MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 1453

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	CTTAT	2	10	25	34	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_008014	AT	3	6	83	88	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008014	TA	4	8	92	99	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008014	ACA	2	6	100	105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_008014	CCT	2	6	130	135	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_008014	AGG	2	6	168	173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008014	ATT	2	6	189	194	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008014	T	6	6	229	234	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008014	A	6	6	240	245	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008014	A	6	6	254	259	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_008014	T	7	7	273	279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008014	ATACA	2	10	280	289	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_008014	GAA	2	6	305	310	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008014	A	9	9	309	317	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008014	AT	3	6	402	407	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008014	AT	3	6	422	427	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008014	T	7	7	462	468	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008014	AGTA	2	8	478	485	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008014	ATA	2	6	1615	1620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008014	TA	3	6	1619	1624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008014	AAT	2	6	1648	1653	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008014	T	6	6	1663	1668	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008014	AAT	2	6	1746	1751	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008014	CTT	2	6	1773	1778	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008014	TGA	2	6	1786	1791	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008014	AAT	2	6	1802	1807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008014	TCC	2	6	1811	1816	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_008014	TTAA	2	8	1824	1831	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008014	CAG	3	9	1843	1851	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_008014	GTAA	2	8	1956	1963	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008014	AT	3	6	1983	1988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008014	A	6	6	2032	2037	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008014	AGC	2	6	2057	2062	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008014	A	6	6	2090	2095	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008014	T	8	8	2120	2127	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008014	AGA	2	6	2189	2194	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008014	A	6	6	2256	2261	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008014	T	6	6	2307	2312	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008014	CTC	2	6	2389	2394	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_008014	CTT	2	6	2397	2402	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_008014	TAT	2	6	2415	2420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008014	CCAA	2	8	2437	2444	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008014	TGT	2	6	2509	2514	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008014	TA	8	16	2528	2543	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008014	ATCT	2	8	2564	2571	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_008014	TA	3	6	2611	2616	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008014	TCTT	2	8	2620	2627	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_008014	ATA	2	6	2638	2643	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008014	TA	3	6	3623	3628	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008014	TAT	2	6	3661	3666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008014	AATA	2	8	3681	3688	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008014	AT	3	6	3693	3698	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008014	CTG	2	6	3707	3712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008014	TAA	2	6	3713	3718	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008014	CTC	2	6	3732	3737	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_008014	GGA	3	9	3739	3747	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008014	ATT	2	6	4878	4883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_008014	T	6	6	4893	4898	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008014	TCT	2	6	4917	4922	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008014	T	6	6	4922	4927	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008014	TAT	2	6	4939	4944	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008014	CCT	2	6	4952	4957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_008014	T	7	7	5074	5080	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008014	TCT	2	6	5658	5663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008014	GAAT	2	8	5675	5682	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008014	TAGAA	2	10	5717	5726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008014	T	6	6	5773	5778	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008014	AG	3	6	6654	6659	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008014	ATTT	2	8	6660	6667	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008014	TCT	2	6	6669	6674	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008014	ATA	2	6	6726	6731	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008014	ACA	2	6	6736	6741	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_008014	TCT	2	6	6749	6754	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008014	ATT	2	6	6809	6814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008014	ATT	2	6	6826	6831	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008014	AAT	2	6	7780	7785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008014	T	7	7	7813	7819	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008014	A	6	6	7825	7830	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008014	ATTT	2	8	10247	10254	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008014	TTG	2	6	10270	10275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008014	TTAA	2	8	10292	10299	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008014	GTTTT	2	10	10359	10368	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008014	T	7	7	10365	10371	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008014	TAGA	2	8	10396	10403	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008014	AAC	2	6	10417	10422	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008014	AAT	2	6	10424	10429	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008014	GTT	2	6	10434	10439	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008014	T	6	6	10438	10443	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008014	TATT	2	8	11204	11211	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008014	CTA	3	9	11223	11231	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_008014	AAC	2	6	11260	11265	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008014	A	6	6	11274	11279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008014	TAG	2	6	16291	16296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008014	ATTAT	2	10	16301	16310	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008014	TGA	2	6	16322	16327	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008014	TAT	2	6	16344	16349	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008014	TA	3	6	16352	16357	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008014	AGT	2	6	16364	16369	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008014	ATT	2	6	16406	16411	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008014	TAG	2	6	16422	16427	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008014	TATAT	2	10	16428	16437	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008014	TAA	2	6	16456	16461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008014	TTA	2	6	16474	16479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008014	TTATA	2	10	16489	16498	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008014	TAG	2	6	16500	16505	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008014	T	6	6	18444	18449	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008014	ATA	3	9	18458	18466	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008014	GTT	2	6	18473	18478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008014	TGTA	2	8	18490	18497	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008014	TGG	2	6	19895	19900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008014	CTT	2	6	19915	19920	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_008014	AAT	2	6	19929	19934	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008014	ATAGA	2	10	19960	19969	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008014	AAT	2	6	21678	21683	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008014	ATTT	2	8	21710	21717	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008014	TA	3	6	22925	22930	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008014	AGA	2	6	22967	22972	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008014	AACTA	2	10	22987	22996	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_008014	TAGT	2	8	23005	23012	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008014	TAGC	2	8	23015	23022	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
121	NC_008014	CTA	2	6	23028	23033	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008014	GAT	2	6	23088	23093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008014	TAG	2	6	26418	26423	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008014	TA	3	6	26424	26429	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008014	ATAG	2	8	26461	26468	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008014	A	7	7	26476	26482	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008014	CT	3	6	26492	26497	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_008014	TA	3	6	26551	26556	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_008014	ATA	2	6	26564	26569	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008014	TTA	2	6	26600	26605	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008014	AT	3	6	26665	26670	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008014	TAGA	2	8	26688	26695	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008014	AAG	2	6	28966	28971	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008014	CAA	2	6	29008	29013	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_008014	TTG	2	6	29039	29044	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008014	TGT	2	6	29070	29075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008014	AGTT	2	8	29096	29103	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008014	TAA	2	6	29128	29133	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008014	AGA	2	6	29160	29165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008014	TTG	2	6	29166	29171	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008014	AAG	2	6	29805	29810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008014	ACA	2	6	29815	29820	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_008014	GTA	2	6	29821	29826	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008014	A	7	7	29834	29840	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008014	TAT	2	6	29841	29846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008014	AG	3	6	29943	29948	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008014	A	6	6	29963	29968	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008014	ATG	2	6	29975	29980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008014	TAA	2	6	29996	30001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_008014	A	8	8	30006	30013	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008014	T	7	7	30019	30025	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008014	GAGGAA	2	12	30028	30039	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008014	A	6	6	30048	30053	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008014	GTA	3	9	30060	30068	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008014	ATT	2	6	30093	30098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008014	T	6	6	30097	30102	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008014	A	6	6	30148	30153	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_008014	TC	3	6	31125	31130	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
159	NC_008014	ATA	2	6	31142	31147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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161	NC_008014	TAT	2	6	31912	31917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_008014	AAAG	2	8	31920	31927	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_008014	TA	3	6	32084	32089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_008014	ATT	2	6	32118	32123	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_008014	GTA	2	6	32146	32151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
172	NC_008014	TA	3	6	32150	32155	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_008014	TA	3	6	32161	32166	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_008014	TA	3	6	32184	32189	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_008014	TA	3	6	32205	32210	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_008014	TAA	2	6	32229	32234	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_008014	AAG	2	6	34030	34035	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_008014	CTT	2	6	35873	35878	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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189	NC_008014	TAA	2	6	35966	35971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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209	NC_008014	A	7	7	37788	37794	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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294	NC_008014	ATT	2	6	53487	53492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_008014	TAAA	2	8	55604	55611	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
296	NC_008014	A	6	6	55609	55614	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_008014	ATAAA	2	10	55633	55642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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447	NC_008014	TTTATA	2	12	69916	69927	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
448	NC_008014	A	6	6	69935	69940	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
449	NC_008014	TAC	2	6	69949	69954	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
450	NC_008014	TAT	2	6	69999	70004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
451	NC_008014	AGT	2	6	70005	70010	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
452	NC_008014	AAG	2	6	70082	70087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
453	NC_008014	AGAT	2	8	70126	70133	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
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455	NC_008014	A	6	6	70171	70176	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
456	NC_008014	ATACA	2	10	70180	70189	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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461	NC_008014	TAT	2	6	70313	70318	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
462	NC_008014	T	7	7	70356	70362	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
463	NC_008014	AAC	2	6	70363	70368	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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465	NC_008014	A	7	7	72803	72809	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
466	NC_008014	TTA	2	6	72818	72823	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
467	NC_008014	T	6	6	72848	72853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
468	NC_008014	AT	3	6	72865	72870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
469	NC_008014	TA	3	6	72872	72877	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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473	NC_008014	TA	3	6	72951	72956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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483	NC_008014	ATA	2	6	73232	73237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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485	NC_008014	A	6	6	73264	73269	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
486	NC_008014	ATTTT	2	10	73295	73304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
487	NC_008014	TA	3	6	73309	73314	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_008014	A	6	6	76133	76138	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

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