MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 plasmid 3

Total Repeats: 4244

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008014	ATT	2	6	532	537	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
2	NC_008014	TTC	2	6	539	544	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972399
3	NC_008014	TCA	2	6	576	581	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
4	NC_008014	AAG	2	6	607	612	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
5	NC_008014	AAG	2	6	709	714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
6	NC_008014	TTA	2	6	717	722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
7	NC_008014	TTATT	2	10	736	745	20 %	80 %	0 %	0 %	94972399
8	NC_008014	ATG	2	6	763	768	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
9	NC_008014	CTA	2	6	778	783	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
10	NC_008014	TCA	2	6	839	844	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
11	NC_008014	TAT	2	6	920	925	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972399
12	NC_008014	T	7	7	941	947	0 %	100 %	0 %	0 %	94972399
13	NC_008014	TAG	2	6	955	960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
14	NC_008014	ATCT	2	8	1039	1046	25 %	50 %	0 %	25 %	94972399
15	NC_008014	GAT	2	6	1088	1093	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972399
16	NC_008014	CAT	2	6	1105	1110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972399
17	NC_008014	GTT	2	6	1136	1141	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972399
18	NC_008014	AGA	2	6	1160	1165	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972399
19	NC_008014	A	7	7	1406	1412	100 %	0 %	0 %	0 %	94972399
20	NC_008014	CTG	2	6	1585	1590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972399
21	NC_008014	AGA	2	6	2683	2688	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
22	NC_008014	TCT	2	6	2729	2734	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972400
23	NC_008014	CAT	2	6	2735	2740	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972400
24	NC_008014	CA	3	6	2771	2776	50 %	0 %	0 %	50 %	94972400
25	NC_008014	AAG	2	6	2826	2831	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
26	NC_008014	A	8	8	2884	2891	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
27	NC_008014	ACA	2	6	2908	2913	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
28	NC_008014	AT	3	6	2993	2998	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
29	NC_008014	ACA	3	9	3004	3012	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
30	NC_008014	GGA	2	6	3065	3070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94972400
31	NC_008014	AT	3	6	3077	3082	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
32	NC_008014	ATT	2	6	3085	3090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972400
33	NC_008014	CAC	2	6	3120	3125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972400
34	NC_008014	A	6	6	3161	3166	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
35	NC_008014	TGA	2	6	3193	3198	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972400
36	NC_008014	TA	3	6	3201	3206	50 %	50 %	0 %	0 %	94972400
37	NC_008014	A	6	6	3308	3313	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
38	NC_008014	ACA	2	6	3319	3324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972400
39	NC_008014	A	7	7	3431	3437	100 %	0 %	0 %	0 %	94972400
40	NC_008014	AGA	2	6	3493	3498	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972400
41	NC_008014	TG	3	6	3533	3538	0 %	50 %	50 %	0 %	94972400
42	NC_008014	TGG	3	9	3804	3812	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972401
43	NC_008014	TTG	2	6	3866	3871	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
44	NC_008014	TAGA	2	8	3881	3888	50 %	25 %	25 %	0 %	94972401
45	NC_008014	TCA	2	6	3989	3994	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972401
46	NC_008014	A	8	8	3994	4001	100 %	0 %	0 %	0 %	94972401
47	NC_008014	ATTC	2	8	4015	4022	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
48	NC_008014	TTA	2	6	4054	4059	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972401
49	NC_008014	TG	3	6	4081	4086	0 %	50 %	50 %	0 %	94972401
50	NC_008014	CAG	2	6	4121	4126	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972401
51	NC_008014	TTG	2	6	4187	4192	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
52	NC_008014	AATT	2	8	4229	4236	50 %	50 %	0 %	0 %	94972401
53	NC_008014	CTTA	2	8	4249	4256	25 %	50 %	0 %	25 %	94972401
54	NC_008014	GTT	2	6	4270	4275	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972401
55	NC_008014	A	6	6	4283	4288	100 %	0 %	0 %	0 %	94972401
56	NC_008014	ATT	2	6	4321	4326	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972401
57	NC_008014	AGA	2	6	4392	4397	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
58	NC_008014	ACA	2	6	4398	4403	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
59	NC_008014	GAA	2	6	4459	4464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
60	NC_008014	CT	3	6	4516	4521	0 %	50 %	0 %	50 %	94972401
61	NC_008014	GT	3	6	4589	4594	0 %	50 %	50 %	0 %	94972401
62	NC_008014	GAA	2	6	4666	4671	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972401
63	NC_008014	AAT	2	6	4693	4698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94972401
64	NC_008014	GCT	2	6	4768	4773	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972401
65	NC_008014	ACA	2	6	4803	4808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
66	NC_008014	CTT	2	6	4828	4833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972401
67	NC_008014	ATG	2	6	4835	4840	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972401
68	NC_008014	ACA	2	6	4851	4856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972401
69	NC_008014	TCTT	2	8	4860	4867	0 %	75 %	0 %	25 %	94972401
70	NC_008014	AAC	2	6	5209	5214	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972402
71	NC_008014	TTC	3	9	5261	5269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972402
72	NC_008014	CAA	2	6	5301	5306	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972402
73	NC_008014	AGA	2	6	5422	5427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972402
74	NC_008014	CCA	2	6	5448	5453	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972402
75	NC_008014	TAT	2	6	5520	5525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972402
76	NC_008014	ATTG	2	8	5571	5578	25 %	50 %	25 %	0 %	94972402
77	NC_008014	CA	3	6	5602	5607	50 %	0 %	0 %	50 %	94972402
78	NC_008014	T	6	6	5851	5856	0 %	100 %	0 %	0 %	94972403
79	NC_008014	TCC	2	6	6014	6019	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94972403
80	NC_008014	GTG	2	6	6031	6036	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972403
81	NC_008014	TGT	2	6	6044	6049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972403
82	NC_008014	TTCC	2	8	6128	6135	0 %	50 %	0 %	50 %	94972403
83	NC_008014	TTC	2	6	6169	6174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972403
84	NC_008014	TAT	2	6	6176	6181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972403
85	NC_008014	GCT	2	6	6189	6194	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94972403
86	NC_008014	ATC	2	6	6201	6206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972403
87	NC_008014	TG	3	6	6210	6215	0 %	50 %	50 %	0 %	94972403
88	NC_008014	T	7	7	6223	6229	0 %	100 %	0 %	0 %	94972403
89	NC_008014	TTTTA	2	10	6238	6247	20 %	80 %	0 %	0 %	94972403
90	NC_008014	TATAA	2	10	6249	6258	60 %	40 %	0 %	0 %	94972403
91	NC_008014	T	8	8	6295	6302	0 %	100 %	0 %	0 %	94972403
92	NC_008014	CTAT	2	8	6305	6312	25 %	50 %	0 %	25 %	94972403
93	NC_008014	TAT	3	9	6383	6391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972403
94	NC_008014	CTT	2	6	6445	6450	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972403
95	NC_008014	TCTT	2	8	6460	6467	0 %	75 %	0 %	25 %	94972403
96	NC_008014	TA	3	6	6483	6488	50 %	50 %	0 %	0 %	94972403
97	NC_008014	AAC	2	6	6517	6522	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972403
98	NC_008014	AGA	2	6	6545	6550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972403
99	NC_008014	AT	3	6	6553	6558	50 %	50 %	0 %	0 %	94972403
100	NC_008014	T	6	6	6558	6563	0 %	100 %	0 %	0 %	94972403
101	NC_008014	TA	4	8	6596	6603	50 %	50 %	0 %	0 %	94972403
102	NC_008014	TAT	2	6	6850	6855	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972404
103	NC_008014	ATT	2	6	6938	6943	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972404
104	NC_008014	GAC	2	6	6947	6952	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972404
105	NC_008014	ACA	2	6	7021	7026	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972404
106	NC_008014	CAA	2	6	7053	7058	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972404
107	NC_008014	TA	3	6	7094	7099	50 %	50 %	0 %	0 %	94972404
108	NC_008014	TGA	2	6	7114	7119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972404
109	NC_008014	TGT	2	6	7180	7185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94972404
110	NC_008014	TTTA	2	8	7294	7301	25 %	75 %	0 %	0 %	94972404
111	NC_008014	TAATT	2	10	7321	7330	40 %	60 %	0 %	0 %	94972404
112	NC_008014	TTC	2	6	7347	7352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94972404
113	NC_008014	A	7	7	7354	7360	100 %	0 %	0 %	0 %	94972404
114	NC_008014	ACC	2	6	7387	7392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94972404
115	NC_008014	ATT	2	6	7410	7415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94972404
116	NC_008014	CATC	2	8	7487	7494	25 %	25 %	0 %	50 %	94972404
117	NC_008014	A	6	6	7526	7531	100 %	0 %	0 %	0 %	94972404
118	NC_008014	TCTA	2	8	7545	7552	25 %	50 %	0 %	25 %	94972404
119	NC_008014	TG	3	6	7555	7560	0 %	50 %	50 %	0 %	94972404
120	NC_008014	TA	3	6	7613	7618	50 %	50 %	0 %	0 %	94972404
121	NC_008014	TA	3	6	7629	7634	50 %	50 %	0 %	0 %	94972404
122	NC_008014	ATTT	2	8	7663	7670	25 %	75 %	0 %	0 %	94972404
123	NC_008014	GTA	2	6	7717	7722	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972404
124	NC_008014	AT	3	6	7832	7837	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
125	NC_008014	TA	3	6	7842	7847	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
126	NC_008014	A	7	7	7856	7862	100 %	0 %	0 %	0 %	94972405
127	NC_008014	T	6	6	7863	7868	0 %	100 %	0 %	0 %	94972405
128	NC_008014	TA	4	8	7871	7878	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
129	NC_008014	A	6	6	7878	7883	100 %	0 %	0 %	0 %	94972405
130	NC_008014	AGC	3	9	7895	7903	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972405
131	NC_008014	TAC	2	6	8009	8014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
132	NC_008014	TCA	2	6	8051	8056	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
133	NC_008014	ATG	2	6	8068	8073	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94972405
134	NC_008014	TGG	2	6	8076	8081	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94972405
135	NC_008014	TGTC	2	8	8108	8115	0 %	50 %	25 %	25 %	94972405
136	NC_008014	ACA	2	6	8228	8233	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94972405
137	NC_008014	TCA	2	6	8255	8260	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
138	NC_008014	AGA	2	6	8423	8428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94972405
139	NC_008014	AT	3	6	8477	8482	50 %	50 %	0 %	0 %	94972405
140	NC_008014	CAT	2	6	8521	8526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94972405
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275	NC_008014	AGC	2	6	14227	14232	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94972407
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278	NC_008014	AGCCA	2	10	14389	14398	40 %	0 %	20 %	40 %	94972407
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284	NC_008014	TAAA	2	8	14574	14581	75 %	25 %	0 %	0 %	94972408
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402	NC_008014	T	6	6	19770	19775	0 %	100 %	0 %	0 %	94972412
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