MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halopiger xanaduensis SH-6 plasmid pHALXA01

Total Repeats: 1702

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1501	NC_015658	ATC	2	6	400480	400485	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1502	NC_015658	GAC	2	6	400567	400572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1503	NC_015658	CTT	2	6	400591	400596	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1504	NC_015658	TTC	3	9	400615	400623	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1505	NC_015658	CGA	2	6	400655	400660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1506	NC_015658	CTGA	2	8	400701	400708	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1507	NC_015658	CAC	2	6	400715	400720	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1508	NC_015658	CAT	2	6	400731	400736	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1509	NC_015658	AGG	2	6	400833	400838	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1510	NC_015658	ACT	2	6	400865	400870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1511	NC_015658	AGT	2	6	400876	400881	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1512	NC_015658	TTA	2	6	400908	400913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1513	NC_015658	C	8	8	401006	401013	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
1514	NC_015658	GTG	2	6	401154	401159	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1515	NC_015658	GGAC	2	8	403879	403886	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
1516	NC_015658	GCC	2	6	403936	403941	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1517	NC_015658	ACT	2	6	403962	403967	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1518	NC_015658	CGC	2	6	403976	403981	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1519	NC_015658	A	6	6	403985	403990	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1520	NC_015658	CGAC	2	8	406249	406256	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1521	NC_015658	GAAC	2	8	406395	406402	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
1522	NC_015658	CGA	2	6	406410	406415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1523	NC_015658	GCT	2	6	406421	406426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1524	NC_015658	CGA	2	6	406452	406457	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1525	NC_015658	TCG	2	6	406463	406468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1526	NC_015658	GAC	2	6	406497	406502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1527	NC_015658	GGA	2	6	406556	406561	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1528	NC_015658	ATA	2	6	408906	408911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1529	NC_015658	ATG	3	9	408941	408949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1530	NC_015658	ATCGAT	2	12	408968	408979	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
1531	NC_015658	GTA	2	6	409014	409019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1532	NC_015658	TAA	2	6	409082	409087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1533	NC_015658	CTT	2	6	409130	409135	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1534	NC_015658	ATA	2	6	409223	409228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1535	NC_015658	TAT	2	6	409248	409253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1536	NC_015658	GTT	2	6	409341	409346	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1537	NC_015658	CGTC	2	8	409888	409895	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1538	NC_015658	CGT	3	9	409934	409942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1539	NC_015658	ATC	2	6	409971	409976	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1540	NC_015658	TAT	2	6	410021	410026	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1541	NC_015658	GTC	2	6	410029	410034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1542	NC_015658	AGG	2	6	410065	410070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1543	NC_015658	GAG	2	6	412180	412185	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1544	NC_015658	CCGC	2	8	412235	412242	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
1545	NC_015658	CGA	3	9	412275	412283	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1546	NC_015658	TCGA	2	8	412868	412875	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1547	NC_015658	CTTC	2	8	412902	412909	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1548	NC_015658	GA	3	6	412929	412934	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1549	NC_015658	CTG	2	6	414415	414420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1550	NC_015658	G	6	6	414420	414425	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
1551	NC_015658	CTTCG	2	10	414469	414478	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
1552	NC_015658	GGT	2	6	414558	414563	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1553	NC_015658	CT	3	6	414620	414625	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1554	NC_015658	AACA	2	8	414631	414638	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1555	NC_015658	CAT	2	6	414694	414699	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1556	NC_015658	TCG	2	6	414815	414820	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1557	NC_015658	CCGA	2	8	414857	414864	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1558	NC_015658	GCA	2	6	414877	414882	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1559	NC_015658	TG	3	6	414907	414912	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1560	NC_015658	GAT	2	6	414930	414935	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1561	NC_015658	CGA	2	6	414940	414945	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1562	NC_015658	TGTT	2	8	414980	414987	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
1563	NC_015658	TG	3	6	415007	415012	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1564	NC_015658	TAG	2	6	415016	415021	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1565	NC_015658	CT	3	6	415042	415047	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1566	NC_015658	GATC	2	8	415086	415093	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1567	NC_015658	ACT	2	6	415113	415118	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1568	NC_015658	GA	3	6	415170	415175	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1569	NC_015658	GA	3	6	415220	415225	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1570	NC_015658	GCA	2	6	415256	415261	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1571	NC_015658	CGT	2	6	415350	415355	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1572	NC_015658	CAG	2	6	415405	415410	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1573	NC_015658	AGAA	2	8	415426	415433	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
1574	NC_015658	AT	3	6	415435	415440	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1575	NC_015658	GAGT	2	8	415477	415484	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1576	NC_015658	GAA	2	6	415485	415490	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1577	NC_015658	AAC	2	6	415512	415517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1578	NC_015658	GCTG	2	8	415584	415591	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1579	NC_015658	GGC	2	6	415721	415726	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1580	NC_015658	GAG	2	6	415749	415754	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1581	NC_015658	GCG	2	6	415762	415767	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1582	NC_015658	CGG	2	6	415779	415784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
1583	NC_015658	CTG	2	6	415853	415858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1584	NC_015658	CG	3	6	415875	415880	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1585	NC_015658	CAG	2	6	415909	415914	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1586	NC_015658	AG	3	6	415936	415941	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1587	NC_015658	GGAG	2	8	415948	415955	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
1588	NC_015658	GTC	2	6	415966	415971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1589	NC_015658	CAC	2	6	416053	416058	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1590	NC_015658	CGC	2	6	416067	416072	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1591	NC_015658	CCGT	2	8	416101	416108	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
1592	NC_015658	CG	3	6	416161	416166	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
1593	NC_015658	GGA	2	6	416183	416188	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1594	NC_015658	TAGTA	2	10	416244	416253	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
1595	NC_015658	GTC	2	6	416264	416269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1596	NC_015658	CAAT	2	8	416432	416439	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
1597	NC_015658	CT	3	6	416810	416815	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1598	NC_015658	GT	3	6	416870	416875	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1599	NC_015658	GAA	2	6	418205	418210	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1600	NC_015658	GGT	2	6	418383	418388	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1601	NC_015658	ACC	2	6	418437	418442	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1602	NC_015658	TAA	2	6	418454	418459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1603	NC_015658	AT	4	8	418461	418468	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1604	NC_015658	AATG	2	8	418492	418499	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
1605	NC_015658	AAT	2	6	418507	418512	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1606	NC_015658	TTA	2	6	418527	418532	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
1607	NC_015658	CTT	2	6	418562	418567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1608	NC_015658	TTCT	2	8	418575	418582	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
1609	NC_015658	ACT	2	6	418630	418635	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1610	NC_015658	TG	3	6	418735	418740	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1611	NC_015658	CAG	2	6	418741	418746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1612	NC_015658	GCT	2	6	418760	418765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1613	NC_015658	GA	3	6	418767	418772	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1614	NC_015658	ATGAA	2	10	418867	418876	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
1615	NC_015658	CAA	2	6	418879	418884	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1616	NC_015658	CAG	2	6	418958	418963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1617	NC_015658	GTC	2	6	418969	418974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1618	NC_015658	TCG	2	6	419042	419047	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1619	NC_015658	GTC	2	6	419065	419070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1620	NC_015658	TA	3	6	420173	420178	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1621	NC_015658	GCA	2	6	420183	420188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1622	NC_015658	TTC	2	6	420216	420221	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1623	NC_015658	ACG	2	6	421381	421386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1624	NC_015658	A	6	6	421394	421399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
1625	NC_015658	GACC	2	8	421450	421457	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1626	NC_015658	GAG	2	6	421469	421474	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1627	NC_015658	TGA	2	6	421488	421493	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1628	NC_015658	AGAGAA	2	12	422101	422112	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1629	NC_015658	GAT	2	6	422141	422146	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1630	NC_015658	GGTC	2	8	422252	422259	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
1631	NC_015658	CA	3	6	422314	422319	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
1632	NC_015658	GGT	3	9	422334	422342	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1633	NC_015658	GCT	2	6	422408	422413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1634	NC_015658	AGTG	2	8	422420	422427	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1635	NC_015658	GCA	2	6	422431	422436	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1636	NC_015658	CAA	2	6	422492	422497	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1637	NC_015658	TCGCC	2	10	422510	422519	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
1638	NC_015658	TGTCC	2	10	422520	422529	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
1639	NC_015658	GAC	2	6	425088	425093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1640	NC_015658	ATC	2	6	425141	425146	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1641	NC_015658	TC	4	8	425177	425184	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
1642	NC_015658	AAAC	2	8	425264	425271	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
1643	NC_015658	GTC	2	6	425275	425280	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1645	NC_015658	GTAG	2	8	425327	425334	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
1646	NC_015658	GT	3	6	425352	425357	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1647	NC_015658	AAGA	2	8	425398	425405	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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1651	NC_015658	ACCG	2	8	425598	425605	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
1652	NC_015658	GAA	2	6	425630	425635	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1653	NC_015658	CGC	2	6	425678	425683	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
1654	NC_015658	CTG	2	6	425747	425752	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
1655	NC_015658	CTG	2	6	425841	425846	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1657	NC_015658	ACC	2	6	428391	428396	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
1658	NC_015658	TAA	2	6	428432	428437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
1659	NC_015658	CAG	2	6	429391	429396	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1664	NC_015658	TGG	2	6	429616	429621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
1665	NC_015658	GAAG	2	8	429706	429713	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
1666	NC_015658	TG	3	6	429720	429725	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
1667	NC_015658	TGT	2	6	429800	429805	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1668	NC_015658	ATG	2	6	430492	430497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1669	NC_015658	TAGC	2	8	430565	430572	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
1670	NC_015658	ATC	2	6	430589	430594	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1671	NC_015658	CAA	2	6	430630	430635	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1677	NC_015658	TGC	2	6	431197	431202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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1679	NC_015658	CT	3	6	431282	431287	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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1681	NC_015658	GTGG	2	8	431387	431394	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
1682	NC_015658	ACT	2	6	431436	431441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
1683	NC_015658	CAT	2	6	431443	431448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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1688	NC_015658	GTT	2	6	434521	434526	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
1689	NC_015658	TTCG	2	8	434641	434648	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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1692	NC_015658	AT	3	6	434694	434699	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1693	NC_015658	TA	3	6	434700	434705	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
1694	NC_015658	GATC	2	8	434772	434779	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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1702	NC_015658	TA	3	6	436622	436627	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.