MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 34637

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011852	TCGTA	2	10	43	52	20 %	40 %	20 %	20 %	219870280
2	NC_011852	GCA	2	6	59	64	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870280
3	NC_011852	TGA	2	6	73	78	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
4	NC_011852	AGT	2	6	85	90	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
5	NC_011852	AT	3	6	127	132	50 %	50 %	0 %	0 %	219870280
6	NC_011852	A	6	6	344	349	100 %	0 %	0 %	0 %	219870280
7	NC_011852	CTT	2	6	444	449	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870280
8	NC_011852	ACA	2	6	452	457	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870280
9	NC_011852	CAC	2	6	468	473	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	219870280
10	NC_011852	AAG	2	6	507	512	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870280
11	NC_011852	CAA	2	6	534	539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870280
12	NC_011852	A	6	6	549	554	100 %	0 %	0 %	0 %	219870280
13	NC_011852	GGT	2	6	587	592	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870280
14	NC_011852	GTG	2	6	594	599	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870280
15	NC_011852	CAT	2	6	610	615	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870280
16	NC_011852	TGT	2	6	718	723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870280
17	NC_011852	A	6	6	770	775	100 %	0 %	0 %	0 %	219870280
18	NC_011852	GCA	2	6	788	793	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870280
19	NC_011852	AGT	2	6	850	855	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870280
20	NC_011852	GATGCA	2	12	896	907	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	219870280
21	NC_011852	CAAA	2	8	972	979	75 %	0 %	0 %	25 %	219870280
22	NC_011852	ATT	2	6	1988	1993	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
23	NC_011852	A	6	6	2017	2022	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
24	NC_011852	TTG	2	6	2052	2057	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
25	NC_011852	T	6	6	2112	2117	0 %	100 %	0 %	0 %	219870281
26	NC_011852	ATC	2	6	2140	2145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870281
27	NC_011852	GTGAT	2	10	2178	2187	20 %	40 %	40 %	0 %	219870281
28	NC_011852	ATA	2	6	2223	2228	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
29	NC_011852	TC	3	6	2253	2258	0 %	50 %	0 %	50 %	219870281
30	NC_011852	AGA	2	6	2349	2354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
31	NC_011852	ATG	2	6	2412	2417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
32	NC_011852	GAT	2	6	2425	2430	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
33	NC_011852	TTC	2	6	2476	2481	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
34	NC_011852	TCC	2	6	2512	2517	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	219870281
35	NC_011852	GCTTA	2	10	2547	2556	20 %	40 %	20 %	20 %	219870281
36	NC_011852	CGG	2	6	2622	2627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	219870281
37	NC_011852	ATT	2	6	2630	2635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
38	NC_011852	AAC	2	6	2713	2718	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
39	NC_011852	GTC	2	6	2741	2746	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
40	NC_011852	TAA	2	6	2767	2772	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
41	NC_011852	A	6	6	2787	2792	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
42	NC_011852	A	6	6	2855	2860	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
43	NC_011852	AAT	2	6	2888	2893	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
44	NC_011852	AAT	2	6	2915	2920	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870281
45	NC_011852	TGG	2	6	2964	2969	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
46	NC_011852	ATT	2	6	3011	3016	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
47	NC_011852	CGT	2	6	3035	3040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
48	NC_011852	AGC	2	6	3238	3243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
49	NC_011852	AGA	2	6	3265	3270	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
50	NC_011852	ATT	2	6	3306	3311	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
51	NC_011852	A	6	6	3378	3383	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
52	NC_011852	ATT	2	6	3403	3408	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
53	NC_011852	TTA	2	6	3425	3430	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
54	NC_011852	A	6	6	3483	3488	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
55	NC_011852	AGA	2	6	3553	3558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
56	NC_011852	AAG	2	6	3570	3575	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
57	NC_011852	CGT	2	6	3644	3649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870281
58	NC_011852	GGT	2	6	3650	3655	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
59	NC_011852	GAT	2	6	3686	3691	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
60	NC_011852	ATT	2	6	3703	3708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
61	NC_011852	GTG	2	6	3798	3803	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
62	NC_011852	TTC	2	6	3828	3833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
63	NC_011852	TTC	2	6	3870	3875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870281
64	NC_011852	ATTT	2	8	3907	3914	25 %	75 %	0 %	0 %	219870281
65	NC_011852	A	6	6	3941	3946	100 %	0 %	0 %	0 %	219870281
66	NC_011852	TGA	2	6	4012	4017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
67	NC_011852	TGT	2	6	4059	4064	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
68	NC_011852	CAA	2	6	4155	4160	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
69	NC_011852	GAT	2	6	4175	4180	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870281
70	NC_011852	GAA	2	6	4184	4189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
71	NC_011852	GAA	2	6	4214	4219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
72	NC_011852	GAA	2	6	4223	4228	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
73	NC_011852	TTAAC	2	10	4239	4248	40 %	40 %	0 %	20 %	219870281
74	NC_011852	CAA	2	6	4365	4370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870281
75	NC_011852	GGT	2	6	4375	4380	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870281
76	NC_011852	TGAA	2	8	4392	4399	50 %	25 %	25 %	0 %	219870281
77	NC_011852	GCA	2	6	4418	4423	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
78	NC_011852	GAA	2	6	4433	4438	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
79	NC_011852	GTAC	2	8	4478	4485	25 %	25 %	25 %	25 %	219870281
80	NC_011852	TAT	2	6	4534	4539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870281
81	NC_011852	AGA	2	6	4549	4554	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
82	NC_011852	TGT	2	6	4561	4566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870281
83	NC_011852	GAC	2	6	4595	4600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870281
84	NC_011852	GAA	2	6	4622	4627	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870281
85	NC_011852	ATA	2	6	8998	9003	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870282
86	NC_011852	TAG	2	6	9049	9054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870282
87	NC_011852	GGT	2	6	9677	9682	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870283
88	NC_011852	GCA	3	9	9698	9706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870283
89	NC_011852	TGC	2	6	9772	9777	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870283
90	NC_011852	GCG	2	6	9788	9793	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	219870283
91	NC_011852	TGT	2	6	9874	9879	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870283
92	NC_011852	TCG	2	6	9973	9978	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870283
93	NC_011852	GGT	2	6	9983	9988	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870283
94	NC_011852	TCAA	2	8	10061	10068	50 %	25 %	0 %	25 %	219870283
95	NC_011852	TGA	2	6	10090	10095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870283
96	NC_011852	TGA	2	6	10120	10125	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870283
97	NC_011852	ATG	2	6	10157	10162	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870283
98	NC_011852	CGG	2	6	10246	10251	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	219870283
99	NC_011852	GTG	2	6	10377	10382	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870283
100	NC_011852	TTAC	2	8	10417	10424	25 %	50 %	0 %	25 %	219870283
101	NC_011852	AT	3	6	10474	10479	50 %	50 %	0 %	0 %	219870283
102	NC_011852	GTT	2	6	10694	10699	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870283
103	NC_011852	GGT	2	6	10712	10717	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870283
104	NC_011852	TCT	2	6	10781	10786	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870283
105	NC_011852	GAA	2	6	11015	11020	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870283
106	NC_011852	A	6	6	11055	11060	100 %	0 %	0 %	0 %	219870283
107	NC_011852	ATCT	2	8	11185	11192	25 %	50 %	0 %	25 %	219870283
108	NC_011852	TCT	2	6	11195	11200	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870283
109	NC_011852	GTG	2	6	11223	11228	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870283
110	NC_011852	TGA	2	6	11257	11262	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870283
111	NC_011852	ACT	2	6	11268	11273	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870283
112	NC_011852	AC	3	6	11278	11283	50 %	0 %	0 %	50 %	219870283
113	NC_011852	CAA	2	6	11313	11318	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870283
114	NC_011852	AAG	2	6	11391	11396	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870283
115	NC_011852	CAG	2	6	11397	11402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870283
116	NC_011852	AGA	2	6	11418	11423	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870284
117	NC_011852	ATG	2	6	11624	11629	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870284
118	NC_011852	ATT	2	6	11783	11788	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870284
119	NC_011852	ACA	2	6	11790	11795	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870284
120	NC_011852	CAG	2	6	11829	11834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870284
121	NC_011852	CAAA	2	8	11854	11861	75 %	0 %	0 %	25 %	219870284
122	NC_011852	TTATG	2	10	11915	11924	20 %	60 %	20 %	0 %	219870284
123	NC_011852	CAG	2	6	11967	11972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870284
124	NC_011852	TCG	2	6	12075	12080	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870284
125	NC_011852	ACA	3	9	12209	12217	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870285
126	NC_011852	A	6	6	12230	12235	100 %	0 %	0 %	0 %	219870285
127	NC_011852	GTGAA	2	10	12243	12252	40 %	20 %	40 %	0 %	219870285
128	NC_011852	TGG	2	6	12260	12265	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870285
129	NC_011852	CAT	2	6	12430	12435	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870285
130	NC_011852	CTT	2	6	12469	12474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870285
131	NC_011852	ATG	2	6	12491	12496	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870285
132	NC_011852	GTA	2	6	12566	12571	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870285
133	NC_011852	TCC	2	6	12623	12628	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	219870286
134	NC_011852	ATA	2	6	12751	12756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870286
135	NC_011852	CA	3	6	12769	12774	50 %	0 %	0 %	50 %	219870286
136	NC_011852	TGTGG	2	10	12820	12829	0 %	40 %	60 %	0 %	219870286
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138	NC_011852	AC	3	6	13323	13328	50 %	0 %	0 %	50 %	219870287
139	NC_011852	TAA	2	6	13352	13357	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870287
140	NC_011852	AAAT	2	8	13508	13515	75 %	25 %	0 %	0 %	219870287
141	NC_011852	ATA	2	6	13528	13533	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870287
142	NC_011852	TAA	2	6	13560	13565	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870287
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149	NC_011852	A	6	6	13866	13871	100 %	0 %	0 %	0 %	219870287
150	NC_011852	ATC	2	6	13888	13893	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870287
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163	NC_011852	CAA	2	6	14490	14495	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870288
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252	NC_011852	T	6	6	20472	20477	0 %	100 %	0 %	0 %	219870293
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255	NC_011852	ATA	2	6	20584	20589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870293
256	NC_011852	TTC	2	6	20695	20700	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870293
257	NC_011852	AGGGAT	2	12	20707	20718	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	219870293
258	NC_011852	TGC	2	6	20758	20763	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870293
259	NC_011852	TTTC	2	8	20780	20787	0 %	75 %	0 %	25 %	219870293
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261	NC_011852	T	7	7	20866	20872	0 %	100 %	0 %	0 %	219870293
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