_013887	TTG	2	6	4852	4857	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191502
104	NC_013887	GA	3	6	4876	4881	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
105	NC_013887	GAA	2	6	4987	4992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191502
106	NC_013887	GGA	2	6	5061	5066	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	289191502
107	NC_013887	CAA	2	6	5164	5169	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	289191502
108	NC_013887	TTAG	2	8	5187	5194	25 %	50 %	25 %	0 %	289191502
109	NC_013887	CA	3	6	5233	5238	50 %	0 %	0 %	50 %	289191502
110	NC_013887	AGC	2	6	5246	5251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191502
111	NC_013887	AGGAGA	2	12	5279	5290	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
112	NC_013887	AGA	2	6	5330	5335	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191502
113	NC_013887	CTT	2	6	5342	5347	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	289191502
114	NC_013887	AG	3	6	5378	5383	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
115	NC_013887	AGT	2	6	5387	5392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	289191502
116	NC_013887	ACT	2	6	5521	5526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	289191502
117	NC_013887	CAG	2	6	5548	5553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	289191502
118	NC_013887	GAA	2	6	5572	5577	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191502
119	NC_013887	AG	3	6	5757	5762	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
120	NC_013887	CCA	2	6	5784	5789	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	289191502
121	NC_013887	AGA	2	6	5852	5857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191502
122	NC_013887	A	6	6	5862	5867	100 %	0 %	0 %	0 %	289191502
123	NC_013887	GTT	2	6	5868	5873	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191502
124	NC_013887	TGC	2	6	5885	5890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	289191502
125	NC_013887	AGATAG	2	12	5951	5962	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	289191502
126	NC_013887	AGA	2	6	6035	6040	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191502
127	NC_013887	GTT	2	6	6062	6067	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191502
128	NC_013887	AGA	3	9	6080	6088	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	289191502
129	NC_013887	AG	3	6	6105	6110	50 %	0 %	50 %	0 %	289191502
130	NC_013887	TTGA	2	8	6111	6118	25 %	50 %	25 %	0 %	289191502
131	NC_013887	AGAA	2	8	6138	6145	75 %	0 %	25 %	0 %	289191502
132	NC_013887	CATTT	2	10	6341	6350	20 %	60 %	0 %	20 %	289191503
133	NC_013887	ATT	2	6	6412	6417	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	289191503
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135	NC_013887	GTT	3	9	6538	6546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	289191503
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