MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Haloferax volcanii DS2 plasmid pHV4

Total Repeats: 2599

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_013966	CCT	2	6	609445	609450	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2502	NC_013966	CGG	2	6	609457	609462	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2503	NC_013966	GGC	2	6	609631	609636	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2504	NC_013966	TCG	2	6	609707	609712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2505	NC_013966	GTG	2	6	609717	609722	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_013966	CGG	2	6	609753	609758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2507	NC_013966	CGC	2	6	610695	610700	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2508	NC_013966	CGA	2	6	610701	610706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2509	NC_013966	CCG	2	6	610707	610712	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2510	NC_013966	GAG	2	6	610753	610758	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_013966	GAG	2	6	610795	610800	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_013966	GTCG	2	8	610801	610808	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2513	NC_013966	TTA	2	6	612612	612617	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_013966	TCT	2	6	612622	612627	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2515	NC_013966	ATA	2	6	612633	612638	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2516	NC_013966	TTA	2	6	612664	612669	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_013966	GTG	3	9	612711	612719	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_013966	AG	3	6	612735	612740	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_013966	GCGAG	2	10	612753	612762	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
2520	NC_013966	ACC	2	6	612765	612770	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2521	NC_013966	GGACGC	2	12	613510	613521	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
2522	NC_013966	GTC	2	6	613934	613939	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2523	NC_013966	CGG	2	6	614014	614019	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2524	NC_013966	GGT	2	6	614038	614043	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_013966	CGG	2	6	614044	614049	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2526	NC_013966	GC	3	6	614066	614071	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2527	NC_013966	GTGA	2	8	614670	614677	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_013966	TCGC	2	8	614682	614689	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2529	NC_013966	ACT	2	6	614693	614698	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2530	NC_013966	GAT	2	6	615864	615869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_013966	GTTCG	2	10	615879	615888	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2532	NC_013966	GA	3	6	617340	617345	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2533	NC_013966	CGCC	2	8	617352	617359	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2534	NC_013966	GGCG	2	8	617386	617393	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
2535	NC_013966	GGCC	2	8	617437	617444	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2536	NC_013966	CGG	2	6	619442	619447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2537	NC_013966	C	6	6	620118	620123	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2538	NC_013966	GCC	2	6	620606	620611	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2539	NC_013966	TCGC	4	16	621035	621050	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2540	NC_013966	TCG	2	6	621070	621075	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2541	NC_013966	CG	3	6	621096	621101	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2542	NC_013966	CAGC	2	8	621116	621123	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
2543	NC_013966	GGCA	2	8	621197	621204	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2544	NC_013966	AGACGG	2	12	621216	621227	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2545	NC_013966	AGT	2	6	623938	623943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2546	NC_013966	TAA	2	6	623955	623960	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_013966	AGTT	2	8	624013	624020	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_013966	G	6	6	625774	625779	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_013966	GGC	2	6	625783	625788	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2550	NC_013966	GCG	2	6	628772	628777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2551	NC_013966	CGAA	2	8	628785	628792	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
2552	NC_013966	GC	4	8	629228	629235	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2553	NC_013966	GTCG	2	8	629278	629285	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2554	NC_013966	GCC	2	6	629333	629338	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2555	NC_013966	GGT	2	6	629378	629383	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_013966	CG	3	6	629822	629827	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2557	NC_013966	CAC	2	6	629854	629859	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2558	NC_013966	GCA	2	6	629882	629887	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2559	NC_013966	CGAG	2	8	629891	629898	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2560	NC_013966	CG	3	6	629904	629909	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
2561	NC_013966	GT	3	6	629930	629935	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_013966	CGG	2	6	629948	629953	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2563	NC_013966	AT	3	6	630074	630079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2564	NC_013966	T	6	6	630647	630652	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_013966	ATC	2	6	630740	630745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2566	NC_013966	GTTAG	2	10	630765	630774	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_013966	AAC	2	6	630844	630849	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2568	NC_013966	CATCC	2	10	631309	631318	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
2569	NC_013966	CACCC	2	10	631319	631328	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
2570	NC_013966	CCA	2	6	631330	631335	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2571	NC_013966	TTTC	2	8	631349	631356	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2572	NC_013966	TCG	2	6	631422	631427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2573	NC_013966	GTAC	2	8	631431	631438	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
2574	NC_013966	AG	3	6	631447	631452	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2575	NC_013966	CGG	2	6	633948	633953	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
2576	NC_013966	CCG	2	6	633967	633972	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2577	NC_013966	CCG	2	6	634503	634508	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2578	NC_013966	CGA	2	6	634516	634521	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2579	NC_013966	AAC	2	6	634523	634528	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2580	NC_013966	GGTC	2	8	634549	634556	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2581	NC_013966	GA	3	6	634578	634583	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_013966	GCC	2	6	634604	634609	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2583	NC_013966	GTC	2	6	634614	634619	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2584	NC_013966	GACGGA	2	12	634951	634962	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
2585	NC_013966	GCC	2	6	635060	635065	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2586	NC_013966	AG	3	6	635067	635072	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2587	NC_013966	CGT	2	6	635080	635085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2588	NC_013966	TCG	2	6	635165	635170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2589	NC_013966	GGT	2	6	635174	635179	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2590	NC_013966	GTC	2	6	635197	635202	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2591	NC_013966	ACA	2	6	635263	635268	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2592	NC_013966	GTT	2	6	635283	635288	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2593	NC_013966	CGT	2	6	635289	635294	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2594	NC_013966	C	6	6	635600	635605	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
2595	NC_013966	CTA	2	6	635700	635705	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2596	NC_013966	TA	3	6	635704	635709	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2597	NC_013966	TAT	2	6	635712	635717	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2598	NC_013966	TAT	2	6	635753	635758	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2599	NC_013966	ACAA	2	8	635779	635786	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.