MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 8162

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008011	TAA	2	6	25	30	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008011	A	7	7	29	35	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008011	AGAT	2	8	40	47	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008011	TATAG	2	10	54	63	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008011	AT	3	6	70	75	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008011	TTA	2	6	122	127	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_008011	A	6	6	142	147	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008011	AT	4	8	151	158	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008011	TAA	2	6	163	168	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008011	CTT	2	6	169	174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008011	AT	3	6	203	208	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008011	TAAT	2	8	233	240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008011	A	6	6	241	246	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008011	TAAA	2	8	248	255	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008011	AT	3	6	259	264	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008011	T	9	9	332	340	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008011	TA	3	6	1806	1811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008011	AGA	2	6	2922	2927	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008011	TAAT	2	8	2949	2956	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008011	GT	3	6	2960	2965	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008011	TTA	2	6	2980	2985	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008011	ATT	2	6	3008	3013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008011	TTA	2	6	3049	3054	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008011	TA	3	6	3066	3071	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008011	GTA	2	6	3090	3095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008011	TAC	2	6	3105	3110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_008011	GAA	2	6	3445	3450	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008011	TTA	2	6	4216	4221	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008011	TAT	2	6	4236	4241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008011	TA	3	6	4247	4252	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008011	ATT	2	6	4269	4274	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008011	CTC	2	6	4304	4309	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_008011	T	6	6	4314	4319	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008011	ACA	2	6	4320	4325	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008011	TAA	2	6	4897	4902	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008011	TAT	2	6	4910	4915	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008011	ATT	2	6	4919	4924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_008011	T	6	6	5234	5239	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008011	TTAGT	2	10	5248	5257	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008011	A	6	6	5267	5272	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008011	CTT	2	6	5310	5315	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_008011	T	6	6	5322	5327	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008011	TAAAT	2	10	5347	5356	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008011	ATT	2	6	5360	5365	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008011	ATT	2	6	5374	5379	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008011	ATT	2	6	5407	5412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008011	T	6	6	5411	5416	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008011	TATT	2	8	5429	5436	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008011	A	6	6	5449	5454	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008011	TA	3	6	5480	5485	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008011	TAA	2	6	5528	5533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008011	TAA	2	6	7190	7195	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008011	T	6	6	7240	7245	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008011	CTCTAC	2	12	7263	7274	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_008011	TTAT	2	8	7293	7300	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008011	GAA	2	6	7399	7404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008011	TCT	2	6	7459	7464	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008011	TAA	2	6	7500	7505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008011	ATAC	2	8	7522	7529	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_008011	TAT	2	6	7540	7545	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008011	A	6	6	7563	7568	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008011	TAAA	2	8	7570	7577	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008011	AAT	2	6	7582	7587	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008011	TAT	2	6	7594	7599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_008011	GAG	2	6	7611	7616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008011	TA	3	6	7651	7656	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008011	TTAT	2	8	7657	7664	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008011	AAC	2	6	7917	7922	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_008011	T	7	7	7936	7942	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008011	TAA	3	9	8973	8981	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008011	ATT	2	6	8988	8993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_008011	TAA	2	6	8996	9001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008011	TAG	2	6	9091	9096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008011	CAC	2	6	9166	9171	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
75	NC_008011	ATATTA	2	12	9176	9187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008011	GAA	2	6	9198	9203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008011	TAT	2	6	9220	9225	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008011	A	6	6	9269	9274	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008011	TAA	2	6	9337	9342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_008011	T	6	6	9473	9478	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_008011	CCA	2	6	9490	9495	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_008011	T	6	6	9524	9529	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008011	TAT	2	6	9563	9568	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008011	ATA	2	6	13586	13591	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008011	TAAC	2	8	13595	13602	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_008011	TATCT	2	10	13613	13622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_008011	ATA	2	6	13652	13657	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_008011	TA	3	6	13656	13661	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008011	TAG	2	6	13668	13673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008011	T	6	6	13687	13692	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008011	TCT	2	6	13697	13702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008011	AGA	2	6	13708	13713	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_008011	TAT	2	6	13719	13724	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008011	A	6	6	13734	13739	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008011	ATT	2	6	13742	13747	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008011	AT	3	6	13772	13777	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008011	T	6	6	13785	13790	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008011	AAT	2	6	13803	13808	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008011	ATA	2	6	13822	13827	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008011	TCTA	2	8	13837	13844	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_008011	TA	3	6	13846	13851	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_008011	ATTT	2	8	13867	13874	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008011	TAA	2	6	13887	13892	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008011	TAA	3	9	13911	13919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008011	A	6	6	13918	13923	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_008011	TAGCT	2	10	13961	13970	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_008011	TAA	3	9	13987	13995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008011	TAGT	2	8	14001	14008	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_008011	TTTG	2	8	14031	14038	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008011	T	7	7	14060	14066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008011	ATA	2	6	14072	14077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008011	TAT	2	6	14097	14102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008011	TAT	2	6	14161	14166	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008011	T	8	8	14206	14213	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_008011	T	7	7	14220	14226	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008011	AGA	2	6	14272	14277	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008011	T	6	6	14292	14297	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008011	TGGTTT	2	12	14359	14370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_008011	GGA	2	6	14380	14385	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008011	GCT	2	6	14399	14404	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008011	TGG	2	6	14431	14436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008011	CAC	2	6	14481	14486	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_008011	A	7	7	14504	14510	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008011	T	7	7	14535	14541	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008011	GTG	2	6	14559	14564	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008011	TAG	2	6	14571	14576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008011	TAT	5	15	14593	14607	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_008011	TTC	2	6	14658	14663	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008011	TA	3	6	14671	14676	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008011	ATT	2	6	14681	14686	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008011	TCT	2	6	14730	14735	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_008011	T	6	6	14750	14755	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008011	AGAA	2	8	16827	16834	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008011	T	6	6	17378	17383	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008011	T	6	6	17402	17407	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008011	TATT	2	8	17470	17477	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008011	CTAT	2	8	17492	17499	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_008011	AT	3	6	17505	17510	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008011	AAAG	2	8	17531	17538	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
140	NC_008011	TAG	2	6	17544	17549	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008011	ATA	2	6	17559	17564	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008011	TAAA	2	8	17575	17582	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008011	AGT	2	6	17598	17603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008011	TAGTAA	2	12	19159	19170	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_008011	ACATAA	2	12	19186	19197	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
146	NC_008011	ACA	2	6	19252	19257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_008011	TAGA	2	8	19293	19300	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008011	TGT	2	6	19357	19362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
149	NC_008011	CTA	2	6	20705	20710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_008011	T	6	6	20717	20722	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_008011	AGT	2	6	20787	20792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_008011	TAA	2	6	20807	20812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_008011	ATG	2	6	20817	20822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_008011	TTTA	2	8	20883	20890	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_008011	TAA	3	9	20897	20905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_008011	ATAAA	2	10	20909	20918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_008011	TTA	2	6	20919	20924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_008011	TA	3	6	20932	20937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_008011	TATG	2	8	20953	20960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
160	NC_008011	TA	3	6	24452	24457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_008011	CAGTT	2	10	24458	24467	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
162	NC_008011	TTA	2	6	24469	24474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_008011	TA	3	6	29952	29957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_008011	TAAAA	2	10	30069	30078	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_008011	A	6	6	30075	30080	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
178	NC_008011	TAC	2	6	30116	30121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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181	NC_008011	TAA	2	6	31189	31194	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
182	NC_008011	A	6	6	31198	31203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_008011	TTA	2	6	32782	32787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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189	NC_008011	ATT	2	6	32864	32869	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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290	NC_008011	TAAT	3	12	47636	47647	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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