MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 plasmid large ECE

Total Repeats: 1623

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_001732	TA	3	6	54054	54059	50 %	50 %	0 %	0 %	50434640
1502	NC_001732	TAAC	2	8	54062	54069	50 %	25 %	0 %	25 %	50434640
1503	NC_001732	AGTA	2	8	54098	54105	50 %	25 %	25 %	0 %	50434640
1504	NC_001732	CAA	2	6	54113	54118	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	50434640
1505	NC_001732	AAT	2	6	54126	54131	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	50434640
1506	NC_001732	CAA	2	6	54157	54162	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	50434640
1507	NC_001732	CTA	2	6	54169	54174	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	50434640
1508	NC_001732	A	6	6	54219	54224	100 %	0 %	0 %	0 %	50434640
1509	NC_001732	CAA	2	6	54230	54235	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	50434640
1510	NC_001732	ACC	2	6	54249	54254	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1511	NC_001732	ATTT	2	8	54260	54267	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
1512	NC_001732	CTTCT	2	10	54312	54321	0 %	60 %	0 %	40 %	10954529
1513	NC_001732	AAC	2	6	54328	54333	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954529
1514	NC_001732	CTC	2	6	54342	54347	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954529
1515	NC_001732	CAT	2	6	54383	54388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954529
1516	NC_001732	TACC	2	8	54409	54416	25 %	25 %	0 %	50 %	10954529
1517	NC_001732	TCA	2	6	54448	54453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954529
1518	NC_001732	TAG	2	6	54455	54460	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954529
1519	NC_001732	ATTT	2	8	54483	54490	25 %	75 %	0 %	0 %	10954529
1520	NC_001732	CAA	2	6	54530	54535	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954529
1521	NC_001732	T	6	6	54538	54543	0 %	100 %	0 %	0 %	10954529
1522	NC_001732	CTT	2	6	54571	54576	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954529
1523	NC_001732	TA	3	6	54587	54592	50 %	50 %	0 %	0 %	10954529
1524	NC_001732	TTC	2	6	54595	54600	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954529
1525	NC_001732	TAA	2	6	54605	54610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954529
1526	NC_001732	TCCT	2	8	54643	54650	0 %	50 %	0 %	50 %	10954529
1527	NC_001732	AAC	2	6	54688	54693	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954529
1528	NC_001732	CAA	2	6	54707	54712	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954529
1529	NC_001732	TAT	2	6	54735	54740	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954529
1530	NC_001732	CCTT	2	8	54743	54750	0 %	50 %	0 %	50 %	10954529
1531	NC_001732	CAG	2	6	54770	54775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10954529
1532	NC_001732	ATAA	2	8	54828	54835	75 %	25 %	0 %	0 %	10954529
1533	NC_001732	GTA	2	6	54839	54844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954529
1534	NC_001732	T	6	6	54885	54890	0 %	100 %	0 %	0 %	10954529
1535	NC_001732	ATC	2	6	55002	55007	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954529
1536	NC_001732	ATC	2	6	55017	55022	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954529
1537	NC_001732	TAA	3	9	55049	55057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954529
1538	NC_001732	TCCC	2	8	55131	55138	0 %	25 %	0 %	75 %	10954529
1539	NC_001732	A	6	6	55164	55169	100 %	0 %	0 %	0 %	10954529
1540	NC_001732	CTCC	2	8	55201	55208	0 %	25 %	0 %	75 %	10954529
1541	NC_001732	TCC	2	6	55266	55271	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10954529
1542	NC_001732	ATTT	2	8	55373	55380	25 %	75 %	0 %	0 %	10954529
1543	NC_001732	AGT	2	6	55391	55396	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954529
1544	NC_001732	AAT	2	6	55491	55496	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954529
1545	NC_001732	AAT	2	6	55532	55537	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954529
1546	NC_001732	AG	3	6	55575	55580	50 %	0 %	50 %	0 %	10954529
1547	NC_001732	ATCTTC	2	12	55587	55598	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	10954529
1548	NC_001732	ACA	2	6	55729	55734	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954529
1549	NC_001732	TGA	2	6	55744	55749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954529
1550	NC_001732	TCT	2	6	55757	55762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954529
1551	NC_001732	TTAGAT	2	12	55855	55866	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	10954529
1552	NC_001732	T	6	6	55869	55874	0 %	100 %	0 %	0 %	10954529
1553	NC_001732	CTTT	3	12	55879	55890	0 %	75 %	0 %	25 %	10954529
1554	NC_001732	T	6	6	55895	55900	0 %	100 %	0 %	0 %	10954529
1555	NC_001732	CAT	2	6	55901	55906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954529
1556	NC_001732	ATA	2	6	55942	55947	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954529
1557	NC_001732	GGAAT	2	10	55996	56005	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
1558	NC_001732	AT	3	6	56071	56076	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1559	NC_001732	AG	3	6	56114	56119	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1560	NC_001732	T	7	7	56178	56184	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1561	NC_001732	ATT	2	6	56187	56192	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1562	NC_001732	CAAT	2	8	56205	56212	50 %	25 %	0 %	25 %	10954530
1563	NC_001732	T	6	6	56215	56220	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1564	NC_001732	TTA	2	6	56226	56231	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1565	NC_001732	TTATTG	2	12	56263	56274	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10954530
1566	NC_001732	ATT	2	6	56321	56326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1567	NC_001732	TTC	2	6	56330	56335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954530
1568	NC_001732	ATT	2	6	56337	56342	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1569	NC_001732	GATTTT	2	12	56346	56357	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	10954530
1570	NC_001732	T	6	6	56384	56389	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1571	NC_001732	ATT	2	6	56502	56507	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1572	NC_001732	TTA	2	6	56508	56513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1573	NC_001732	TCTT	2	8	56538	56545	0 %	75 %	0 %	25 %	10954530
1574	NC_001732	TAA	2	6	56555	56560	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954530
1575	NC_001732	TTC	2	6	56576	56581	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954530
1576	NC_001732	T	6	6	56612	56617	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1577	NC_001732	CCA	2	6	56646	56651	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10954530
1578	NC_001732	T	6	6	56673	56678	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1579	NC_001732	AAAT	2	8	56716	56723	75 %	25 %	0 %	0 %	10954530
1580	NC_001732	CAA	2	6	56740	56745	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10954530
1581	NC_001732	TAA	2	6	56882	56887	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10954530
1582	NC_001732	CTT	2	6	56902	56907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954530
1583	NC_001732	TAT	2	6	56932	56937	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1584	NC_001732	TTC	2	6	56963	56968	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954530
1585	NC_001732	GTC	2	6	57020	57025	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954530
1586	NC_001732	ATT	2	6	57044	57049	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1587	NC_001732	C	6	6	57050	57055	0 %	0 %	0 %	100 %	10954530
1588	NC_001732	T	6	6	57057	57062	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1589	NC_001732	TAT	2	6	57160	57165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1590	NC_001732	T	7	7	57239	57245	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1591	NC_001732	ATT	2	6	57282	57287	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954530
1592	NC_001732	TA	4	8	57293	57300	50 %	50 %	0 %	0 %	10954530
1593	NC_001732	T	7	7	57306	57312	0 %	100 %	0 %	0 %	10954530
1594	NC_001732	TCT	2	6	57318	57323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954530
1595	NC_001732	AGT	2	6	57364	57369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10954531
1596	NC_001732	TCT	2	6	57377	57382	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954531
1597	NC_001732	T	6	6	57407	57412	0 %	100 %	0 %	0 %	10954531
1598	NC_001732	TTC	2	6	57436	57441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954531
1599	NC_001732	TAAA	2	8	57445	57452	75 %	25 %	0 %	0 %	10954531
1600	NC_001732	AT	3	6	57522	57527	50 %	50 %	0 %	0 %	10954531
1601	NC_001732	ATAGAT	2	12	57560	57571	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	10954531
1602	NC_001732	TTC	2	6	57631	57636	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954531
1603	NC_001732	TTA	2	6	57683	57688	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954531
1604	NC_001732	T	7	7	57751	57757	0 %	100 %	0 %	0 %	10954531
1605	NC_001732	CTT	3	9	57759	57767	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954531
1606	NC_001732	CTT	2	6	57774	57779	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10954531
1607	NC_001732	TAAA	2	8	57792	57799	75 %	25 %	0 %	0 %	10954531
1608	NC_001732	T	7	7	57810	57816	0 %	100 %	0 %	0 %	10954531
1609	NC_001732	GTC	2	6	57871	57876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10954531
1610	NC_001732	AT	3	6	57881	57886	50 %	50 %	0 %	0 %	10954531
1611	NC_001732	GAATT	2	10	57925	57934	40 %	40 %	20 %	0 %	10954531
1612	NC_001732	TTA	2	6	57957	57962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954531
1613	NC_001732	ATT	2	6	58019	58024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954531
1614	NC_001732	T	6	6	58023	58028	0 %	100 %	0 %	0 %	10954531
1615	NC_001732	TTA	2	6	58043	58048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10954531
1616	NC_001732	T	6	6	58078	58083	0 %	100 %	0 %	0 %	10954531
1617	NC_001732	TTTTC	2	10	58097	58106	0 %	80 %	0 %	20 %	10954531
1618	NC_001732	ATC	2	6	58126	58131	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10954531
1619	NC_001732	TG	3	6	58239	58244	0 %	50 %	50 %	0 %	10954531
1620	NC_001732	C	6	6	58314	58319	0 %	0 %	0 %	100 %	10954531
1621	NC_001732	CTAAAA	2	12	58339	58350	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
1622	NC_001732	TAT	2	6	58384	58389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1623	NC_001732	TAT	2	6	58400	58405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.