MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Methanosarcina barkeri str. fusaro plasmid 1

Total Repeats: 435

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_007349	TCT	2	6	247	252	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663827
2	NC_007349	GAAAG	2	10	302	311	60 %	0 %	40 %	0 %	73663827
3	NC_007349	AAAT	2	8	382	389	75 %	25 %	0 %	0 %	73663827
4	NC_007349	AGT	2	6	777	782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663828
5	NC_007349	AGGA	2	8	1003	1010	50 %	0 %	50 %	0 %	73663828
6	NC_007349	TAC	2	6	1021	1026	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663828
7	NC_007349	ATT	2	6	1042	1047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663828
8	NC_007349	TAT	2	6	1146	1151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663828
9	NC_007349	CCTG	2	8	1165	1172	0 %	25 %	25 %	50 %	73663828
10	NC_007349	AAG	2	6	2053	2058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663829
11	NC_007349	GCCT	2	8	2074	2081	0 %	25 %	25 %	50 %	73663829
12	NC_007349	GA	3	6	2097	2102	50 %	0 %	50 %	0 %	73663829
13	NC_007349	TCAAT	2	10	2138	2147	40 %	40 %	0 %	20 %	73663829
14	NC_007349	ACT	2	6	2166	2171	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663829
15	NC_007349	A	7	7	2184	2190	100 %	0 %	0 %	0 %	73663829
16	NC_007349	TAC	2	6	2294	2299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663829
17	NC_007349	TTG	2	6	2310	2315	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663829
18	NC_007349	GAAC	2	8	2323	2330	50 %	0 %	25 %	25 %	73663829
19	NC_007349	CTA	2	6	2358	2363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663829
20	NC_007349	TTC	2	6	2466	2471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663829
21	NC_007349	A	6	6	2472	2477	100 %	0 %	0 %	0 %	73663829
22	NC_007349	TAC	2	6	2538	2543	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663829
23	NC_007349	CT	3	6	2585	2590	0 %	50 %	0 %	50 %	73663829
24	NC_007349	ATC	2	6	2658	2663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663829
25	NC_007349	TCT	2	6	2774	2779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663829
26	NC_007349	AAAAC	2	10	2855	2864	80 %	0 %	0 %	20 %	73663829
27	NC_007349	TATCAA	2	12	2887	2898	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	73663829
28	NC_007349	AGCA	2	8	4382	4389	50 %	0 %	25 %	25 %	73663830
29	NC_007349	TTATT	2	10	4462	4471	20 %	80 %	0 %	0 %	73663830
30	NC_007349	GAT	2	6	4498	4503	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663830
31	NC_007349	CCT	2	6	4515	4520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	73663830
32	NC_007349	TC	3	6	4550	4555	0 %	50 %	0 %	50 %	73663830
33	NC_007349	AG	3	6	4593	4598	50 %	0 %	50 %	0 %	73663830
34	NC_007349	A	6	6	4607	4612	100 %	0 %	0 %	0 %	73663830
35	NC_007349	TGC	2	6	4668	4673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	73663830
36	NC_007349	TAC	2	6	4683	4688	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663830
37	NC_007349	GTT	2	6	4705	4710	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663830
38	NC_007349	T	6	6	4709	4714	0 %	100 %	0 %	0 %	73663830
39	NC_007349	ATA	2	6	4847	4852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663830
40	NC_007349	AATA	2	8	4858	4865	75 %	25 %	0 %	0 %	73663830
41	NC_007349	CTT	2	6	4868	4873	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663830
42	NC_007349	CA	3	6	4986	4991	50 %	0 %	0 %	50 %	73663830
43	NC_007349	CTT	2	6	5003	5008	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663830
44	NC_007349	CAG	2	6	5029	5034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	73663830
45	NC_007349	GGA	2	6	5063	5068	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	73663830
46	NC_007349	TTA	3	9	5073	5081	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663830
47	NC_007349	T	8	8	5097	5104	0 %	100 %	0 %	0 %	73663830
48	NC_007349	ATT	2	6	5134	5139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663830
49	NC_007349	GAA	2	6	5267	5272	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663830
50	NC_007349	CTT	2	6	5360	5365	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663830
51	NC_007349	CT	3	6	5396	5401	0 %	50 %	0 %	50 %	73663830
52	NC_007349	TAA	2	6	5412	5417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663830
53	NC_007349	GTTGCA	2	12	5582	5593	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	73663830
54	NC_007349	CTA	2	6	5643	5648	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663830
55	NC_007349	ACT	2	6	5669	5674	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663830
56	NC_007349	T	7	7	5743	5749	0 %	100 %	0 %	0 %	73663830
57	NC_007349	TAA	2	6	5775	5780	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663830
58	NC_007349	ATA	2	6	5855	5860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663830
59	NC_007349	CTT	2	6	5874	5879	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663830
60	NC_007349	T	6	6	6757	6762	0 %	100 %	0 %	0 %	73663831
61	NC_007349	TTA	2	6	6800	6805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663831
62	NC_007349	GAAA	2	8	6983	6990	75 %	0 %	25 %	0 %	73663831
63	NC_007349	TTGG	2	8	7003	7010	0 %	50 %	50 %	0 %	73663831
64	NC_007349	A	6	6	7051	7056	100 %	0 %	0 %	0 %	73663831
65	NC_007349	ATA	2	6	7060	7065	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663831
66	NC_007349	TACA	2	8	7205	7212	50 %	25 %	0 %	25 %	73663831
67	NC_007349	GAT	2	6	7267	7272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663831
68	NC_007349	TGA	2	6	7338	7343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663831
69	NC_007349	A	6	6	7343	7348	100 %	0 %	0 %	0 %	73663831
70	NC_007349	GT	3	6	7382	7387	0 %	50 %	50 %	0 %	73663831
71	NC_007349	GAT	2	6	7414	7419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663831
72	NC_007349	TTG	2	6	7432	7437	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663831
73	NC_007349	TTG	2	6	7484	7489	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663831
74	NC_007349	ACT	2	6	7510	7515	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663831
75	NC_007349	AAGA	2	8	7567	7574	75 %	0 %	25 %	0 %	73663831
76	NC_007349	A	6	6	7683	7688	100 %	0 %	0 %	0 %	73663831
77	NC_007349	GAAA	2	8	7695	7702	75 %	0 %	25 %	0 %	73663831
78	NC_007349	A	6	6	7700	7705	100 %	0 %	0 %	0 %	73663831
79	NC_007349	T	7	7	7752	7758	0 %	100 %	0 %	0 %	73663831
80	NC_007349	GTC	2	6	7828	7833	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	73663831
81	NC_007349	ATGG	2	8	7991	7998	25 %	25 %	50 %	0 %	73663832
82	NC_007349	ATG	2	6	8006	8011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663832
83	NC_007349	A	6	6	8241	8246	100 %	0 %	0 %	0 %	73663832
84	NC_007349	TC	3	6	8251	8256	0 %	50 %	0 %	50 %	73663832
85	NC_007349	ATT	2	6	8291	8296	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663832
86	NC_007349	GAT	2	6	8404	8409	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663832
87	NC_007349	A	6	6	8465	8470	100 %	0 %	0 %	0 %	73663832
88	NC_007349	TTA	2	6	8484	8489	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663832
89	NC_007349	AAAAT	2	10	8513	8522	80 %	20 %	0 %	0 %	73663832
90	NC_007349	TAA	2	6	8525	8530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663832
91	NC_007349	CTG	2	6	8537	8542	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	73663832
92	NC_007349	GTT	2	6	8651	8656	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663832
93	NC_007349	TCA	2	6	8706	8711	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663832
94	NC_007349	A	7	7	8760	8766	100 %	0 %	0 %	0 %	73663832
95	NC_007349	AATT	2	8	8774	8781	50 %	50 %	0 %	0 %	73663832
96	NC_007349	AATTA	2	10	8787	8796	60 %	40 %	0 %	0 %	73663832
97	NC_007349	TTA	2	6	8844	8849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663832
98	NC_007349	TAAGT	2	10	8913	8922	40 %	40 %	20 %	0 %	73663832
99	NC_007349	GCAAA	2	10	8950	8959	60 %	0 %	20 %	20 %	73663832
100	NC_007349	T	8	8	9003	9010	0 %	100 %	0 %	0 %	73663832
101	NC_007349	A	7	7	9014	9020	100 %	0 %	0 %	0 %	73663832
102	NC_007349	ACAA	2	8	9031	9038	75 %	0 %	0 %	25 %	73663832
103	NC_007349	AT	3	6	9045	9050	50 %	50 %	0 %	0 %	73663832
104	NC_007349	G	6	6	9056	9061	0 %	0 %	100 %	0 %	73663832
105	NC_007349	GAT	2	6	9069	9074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663832
106	NC_007349	TG	3	6	9132	9137	0 %	50 %	50 %	0 %	73663833
107	NC_007349	ATT	2	6	9217	9222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663833
108	NC_007349	CAAA	2	8	9237	9244	75 %	0 %	0 %	25 %	73663833
109	NC_007349	A	6	6	9253	9258	100 %	0 %	0 %	0 %	73663833
110	NC_007349	ATT	2	6	9295	9300	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663833
111	NC_007349	T	6	6	9299	9304	0 %	100 %	0 %	0 %	73663833
112	NC_007349	AGAA	2	8	9320	9327	75 %	0 %	25 %	0 %	73663833
113	NC_007349	AAT	2	6	9334	9339	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663833
114	NC_007349	GGT	2	6	9356	9361	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	73663833
115	NC_007349	TCA	2	6	9436	9441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663833
116	NC_007349	AGA	2	6	9451	9456	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663833
117	NC_007349	T	6	6	9478	9483	0 %	100 %	0 %	0 %	73663833
118	NC_007349	A	6	6	9496	9501	100 %	0 %	0 %	0 %	73663833
119	NC_007349	CTTT	2	8	9609	9616	0 %	75 %	0 %	25 %	73663833
120	NC_007349	TGA	2	6	9631	9636	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663833
121	NC_007349	CAA	2	6	9812	9817	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663833
122	NC_007349	TA	3	6	9842	9847	50 %	50 %	0 %	0 %	73663833
123	NC_007349	GGAT	2	8	9857	9864	25 %	25 %	50 %	0 %	73663833
124	NC_007349	TA	3	6	9887	9892	50 %	50 %	0 %	0 %	73663833
125	NC_007349	TTC	2	6	9912	9917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	73663833
126	NC_007349	ATA	2	6	10010	10015	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	73663833
127	NC_007349	ATT	2	6	10033	10038	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663833
128	NC_007349	AGA	2	6	10057	10062	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	73663833
129	NC_007349	TAAA	2	8	10089	10096	75 %	25 %	0 %	0 %	73663833
130	NC_007349	AG	3	6	10118	10123	50 %	0 %	50 %	0 %	73663833
131	NC_007349	AAC	2	6	10159	10164	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	73663833
132	NC_007349	AGG	2	6	10763	10768	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	73663834
133	NC_007349	CTG	2	6	10786	10791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	73663834
134	NC_007349	GGCT	2	8	10807	10814	0 %	25 %	50 %	25 %	73663834
135	NC_007349	A	6	6	10824	10829	100 %	0 %	0 %	0 %	73663834
136	NC_007349	TGA	2	6	10841	10846	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	73663834
137	NC_007349	GTT	2	6	10959	10964	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	73663834
138	NC_007349	CTA	2	6	10987	10992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	73663834
139	NC_007349	GA	3	6	11036	11041	50 %	0 %	50 %	0 %	73663834
140	NC_007349	TAT	3	9	11093	11101	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	73663834
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.