MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halalkalicoccus jeotgali B3 plasmid 3

Total Repeats: 183

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014300	CGTT	2	8	41	48	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2	NC_014300	AAAC	2	8	127	134	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_014300	AG	3	6	144	149	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014300	GTC	2	6	2092	2097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_014300	TGG	2	6	2109	2114	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_014300	GTC	2	6	2207	2212	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_014300	ACG	2	6	2300	2305	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_014300	GTC	2	6	3273	3278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_014300	AAC	2	6	3279	3284	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_014300	AGA	2	6	4033	4038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_014300	GTG	2	6	4055	4060	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_014300	CTC	2	6	4544	4549	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_014300	ATCG	2	8	4568	4575	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_014300	GT	3	6	4615	4620	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_014300	ACAGT	2	10	4635	4644	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_014300	GAC	2	6	4675	4680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_014300	ATG	2	6	4764	4769	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_014300	CTT	2	6	4771	4776	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_014300	GGC	2	6	4864	4869	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_014300	GAGC	2	8	4908	4915	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
21	NC_014300	CGC	2	6	4937	4942	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_014300	GC	3	6	5319	5324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
23	NC_014300	ATCG	2	8	6226	6233	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_014300	TCG	3	9	6231	6239	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_014300	CAC	2	6	6454	6459	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_014300	TCG	2	6	6592	6597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_014300	GTG	2	6	6608	6613	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_014300	TCG	2	6	6620	6625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_014300	CCT	2	6	6629	6634	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_014300	TGAT	2	8	6691	6698	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_014300	TGG	2	6	6715	6720	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_014300	AG	3	6	6773	6778	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_014300	GCGT	2	8	6807	6814	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_014300	AT	4	8	6821	6828	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014300	GTC	2	6	6908	6913	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_014300	GAT	2	6	6926	6931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_014300	CCAG	2	8	7256	7263	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_014300	TCC	2	6	7406	7411	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
39	NC_014300	AG	3	6	7415	7420	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_014300	TTGA	2	8	7512	7519	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_014300	CGA	3	9	11694	11702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_014300	AGC	2	6	11752	11757	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_014300	TCG	2	6	11760	11765	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_014300	TG	3	6	12539	12544	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_014300	TAG	2	6	12545	12550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_014300	TCT	2	6	12555	12560	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_014300	GTC	3	9	12800	12808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_014300	GTG	2	6	12859	12864	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_014300	TGA	2	6	12868	12873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_014300	AAC	2	6	13607	13612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_014300	TGA	2	6	13643	13648	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_014300	TC	3	6	16290	16295	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_014300	CA	3	6	16308	16313	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_014300	GAC	2	6	16424	16429	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_014300	TGAC	2	8	16505	16512	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_014300	CG	3	6	16534	16539	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
57	NC_014300	CGT	2	6	16544	16549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_014300	TCG	2	6	16694	16699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_014300	ATT	2	6	17573	17578	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_014300	GTT	2	6	17603	17608	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014300	ACG	2	6	17623	17628	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_014300	AG	3	6	17645	17650	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_014300	TCCG	2	8	17674	17681	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_014300	AAT	2	6	17690	17695	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_014300	TCT	2	6	17698	17703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_014300	CT	3	6	17756	17761	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_014300	TTC	2	6	17762	17767	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_014300	CAA	2	6	17778	17783	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_014300	ATG	2	6	17793	17798	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_014300	GTG	2	6	19259	19264	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_014300	G	6	6	19275	19280	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
72	NC_014300	CTC	2	6	20551	20556	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_014300	CA	3	6	20737	20742	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_014300	CGAA	2	8	20761	20768	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_014300	CTT	2	6	20796	20801	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_014300	TGG	2	6	20805	20810	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_014300	GTT	2	6	20849	20854	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_014300	AAG	2	6	30104	30109	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_014300	ATA	2	6	30130	30135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014300	GCT	2	6	32542	32547	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_014300	TTCT	2	8	32583	32590	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_014300	CAA	2	6	32675	32680	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_014300	GGCT	2	8	32689	32696	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_014300	CATG	2	8	32713	32720	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_014300	CGC	2	6	33214	33219	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_014300	ACT	2	6	33244	33249	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_014300	GAC	2	6	33272	33277	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_014300	TCAC	2	8	33285	33292	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_014300	AGC	2	6	33293	33298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_014300	CGC	2	6	33306	33311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
91	NC_014300	GC	3	6	33352	33357	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
92	NC_014300	GCA	2	6	33361	33366	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_014300	CGG	2	6	33370	33375	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_014300	CCTA	2	8	33383	33390	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_014300	TAG	2	6	34638	34643	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014300	ACT	2	6	34667	34672	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_014300	GTG	8	24	34685	34708	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_014300	GGT	2	6	34713	34718	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_014300	TTGT	2	8	34732	34739	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
100	NC_014300	TTC	2	6	34777	34782	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_014300	CGTC	2	8	34802	34809	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
102	NC_014300	A	6	6	34818	34823	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_014300	TGG	2	6	34904	34909	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_014300	TCGG	2	8	34915	34922	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_014300	GAC	2	6	35182	35187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_014300	G	6	6	35210	35215	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
107	NC_014300	AGT	2	6	35247	35252	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_014300	GTTGT	2	10	35530	35539	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_014300	CT	3	6	35542	35547	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_014300	TA	3	6	35548	35553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_014300	ACCC	2	8	35556	35563	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
112	NC_014300	GAC	2	6	36260	36265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_014300	GCGA	2	8	36281	36288	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_014300	ACG	2	6	36347	36352	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_014300	GGA	2	6	36379	36384	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_014300	AGG	2	6	36404	36409	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_014300	ATCA	2	8	36456	36463	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_014300	TTG	2	6	38878	38883	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_014300	GTG	2	6	40032	40037	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_014300	TTA	2	6	40051	40056	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_014300	GTG	2	6	40068	40073	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_014300	AG	3	6	40090	40095	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_014300	CTT	2	6	40106	40111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_014300	GTCTT	2	10	40120	40129	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_014300	ATG	2	6	40173	40178	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_014300	GAT	2	6	40187	40192	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_014300	TA	3	6	40208	40213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_014300	GCG	2	6	40244	40249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_014300	CG	3	6	40315	40320	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
130	NC_014300	GC	3	6	40362	40367	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_014300	CAG	2	6	40376	40381	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_014300	AAC	2	6	40415	40420	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_014300	CGG	2	6	40465	40470	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_014300	GTA	2	6	40552	40557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_014300	TTC	3	9	40593	40601	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_014300	TGAC	2	8	41240	41247	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_014300	AGA	2	6	41250	41255	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_014300	AGT	2	6	41264	41269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_014300	ACC	2	6	41291	41296	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_014300	GAA	2	6	41302	41307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_014300	CAA	2	6	41308	41313	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_014300	GAA	2	6	41314	41319	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_014300	GA	3	6	41324	41329	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_014300	GTG	2	6	41355	41360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_014300	TCTA	2	8	41397	41404	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_014300	ACT	3	9	41409	41417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
147	NC_014300	GTT	2	6	41441	41446	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_014300	GACC	2	8	41451	41458	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
149	NC_014300	TCG	2	6	41492	41497	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_014300	CGGTG	2	10	42267	42276	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
151	NC_014300	ATC	2	6	42310	42315	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_014300	GGC	2	6	42321	42326	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_014300	AAAT	2	8	42483	42490	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_014300	CT	3	6	42617	42622	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
155	NC_014300	TGGT	2	8	42691	42698	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
156	NC_014300	TG	3	6	42722	42727	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
157	NC_014300	TAA	2	6	42785	42790	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_014300	TCCT	2	8	42808	42815	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
159	NC_014300	TGG	2	6	42871	42876	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
160	NC_014300	CGTT	2	8	42929	42936	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_014300	GT	3	6	42955	42960	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
162	NC_014300	CGA	2	6	43019	43024	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_014300	CAG	2	6	43097	43102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_014300	GAT	2	6	43146	43151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
165	NC_014300	ACT	2	6	43153	43158	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
166	NC_014300	AGAC	2	8	43187	43194	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
167	NC_014300	CAAG	2	8	43200	43207	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
168	NC_014300	GA	3	6	43304	43309	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
169	NC_014300	CAG	2	6	43310	43315	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_014300	CGT	3	9	43656	43664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_014300	ACC	2	6	43692	43697	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
172	NC_014300	CG	3	6	43702	43707	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
173	NC_014300	CA	3	6	43712	43717	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
174	NC_014300	CTTTGG	2	12	43781	43792	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
175	NC_014300	TGAGG	2	10	43885	43894	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
176	NC_014300	G	6	6	43899	43904	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
177	NC_014300	TAC	2	6	43980	43985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_014300	CCT	2	6	43986	43991	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
179	NC_014300	TGCT	2	8	44427	44434	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
180	NC_014300	GT	3	6	44443	44448	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
181	NC_014300	GAC	2	6	44480	44485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_014300	CGT	2	6	44527	44532	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_014300	AG	4	8	44559	44566	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.