MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Macrococcus caseolyticus JCSC5402 plasmid pMCCL6

Total Repeats: 108

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012001	C	6	6	84	89	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2	NC_012001	A	6	6	106	111	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_012001	TCC	2	6	126	131	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_012001	GAAA	2	8	142	149	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_012001	AGA	2	6	183	188	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_012001	AAGAAA	2	12	191	202	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_012001	GAA	2	6	280	285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012001	AGAA	2	8	288	295	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_012001	AGAAA	2	10	298	307	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_012001	ATTG	2	8	315	322	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
11	NC_012001	A	6	6	325	330	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_012001	AG	3	6	343	348	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_012001	TGTTT	2	10	366	375	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_012001	TATC	2	8	409	416	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_012001	ATT	2	6	482	487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012001	CAG	2	6	515	520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_012001	GAAA	2	8	528	535	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_012001	CAGA	2	8	572	579	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
19	NC_012001	CAG	2	6	590	595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_012001	CA	3	6	608	613	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_012001	ACT	2	6	675	680	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_012001	A	6	6	708	713	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_012001	AGA	2	6	716	721	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012001	TA	5	10	752	761	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_012001	TAA	2	6	764	769	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_012001	TAA	2	6	776	781	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_012001	TC	3	6	794	799	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
28	NC_012001	TTG	2	6	844	849	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012001	T	7	7	862	868	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_012001	TA	4	8	900	907	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012001	TA	4	8	911	918	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012001	GAG	2	6	1119	1124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012001	TGAT	2	8	1133	1140	25 %	50 %	25 %	0 %	222143331
34	NC_012001	CAA	2	6	1155	1160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222143331
35	NC_012001	AGT	2	6	1170	1175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222143331
36	NC_012001	TCTTT	2	10	1206	1215	0 %	80 %	0 %	20 %	222143331
37	NC_012001	GAAT	2	8	1269	1276	50 %	25 %	25 %	0 %	222143331
38	NC_012001	A	7	7	1345	1351	100 %	0 %	0 %	0 %	222143331
39	NC_012001	A	6	6	1387	1392	100 %	0 %	0 %	0 %	222143331
40	NC_012001	TAT	2	6	1415	1420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	222143331
41	NC_012001	ATTG	2	8	1435	1442	25 %	50 %	25 %	0 %	222143331
42	NC_012001	ATGA	2	8	1447	1454	50 %	25 %	25 %	0 %	222143331
43	NC_012001	TAG	2	6	1484	1489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222143331
44	NC_012001	AGA	2	6	1557	1562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143331
45	NC_012001	GAA	2	6	1651	1656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143331
46	NC_012001	AG	3	6	1660	1665	50 %	0 %	50 %	0 %	222143331
47	NC_012001	ATCA	2	8	1702	1709	50 %	25 %	0 %	25 %	222143331
48	NC_012001	ATAA	2	8	1765	1772	75 %	25 %	0 %	0 %	222143331
49	NC_012001	A	6	6	1786	1791	100 %	0 %	0 %	0 %	222143331
50	NC_012001	AGT	2	6	1800	1805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222143331
51	NC_012001	A	6	6	1832	1837	100 %	0 %	0 %	0 %	222143331
52	NC_012001	ACT	2	6	1853	1858	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222143331
53	NC_012001	A	6	6	1864	1869	100 %	0 %	0 %	0 %	222143331
54	NC_012001	CAA	2	6	1912	1917	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222143331
55	NC_012001	TGA	2	6	1929	1934	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222143331
56	NC_012001	GAA	3	9	1942	1950	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143331
57	NC_012001	AT	3	6	2025	2030	50 %	50 %	0 %	0 %	222143331
58	NC_012001	GAT	2	6	2092	2097	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012001	ACC	2	6	2102	2107	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_012001	A	6	6	2116	2121	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012001	GAG	2	6	2127	2132	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012001	AGA	2	6	2163	2168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143332
63	NC_012001	CTG	2	6	2191	2196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222143332
64	NC_012001	GAAA	2	8	2211	2218	75 %	0 %	25 %	0 %	222143332
65	NC_012001	CTT	2	6	2236	2241	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222143332
66	NC_012001	TC	3	6	2290	2295	0 %	50 %	0 %	50 %	222143332
67	NC_012001	GAA	3	9	2328	2336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143332
68	NC_012001	GAT	2	6	2359	2364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222143332
69	NC_012001	CGT	2	6	2368	2373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222143332
70	NC_012001	AAGA	2	8	2406	2413	75 %	0 %	25 %	0 %	222143332
71	NC_012001	ATT	2	6	2429	2434	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	222143332
72	NC_012001	TG	3	6	2543	2548	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_012001	T	7	7	2550	2556	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012001	CAAGAA	2	12	2674	2685	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_012001	T	6	6	2699	2704	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_012001	AGG	2	6	2712	2717	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_012001	G	6	6	2725	2730	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
78	NC_012001	CTG	2	6	2793	2798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_012001	ATA	2	6	2814	2819	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_012001	ATT	2	6	2844	2849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_012001	TAT	2	6	2858	2863	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_012001	TGT	2	6	2902	2907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_012001	TGA	2	6	2927	2932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012001	AGG	2	6	2973	2978	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012001	A	6	6	2988	2993	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012001	ACAG	2	8	3021	3028	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_012001	A	8	8	3084	3091	100 %	0 %	0 %	0 %	222143333
88	NC_012001	A	6	6	3093	3098	100 %	0 %	0 %	0 %	222143333
89	NC_012001	ATT	2	6	3105	3110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	222143333
90	NC_012001	AGA	2	6	3239	3244	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143333
91	NC_012001	GTT	2	6	3255	3260	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222143333
92	NC_012001	CAA	2	6	3319	3324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222143333
93	NC_012001	AAG	2	6	3386	3391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012001	GGA	2	6	3429	3434	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_012001	GATAAA	2	12	3522	3533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	222143334
96	NC_012001	ATA	2	6	3607	3612	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	222143334
97	NC_012001	GATT	2	8	3646	3653	25 %	50 %	25 %	0 %	222143334
98	NC_012001	GAA	2	6	3672	3677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143334
99	NC_012001	GAA	2	6	3687	3692	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222143334
100	NC_012001	TGG	2	6	3740	3745	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222143334
101	NC_012001	AC	3	6	3768	3773	50 %	0 %	0 %	50 %	222143334
102	NC_012001	TGA	2	6	3881	3886	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222143334
103	NC_012001	A	8	8	3925	3932	100 %	0 %	0 %	0 %	222143334
104	NC_012001	CGAA	2	8	3950	3957	50 %	0 %	25 %	25 %	222143334
105	NC_012001	AAAG	2	8	4110	4117	75 %	0 %	25 %	0 %	222143334
106	NC_012001	ACTT	2	8	4140	4147	25 %	50 %	0 %	25 %	222143334
107	NC_012001	TGA	2	6	4163	4168	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222143334
108	NC_012001	A	7	7	4176	4182	100 %	0 %	0 %	0 %	222143334

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.