MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter pylori HUP-B14 plasmid pHPB14

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017734	TTG	2	6	643	648	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745518
2	NC_017734	T	6	6	698	703	0 %	100 %	0 %	0 %	386745518
3	NC_017734	CAA	2	6	1030	1035	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386745519
4	NC_017734	ATG	2	6	1157	1162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386745519
5	NC_017734	ATG	2	6	1271	1276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386745519
6	NC_017734	TTG	2	6	1353	1358	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745519
7	NC_017734	T	6	6	1387	1392	0 %	100 %	0 %	0 %	386745519
8	NC_017734	TCA	2	6	1409	1414	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386745519
9	NC_017734	CAAG	2	8	1485	1492	50 %	0 %	25 %	25 %	386745519
10	NC_017734	TGAT	2	8	1511	1518	25 %	50 %	25 %	0 %	386745519
11	NC_017734	T	7	7	1553	1559	0 %	100 %	0 %	0 %	386745519
12	NC_017734	CTTC	2	8	1616	1623	0 %	50 %	0 %	50 %	386745519
13	NC_017734	ATTTG	2	10	1647	1656	20 %	60 %	20 %	0 %	386745519
14	NC_017734	TTCT	2	8	1688	1695	0 %	75 %	0 %	25 %	386745519
15	NC_017734	GCAT	2	8	1728	1735	25 %	25 %	25 %	25 %	386745519
16	NC_017734	TTC	2	6	1769	1774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386745520
17	NC_017734	TTA	2	6	1928	1933	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386745520
18	NC_017734	ATG	2	6	1937	1942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386745520
19	NC_017734	T	6	6	2029	2034	0 %	100 %	0 %	0 %	386745520
20	NC_017734	AACA	2	8	2050	2057	75 %	0 %	0 %	25 %	386745520
21	NC_017734	TTG	2	6	2078	2083	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
22	NC_017734	CGT	2	6	2154	2159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386745520
23	NC_017734	TTG	2	6	2180	2185	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
24	NC_017734	CTT	2	6	2252	2257	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386745520
25	NC_017734	TTG	2	6	2332	2337	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
26	NC_017734	TTCT	2	8	2413	2420	0 %	75 %	0 %	25 %	386745520
27	NC_017734	AAG	2	6	2646	2651	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386745520
28	NC_017734	TTG	2	6	2675	2680	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
29	NC_017734	CT	3	6	2818	2823	0 %	50 %	0 %	50 %	386745520
30	NC_017734	AAT	2	6	2824	2829	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386745520
31	NC_017734	CAC	2	6	2841	2846	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386745520
32	NC_017734	TGT	2	6	2850	2855	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
33	NC_017734	T	6	6	2864	2869	0 %	100 %	0 %	0 %	386745520
34	NC_017734	AAT	2	6	2879	2884	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386745520
35	NC_017734	TTA	2	6	3035	3040	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386745520
36	NC_017734	GTT	2	6	3043	3048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
37	NC_017734	GGT	2	6	3055	3060	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386745520
38	NC_017734	GGT	2	6	3112	3117	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386745520
39	NC_017734	TTG	2	6	3129	3134	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
40	NC_017734	TTTTTC	2	12	3142	3153	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386745520
41	NC_017734	TA	3	6	3232	3237	50 %	50 %	0 %	0 %	386745520
42	NC_017734	T	6	6	3246	3251	0 %	100 %	0 %	0 %	386745520
43	NC_017734	GT	3	6	3285	3290	0 %	50 %	50 %	0 %	386745520
44	NC_017734	TTC	2	6	3295	3300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386745520
45	NC_017734	TAA	2	6	3301	3306	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386745520
46	NC_017734	TAATTC	2	12	3313	3324	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386745520
47	NC_017734	GTT	2	6	3336	3341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745520
48	NC_017734	T	6	6	3975	3980	0 %	100 %	0 %	0 %	386745521
49	NC_017734	TTG	2	6	4765	4770	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745522
50	NC_017734	T	6	6	4820	4825	0 %	100 %	0 %	0 %	386745522
51	NC_017734	CAA	2	6	5152	5157	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386745523
52	NC_017734	ATG	2	6	5279	5284	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386745523
53	NC_017734	ATG	2	6	5393	5398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386745523
54	NC_017734	TTG	2	6	5475	5480	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745523
55	NC_017734	T	6	6	5509	5514	0 %	100 %	0 %	0 %	386745523
56	NC_017734	TCA	2	6	5531	5536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386745523
57	NC_017734	CAAG	2	8	5607	5614	50 %	0 %	25 %	25 %	386745523
58	NC_017734	TGAT	2	8	5633	5640	25 %	50 %	25 %	0 %	386745523
59	NC_017734	T	7	7	5675	5681	0 %	100 %	0 %	0 %	386745523
60	NC_017734	CTTC	2	8	5738	5745	0 %	50 %	0 %	50 %	386745523
61	NC_017734	ATTTG	2	10	5769	5778	20 %	60 %	20 %	0 %	386745523
62	NC_017734	TTCT	2	8	5810	5817	0 %	75 %	0 %	25 %	386745523
63	NC_017734	GCAT	2	8	5850	5857	25 %	25 %	25 %	25 %	386745523
64	NC_017734	TTC	2	6	5891	5896	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386745524
65	NC_017734	TTA	2	6	6050	6055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386745524
66	NC_017734	ATG	2	6	6059	6064	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386745524
67	NC_017734	T	6	6	6151	6156	0 %	100 %	0 %	0 %	386745524
68	NC_017734	AACA	2	8	6172	6179	75 %	0 %	0 %	25 %	386745524
69	NC_017734	TTG	2	6	6200	6205	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745524
70	NC_017734	CGT	2	6	6276	6281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386745524
71	NC_017734	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745524
72	NC_017734	CTT	2	6	6374	6379	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386745524
73	NC_017734	TTG	2	6	6454	6459	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745524
74	NC_017734	TTCT	2	8	6535	6542	0 %	75 %	0 %	25 %	386745524
75	NC_017734	AAG	2	6	6768	6773	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386745524
76	NC_017734	TTG	2	6	6797	6802	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745524
77	NC_017734	T	7	7	6902	6908	0 %	100 %	0 %	0 %	386745524
78	NC_017734	TTTTA	2	10	6967	6976	20 %	80 %	0 %	0 %	386745524
79	NC_017734	TTA	2	6	7151	7156	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386745524
80	NC_017734	GTT	2	6	7159	7164	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745524
81	NC_017734	GGT	2	6	7171	7176	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386745524
82	NC_017734	GGT	2	6	7228	7233	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386745524
83	NC_017734	TTG	2	6	7245	7250	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745524
84	NC_017734	TTC	2	6	7282	7287	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386745524
85	NC_017734	T	6	6	7288	7293	0 %	100 %	0 %	0 %	386745524
86	NC_017734	ATT	2	6	7322	7327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386745524
87	NC_017734	TTG	2	6	7340	7345	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386745524
88	NC_017734	GT	3	6	7398	7403	0 %	50 %	50 %	0 %	386745524
89	NC_017734	T	6	6	8157	8162	0 %	100 %	0 %	0 %	386745525

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.