MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 plasmid pHAU02

Total Repeats: 418

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009974	CAC	2	6	46	51	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_009974	TCC	2	6	2933	2938	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_009974	CAG	2	6	2999	3004	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_009974	TG	3	6	3038	3043	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009974	CCT	2	6	3622	3627	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_009974	ACG	2	6	3630	3635	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_009974	ATCA	2	8	3636	3643	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_009974	TGC	2	6	3644	3649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_009974	GCA	2	6	3660	3665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_009974	TCG	2	6	3666	3671	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009974	GCT	2	6	3743	3748	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_009974	GTC	2	6	3752	3757	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_009974	TGG	2	6	4376	4381	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009974	CCT	2	6	4945	4950	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_009974	ATCA	2	8	4959	4966	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_009974	TGC	2	6	4967	4972	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_009974	TCAC	2	8	5585	5592	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_009974	CGTC	2	8	5593	5600	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_009974	CGC	2	6	5610	5615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_009974	CGG	2	6	5641	5646	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_009974	TCA	2	6	5650	5655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_009974	TCC	2	6	6099	6104	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_009974	CGG	2	6	6139	6144	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_009974	GCT	2	6	6146	6151	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_009974	CGC	2	6	6168	6173	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_009974	GCC	2	6	6185	6190	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_009974	CCA	2	6	6195	6200	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_009974	CAC	2	6	6204	6209	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_009974	CTG	2	6	6258	6263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_009974	CGT	2	6	6267	6272	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_009974	TCA	2	6	6284	6289	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_009974	CCT	2	6	6302	6307	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_009974	CGC	2	6	9082	9087	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_009974	GCG	2	6	9092	9097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009974	GAC	2	6	9102	9107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_009974	CGT	2	6	9119	9124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009974	CCAA	2	8	9144	9151	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_009974	CAT	2	6	9197	9202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009974	TCAG	2	8	9243	9250	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
40	NC_009974	C	6	6	9263	9268	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
41	NC_009974	ACA	2	6	9314	9319	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009974	GTT	2	6	9339	9344	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009974	GTT	2	6	9347	9352	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009974	T	10	10	11131	11140	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009974	GTT	2	6	11165	11170	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009974	TGG	2	6	11215	11220	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009974	ACT	2	6	11237	11242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_009974	ACC	3	9	11262	11270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_009974	GGT	2	6	11305	11310	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009974	CGT	2	6	11336	11341	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_009974	CTG	2	6	11454	11459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009974	CAT	2	6	11478	11483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009974	G	6	6	11488	11493	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009974	TCGCTC	2	12	11520	11531	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
55	NC_009974	GAT	2	6	11569	11574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009974	GGC	2	6	11599	11604	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_009974	CGAAC	2	10	11624	11633	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_009974	GTC	2	6	11664	11669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_009974	ACA	2	6	11683	11688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_009974	TCC	2	6	11999	12004	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
61	NC_009974	CAC	2	6	12056	12061	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_009974	CCAAC	2	10	12109	12118	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_009974	CCAAC	2	10	12127	12136	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_009974	ACC	2	6	12150	12155	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_009974	CAC	3	9	12165	12173	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_009974	GTT	2	6	12190	12195	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009974	TCC	2	6	12211	12216	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_009974	TCC	2	6	19019	19024	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_009974	A	7	7	22271	22277	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009974	ATCC	2	8	22289	22296	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_009974	CGA	2	6	22301	22306	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009974	GCA	2	6	22307	22312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009974	TGG	2	6	22340	22345	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009974	TCCTA	2	10	24145	24154	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_009974	A	6	6	24202	24207	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009974	CCA	2	6	24230	24235	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_009974	A	6	6	24282	24287	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009974	GCAG	2	8	24301	24308	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009974	ACC	2	6	24371	24376	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
80	NC_009974	TCG	2	6	24436	24441	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_009974	CAG	2	6	24450	24455	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_009974	CCA	2	6	24464	24469	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_009974	AACG	2	8	24502	24509	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_009974	CT	3	6	24526	24531	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_009974	GGT	2	6	26219	26224	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009974	TTCT	2	8	26297	26304	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
87	NC_009974	T	7	7	26304	26310	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009974	T	7	7	26317	26323	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009974	ACG	2	6	26351	26356	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009974	GGT	2	6	26364	26369	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009974	AC	3	6	26418	26423	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
92	NC_009974	TAC	2	6	26439	26444	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_009974	GCAA	2	8	26461	26468	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
94	NC_009974	ATC	2	6	26634	26639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009974	ATTG	2	8	26640	26647	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009974	TCA	2	6	26668	26673	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_009974	GCC	2	6	26778	26783	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_009974	CT	4	8	26804	26811	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
99	NC_009974	TGT	2	6	26812	26817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009974	ACT	2	6	26831	26836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_009974	AAG	2	6	26861	26866	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009974	ATA	2	6	26958	26963	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009974	AT	4	8	27000	27007	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009974	TAC	2	6	27038	27043	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_009974	ATG	2	6	27053	27058	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_009974	GAT	2	6	27069	27074	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009974	CCG	2	6	27170	27175	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_009974	AGT	2	6	27250	27255	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_009974	GAA	2	6	27672	27677	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009974	ATA	2	6	27687	27692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009974	TTA	2	6	27730	27735	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009974	CTAT	2	8	27766	27773	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
113	NC_009974	TCC	2	6	27791	27796	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
114	NC_009974	TCG	2	6	30686	30691	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_009974	TAA	2	6	31482	31487	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009974	TTC	2	6	32163	32168	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009974	AGT	2	6	32236	32241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009974	TAT	2	6	32306	32311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009974	GAA	2	6	32332	32337	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009974	TAC	2	6	34237	34242	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009974	GACCC	2	10	34252	34261	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
122	NC_009974	CCTT	2	8	34291	34298	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
123	NC_009974	ACC	2	6	34306	34311	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_009974	CCA	2	6	36031	36036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_009974	CTT	2	6	36039	36044	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009974	GGA	2	6	36085	36090	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009974	CAGCT	2	10	36097	36106	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_009974	CTT	2	6	36150	36155	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_009974	AAC	2	6	36198	36203	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_009974	T	7	7	36287	36293	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009974	AGG	2	6	36341	36346	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009974	GGT	2	6	36386	36391	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_009974	ACC	2	6	36399	36404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_009974	CGA	2	6	36423	36428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_009974	TCA	2	6	36517	36522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009974	ACC	2	6	36544	36549	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_009974	GCT	2	6	36569	36574	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_009974	AAG	2	6	36658	36663	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_009974	CG	3	6	36707	36712	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009974	ATC	2	6	36719	36724	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_009974	GTC	2	6	36728	36733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_009974	CAA	2	6	36755	36760	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_009974	ACG	2	6	36774	36779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_009974	TGG	2	6	36894	36899	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009974	A	6	6	36908	36913	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_009974	GGAT	2	8	36934	36941	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009974	GCA	2	6	37003	37008	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_009974	CCCG	2	8	37032	37039	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
149	NC_009974	GGA	2	6	37047	37052	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
150	NC_009974	TGT	2	6	37075	37080	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_009974	C	6	6	37112	37117	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
152	NC_009974	GGC	2	6	37121	37126	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_009974	CCA	2	6	37181	37186	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_009974	TGTT	2	8	37200	37207	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
155	NC_009974	CAT	2	6	37217	37222	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_009974	GGT	2	6	40369	40374	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
157	NC_009974	ACC	2	6	41251	41256	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
158	NC_009974	CTC	2	6	44348	44353	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
159	NC_009974	CTT	3	9	44373	44381	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_009974	GAT	2	6	44415	44420	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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162	NC_009974	GCG	2	6	44467	44472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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165	NC_009974	AATC	2	8	44503	44510	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
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169	NC_009974	TG	3	6	44792	44797	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_009974	TTGCT	2	10	44920	44929	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
171	NC_009974	ACC	2	6	44943	44948	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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174	NC_009974	GCCACC	2	12	51015	51026	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
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176	NC_009974	GCA	2	6	51968	51973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_009974	CAT	2	6	52004	52009	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_009974	CCG	2	6	52039	52044	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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182	NC_009974	CAAT	2	8	52103	52110	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
183	NC_009974	CA	3	6	52121	52126	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
184	NC_009974	CGC	2	6	52128	52133	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
185	NC_009974	TCG	2	6	52137	52142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_009974	CCG	2	6	52164	52169	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
187	NC_009974	GCGCTC	2	12	52181	52192	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
188	NC_009974	GCC	2	6	52256	52261	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
189	NC_009974	GCA	2	6	52267	52272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_009974	TGA	2	6	52288	52293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_009974	TGG	2	6	53183	53188	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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271	NC_009974	CTTC	2	8	74815	74822	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
272	NC_009974	AAG	2	6	74827	74832	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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278	NC_009974	AAG	2	6	75162	75167	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_009974	TGG	2	6	75242	75247	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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282	NC_009974	CATC	2	8	76489	76496	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
283	NC_009974	TGG	2	6	76509	76514	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
284	NC_009974	A	7	7	76517	76523	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.