MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Haemophilus parasuis SH0165 chromosome

Total Repeats: 34637

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4501	NC_011852	AGGCGT	2	12	282763	282774	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	219870520
4502	NC_011852	GTT	2	6	282911	282916	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870520
4503	NC_011852	CAA	2	6	282918	282923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870520
4504	NC_011852	A	6	6	283011	283016	100 %	0 %	0 %	0 %	219870520
4505	NC_011852	AGC	2	6	283027	283032	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870520
4506	NC_011852	CAA	2	6	283079	283084	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870520
4507	NC_011852	TTC	2	6	283389	283394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870521
4508	NC_011852	TAA	2	6	283431	283436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870521
4509	NC_011852	AACACA	2	12	283521	283532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870521
4510	NC_011852	GC	3	6	283533	283538	0 %	0 %	50 %	50 %	219870521
4511	NC_011852	AAT	2	6	283540	283545	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870521
4512	NC_011852	T	6	6	283572	283577	0 %	100 %	0 %	0 %	219870521
4513	NC_011852	TTG	2	6	283709	283714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870521
4514	NC_011852	GCGT	2	8	283728	283735	0 %	25 %	50 %	25 %	219870521
4515	NC_011852	GCA	2	6	283741	283746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870521
4516	NC_011852	GAA	2	6	283747	283752	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870521
4517	NC_011852	TGA	2	6	283758	283763	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870521
4518	NC_011852	ATG	2	6	283846	283851	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870521
4519	NC_011852	CAG	2	6	283864	283869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870521
4520	NC_011852	TGT	2	6	283889	283894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870521
4521	NC_011852	CAG	2	6	283930	283935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870521
4522	NC_011852	ATT	2	6	284013	284018	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870521
4523	NC_011852	TGA	2	6	284046	284051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870521
4524	NC_011852	ATTG	2	8	284070	284077	25 %	50 %	25 %	0 %	219870521
4525	NC_011852	TAT	2	6	284103	284108	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870521
4526	NC_011852	CAG	2	6	284119	284124	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870521
4527	NC_011852	CGAT	2	8	284126	284133	25 %	25 %	25 %	25 %	219870521
4528	NC_011852	ATT	2	6	284237	284242	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870521
4529	NC_011852	AGCCG	2	10	284274	284283	20 %	0 %	40 %	40 %	219870521
4530	NC_011852	TGA	3	9	284298	284306	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870521
4531	NC_011852	GAAGCC	2	12	284320	284331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870521
4532	NC_011852	ATT	2	6	284389	284394	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870521
4533	NC_011852	TCG	2	6	284519	284524	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870521
4534	NC_011852	CAATA	2	10	284632	284641	60 %	20 %	0 %	20 %	219870521
4535	NC_011852	TGA	2	6	284809	284814	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870522
4536	NC_011852	T	6	6	284821	284826	0 %	100 %	0 %	0 %	219870522
4537	NC_011852	CCG	2	6	284860	284865	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	219870522
4538	NC_011852	CAA	2	6	284922	284927	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870522
4539	NC_011852	GAAATG	2	12	284954	284965	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	219870522
4540	NC_011852	GTGTT	2	10	284978	284987	0 %	60 %	40 %	0 %	219870522
4541	NC_011852	CCA	2	6	285031	285036	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	219870522
4542	NC_011852	ATG	2	6	285048	285053	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870522
4543	NC_011852	CAAT	2	8	285093	285100	50 %	25 %	0 %	25 %	219870522
4544	NC_011852	GCTG	2	8	285136	285143	0 %	25 %	50 %	25 %	219870522
4545	NC_011852	A	6	6	285215	285220	100 %	0 %	0 %	0 %	219870522
4546	NC_011852	CGT	2	6	285293	285298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870522
4547	NC_011852	CAA	2	6	285318	285323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870522
4548	NC_011852	GAA	2	6	285362	285367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870522
4549	NC_011852	GAA	2	6	285377	285382	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870522
4550	NC_011852	GAT	2	6	285386	285391	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870522
4551	NC_011852	GAA	2	6	285395	285400	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870522
4552	NC_011852	AGA	2	6	285440	285445	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870523
4553	NC_011852	CAATA	2	10	285451	285460	60 %	20 %	0 %	20 %	219870523
4554	NC_011852	AAG	2	6	285472	285477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870523
4555	NC_011852	TGG	2	6	285527	285532	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870523
4556	NC_011852	GGT	2	6	285558	285563	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870523
4557	NC_011852	T	6	6	285571	285576	0 %	100 %	0 %	0 %	219870523
4558	NC_011852	TGA	2	6	285587	285592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870523
4559	NC_011852	A	6	6	285601	285606	100 %	0 %	0 %	0 %	219870523
4560	NC_011852	AGA	2	6	285653	285658	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870523
4561	NC_011852	CAA	2	6	285676	285681	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	219870523
4562	NC_011852	G	6	6	285741	285746	0 %	0 %	100 %	0 %	219870523
4563	NC_011852	ATT	2	6	285767	285772	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870523
4564	NC_011852	T	6	6	285771	285776	0 %	100 %	0 %	0 %	219870523
4565	NC_011852	ATT	2	6	285789	285794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870523
4566	NC_011852	T	6	6	285816	285821	0 %	100 %	0 %	0 %	219870523
4567	NC_011852	GAA	2	6	285859	285864	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870523
4568	NC_011852	ATT	2	6	285904	285909	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870523
4569	NC_011852	TTG	2	6	285979	285984	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870523
4570	NC_011852	TAT	2	6	286017	286022	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870523
4571	NC_011852	GTTT	2	8	286044	286051	0 %	75 %	25 %	0 %	219870523
4572	NC_011852	ATG	2	6	286054	286059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870523
4573	NC_011852	GAAA	2	8	286061	286068	75 %	0 %	25 %	0 %	219870523
4574	NC_011852	A	7	7	286066	286072	100 %	0 %	0 %	0 %	219870523
4575	NC_011852	TGT	2	6	286073	286078	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870523
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4580	NC_011852	TGA	2	6	286181	286186	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	219870523
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4587	NC_011852	ATA	2	6	286478	286483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	219870524
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4590	NC_011852	TA	3	6	286739	286744	50 %	50 %	0 %	0 %	219870524
4591	NC_011852	CTATTA	2	12	286757	286768	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	219870524
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4593	NC_011852	AG	3	6	286786	286791	50 %	0 %	50 %	0 %	219870524
4594	NC_011852	AAGC	2	8	286798	286805	50 %	0 %	25 %	25 %	219870524
4595	NC_011852	TGT	2	6	286857	286862	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870524
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4597	NC_011852	AGA	2	6	286899	286904	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	219870524
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4599	NC_011852	CAAATT	2	12	286981	286992	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	219870524
4600	NC_011852	AT	3	6	287094	287099	50 %	50 %	0 %	0 %	219870525
4601	NC_011852	A	7	7	287105	287111	100 %	0 %	0 %	0 %	219870525
4602	NC_011852	TTAA	2	8	287215	287222	50 %	50 %	0 %	0 %	219870525
4603	NC_011852	T	7	7	287232	287238	0 %	100 %	0 %	0 %	219870525
4604	NC_011852	ACC	2	6	287368	287373	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	219870525
4605	NC_011852	GTG	2	6	287486	287491	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	219870525
4606	NC_011852	CAG	2	6	287500	287505	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870525
4607	NC_011852	TTCG	2	8	287534	287541	0 %	50 %	25 %	25 %	219870525
4608	NC_011852	AATC	2	8	287566	287573	50 %	25 %	0 %	25 %	219870525
4609	NC_011852	TTGA	2	8	287776	287783	25 %	50 %	25 %	0 %	219870525
4610	NC_011852	CGG	2	6	287796	287801	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	219870525
4611	NC_011852	TTA	2	6	287813	287818	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	219870525
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4613	NC_011852	TCTAAA	2	12	288070	288081	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	219870525
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4987	NC_011852	TCT	2	6	310522	310527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	219870544
4988	NC_011852	A	7	7	310557	310563	100 %	0 %	0 %	0 %	219870544
4989	NC_011852	ATC	2	6	310629	310634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	219870544
4990	NC_011852	GTT	2	6	310709	310714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	219870544
4991	NC_011852	ACG	2	6	310755	310760	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870544
4992	NC_011852	GAC	2	6	310784	310789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870544
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4997	NC_011852	CTG	2	6	311672	311677	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	219870545
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4999	NC_011852	ACC	2	6	311861	311866	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	219870545
5000	NC_011852	CAG	2	6	312092	312097	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	219870545

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