MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter pylori F30 plasmid pHPF30

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017369	AT	3	6	503	508	50 %	50 %	0 %	0 %	385218262
2	NC_017369	A	6	6	588	593	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
3	NC_017369	ATA	2	6	623	628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218262
4	NC_017369	TATG	2	8	727	734	25 %	50 %	25 %	0 %	385218262
5	NC_017369	AT	3	6	839	844	50 %	50 %	0 %	0 %	385218262
6	NC_017369	AT	3	6	900	905	50 %	50 %	0 %	0 %	385218262
7	NC_017369	AGT	2	6	918	923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218262
8	NC_017369	A	6	6	979	984	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
9	NC_017369	CT	3	6	1042	1047	0 %	50 %	0 %	50 %	385218262
10	NC_017369	TGT	2	6	1064	1069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218262
11	NC_017369	T	7	7	1091	1097	0 %	100 %	0 %	0 %	385218262
12	NC_017369	GAA	2	6	1109	1114	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218262
13	NC_017369	A	6	6	1123	1128	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
14	NC_017369	GTA	2	6	1174	1179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218262
15	NC_017369	AATG	2	8	1267	1274	50 %	25 %	25 %	0 %	385218262
16	NC_017369	TCT	2	6	1283	1288	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218262
17	NC_017369	A	8	8	1410	1417	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
18	NC_017369	TATT	2	8	1461	1468	25 %	75 %	0 %	0 %	385218262
19	NC_017369	AC	3	6	1479	1484	50 %	0 %	0 %	50 %	385218262
20	NC_017369	AC	3	6	1508	1513	50 %	0 %	0 %	50 %	385218262
21	NC_017369	AAT	2	6	1571	1576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218262
22	NC_017369	TAA	2	6	1634	1639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218262
23	NC_017369	TGT	2	6	1757	1762	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218263
24	NC_017369	ATC	2	6	1803	1808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
25	NC_017369	GCTAG	2	10	1837	1846	20 %	20 %	40 %	20 %	385218263
26	NC_017369	A	6	6	1864	1869	100 %	0 %	0 %	0 %	385218263
27	NC_017369	T	6	6	1929	1934	0 %	100 %	0 %	0 %	385218263
28	NC_017369	ATC	2	6	1935	1940	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
29	NC_017369	TAT	2	6	1952	1957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218263
30	NC_017369	ACA	2	6	1968	1973	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218263
31	NC_017369	A	7	7	2057	2063	100 %	0 %	0 %	0 %	385218263
32	NC_017369	CAAA	2	8	2111	2118	75 %	0 %	0 %	25 %	385218263
33	NC_017369	T	6	6	2124	2129	0 %	100 %	0 %	0 %	385218263
34	NC_017369	A	6	6	2138	2143	100 %	0 %	0 %	0 %	385218263
35	NC_017369	TTC	2	6	2145	2150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218263
36	NC_017369	ATC	2	6	2172	2177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
37	NC_017369	CTA	2	6	2203	2208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
38	NC_017369	T	7	7	2322	2328	0 %	100 %	0 %	0 %	385218263
39	NC_017369	AAT	2	6	2382	2387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218263
40	NC_017369	ATT	2	6	2409	2414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218263
41	NC_017369	GGT	2	6	2456	2461	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385218263
42	NC_017369	ATGA	2	8	2494	2501	50 %	25 %	25 %	0 %	385218263
43	NC_017369	TAA	2	6	2504	2509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218263
44	NC_017369	TCAT	2	8	2578	2585	25 %	50 %	0 %	25 %	385218263
45	NC_017369	TTC	2	6	2590	2595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218263
46	NC_017369	AAT	2	6	2673	2678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218263
47	NC_017369	ATAA	2	8	2734	2741	75 %	25 %	0 %	0 %	385218263
48	NC_017369	TC	3	6	3042	3047	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
49	NC_017369	TGT	2	6	3093	3098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
50	NC_017369	AAG	2	6	3163	3168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218264
51	NC_017369	GTT	2	6	3276	3281	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
52	NC_017369	TTTGA	2	10	3341	3350	20 %	60 %	20 %	0 %	385218264
53	NC_017369	TTG	2	6	3365	3370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
54	NC_017369	TTTC	2	8	3415	3422	0 %	75 %	0 %	25 %	385218264
55	NC_017369	CT	4	8	3457	3464	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
56	NC_017369	CT	4	8	3466	3473	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
57	NC_017369	TAA	2	6	3491	3496	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218264
58	NC_017369	TGT	2	6	3499	3504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
59	NC_017369	CT	3	6	3528	3533	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
60	NC_017369	TTCAAG	2	12	3534	3545	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385218264
61	NC_017369	CTG	2	6	3592	3597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385218264
62	NC_017369	CT	3	6	3645	3650	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
63	NC_017369	TTCTT	2	10	3660	3669	0 %	80 %	0 %	20 %	385218264
64	NC_017369	CTT	2	6	3706	3711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218264
65	NC_017369	GTT	2	6	3809	3814	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
66	NC_017369	CTT	2	6	3847	3852	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218264
67	NC_017369	TCCTTG	2	12	3870	3881	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385218264
68	NC_017369	ATG	2	6	3927	3932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218264
69	NC_017369	ATG	2	6	3942	3947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218264
70	NC_017369	TGT	2	6	4033	4038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
71	NC_017369	TTG	2	6	4044	4049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
72	NC_017369	CT	3	6	4083	4088	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
73	NC_017369	GTT	3	9	4157	4165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
74	NC_017369	GA	3	6	4188	4193	50 %	0 %	50 %	0 %	385218264
75	NC_017369	GTGTT	2	10	4208	4217	0 %	60 %	40 %	0 %	385218264
76	NC_017369	T	6	6	4263	4268	0 %	100 %	0 %	0 %	385218264
77	NC_017369	TCA	2	6	4321	4326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218264
78	NC_017369	ATT	2	6	4330	4335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218264
79	NC_017369	TTG	2	6	4356	4361	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
80	NC_017369	CCTTG	2	10	4388	4397	0 %	40 %	20 %	40 %	385218264
81	NC_017369	TAT	2	6	4434	4439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218264
82	NC_017369	TGT	2	6	4541	4546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
83	NC_017369	TGT	2	6	4561	4566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
84	NC_017369	T	7	7	4566	4572	0 %	100 %	0 %	0 %	385218264
85	NC_017369	ATT	2	6	7208	7213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218265
86	NC_017369	AGA	2	6	7214	7219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218265
87	NC_017369	AC	3	6	7225	7230	50 %	0 %	0 %	50 %	385218265
88	NC_017369	CAA	2	6	7242	7247	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218265
89	NC_017369	ACAAAA	2	12	7256	7267	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385218265
90	NC_017369	A	7	7	7329	7335	100 %	0 %	0 %	0 %	385218265
91	NC_017369	AGA	2	6	7367	7372	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218265
92	NC_017369	CAA	2	6	7381	7386	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218265
93	NC_017369	ACC	2	6	7398	7403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385218265
94	NC_017369	ACC	2	6	7455	7460	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385218265
95	NC_017369	TAA	2	6	7475	7480	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218265
96	NC_017369	ATT	2	6	7631	7636	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218265
97	NC_017369	CTTG	2	8	7652	7659	0 %	50 %	25 %	25 %	385218265
98	NC_017369	ACA	2	6	7660	7665	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218265
99	NC_017369	AG	3	6	7692	7697	50 %	0 %	50 %	0 %	385218265
100	NC_017369	CTT	2	6	7864	7869	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218265
101	NC_017369	A	7	7	8061	8067	100 %	0 %	0 %	0 %	385218265
102	NC_017369	A	6	6	8094	8099	100 %	0 %	0 %	0 %	385218265
103	NC_017369	AAACAA	2	12	8178	8189	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	385218265
104	NC_017369	ACA	2	6	8359	8364	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218265
105	NC_017369	CAAA	2	8	8443	8450	75 %	0 %	0 %	25 %	385218265
106	NC_017369	A	6	6	8493	8498	100 %	0 %	0 %	0 %	385218265
107	NC_017369	AGA	2	6	8510	8515	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218265
108	NC_017369	CAA	3	9	8600	8608	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218265
109	NC_017369	CAA	2	6	8633	8638	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218265
110	NC_017369	GAA	2	6	8759	8764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218265

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.