MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter pylori Lithuania75 plasmid unnamed

Total Repeats: 272

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017363	ATC	2	6	448	453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896666
2	NC_017363	ATT	2	6	459	464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896666
3	NC_017363	CAA	2	6	500	505	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
4	NC_017363	ACC	2	6	517	522	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384896666
5	NC_017363	ACC	2	6	574	579	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384896666
6	NC_017363	CAA	2	6	585	590	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
7	NC_017363	ATT	2	6	750	755	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896666
8	NC_017363	CTTG	2	8	771	778	0 %	50 %	25 %	25 %	384896666
9	NC_017363	ACA	2	6	779	784	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
10	NC_017363	GGC	2	6	787	792	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	384896666
11	NC_017363	AG	3	6	811	816	50 %	0 %	50 %	0 %	384896666
12	NC_017363	CAA	2	6	954	959	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
13	NC_017363	A	6	6	1119	1124	100 %	0 %	0 %	0 %	384896666
14	NC_017363	A	6	6	1213	1218	100 %	0 %	0 %	0 %	384896666
15	NC_017363	CAA	2	6	1300	1305	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
16	NC_017363	AAC	2	6	1480	1485	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
17	NC_017363	CAA	2	6	1566	1571	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
18	NC_017363	ACT	2	6	1587	1592	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896666
19	NC_017363	A	6	6	1615	1620	100 %	0 %	0 %	0 %	384896666
20	NC_017363	CAA	2	6	1749	1754	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896666
21	NC_017363	GAA	2	6	1875	1880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896666
22	NC_017363	ATGC	2	8	1914	1921	25 %	25 %	25 %	25 %	384896667
23	NC_017363	GAAA	2	8	1951	1958	75 %	0 %	25 %	0 %	384896667
24	NC_017363	ACC	2	6	1982	1987	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384896667
25	NC_017363	CAAAT	2	10	1993	2002	60 %	20 %	0 %	20 %	384896667
26	NC_017363	GAAG	2	8	2026	2033	50 %	0 %	50 %	0 %	384896667
27	NC_017363	ATG	2	6	2060	2065	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896667
28	NC_017363	TGG	2	6	2073	2078	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384896667
29	NC_017363	A	6	6	2083	2088	100 %	0 %	0 %	0 %	384896667
30	NC_017363	CAA	2	6	2117	2122	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896667
31	NC_017363	CAT	2	6	2199	2204	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896667
32	NC_017363	TCA	2	6	2312	2317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896667
33	NC_017363	TAC	2	6	2341	2346	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896667
34	NC_017363	ACA	2	6	2366	2371	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896667
35	NC_017363	CAT	2	6	2917	2922	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896668
36	NC_017363	ATT	2	6	3091	3096	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896668
37	NC_017363	CTA	2	6	3107	3112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896668
38	NC_017363	AAAAG	2	10	3604	3613	80 %	0 %	20 %	0 %	384896669
39	NC_017363	ATGC	2	8	3640	3647	25 %	25 %	25 %	25 %	384896669
40	NC_017363	CTTT	2	8	3767	3774	0 %	75 %	0 %	25 %	384896669
41	NC_017363	AG	3	6	3921	3926	50 %	0 %	50 %	0 %	384896669
42	NC_017363	A	6	6	3955	3960	100 %	0 %	0 %	0 %	384896669
43	NC_017363	T	7	7	3968	3974	0 %	100 %	0 %	0 %	384896669
44	NC_017363	CTT	2	6	4050	4055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384896669
45	NC_017363	A	8	8	4078	4085	100 %	0 %	0 %	0 %	384896669
46	NC_017363	T	7	7	4187	4193	0 %	100 %	0 %	0 %	384896669
47	NC_017363	TTG	2	6	4250	4255	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384896669
48	NC_017363	A	7	7	4258	4264	100 %	0 %	0 %	0 %	384896669
49	NC_017363	CAA	2	6	4288	4293	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896669
50	NC_017363	AGA	2	6	4304	4309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896669
51	NC_017363	CTAT	2	8	4333	4340	25 %	50 %	0 %	25 %	384896669
52	NC_017363	CAT	2	6	4358	4363	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896669
53	NC_017363	A	6	6	4380	4385	100 %	0 %	0 %	0 %	384896670
54	NC_017363	A	6	6	4400	4405	100 %	0 %	0 %	0 %	384896670
55	NC_017363	ACAA	2	8	4454	4461	75 %	0 %	0 %	25 %	384896670
56	NC_017363	ATCT	2	8	4488	4495	25 %	50 %	0 %	25 %	384896670
57	NC_017363	ATT	3	9	4531	4539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896670
58	NC_017363	A	8	8	4658	4665	100 %	0 %	0 %	0 %	384896670
59	NC_017363	GA	3	6	4666	4671	50 %	0 %	50 %	0 %	384896670
60	NC_017363	A	8	8	4674	4681	100 %	0 %	0 %	0 %	384896670
61	NC_017363	TAT	2	6	4707	4712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896671
62	NC_017363	GAT	2	6	4765	4770	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896671
63	NC_017363	AAG	2	6	4841	4846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896671
64	NC_017363	AGT	2	6	4860	4865	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896671
65	NC_017363	CTAC	2	8	4886	4893	25 %	25 %	0 %	50 %	384896671
66	NC_017363	AGA	2	6	4983	4988	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896671
67	NC_017363	GGGT	2	8	5049	5056	0 %	25 %	75 %	0 %	384896671
68	NC_017363	CTA	2	6	5096	5101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896671
69	NC_017363	TAT	2	6	5253	5258	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896671
70	NC_017363	GCAA	2	8	5336	5343	50 %	0 %	25 %	25 %	384896672
71	NC_017363	AGTTT	2	10	5439	5448	20 %	60 %	20 %	0 %	384896672
72	NC_017363	A	6	6	5589	5594	100 %	0 %	0 %	0 %	384896672
73	NC_017363	GAAA	2	8	5626	5633	75 %	0 %	25 %	0 %	384896672
74	NC_017363	CTT	2	6	5670	5675	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384896672
75	NC_017363	GAT	2	6	5729	5734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896672
76	NC_017363	AAG	2	6	5790	5795	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896672
77	NC_017363	A	6	6	5817	5822	100 %	0 %	0 %	0 %	384896672
78	NC_017363	AGA	2	6	5851	5856	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896672
79	NC_017363	A	6	6	5897	5902	100 %	0 %	0 %	0 %	384896672
80	NC_017363	ATG	2	6	5910	5915	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896672
81	NC_017363	GAT	2	6	6200	6205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896673
82	NC_017363	ATT	2	6	6272	6277	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896673
83	NC_017363	AAGA	2	8	6285	6292	75 %	0 %	25 %	0 %	384896673
84	NC_017363	AAAG	2	8	6471	6478	75 %	0 %	25 %	0 %	384896673
85	NC_017363	GCTAT	2	10	6486	6495	20 %	40 %	20 %	20 %	384896673
86	NC_017363	CAC	2	6	6518	6523	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	384896673
87	NC_017363	GCCAA	2	10	6524	6533	40 %	0 %	20 %	40 %	384896673
88	NC_017363	TGAA	2	8	6589	6596	50 %	25 %	25 %	0 %	384896673
89	NC_017363	TGA	2	6	6616	6621	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896673
90	NC_017363	CTA	2	6	6631	6636	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896673
91	NC_017363	A	6	6	6654	6659	100 %	0 %	0 %	0 %	384896673
92	NC_017363	ATA	2	6	6715	6720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384896673
93	NC_017363	AGTG	2	8	6752	6759	25 %	25 %	50 %	0 %	384896673
94	NC_017363	ATG	2	6	6820	6825	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896673
95	NC_017363	A	6	6	6849	6854	100 %	0 %	0 %	0 %	384896673
96	NC_017363	A	6	6	6957	6962	100 %	0 %	0 %	0 %	384896674
97	NC_017363	CAA	2	6	7001	7006	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896674
98	NC_017363	AAAC	2	8	7012	7019	75 %	0 %	0 %	25 %	384896674
99	NC_017363	AGA	2	6	7031	7036	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896674
100	NC_017363	A	6	6	7041	7046	100 %	0 %	0 %	0 %	384896674
101	NC_017363	TGA	2	6	7075	7080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896674
102	NC_017363	AGA	2	6	7088	7093	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384896674
103	NC_017363	TGAA	2	8	7099	7106	50 %	25 %	25 %	0 %	384896674
104	NC_017363	T	6	6	7156	7161	0 %	100 %	0 %	0 %	384896674
105	NC_017363	A	6	6	7176	7181	100 %	0 %	0 %	0 %	384896674
106	NC_017363	TCA	2	6	7263	7268	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896675
107	NC_017363	TTGTG	2	10	7290	7299	0 %	60 %	40 %	0 %	384896675
108	NC_017363	T	6	6	7308	7313	0 %	100 %	0 %	0 %	384896675
109	NC_017363	CTT	2	6	7318	7323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384896675
110	NC_017363	AATTCT	2	12	7413	7424	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	384896675
111	NC_017363	T	6	6	7463	7468	0 %	100 %	0 %	0 %	384896675
112	NC_017363	TTTC	2	8	7512	7519	0 %	75 %	0 %	25 %	384896675
113	NC_017363	T	6	6	7530	7535	0 %	100 %	0 %	0 %	384896675
114	NC_017363	T	6	6	7581	7586	0 %	100 %	0 %	0 %	384896675
115	NC_017363	TCA	2	6	7614	7619	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896675
116	NC_017363	CAAT	2	8	7648	7655	50 %	25 %	0 %	25 %	384896675
117	NC_017363	GAAT	2	8	7694	7701	50 %	25 %	25 %	0 %	384896675
118	NC_017363	CAA	2	6	7802	7807	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384896675
119	NC_017363	TTTG	2	8	7829	7836	0 %	75 %	25 %	0 %	384896675
120	NC_017363	TAA	2	6	7859	7864	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384896675
121	NC_017363	CTTTT	2	10	7873	7882	0 %	80 %	0 %	20 %	384896675
122	NC_017363	T	6	6	7879	7884	0 %	100 %	0 %	0 %	384896675
123	NC_017363	TTA	2	6	7923	7928	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896675
124	NC_017363	ATTT	2	8	7967	7974	25 %	75 %	0 %	0 %	384896675
125	NC_017363	T	6	6	7972	7977	0 %	100 %	0 %	0 %	384896675
126	NC_017363	TAT	2	6	8005	8010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896675
127	NC_017363	A	6	6	8030	8035	100 %	0 %	0 %	0 %	384896675
128	NC_017363	GTT	2	6	8077	8082	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384896675
129	NC_017363	TTG	2	6	8127	8132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384896675
130	NC_017363	ATT	2	6	8141	8146	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384896675
131	NC_017363	T	6	6	8156	8161	0 %	100 %	0 %	0 %	384896675
132	NC_017363	TTCCT	2	10	8167	8176	0 %	60 %	0 %	40 %	384896675
133	NC_017363	CCATA	2	10	8237	8246	40 %	20 %	0 %	40 %	384896675
134	NC_017363	TCA	2	6	8250	8255	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	384896675
135	NC_017363	TCT	2	6	8271	8276	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	384896675
136	NC_017363	TGA	2	6	8299	8304	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896675
137	NC_017363	TGA	2	6	8314	8319	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384896675
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139	NC_017363	A	6	6	8399	8404	100 %	0 %	0 %	0 %	384896675
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.