MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Halorhodospira halophila SL1 chromosome

Total Repeats: 5010

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008789	GCC	2	6	2569	2574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_008789	G	6	6	3779	3784	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008789	CGA	2	6	4668	4673	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008789	TGG	2	6	4677	4682	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008789	GTC	2	6	4683	4688	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_008789	GCCG	2	8	8550	8557	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008789	GCC	2	6	8560	8565	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_008789	TAT	2	6	8599	8604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008789	GAAG	2	8	8629	8636	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008789	GCCG	2	8	8637	8644	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
11	NC_008789	ACCC	2	8	8688	8695	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
12	NC_008789	ACC	2	6	10582	10587	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_008789	GC	3	6	10600	10605	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_008789	AGG	2	6	10646	10651	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008789	AGG	2	6	11296	11301	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008789	GCGG	2	8	11326	11333	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
17	NC_008789	AGGG	2	8	11422	11429	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008789	TGC	2	6	13365	13370	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_008789	C	8	8	13387	13394	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
20	NC_008789	ATG	2	6	17014	17019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008789	AGG	2	6	17075	17080	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008789	GCG	2	6	17107	17112	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008789	GGC	2	6	17148	17153	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_008789	GAAT	2	8	17177	17184	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
25	NC_008789	C	8	8	17711	17718	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
26	NC_008789	C	6	6	17735	17740	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
27	NC_008789	T	8	8	17757	17764	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008789	GT	3	6	17806	17811	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008789	GCC	2	6	17836	17841	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_008789	CT	3	6	17842	17847	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_008789	GAA	2	6	17865	17870	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008789	AGG	2	6	18428	18433	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008789	C	7	7	22301	22307	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
34	NC_008789	C	6	6	22312	22317	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
35	NC_008789	GCAC	2	8	22349	22356	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_008789	GTG	2	6	22372	22377	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008789	CCCG	2	8	22438	22445	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
38	NC_008789	GAC	2	6	22521	22526	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008789	CCTG	2	8	22595	22602	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_008789	CAC	2	6	22622	22627	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_008789	CCCT	2	8	22645	22652	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
42	NC_008789	CTCCA	2	10	22661	22670	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
43	NC_008789	CG	3	6	22691	22696	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_008789	GC	3	6	22697	22702	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_008789	CGG	2	6	22723	22728	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_008789	GCTG	2	8	25161	25168	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
47	NC_008789	TGT	2	6	25220	25225	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008789	CG	3	6	25251	25256	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_008789	CTC	2	6	25260	25265	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_008789	CAG	2	6	25314	25319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008789	CGG	2	6	25323	25328	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_008789	ACCT	2	8	25993	26000	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_008789	ACTG	2	8	26059	26066	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_008789	CT	3	6	28363	28368	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
55	NC_008789	ATCGG	2	10	29830	29839	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_008789	CGG	3	9	29845	29853	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_008789	CG	3	6	29858	29863	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008789	TC	3	6	32648	32653	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_008789	GCC	2	6	38708	38713	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_008789	A	8	8	38724	38731	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008789	CGC	2	6	38732	38737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_008789	CG	3	6	40288	40293	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
63	NC_008789	CCG	2	6	40296	40301	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_008789	CCA	2	6	41988	41993	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_008789	TGC	2	6	42621	42626	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008789	GTGG	2	8	42682	42689	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008789	AGCG	2	8	44429	44436	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
68	NC_008789	GGT	2	6	44457	44462	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008789	CCA	2	6	44535	44540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_008789	GAC	2	6	44652	44657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008789	CAG	2	6	44743	44748	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008789	GCC	2	6	44780	44785	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_008789	GCG	2	6	48492	48497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_008789	GAA	2	6	48510	48515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_008789	GAT	2	6	48520	48525	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_008789	AAG	2	6	48563	48568	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008789	CAG	2	6	48581	48586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008789	GAG	2	6	48707	48712	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008789	GCTG	2	8	51192	51199	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_008789	CTT	2	6	52202	52207	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_008789	AGC	2	6	52289	52294	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_008789	CAG	2	6	52360	52365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_008789	CG	3	6	52388	52393	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008789	CCG	2	6	52394	52399	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_008789	CGC	2	6	52414	52419	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_008789	CGG	3	9	52427	52435	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_008789	GCC	2	6	52439	52444	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_008789	CCG	2	6	53757	53762	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_008789	GCC	2	6	54347	54352	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_008789	GC	3	6	54353	54358	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008789	CTCC	2	8	57078	57085	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
92	NC_008789	CAC	2	6	61040	61045	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_008789	GCT	2	6	62033	62038	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008789	CCG	2	6	63550	63555	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_008789	CCCT	2	8	63577	63584	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
96	NC_008789	CTG	2	6	63620	63625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_008789	G	6	6	63625	63630	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
98	NC_008789	ACG	2	6	63643	63648	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_008789	AGG	2	6	63680	63685	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_008789	CGCTG	2	10	67237	67246	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_008789	CTC	2	6	67267	67272	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_008789	GCG	2	6	67276	67281	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_008789	CCG	2	6	67291	67296	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_008789	GT	3	6	67378	67383	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_008789	CCA	2	6	67384	67389	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_008789	CG	3	6	71386	71391	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008789	CGG	2	6	71397	71402	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008789	CGG	2	6	71418	71423	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008789	CGG	3	9	71514	71522	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008789	AGC	2	6	71550	71555	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_008789	CGC	2	6	71561	71566	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_008789	AAT	2	6	71613	71618	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_008789	GAT	2	6	71622	71627	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008789	CAG	2	6	71628	71633	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_008789	TC	3	6	71681	71686	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008789	TC	3	6	71712	71717	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008789	C	6	6	71820	71825	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
118	NC_008789	C	6	6	71870	71875	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
119	NC_008789	CCT	2	6	71893	71898	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_008789	GCCCG	2	10	71906	71915	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
121	NC_008789	GC	3	6	71930	71935	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
122	NC_008789	GCGCC	2	10	71944	71953	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
123	NC_008789	ACC	2	6	71973	71978	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_008789	AG	3	6	71994	71999	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008789	GCCCG	2	10	81295	81304	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
126	NC_008789	CCG	2	6	81346	81351	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_008789	CCTG	2	8	81380	81387	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
128	NC_008789	GCCA	2	8	81391	81398	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_008789	GGT	2	6	82331	82336	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008789	CTG	2	6	82408	82413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_008789	T	6	6	82415	82420	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008789	CG	3	6	82441	82446	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
133	NC_008789	GTT	2	6	82458	82463	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_008789	CT	3	6	82480	82485	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_008789	CGCC	2	8	87538	87545	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
136	NC_008789	GAT	2	6	88118	88123	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008789	CCG	2	6	88200	88205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_008789	ATC	2	6	88247	88252	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_008789	CGG	2	6	89417	89422	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_008789	TGG	2	6	93047	93052	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_008789	ACCG	2	8	93057	93064	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
142	NC_008789	ATC	2	6	93078	93083	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_008789	GA	3	6	93191	93196	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_008789	CAT	2	6	95201	95206	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_008789	CAG	2	6	97174	97179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_008789	CGC	2	6	97299	97304	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_008789	GCCC	2	8	97891	97898	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
148	NC_008789	TCA	2	6	97953	97958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_008789	AG	3	6	99685	99690	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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152	NC_008789	TCC	2	6	103458	103463	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
153	NC_008789	GGC	2	6	103465	103470	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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155	NC_008789	CCTGG	2	10	103558	103567	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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158	NC_008789	AGG	2	6	105072	105077	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
159	NC_008789	GAC	2	6	105323	105328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_008789	CAC	2	6	105442	105447	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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172	NC_008789	GC	3	6	111915	111920	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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181	NC_008789	CAC	2	6	115265	115270	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
182	NC_008789	TGA	2	6	115351	115356	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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185	NC_008789	CCG	2	6	115412	115417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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264	NC_008789	GCCTC	2	10	171056	171065	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
265	NC_008789	GCC	2	6	171075	171080	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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271	NC_008789	GCG	2	6	176193	176198	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
272	NC_008789	CGGG	2	8	185594	185601	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
273	NC_008789	CCT	2	6	186130	186135	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
274	NC_008789	AGC	2	6	195936	195941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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276	NC_008789	TGC	2	6	196009	196014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
277	NC_008789	CAC	2	6	196089	196094	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
278	NC_008789	GGA	2	6	196171	196176	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
279	NC_008789	GC	3	6	197846	197851	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
280	NC_008789	GGCC	2	8	197876	197883	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
281	NC_008789	CG	3	6	198424	198429	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
282	NC_008789	CTC	2	6	200177	200182	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
283	NC_008789	GCC	2	6	200202	200207	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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285	NC_008789	GC	3	6	200996	201001	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
286	NC_008789	C	6	6	204334	204339	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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411	NC_008789	GCG	2	6	270930	270935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
412	NC_008789	AG	3	6	270965	270970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
413	NC_008789	G	6	6	272159	272164	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
414	NC_008789	GCT	2	6	272201	272206	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
415	NC_008789	C	7	7	272226	272232	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
416	NC_008789	GAT	2	6	272279	272284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
417	NC_008789	C	7	7	274027	274033	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
418	NC_008789	CGG	2	6	275357	275362	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
419	NC_008789	CG	3	6	275363	275368	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
420	NC_008789	CCG	2	6	275369	275374	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
421	NC_008789	CGC	2	6	277220	277225	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
422	NC_008789	CATGC	2	10	279142	279151	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
423	NC_008789	CGTAA	2	10	282428	282437	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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