MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 8162

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5001	NC_008011	ATT	2	6	860149	860154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5002	NC_008011	TA	3	6	860173	860178	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5003	NC_008011	AAC	2	6	860181	860186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5004	NC_008011	TA	3	6	863182	863187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5005	NC_008011	AT	3	6	863199	863204	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5006	NC_008011	A	6	6	863214	863219	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5007	NC_008011	TAA	2	6	863240	863245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5008	NC_008011	TAA	2	6	863255	863260	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5009	NC_008011	AAT	2	6	863270	863275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5010	NC_008011	TA	3	6	863289	863294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5011	NC_008011	ATA	2	6	863335	863340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5012	NC_008011	TAAA	2	8	863357	863364	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5013	NC_008011	A	6	6	863362	863367	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5014	NC_008011	CTT	2	6	863376	863381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5015	NC_008011	ATCT	2	8	863388	863395	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5016	NC_008011	T	6	6	869378	869383	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5017	NC_008011	TTA	2	6	869405	869410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5018	NC_008011	AACC	2	8	869956	869963	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5019	NC_008011	TAC	2	6	869989	869994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5020	NC_008011	TAA	2	6	870077	870082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5021	NC_008011	TA	3	6	870084	870089	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5022	NC_008011	ATC	2	6	870090	870095	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5023	NC_008011	AAT	2	6	870165	870170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5024	NC_008011	TCT	2	6	870177	870182	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5025	NC_008011	AAT	2	6	870183	870188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5026	NC_008011	TA	4	8	870213	870220	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5027	NC_008011	TAG	2	6	870232	870237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5028	NC_008011	CTA	2	6	870259	870264	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5029	NC_008011	TAT	2	6	870362	870367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5030	NC_008011	CA	3	6	870922	870927	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5031	NC_008011	AC	3	6	870952	870957	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5032	NC_008011	T	7	7	870976	870982	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5033	NC_008011	TTAT	2	8	871000	871007	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5034	NC_008011	AT	3	6	871017	871022	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5035	NC_008011	TAATA	2	10	871034	871043	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5036	NC_008011	TA	3	6	872411	872416	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5037	NC_008011	TAGT	2	8	872425	872432	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
5038	NC_008011	ATTT	2	8	872464	872471	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5039	NC_008011	A	6	6	872484	872489	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5040	NC_008011	CT	4	8	872506	872513	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5041	NC_008011	CTA	2	6	872535	872540	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5042	NC_008011	TTA	2	6	872546	872551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5043	NC_008011	TAA	2	6	872596	872601	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5044	NC_008011	CTAT	2	8	872659	872666	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5045	NC_008011	A	6	6	872672	872677	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5046	NC_008011	AAT	2	6	872695	872700	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5047	NC_008011	TAT	2	6	872733	872738	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5048	NC_008011	T	6	6	872747	872752	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5049	NC_008011	A	6	6	872785	872790	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5050	NC_008011	TTAA	2	8	872798	872805	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5051	NC_008011	ACA	2	6	872850	872855	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5052	NC_008011	AAT	2	6	873873	873878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5053	NC_008011	CCA	2	6	874360	874365	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5054	NC_008011	T	6	6	874379	874384	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5055	NC_008011	CTA	2	6	874385	874390	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5056	NC_008011	TAAA	2	8	874413	874420	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
5057	NC_008011	ATA	2	6	875127	875132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5058	NC_008011	TCT	2	6	875153	875158	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5059	NC_008011	TAA	2	6	875213	875218	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5060	NC_008011	TAC	2	6	875246	875251	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5061	NC_008011	AGA	2	6	875277	875282	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5062	NC_008011	TAA	2	6	875302	875307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5063	NC_008011	GTTACT	2	12	875308	875319	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5064	NC_008011	AT	4	8	875331	875338	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5065	NC_008011	TTAA	2	8	875345	875352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5066	NC_008011	T	6	6	875363	875368	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5067	NC_008011	A	6	6	875375	875380	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5068	NC_008011	CA	3	6	875381	875386	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5069	NC_008011	TAA	2	6	875430	875435	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5070	NC_008011	ATCT	2	8	875459	875466	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5071	NC_008011	TA	3	6	875507	875512	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5072	NC_008011	TAC	2	6	875533	875538	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5073	NC_008011	TTAAT	2	10	875540	875549	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5074	NC_008011	TC	3	6	875570	875575	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5075	NC_008011	TTAA	2	8	875639	875646	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5076	NC_008011	A	6	6	875645	875650	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5077	NC_008011	CTT	2	6	875652	875657	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5078	NC_008011	TAAAA	2	10	875700	875709	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5079	NC_008011	GA	3	6	876549	876554	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5080	NC_008011	TC	3	6	876559	876564	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5081	NC_008011	T	7	7	876574	876580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5082	NC_008011	CTAA	3	12	876605	876616	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5083	NC_008011	T	7	7	876620	876626	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5084	NC_008011	AAT	2	6	876627	876632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5085	NC_008011	ATAAC	2	10	877690	877699	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5086	NC_008011	ATTT	2	8	878751	878758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5087	NC_008011	A	6	6	878771	878776	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5088	NC_008011	TAA	2	6	878828	878833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5089	NC_008011	GGA	2	6	878860	878865	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5090	NC_008011	TAA	2	6	878890	878895	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5091	NC_008011	TTA	2	6	878906	878911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5092	NC_008011	TAA	2	6	879533	879538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5093	NC_008011	T	6	6	879585	879590	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5094	NC_008011	TATCA	2	10	879657	879666	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5095	NC_008011	AT	3	6	879668	879673	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5096	NC_008011	ATCT	2	8	882267	882274	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5097	NC_008011	ATTT	2	8	882288	882295	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5098	NC_008011	ATT	2	6	882297	882302	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5099	NC_008011	A	6	6	882338	882343	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5100	NC_008011	ATCTG	2	10	882392	882401	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
5101	NC_008011	TGCCTT	2	12	882419	882430	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
5102	NC_008011	TAA	2	6	882445	882450	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5103	NC_008011	AGT	2	6	882458	882463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5104	NC_008011	TAT	2	6	883594	883599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5105	NC_008011	TCT	2	6	883611	883616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5106	NC_008011	CT	3	6	883621	883626	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5107	NC_008011	TAA	2	6	885053	885058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5108	NC_008011	AT	4	8	885095	885102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5109	NC_008011	TTA	2	6	885797	885802	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5110	NC_008011	TAG	2	6	885855	885860	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5111	NC_008011	AT	3	6	889208	889213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5112	NC_008011	TAAT	2	8	889214	889221	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5113	NC_008011	ATA	2	6	889227	889232	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5114	NC_008011	AGA	2	6	889236	889241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5115	NC_008011	ATT	2	6	889252	889257	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5116	NC_008011	GA	3	6	889258	889263	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5117	NC_008011	TAA	2	6	889264	889269	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5118	NC_008011	TAA	2	6	889275	889280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5119	NC_008011	ACA	2	6	889317	889322	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5120	NC_008011	TAT	3	9	889326	889334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5121	NC_008011	T	6	6	889339	889344	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5122	NC_008011	AT	3	6	889345	889350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5123	NC_008011	TAA	2	6	889351	889356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5124	NC_008011	ATA	2	6	889359	889364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5125	NC_008011	TATAA	2	10	889376	889385	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
5126	NC_008011	CTTT	2	8	889472	889479	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5127	NC_008011	AAC	2	6	889482	889487	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5128	NC_008011	TCAG	2	8	889522	889529	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5129	NC_008011	TTG	2	6	889549	889554	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5130	NC_008011	ATTA	2	8	892020	892027	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5131	NC_008011	CTAT	2	8	892036	892043	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5132	NC_008011	TC	3	6	892044	892049	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5133	NC_008011	TA	3	6	892059	892064	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5134	NC_008011	AAC	2	6	892072	892077	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5135	NC_008011	AT	3	6	892112	892117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5136	NC_008011	T	6	6	892121	892126	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5137	NC_008011	TTTA	2	8	892159	892166	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
5138	NC_008011	ACA	2	6	893038	893043	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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5140	NC_008011	TATT	2	8	893074	893081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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