MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 chromosome

Total Repeats: 39125

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_008011	AGT	2	6	17598	17603	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
502	NC_008011	A	8	8	17621	17628	100 %	0 %	0 %	0 %	94986461
503	NC_008011	GA	3	6	17640	17645	50 %	0 %	50 %	0 %	94986461
504	NC_008011	TA	3	6	17708	17713	50 %	50 %	0 %	0 %	94986461
505	NC_008011	TAAA	2	8	17715	17722	75 %	25 %	0 %	0 %	94986461
506	NC_008011	A	6	6	17720	17725	100 %	0 %	0 %	0 %	94986461
507	NC_008011	CAT	2	6	17732	17737	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986461
508	NC_008011	ATT	2	6	17806	17811	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986461
509	NC_008011	TAA	2	6	17826	17831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986461
510	NC_008011	TC	3	6	17845	17850	0 %	50 %	0 %	50 %	94986461
511	NC_008011	GTT	2	6	17891	17896	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986461
512	NC_008011	GCA	2	6	17900	17905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986461
513	NC_008011	AGC	2	6	17917	17922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986461
514	NC_008011	AAG	2	6	17923	17928	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986461
515	NC_008011	GGT	2	6	17931	17936	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986461
516	NC_008011	GCT	2	6	17948	17953	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986461
517	NC_008011	GAG	2	6	17992	17997	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	94986461
518	NC_008011	A	6	6	18020	18025	100 %	0 %	0 %	0 %	94986461
519	NC_008011	ATT	2	6	18044	18049	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986461
520	NC_008011	ATT	2	6	18094	18099	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986461
521	NC_008011	AGA	2	6	18112	18117	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986461
522	NC_008011	TTAT	2	8	18120	18127	25 %	75 %	0 %	0 %	94986461
523	NC_008011	GGT	2	6	18254	18259	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986461
524	NC_008011	CAT	2	6	18294	18299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986461
525	NC_008011	TGG	2	6	18371	18376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986461
526	NC_008011	A	6	6	18377	18382	100 %	0 %	0 %	0 %	94986461
527	NC_008011	TAAT	2	8	18392	18399	50 %	50 %	0 %	0 %	94986461
528	NC_008011	TAA	2	6	18464	18469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986462
529	NC_008011	TGA	2	6	18473	18478	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986462
530	NC_008011	CTG	2	6	18483	18488	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986462
531	NC_008011	TCA	2	6	18497	18502	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986462
532	NC_008011	TCA	2	6	18509	18514	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986462
533	NC_008011	ATA	2	6	18530	18535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986462
534	NC_008011	TAA	2	6	18608	18613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986462
535	NC_008011	TA	3	6	18615	18620	50 %	50 %	0 %	0 %	94986462
536	NC_008011	GTT	2	6	18636	18641	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986462
537	NC_008011	TCC	2	6	18673	18678	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94986462
538	NC_008011	CTG	2	6	18798	18803	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986462
539	NC_008011	T	6	6	18841	18846	0 %	100 %	0 %	0 %	94986462
540	NC_008011	CAG	2	6	18882	18887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986462
541	NC_008011	CAA	2	6	18990	18995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986462
542	NC_008011	AATA	2	8	19008	19015	75 %	25 %	0 %	0 %	94986462
543	NC_008011	CCA	2	6	19022	19027	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986462
544	NC_008011	TAGTAA	2	12	19159	19170	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
545	NC_008011	ACATAA	2	12	19186	19197	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
546	NC_008011	ACA	2	6	19252	19257	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
547	NC_008011	TAGA	2	8	19293	19300	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
548	NC_008011	TGT	2	6	19357	19362	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
549	NC_008011	CAGTAC	2	12	19406	19417	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	94986463
550	NC_008011	ACTT	2	8	19425	19432	25 %	50 %	0 %	25 %	94986463
551	NC_008011	TCA	2	6	19441	19446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986463
552	NC_008011	TG	3	6	19594	19599	0 %	50 %	50 %	0 %	94986463
553	NC_008011	ATA	2	6	19615	19620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986463
554	NC_008011	AAC	2	6	19674	19679	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986463
555	NC_008011	GTT	2	6	19685	19690	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986463
556	NC_008011	AT	3	6	19713	19718	50 %	50 %	0 %	0 %	94986463
557	NC_008011	CCAT	2	8	19762	19769	25 %	25 %	0 %	50 %	94986463
558	NC_008011	TTG	2	6	19847	19852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986463
559	NC_008011	CTG	2	6	19859	19864	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986463
560	NC_008011	TAA	2	6	19946	19951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986463
561	NC_008011	AACAT	2	10	19956	19965	60 %	20 %	0 %	20 %	94986463
562	NC_008011	AAT	2	6	19966	19971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986463
563	NC_008011	TAAG	2	8	19989	19996	50 %	25 %	25 %	0 %	94986463
564	NC_008011	TG	3	6	20041	20046	0 %	50 %	50 %	0 %	94986463
565	NC_008011	CAT	2	6	20091	20096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986463
566	NC_008011	TAA	2	6	20270	20275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986463
567	NC_008011	TGG	2	6	20292	20297	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	94986463
568	NC_008011	GTA	2	6	20317	20322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986463
569	NC_008011	GAAA	2	8	20354	20361	75 %	0 %	25 %	0 %	94986463
570	NC_008011	AGT	2	6	20408	20413	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986463
571	NC_008011	CAA	2	6	20477	20482	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986463
572	NC_008011	TAG	2	6	20483	20488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986463
573	NC_008011	AAT	2	6	20530	20535	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986463
574	NC_008011	ATA	2	6	20593	20598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986463
575	NC_008011	A	6	6	20604	20609	100 %	0 %	0 %	0 %	94986463
576	NC_008011	AAT	2	6	20613	20618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986463
577	NC_008011	AT	3	6	20659	20664	50 %	50 %	0 %	0 %	94986463
578	NC_008011	CTA	2	6	20705	20710	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
579	NC_008011	T	6	6	20717	20722	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
580	NC_008011	AGT	2	6	20787	20792	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
581	NC_008011	TAA	2	6	20807	20812	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
582	NC_008011	ATG	2	6	20817	20822	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
583	NC_008011	TTTA	2	8	20883	20890	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
584	NC_008011	TAA	3	9	20897	20905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
585	NC_008011	ATAAA	2	10	20909	20918	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
586	NC_008011	TTA	2	6	20919	20924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
587	NC_008011	TA	3	6	20932	20937	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
588	NC_008011	TATG	2	8	20953	20960	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
589	NC_008011	TTA	2	6	20971	20976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986464
590	NC_008011	T	6	6	20989	20994	0 %	100 %	0 %	0 %	94986464
591	NC_008011	T	6	6	21003	21008	0 %	100 %	0 %	0 %	94986464
592	NC_008011	TTG	2	6	21021	21026	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986464
593	NC_008011	ATT	2	6	21064	21069	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986464
594	NC_008011	AC	3	6	21104	21109	50 %	0 %	0 %	50 %	94986464
595	NC_008011	CAC	2	6	21114	21119	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	94986464
596	NC_008011	AATT	2	8	21151	21158	50 %	50 %	0 %	0 %	94986464
597	NC_008011	TCT	2	6	21170	21175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	94986464
598	NC_008011	AAT	2	6	21184	21189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986464
599	NC_008011	AGA	2	6	21338	21343	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986464
600	NC_008011	GAA	2	6	21360	21365	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986464
601	NC_008011	AAC	2	6	21372	21377	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	94986464
602	NC_008011	T	7	7	21393	21399	0 %	100 %	0 %	0 %	94986464
603	NC_008011	ATA	2	6	21482	21487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986464
604	NC_008011	CTA	2	6	21516	21521	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986465
605	NC_008011	ATC	2	6	21600	21605	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986465
606	NC_008011	ACG	2	6	21633	21638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	94986465
607	NC_008011	T	7	7	21683	21689	0 %	100 %	0 %	0 %	94986465
608	NC_008011	AAG	2	6	21759	21764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986465
609	NC_008011	TGA	2	6	21766	21771	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	94986465
610	NC_008011	T	7	7	21842	21848	0 %	100 %	0 %	0 %	94986465
611	NC_008011	TCA	2	6	21865	21870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986465
612	NC_008011	GCTTT	2	10	21956	21965	0 %	60 %	20 %	20 %	94986465
613	NC_008011	ATT	2	6	21993	21998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	94986465
614	NC_008011	AAG	2	6	22077	22082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986465
615	NC_008011	CTG	2	6	22088	22093	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986465
616	NC_008011	AGA	2	6	22216	22221	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986465
617	NC_008011	TGT	2	6	22234	22239	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986465
618	NC_008011	TTG	2	6	22251	22256	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	94986465
619	NC_008011	ATA	2	6	22261	22266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986465
620	NC_008011	AT	3	6	22314	22319	50 %	50 %	0 %	0 %	94986465
621	NC_008011	A	8	8	22380	22387	100 %	0 %	0 %	0 %	94986465
622	NC_008011	TGC	2	6	22402	22407	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	94986465
623	NC_008011	AAT	2	6	22436	22441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986465
624	NC_008011	CCT	2	6	22518	22523	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	94986465
625	NC_008011	ATA	2	6	22543	22548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986466
626	NC_008011	TAA	2	6	22573	22578	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	94986466
627	NC_008011	AT	3	6	22590	22595	50 %	50 %	0 %	0 %	94986466
628	NC_008011	AGA	2	6	22614	22619	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	94986466
629	NC_008011	AT	3	6	22656	22661	50 %	50 %	0 %	0 %	94986466
630	NC_008011	TAC	2	6	22702	22707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	94986466
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632	NC_008011	CAAG	2	8	22740	22747	50 %	0 %	25 %	25 %	94986466
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