MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Helicobacter cinaedi PAGU611 plasmid pHci1

Total Repeats: 85

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017762	GAG	2	6	18	23	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017762	AT	3	6	50	55	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017762	A	7	7	63	69	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017762	GAT	2	6	73	78	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017762	GCTTT	2	10	153	162	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017762	AG	3	6	174	179	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017762	CAC	2	6	3070	3075	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_017762	A	6	6	5970	5975	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017762	TA	4	8	5981	5988	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017762	ATTT	2	8	13276	13283	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017762	ATA	2	6	13824	13829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017762	TTG	2	6	13876	13881	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017762	T	7	7	13886	13892	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017762	TATG	2	8	15125	15132	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017762	ATCTT	2	10	15139	15148	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017762	TACA	2	8	16888	16895	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017762	TAA	2	6	16936	16941	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017762	CCA	2	6	16946	16951	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
19	NC_017762	CGG	2	6	16958	16963	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017762	ATT	2	6	17150	17155	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017762	CA	3	6	17158	17163	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017762	T	6	6	17171	17176	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017762	AAC	2	6	17181	17186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017762	CTC	2	6	17763	17768	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
25	NC_017762	TAC	2	6	17772	17777	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017762	ATC	2	6	17820	17825	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017762	TTG	2	6	17854	17859	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017762	AAT	2	6	17891	17896	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017762	TA	3	6	17906	17911	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017762	TCA	2	6	17929	17934	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017762	TTA	2	6	19146	19151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017762	ATT	2	6	19152	19157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017762	GAT	2	6	19179	19184	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017762	CCA	2	6	19195	19200	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_017762	AAAC	2	8	19221	19228	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017762	GCTTG	2	10	19234	19243	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017762	TGTAT	2	10	19251	19260	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017762	AAG	2	6	19280	19285	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017762	ACC	2	6	19342	19347	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_017762	AT	3	6	19350	19355	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017762	AT	3	6	19379	19384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017762	AAT	2	6	19388	19393	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017762	CTA	2	6	19395	19400	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017762	A	7	7	19412	19418	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017762	A	6	6	19431	19436	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017762	ATC	2	6	19448	19453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017762	ATA	2	6	19875	19880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017762	A	7	7	19880	19886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017762	A	6	6	19935	19940	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017762	A	6	6	19950	19955	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017762	TA	3	6	19956	19961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017762	CAC	2	6	20014	20019	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_017762	GAT	2	6	20021	20026	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017762	ATA	2	6	20031	20036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017762	AC	3	6	20045	20050	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017762	CTA	2	6	20092	20097	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017762	TA	3	6	20117	20122	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017762	ATAG	2	8	20668	20675	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017762	GTGG	2	8	20682	20689	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017762	T	6	6	20716	20721	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017762	CTT	2	6	20731	20736	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017762	CCT	2	6	20795	20800	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_017762	ATG	2	6	20809	20814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017762	A	6	6	20892	20897	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017762	CAC	2	6	20900	20905	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_017762	ATA	2	6	20934	20939	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017762	CATAT	2	10	20945	20954	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017762	A	6	6	20981	20986	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017762	A	6	6	21021	21026	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017762	TGTA	2	8	21062	21069	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017762	TA	3	6	21093	21098	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017762	TAA	2	6	21127	21132	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017762	A	6	6	21131	21136	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017762	ATACT	2	10	21154	21163	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017762	GCTTT	2	10	21220	21229	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017762	A	7	7	21459	21465	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017762	TAA	3	9	21545	21553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017762	AATGA	2	10	21556	21565	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017762	TATTAA	2	12	21620	21631	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017762	A	6	6	21630	21635	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017762	A	8	8	21695	21702	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017762	AAAT	2	8	21750	21757	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017762	ATTG	2	8	22629	22636	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017762	TA	3	6	22740	22745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017762	ATGA	2	8	23007	23014	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.