MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Haloferax mediterranei ATCC 33500 chromosome

Total Repeats: 9045

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017941	ACT	2	6	1654	1659	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017941	CTG	2	6	1749	1754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017941	CGG	2	6	2725	2730	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017941	TCT	2	6	4297	4302	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017941	CGCCC	2	10	4341	4350	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
6	NC_017941	CCG	2	6	4358	4363	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_017941	GGT	2	6	4391	4396	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017941	CTC	2	6	5569	5574	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_017941	TC	3	6	6488	6493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017941	AAG	2	6	7049	7054	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017941	CGG	3	9	7070	7078	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017941	AGG	2	6	7106	7111	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017941	C	6	6	7126	7131	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
14	NC_017941	ACG	2	6	7175	7180	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017941	TC	3	6	8413	8418	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017941	CCA	2	6	8479	8484	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_017941	ACC	2	6	8488	8493	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_017941	TCGGAC	2	12	8527	8538	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017941	TGG	2	6	8617	8622	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017941	ACG	2	6	8667	8672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017941	AAC	2	6	8676	8681	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017941	ATT	2	6	8707	8712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017941	GGT	2	6	8735	8740	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017941	TCT	2	6	10107	10112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017941	TGG	2	6	11483	11488	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017941	TCTGT	2	10	11499	11508	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017941	TGG	2	6	11645	11650	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017941	CG	3	6	11664	11669	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017941	TGG	2	6	11709	11714	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017941	TTC	2	6	11720	11725	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017941	CAG	2	6	11863	11868	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017941	GTCC	2	8	14941	14948	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017941	GTC	2	6	14967	14972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017941	CGC	2	6	14997	15002	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_017941	CGG	2	6	15030	15035	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017941	ATG	2	6	15039	15044	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017941	GTTC	2	8	15307	15314	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017941	CGCTC	2	10	15319	15328	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
39	NC_017941	GAC	2	6	15374	15379	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017941	GTCCC	2	10	15389	15398	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_017941	GTA	2	6	15463	15468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017941	CGA	2	6	15490	15495	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017941	CGT	2	6	15536	15541	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017941	TCG	2	6	15544	15549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017941	ACGCG	2	10	16400	16409	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017941	GCC	2	6	17139	17144	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_017941	CGT	2	6	17151	17156	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017941	GCG	2	6	17179	17184	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_017941	CGG	2	6	17661	17666	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017941	GCG	2	6	17679	17684	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017941	GCA	2	6	17685	17690	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017941	CGT	2	6	17717	17722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017941	GTCG	2	8	19600	19607	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
54	NC_017941	TGC	2	6	19658	19663	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017941	CGT	2	6	22531	22536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017941	GTT	2	6	22548	22553	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017941	TG	3	6	22558	22563	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017941	CTC	2	6	23498	23503	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
59	NC_017941	A	6	6	23554	23559	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017941	ACCC	2	8	23594	23601	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
61	NC_017941	GCC	2	6	24574	24579	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_017941	GTC	2	6	24605	24610	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017941	T	6	6	26149	26154	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017941	CTGAC	2	10	26160	26169	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017941	ACG	2	6	26171	26176	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017941	CGT	2	6	26228	26233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017941	CGC	3	9	26251	26259	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_017941	T	6	6	26902	26907	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017941	CTC	2	6	26909	26914	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_017941	A	6	6	26983	26988	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017941	GTA	2	6	27031	27036	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017941	TAC	2	6	27064	27069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017941	CTC	2	6	27266	27271	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
74	NC_017941	GT	3	6	27294	27299	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017941	TCC	2	6	27613	27618	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_017941	ACG	2	6	27658	27663	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017941	CG	3	6	29786	29791	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017941	CGG	2	6	29856	29861	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017941	CGC	2	6	29910	29915	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_017941	TCA	2	6	29963	29968	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017941	CGG	2	6	30019	30024	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017941	CAC	2	6	30048	30053	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017941	TCG	2	6	30102	30107	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017941	CG	3	6	30185	30190	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017941	TCG	2	6	30228	30233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017941	AAC	2	6	30277	30282	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017941	AC	3	6	31398	31403	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017941	GTCT	2	8	31407	31414	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017941	ACT	2	6	31422	31427	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017941	CACG	2	8	31461	31468	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017941	TTC	2	6	31958	31963	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017941	CCA	2	6	32053	32058	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_017941	AAAC	2	8	32064	32071	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017941	TCG	2	6	32116	32121	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017941	GAC	3	9	34719	34727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017941	CGA	2	6	34733	34738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017941	CAG	2	6	34748	34753	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017941	CCA	2	6	37682	37687	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017941	GCG	2	6	37711	37716	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017941	GGC	2	6	37735	37740	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017941	CGG	2	6	39921	39926	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017941	GCC	2	6	42870	42875	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_017941	GCG	2	6	42947	42952	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017941	GA	3	6	42966	42971	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017941	GCG	2	6	42981	42986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017941	TG	3	6	44401	44406	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017941	GT	3	6	47704	47709	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017941	GTA	2	6	49843	49848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017941	A	6	6	49874	49879	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017941	AAG	2	6	49887	49892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017941	AAC	2	6	49941	49946	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017941	GGGAC	2	10	49982	49991	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017941	GTCG	2	8	50023	50030	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_017941	CGGTCG	2	12	50037	50048	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017941	GTC	2	6	50066	50071	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017941	GTC	2	6	50075	50080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017941	TCGC	2	8	50090	50097	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
118	NC_017941	GCG	2	6	50125	50130	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017941	GTC	2	6	52974	52979	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017941	CAG	2	6	52989	52994	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017941	TGC	2	6	53025	53030	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017941	TAC	2	6	53054	53059	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017941	T	6	6	53147	53152	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017941	ACCC	2	8	53192	53199	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
125	NC_017941	CGA	2	6	53221	53226	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017941	TCG	2	6	55942	55947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017941	GA	3	6	55950	55955	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017941	TTCG	2	8	56008	56015	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
129	NC_017941	C	6	6	59286	59291	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
130	NC_017941	CA	3	6	59326	59331	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_017941	A	6	6	59359	59364	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017941	TCG	2	6	59982	59987	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017941	CAT	2	6	65395	65400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017941	TTG	2	6	65469	65474	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017941	GC	3	6	65483	65488	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
136	NC_017941	TTTG	2	8	67392	67399	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017941	AG	3	6	67453	67458	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017941	GAC	2	6	67499	67504	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017941	TA	3	6	67553	67558	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017941	CGA	2	6	67764	67769	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017941	ACTC	2	8	67820	67827	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017941	AAAC	2	8	73447	73454	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017941	TCG	2	6	73482	73487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017941	CCG	2	6	73539	73544	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_017941	ACG	2	6	73551	73556	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_017941	CGT	2	6	73583	73588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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148	NC_017941	AT	3	6	73699	73704	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_017941	ACT	2	6	73852	73857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_017941	TCCA	2	8	79348	79355	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
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271	NC_017941	TTGT	2	8	111688	111695	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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273	NC_017941	GTTTCG	2	12	111959	111970	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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275	NC_017941	CT	3	6	111990	111995	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
276	NC_017941	TCT	2	6	112042	112047	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
277	NC_017941	TCG	2	6	112069	112074	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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280	NC_017941	GT	3	6	113981	113986	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
281	NC_017941	TC	3	6	114010	114015	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
282	NC_017941	ACCC	2	8	114954	114961	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
283	NC_017941	TTA	2	6	114996	115001	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_017941	ATGGA	2	10	115024	115033	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
285	NC_017941	T	6	6	115917	115922	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_017941	TC	4	8	115956	115963	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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415	NC_017941	GAC	2	6	162210	162215	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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417	NC_017941	TGGTG	2	10	162902	162911	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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421	NC_017941	GC	3	6	164550	164555	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
422	NC_017941	CGA	2	6	164575	164580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
423	NC_017941	CA	3	6	164586	164591	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
424	NC_017941	GGA	2	6	165219	165224	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
425	NC_017941	TGT	2	6	165282	165287	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
426	NC_017941	GTCT	2	8	167054	167061	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
427	NC_017941	CT	3	6	167078	167083	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
428	NC_017941	AG	4	8	167119	167126	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
429	NC_017941	CGC	2	6	167143	167148	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
430	NC_017941	CGT	2	6	167904	167909	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
431	NC_017941	TCA	2	6	167945	167950	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
432	NC_017941	ATG	2	6	167952	167957	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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443	NC_017941	CTT	2	6	169667	169672	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
444	NC_017941	CCTT	2	8	169675	169682	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
445	NC_017941	CGACT	2	10	169684	169693	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
446	NC_017941	TTGA	2	8	169734	169741	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
447	NC_017941	GGT	2	6	171798	171803	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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450	NC_017941	CCG	2	6	172097	172102	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
451	NC_017941	TTC	2	6	172143	172148	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
452	NC_017941	CGC	2	6	172203	172208	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
453	NC_017941	ACG	2	6	172239	172244	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
454	NC_017941	GGT	2	6	173344	173349	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
455	NC_017941	TCTTT	2	10	176764	176773	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
456	NC_017941	CCG	2	6	176774	176779	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
457	NC_017941	CG	3	6	177091	177096	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
458	NC_017941	CG	3	6	177152	177157	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
459	NC_017941	GGA	2	6	177158	177163	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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462	NC_017941	TCC	2	6	177222	177227	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
463	NC_017941	CG	3	6	177823	177828	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
464	NC_017941	GAG	2	6	177846	177851	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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466	NC_017941	GGGTC	2	10	178537	178546	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
467	NC_017941	GGGTC	2	10	178557	178566	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
468	NC_017941	CCGGG	2	10	178595	178604	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
469	NC_017941	AAC	2	6	179565	179570	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
470	NC_017941	GCG	2	6	179586	179591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
471	NC_017941	CAC	2	6	179609	179614	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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486	NC_017941	CTG	2	6	183124	183129	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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