MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 10112

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
10001	NC_011852	A	6	6	2235752	2235757	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10002	NC_011852	T	6	6	2235778	2235783	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10003	NC_011852	AT	3	6	2235822	2235827	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10004	NC_011852	GA	3	6	2235848	2235853	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10005	NC_011852	TG	3	6	2237887	2237892	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
10006	NC_011852	AC	3	6	2237918	2237923	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10007	NC_011852	ATTT	2	8	2237926	2237933	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10008	NC_011852	TAA	2	6	2238387	2238392	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10009	NC_011852	ATT	2	6	2238421	2238426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10010	NC_011852	A	6	6	2238447	2238452	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10011	NC_011852	ATT	2	6	2238497	2238502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10012	NC_011852	AAT	2	6	2238525	2238530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10013	NC_011852	ATTTA	2	10	2238560	2238569	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10014	NC_011852	AAAAT	2	10	2238588	2238597	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10015	NC_011852	CTT	2	6	2238627	2238632	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10016	NC_011852	ACG	2	6	2238638	2238643	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10017	NC_011852	T	6	6	2238662	2238667	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10018	NC_011852	TAA	2	6	2238732	2238737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10019	NC_011852	T	6	6	2238744	2238749	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10020	NC_011852	CATT	2	8	2238768	2238775	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10021	NC_011852	TAT	2	6	2238793	2238798	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10022	NC_011852	T	6	6	2238846	2238851	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10023	NC_011852	A	7	7	2238863	2238869	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10024	NC_011852	CAA	2	6	2238914	2238919	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10025	NC_011852	TTG	2	6	2241945	2241950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10026	NC_011852	T	6	6	2241986	2241991	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10027	NC_011852	ATG	2	6	2242030	2242035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10028	NC_011852	ATT	2	6	2242044	2242049	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10029	NC_011852	ATT	2	6	2242053	2242058	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10030	NC_011852	AATTT	2	10	2242064	2242073	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10031	NC_011852	ATG	2	6	2242090	2242095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10032	NC_011852	T	6	6	2242114	2242119	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10033	NC_011852	TAT	2	6	2242141	2242146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10034	NC_011852	A	6	6	2242159	2242164	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10035	NC_011852	ACA	2	6	2242166	2242171	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10036	NC_011852	CTG	2	6	2242173	2242178	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10037	NC_011852	CT	4	8	2243569	2243576	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
10038	NC_011852	T	6	6	2243599	2243604	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10039	NC_011852	ATC	2	6	2243623	2243628	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10040	NC_011852	GGA	2	6	2246261	2246266	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10041	NC_011852	TAA	2	6	2248257	2248262	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10042	NC_011852	TAAAA	2	10	2248287	2248296	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
10043	NC_011852	TAT	2	6	2248348	2248353	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10044	NC_011852	T	6	6	2249744	2249749	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10045	NC_011852	TAA	2	6	2251622	2251627	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10046	NC_011852	GATAG	2	10	2251643	2251652	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
10047	NC_011852	TAAA	2	8	2252235	2252242	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
10048	NC_011852	A	6	6	2252276	2252281	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10049	NC_011852	ATTAAA	2	12	2252335	2252346	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10050	NC_011852	CTTAT	2	10	2252350	2252359	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10051	NC_011852	T	6	6	2255143	2255148	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10052	NC_011852	TGT	2	6	2261140	2261145	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10053	NC_011852	ATTA	2	8	2261269	2261276	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10054	NC_011852	T	6	6	2261365	2261370	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10055	NC_011852	A	6	6	2261806	2261811	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10056	NC_011852	TAAT	2	8	2261837	2261844	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10057	NC_011852	TTG	2	6	2261910	2261915	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10058	NC_011852	A	6	6	2261976	2261981	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10059	NC_011852	AATG	2	8	2262052	2262059	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
10060	NC_011852	AAAC	2	8	2262127	2262134	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
10061	NC_011852	CAA	2	6	2262139	2262144	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10062	NC_011852	TCAG	2	8	2262166	2262173	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
10063	NC_011852	AT	3	6	2262186	2262191	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10064	NC_011852	CAT	2	6	2262243	2262248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10065	NC_011852	AAT	2	6	2262310	2262315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10066	NC_011852	ATT	2	6	2262326	2262331	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10067	NC_011852	AT	3	6	2262348	2262353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10068	NC_011852	TAC	2	6	2262355	2262360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10069	NC_011852	TA	3	6	2262394	2262399	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10070	NC_011852	TGA	2	6	2262434	2262439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10071	NC_011852	ATTT	2	8	2262443	2262450	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
10072	NC_011852	TGG	2	6	2262482	2262487	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10073	NC_011852	A	7	7	2262510	2262516	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10074	NC_011852	ATCA	2	8	2262518	2262525	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10075	NC_011852	AAT	2	6	2262546	2262551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10076	NC_011852	AAG	2	6	2262567	2262572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10077	NC_011852	A	6	6	2262576	2262581	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10078	NC_011852	T	6	6	2262628	2262633	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10079	NC_011852	AAAG	2	8	2262635	2262642	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10080	NC_011852	AAG	2	6	2262694	2262699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10081	NC_011852	GAC	2	6	2262775	2262780	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10082	NC_011852	ATT	2	6	2262796	2262801	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10083	NC_011852	AAT	2	6	2262824	2262829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10084	NC_011852	T	6	6	2262874	2262879	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10085	NC_011852	CTA	2	6	2262974	2262979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10086	NC_011852	TGA	2	6	2263002	2263007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10087	NC_011852	CCA	2	6	2263037	2263042	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10088	NC_011852	G	6	6	2263078	2263083	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
10089	NC_011852	TA	3	6	2263521	2263526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10090	NC_011852	ATA	2	6	2263597	2263602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10091	NC_011852	TAG	2	6	2263660	2263665	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10092	NC_011852	CCG	2	6	2263798	2263803	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
10093	NC_011852	TTTTA	2	10	2263812	2263821	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10094	NC_011852	T	6	6	2263828	2263833	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10095	NC_011852	TAC	2	6	2266994	2266999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10096	NC_011852	A	7	7	2267000	2267006	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10097	NC_011852	TTA	2	6	2267034	2267039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10098	NC_011852	TTAC	2	8	2267043	2267050	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
10099	NC_011852	ATA	2	6	2267095	2267100	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10100	NC_011852	AAGA	2	8	2267124	2267131	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
10101	NC_011852	CTT	2	6	2267169	2267174	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10102	NC_011852	T	8	8	2267200	2267207	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10103	NC_011852	CTTT	2	8	2267232	2267239	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10104	NC_011852	GAA	2	6	2267247	2267252	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10105	NC_011852	ATA	2	6	2267317	2267322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10106	NC_011852	ATC	2	6	2267327	2267332	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10107	NC_011852	A	6	6	2268475	2268480	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10108	NC_011852	TAT	2	6	2268503	2268508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10109	NC_011852	ATT	2	6	2268962	2268967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10110	NC_011852	T	7	7	2268973	2268979	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
10111	NC_011852	AG	3	6	2268991	2268996	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10112	NC_011852	A	6	6	2269003	2269008	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.