MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lawsonia intracellularis N343 plasmid 3

Total Repeats: 5701

< Previous123456789101112Next >

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
5501	NC_020130	TAT	2	6	187209	187214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556627
5502	NC_020130	TGA	2	6	187298	187303	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556627
5503	NC_020130	T	7	7	187343	187349	0 %	100 %	0 %	0 %	442556627
5504	NC_020130	TAT	2	6	187413	187418	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556627
5505	NC_020130	AAC	2	6	187419	187424	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556627
5506	NC_020130	A	6	6	187458	187463	100 %	0 %	0 %	0 %	442556627
5507	NC_020130	T	7	7	187529	187535	0 %	100 %	0 %	0 %	442556627
5508	NC_020130	TTA	2	6	187582	187587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556627
5509	NC_020130	GTAT	2	8	187588	187595	25 %	50 %	25 %	0 %	442556627
5510	NC_020130	GA	3	6	187615	187620	50 %	0 %	50 %	0 %	442556627
5511	NC_020130	CA	8	16	187638	187653	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
5512	NC_020130	CT	8	16	187654	187669	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5513	NC_020130	T	8	8	187692	187699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5514	NC_020130	TCT	2	6	187704	187709	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5515	NC_020130	TAT	2	6	187773	187778	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5516	NC_020130	TAT	2	6	187785	187790	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5517	NC_020130	AGA	2	6	187836	187841	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5518	NC_020130	TAA	2	6	187858	187863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5519	NC_020130	TTTTA	2	10	187870	187879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5520	NC_020130	TTA	2	6	187924	187929	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5521	NC_020130	T	8	8	187945	187952	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5522	NC_020130	A	7	7	187967	187973	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5523	NC_020130	AGCA	2	8	187993	188000	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
5524	NC_020130	TAT	2	6	188008	188013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5525	NC_020130	AT	3	6	188026	188031	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5526	NC_020130	AT	3	6	188051	188056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5527	NC_020130	TAT	2	6	188075	188080	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5528	NC_020130	AT	3	6	188083	188088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5529	NC_020130	TA	3	6	188089	188094	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5530	NC_020130	T	6	6	188118	188123	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5531	NC_020130	CT	3	6	188176	188181	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5532	NC_020130	TA	3	6	188182	188187	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5533	NC_020130	TTG	2	6	188201	188206	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5534	NC_020130	ACT	2	6	188207	188212	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5535	NC_020130	T	7	7	188308	188314	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5536	NC_020130	T	6	6	188347	188352	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5537	NC_020130	ACT	2	6	188353	188358	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5538	NC_020130	T	7	7	188445	188451	0 %	100 %	0 %	0 %	442556628
5539	NC_020130	AAC	2	6	188489	188494	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556628
5540	NC_020130	AAC	2	6	188513	188518	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556628
5541	NC_020130	GTT	2	6	188530	188535	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556628
5542	NC_020130	GAA	2	6	188545	188550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556628
5543	NC_020130	TCAT	2	8	188565	188572	25 %	50 %	0 %	25 %	442556628
5544	NC_020130	ATT	2	6	188620	188625	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556628
5545	NC_020130	A	6	6	188689	188694	100 %	0 %	0 %	0 %	442556628
5546	NC_020130	A	6	6	188810	188815	100 %	0 %	0 %	0 %	442556628
5547	NC_020130	TAA	2	6	188925	188930	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556628
5548	NC_020130	AGC	2	6	188937	188942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556628
5549	NC_020130	ATA	2	6	188984	188989	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556628
5550	NC_020130	TA	3	6	189095	189100	50 %	50 %	0 %	0 %	442556628
5551	NC_020130	GCA	2	6	189139	189144	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556628
5552	NC_020130	AGA	2	6	189249	189254	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556628
5553	NC_020130	A	7	7	189287	189293	100 %	0 %	0 %	0 %	442556628
5554	NC_020130	GA	3	6	189319	189324	50 %	0 %	50 %	0 %	442556628
5555	NC_020130	TATT	2	8	189326	189333	25 %	75 %	0 %	0 %	442556628
5556	NC_020130	TGA	2	6	189369	189374	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556628
5557	NC_020130	CATGT	2	10	189437	189446	20 %	40 %	20 %	20 %	442556628
5558	NC_020130	AAGA	2	8	189490	189497	75 %	0 %	25 %	0 %	442556628
5559	NC_020130	TGA	2	6	189531	189536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556628
5560	NC_020130	ATG	2	6	189632	189637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556628
5561	NC_020130	TATC	2	8	189678	189685	25 %	50 %	0 %	25 %	442556628
5562	NC_020130	AAT	2	6	189794	189799	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556628
5563	NC_020130	TA	4	8	189814	189821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5564	NC_020130	A	6	6	189821	189826	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5565	NC_020130	T	6	6	189844	189849	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5566	NC_020130	GTT	2	6	189858	189863	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5567	NC_020130	AGT	2	6	189864	189869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5568	NC_020130	AAT	2	6	189870	189875	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5569	NC_020130	TAAT	2	8	189910	189917	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5570	NC_020130	TAA	2	6	189967	189972	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5571	NC_020130	AAT	2	6	189986	189991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5572	NC_020130	TA	3	6	190042	190047	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5573	NC_020130	TAG	2	6	190055	190060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5574	NC_020130	TAAAG	2	10	190061	190070	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5575	NC_020130	AGA	2	6	190089	190094	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5576	NC_020130	GA	4	8	190093	190100	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5577	NC_020130	ATG	2	6	190118	190123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5578	NC_020130	TTA	2	6	190136	190141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5579	NC_020130	AAT	2	6	190158	190163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5580	NC_020130	TA	3	6	190186	190191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5581	NC_020130	TA	3	6	190213	190218	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5582	NC_020130	AGT	2	6	190233	190238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5583	NC_020130	TCTA	2	8	190241	190248	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5584	NC_020130	TTCTT	2	10	190289	190298	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
5585	NC_020130	CTT	2	6	190319	190324	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5586	NC_020130	TTTCA	2	10	190358	190367	20 %	60 %	0 %	20 %	442556629
5587	NC_020130	GATT	2	8	190479	190486	25 %	50 %	25 %	0 %	442556629
5588	NC_020130	TCT	2	6	190491	190496	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5589	NC_020130	TTC	2	6	190511	190516	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5590	NC_020130	CTGA	2	8	190591	190598	25 %	25 %	25 %	25 %	442556629
5591	NC_020130	AGT	2	6	190703	190708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556629
5592	NC_020130	T	6	6	190720	190725	0 %	100 %	0 %	0 %	442556629
5593	NC_020130	TCA	2	6	190743	190748	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556629
5594	NC_020130	CAA	2	6	190750	190755	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556629
5595	NC_020130	AGC	2	6	190787	190792	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556629
5596	NC_020130	GCA	2	6	190800	190805	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556629
5597	NC_020130	GATT	2	8	190917	190924	25 %	50 %	25 %	0 %	442556629
5598	NC_020130	GAA	2	6	190998	191003	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556629
5599	NC_020130	TGT	2	6	191045	191050	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556629
5600	NC_020130	TTC	2	6	191057	191062	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5601	NC_020130	GCT	2	6	191091	191096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556629
5602	NC_020130	CAC	2	6	191107	191112	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	442556629
5603	NC_020130	TTC	2	6	191120	191125	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5604	NC_020130	GAA	2	6	191154	191159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556629
5605	NC_020130	CTG	3	9	191188	191196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556629
5606	NC_020130	CTT	2	6	191239	191244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5607	NC_020130	CTT	4	12	191269	191280	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5608	NC_020130	TGT	2	6	191301	191306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556629
5609	NC_020130	AG	3	6	191331	191336	50 %	0 %	50 %	0 %	442556629
5610	NC_020130	TCG	2	6	191376	191381	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556629
5611	NC_020130	CTG	2	6	191416	191421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556629
5612	NC_020130	GTT	2	6	191442	191447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556629
5613	NC_020130	AATG	2	8	191480	191487	50 %	25 %	25 %	0 %	442556629
5614	NC_020130	AAG	3	9	191504	191512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556629
5615	NC_020130	TAA	3	9	191521	191529	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556629
5616	NC_020130	GT	3	6	191557	191562	0 %	50 %	50 %	0 %	442556629
5617	NC_020130	GA	3	6	191592	191597	50 %	0 %	50 %	0 %	442556629
5618	NC_020130	AATCTA	2	12	191656	191667	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	442556629
5619	NC_020130	CTTTG	2	10	191668	191677	0 %	60 %	20 %	20 %	442556629
5620	NC_020130	T	6	6	191697	191702	0 %	100 %	0 %	0 %	442556629
5621	NC_020130	TA	3	6	191713	191718	50 %	50 %	0 %	0 %	442556629
5622	NC_020130	TCT	2	6	191760	191765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5623	NC_020130	ATAG	2	8	191787	191794	50 %	25 %	25 %	0 %	442556629
5624	NC_020130	TCA	2	6	191808	191813	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556629
5625	NC_020130	T	7	7	191827	191833	0 %	100 %	0 %	0 %	442556629
5626	NC_020130	CAT	2	6	191897	191902	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556629
5627	NC_020130	TCA	2	6	191940	191945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556629
5628	NC_020130	ATT	2	6	191964	191969	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556629
5629	NC_020130	TTC	2	6	192029	192034	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5630	NC_020130	T	6	6	192063	192068	0 %	100 %	0 %	0 %	442556629
5631	NC_020130	CAT	2	6	192076	192081	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	442556629
5632	NC_020130	T	6	6	192155	192160	0 %	100 %	0 %	0 %	442556629
5633	NC_020130	TCT	2	6	192216	192221	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5634	NC_020130	ATA	2	6	192251	192256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556629
5635	NC_020130	CTT	2	6	192262	192267	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	442556629
5636	NC_020130	CTTAT	2	10	192417	192426	20 %	60 %	0 %	20 %	442556629
5637	NC_020130	TAT	2	6	192454	192459	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5638	NC_020130	T	6	6	192479	192484	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5639	NC_020130	AT	3	6	192567	192572	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5640	NC_020130	TTA	2	6	192584	192589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5641	NC_020130	T	7	7	192594	192600	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5642	NC_020130	A	6	6	192604	192609	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5643	NC_020130	TAT	2	6	192610	192615	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5644	NC_020130	TA	3	6	192617	192622	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5645	NC_020130	ATA	2	6	192627	192632	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5646	NC_020130	T	6	6	192642	192647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5647	NC_020130	A	7	7	192656	192662	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5648	NC_020130	TAA	2	6	192667	192672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5649	NC_020130	TA	3	6	192679	192684	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5650	NC_020130	TA	3	6	192694	192699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5651	NC_020130	AT	3	6	192708	192713	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5652	NC_020130	T	7	7	192726	192732	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5653	NC_020130	A	6	6	192738	192743	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5654	NC_020130	AAT	2	6	192811	192816	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5655	NC_020130	T	6	6	192868	192873	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5656	NC_020130	A	6	6	192900	192905	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5657	NC_020130	TA	3	6	192918	192923	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5658	NC_020130	TTG	2	6	192946	192951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5659	NC_020130	AG	3	6	192966	192971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5660	NC_020130	CGG	2	6	193038	193043	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	442556630
5661	NC_020130	AGAC	2	8	193049	193056	50 %	0 %	25 %	25 %	442556630
5662	NC_020130	AG	3	6	193106	193111	50 %	0 %	50 %	0 %	442556630
5663	NC_020130	CAA	2	6	193136	193141	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556630
5664	NC_020130	ATG	2	6	193146	193151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556630
5665	NC_020130	T	6	6	193153	193158	0 %	100 %	0 %	0 %	442556630
5666	NC_020130	AG	3	6	193195	193200	50 %	0 %	50 %	0 %	442556630
5667	NC_020130	GCA	2	6	193236	193241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	442556631
5668	NC_020130	TAT	2	6	193304	193309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556631
5669	NC_020130	TTTTCG	2	12	193367	193378	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	442556631
5670	NC_020130	ATA	2	6	193420	193425	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556631
5671	NC_020130	TCT	2	6	193543	193548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5672	NC_020130	T	7	7	193578	193584	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5673	NC_020130	TAT	2	6	193609	193614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5674	NC_020130	AG	4	8	193616	193623	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5675	NC_020130	TAT	3	9	193652	193660	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5676	NC_020130	TAAT	2	8	193665	193672	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5677	NC_020130	ATTA	2	8	193694	193701	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5678	NC_020130	A	6	6	193764	193769	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5679	NC_020130	ATT	2	6	193777	193782	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5680	NC_020130	T	7	7	193808	193814	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
5681	NC_020130	AGA	2	6	193823	193828	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5682	NC_020130	TA	6	12	193866	193877	50 %	50 %	0 %	0 %	442556632
5683	NC_020130	T	6	6	193899	193904	0 %	100 %	0 %	0 %	442556632
5684	NC_020130	AGA	2	6	193920	193925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	442556632
5685	NC_020130	GTT	2	6	193933	193938	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556632
5686	NC_020130	T	7	7	194072	194078	0 %	100 %	0 %	0 %	442556632
5687	NC_020130	TTG	3	9	194108	194116	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	442556632
5688	NC_020130	CTG	2	6	194143	194148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	442556632
5689	NC_020130	TAT	2	6	194170	194175	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	442556632
5690	NC_020130	TTCT	2	8	194228	194235	0 %	75 %	0 %	25 %	442556632
5691	NC_020130	CAA	2	6	194266	194271	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	442556632
5692	NC_020130	T	6	6	194272	194277	0 %	100 %	0 %	0 %	442556632
5693	NC_020130	AAT	2	6	194289	194294	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	442556632
5694	NC_020130	A	6	6	194300	194305	100 %	0 %	0 %	0 %	442556632
5695	NC_020130	TGA	2	6	194363	194368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	442556632
5696	NC_020130	TGAA	2	8	194416	194423	50 %	25 %	25 %	0 %	442556632
5697	NC_020130	A	6	6	194433	194438	100 %	0 %	0 %	0 %	442556632
5698	NC_020130	AGA	2	6	194528	194533	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5699	NC_020130	ATA	2	6	194539	194544	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5700	NC_020130	TAAC	2	8	194545	194552	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
5701	NC_020130	CTTAT	2	10	194577	194586	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

< Previous123456789101112Next >

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.