MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Haloarcula marismortui ATCC 43049 plasmid pNG400

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006392	TTG	2	6	19	24	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_006392	CAA	2	6	980	985	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_006392	TGGA	2	8	1016	1023	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_006392	TTG	2	6	1071	1076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_006392	AGTCC	2	10	1140	1149	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_006392	ACG	2	6	1156	1161	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_006392	GTTGTG	2	12	1202	1213	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_006392	GAAA	2	8	1282	1289	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_006392	ACC	2	6	1361	1366	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_006392	CGAC	2	8	1381	1388	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
11	NC_006392	ATT	2	6	1434	1439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_006392	GGTG	2	8	1461	1468	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
13	NC_006392	GCC	2	6	2945	2950	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_006392	CAA	2	6	3029	3034	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_006392	A	6	6	3612	3617	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_006392	CAC	2	6	4261	4266	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_006392	A	6	6	7183	7188	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_006392	GAAG	2	8	7266	7273	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_006392	TACC	2	8	7321	7328	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_006392	CAG	2	6	9727	9732	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_006392	CAT	2	6	10847	10852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_006392	CAG	2	6	10931	10936	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_006392	TACCC	2	10	10978	10987	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_006392	TCG	3	9	12955	12963	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_006392	TTC	2	6	12971	12976	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_006392	TA	3	6	13032	13037	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_006392	TCG	2	6	13061	13066	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_006392	GAT	2	6	13198	13203	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_006392	GGAA	2	8	13245	13252	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_006392	AACG	2	8	13563	13570	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
31	NC_006392	ATT	2	6	14163	14168	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_006392	CCA	2	6	15394	15399	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_006392	AGA	2	6	15416	15421	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_006392	TA	3	6	15810	15815	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_006392	CTC	2	6	16258	16263	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_006392	ACT	2	6	16277	16282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_006392	TCC	2	6	16737	16742	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_006392	TGG	2	6	16800	16805	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_006392	GAC	2	6	16811	16816	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_006392	CT	3	6	16863	16868	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_006392	TAG	2	6	17387	17392	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_006392	TGA	2	6	17417	17422	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_006392	TGT	2	6	17456	17461	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
44	NC_006392	GCA	2	6	17488	17493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_006392	GTCA	2	8	17495	17502	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_006392	G	6	6	17524	17529	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
47	NC_006392	C	6	6	17531	17536	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
48	NC_006392	CG	4	8	17557	17564	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_006392	CAA	2	6	17588	17593	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_006392	GTC	2	6	17595	17600	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_006392	CCA	2	6	17635	17640	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_006392	TA	3	6	17664	17669	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_006392	ACT	2	6	17680	17685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_006392	TCA	2	6	17782	17787	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_006392	CA	3	6	17786	17791	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_006392	AGCT	2	8	17904	17911	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_006392	ACC	2	6	17915	17920	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_006392	GA	3	6	17941	17946	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_006392	TGA	2	6	20883	20888	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_006392	CGA	2	6	22185	22190	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_006392	CTC	3	9	22215	22223	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_006392	GCT	2	6	22254	22259	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_006392	GA	3	6	23459	23464	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_006392	GCT	2	6	23470	23475	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_006392	GTG	2	6	23531	23536	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_006392	CGT	2	6	23543	23548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_006392	TTC	2	6	23553	23558	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_006392	AG	3	6	23562	23567	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
69	NC_006392	CAG	2	6	23657	23662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_006392	AAC	2	6	23698	23703	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_006392	CAT	2	6	23838	23843	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_006392	AC	3	6	23936	23941	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_006392	AC	3	6	23955	23960	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_006392	CGA	2	6	23964	23969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_006392	CAA	2	6	24160	24165	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_006392	CTA	2	6	24204	24209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_006392	GGC	2	6	24717	24722	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_006392	CAG	2	6	24731	24736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_006392	AGG	2	6	24788	24793	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_006392	ATTT	2	8	24799	24806	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_006392	AAC	2	6	24815	24820	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_006392	GAA	2	6	24833	24838	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_006392	TGC	2	6	25435	25440	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_006392	GTC	2	6	25503	25508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_006392	CCT	2	6	28922	28927	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_006392	CT	3	6	28935	28940	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_006392	GT	3	6	29016	29021	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_006392	ACG	2	6	29055	29060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_006392	CT	3	6	29070	29075	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_006392	TCT	2	6	29248	29253	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_006392	TG	3	6	29285	29290	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_006392	CG	3	6	29327	29332	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_006392	CTCC	2	8	33532	33539	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
94	NC_006392	GCGA	2	8	33557	33564	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_006392	GTGG	2	8	33576	33583	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
96	NC_006392	TG	3	6	33616	33621	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_006392	GTAT	2	8	33698	33705	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_006392	CCA	2	6	34000	34005	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_006392	AG	3	6	34156	34161	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
100	NC_006392	CTT	2	6	34164	34169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_006392	TTC	2	6	34221	34226	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_006392	CGA	2	6	34246	34251	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_006392	AC	3	6	34273	34278	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_006392	GCT	2	6	34281	34286	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_006392	GCC	2	6	34801	34806	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_006392	GCTGGC	2	12	34822	34833	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_006392	C	6	6	34922	34927	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
108	NC_006392	CGA	2	6	34952	34957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_006392	AGTGA	2	10	34962	34971	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_006392	GCGT	2	8	35064	35071	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_006392	CGC	2	6	35118	35123	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
112	NC_006392	CGA	2	6	35186	35191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_006392	AGG	2	6	35194	35199	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_006392	CAGAA	2	10	35256	35265	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_006392	CGA	2	6	35402	35407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_006392	CGA	2	6	35462	35467	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_006392	CAT	2	6	35474	35479	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_006392	AGT	2	6	35507	35512	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_006392	CGT	3	9	35533	35541	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_006392	CGG	2	6	35590	35595	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_006392	CA	3	6	35600	35605	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_006392	CGT	2	6	35609	35614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_006392	TGAAG	2	10	35637	35646	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_006392	CCG	2	6	35776	35781	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
125	NC_006392	GTC	2	6	35803	35808	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_006392	CCG	2	6	35843	35848	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_006392	GTC	2	6	35870	35875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_006392	ACG	2	6	35980	35985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_006392	CAA	2	6	36058	36063	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_006392	CG	3	6	36131	36136	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_006392	GTC	2	6	36265	36270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_006392	AGCCA	2	10	36374	36383	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_006392	CCG	2	6	36396	36401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_006392	CGA	2	6	36440	36445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_006392	ATC	2	6	36502	36507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_006392	CGG	2	6	36531	36536	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_006392	GGA	2	6	36589	36594	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_006392	GAA	2	6	36728	36733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_006392	TCAG	2	8	36810	36817	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_006392	GAG	2	6	36837	36842	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_006392	GCA	2	6	36853	36858	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_006392	CCA	2	6	36863	36868	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
143	NC_006392	CAG	2	6	36894	36899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_006392	GCT	2	6	36902	36907	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_006392	ACGG	2	8	36913	36920	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
146	NC_006392	TGG	2	6	36933	36938	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
147	NC_006392	ACCC	2	8	36974	36981	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
148	NC_006392	AG	3	6	36999	37004	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_006392	AGT	2	6	37044	37049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_006392	ACA	2	6	37055	37060	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_006392	AGC	2	6	37141	37146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_006392	AAC	2	6	37250	37255	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_006392	GAC	2	6	37267	37272	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_006392	AGAC	2	8	37274	37281	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
155	NC_006392	TCG	2	6	46556	46561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_006392	G	6	6	46568	46573	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
157	NC_006392	CGA	2	6	46593	46598	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_006392	AGTGA	2	10	46603	46612	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
159	NC_006392	CCG	2	6	46706	46711	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_006392	GCC	2	6	46758	46763	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
161	NC_006392	AGCACG	2	12	46764	46775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_006392	CCCTC	2	10	46820	46829	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
163	NC_006392	GTG	2	6	46949	46954	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
164	NC_006392	GCG	2	6	47018	47023	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_006392	GA	3	6	47159	47164	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
166	NC_006392	CAG	2	6	47437	47442	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
167	NC_006392	CGG	2	6	47554	47559	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_006392	CGGC	2	8	47609	47616	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
169	NC_006392	GA	3	6	47629	47634	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_006392	GCG	2	6	47692	47697	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_006392	CG	3	6	47752	47757	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
172	NC_006392	CTC	2	6	47813	47818	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
173	NC_006392	GTG	2	6	47823	47828	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
174	NC_006392	CGG	2	6	47880	47885	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_006392	GGA	2	6	47898	47903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
176	NC_006392	CCG	2	6	48035	48040	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
177	NC_006392	CGG	2	6	48150	48155	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_006392	GTC	2	6	48165	48170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_006392	CAC	2	6	48280	48285	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
180	NC_006392	CGT	2	6	48296	48301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
181	NC_006392	TAGA	2	8	48362	48369	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
182	NC_006392	CTA	2	6	48404	48409	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
183	NC_006392	CGA	2	6	48416	48421	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_006392	TTGA	2	8	48534	48541	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
185	NC_006392	TG	3	6	48559	48564	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
186	NC_006392	GTT	2	6	48604	48609	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
187	NC_006392	CAG	2	6	48686	48691	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_006392	GAG	3	9	49008	49016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
189	NC_006392	CAT	2	6	49069	49074	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
190	NC_006392	CGC	2	6	49144	49149	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
191	NC_006392	GACGG	2	10	49218	49227	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
192	NC_006392	TTG	2	6	49266	49271	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
193	NC_006392	CTG	2	6	49347	49352	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
194	NC_006392	GTG	2	6	49408	49413	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
195	NC_006392	CGG	2	6	49418	49423	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
196	NC_006392	CGG	2	6	49463	49468	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_006392	GAC	2	6	49474	49479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_006392	CAT	2	6	49546	49551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_006392	TTG	2	6	49675	49680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
200	NC_006392	GAC	2	6	49730	49735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
201	NC_006392	CGA	2	6	49747	49752	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
202	NC_006392	AGC	2	6	49848	49853	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
203	NC_006392	CGA	3	9	49922	49930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
204	NC_006392	TAC	2	6	50007	50012	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
205	NC_006392	GTTA	2	8	50013	50020	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
206	NC_006392	ATA	2	6	50049	50054	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.