MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter pylori G27 plasmid pHPG27

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011334	A	6	6	578	583	100 %	0 %	0 %	0 %	208435471
2	NC_011334	AAGAA	2	10	604	613	80 %	0 %	20 %	0 %	208435471
3	NC_011334	CAA	2	6	621	626	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435471
4	NC_011334	ACC	2	6	638	643	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	208435471
5	NC_011334	TAA	2	6	715	720	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435471
6	NC_011334	ATT	2	6	871	876	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	208435471
7	NC_011334	CTTG	2	8	892	899	0 %	50 %	25 %	25 %	208435471
8	NC_011334	ACA	2	6	900	905	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435471
9	NC_011334	AG	3	6	932	937	50 %	0 %	50 %	0 %	208435471
10	NC_011334	CAA	2	6	1075	1080	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435471
11	NC_011334	CTT	2	6	1101	1106	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	208435471
12	NC_011334	A	6	6	1125	1130	100 %	0 %	0 %	0 %	208435471
13	NC_011334	A	6	6	1331	1336	100 %	0 %	0 %	0 %	208435471
14	NC_011334	AAACAA	2	12	1415	1426	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	208435471
15	NC_011334	TTGAA	2	10	1530	1539	40 %	40 %	20 %	0 %	208435471
16	NC_011334	CAA	2	6	1681	1686	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435471
17	NC_011334	TGTT	2	8	1707	1714	0 %	75 %	25 %	0 %	208435471
18	NC_011334	GAA	2	6	1729	1734	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	208435471
19	NC_011334	TCC	2	6	1753	1758	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	208435471
20	NC_011334	CAA	2	6	1864	1869	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435471
21	NC_011334	TGA	2	6	2091	2096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435472
22	NC_011334	CAC	2	6	2128	2133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	208435472
23	NC_011334	CAA	2	6	2151	2156	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435472
24	NC_011334	AG	4	8	2283	2290	50 %	0 %	50 %	0 %	208435472
25	NC_011334	CCTG	2	8	2349	2356	0 %	25 %	25 %	50 %	208435472
26	NC_011334	A	6	6	2401	2406	100 %	0 %	0 %	0 %	208435472
27	NC_011334	AAT	2	6	2421	2426	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435472
28	NC_011334	GAA	2	6	2494	2499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	208435472
29	NC_011334	A	6	6	2498	2503	100 %	0 %	0 %	0 %	208435472
30	NC_011334	A	6	6	2505	2510	100 %	0 %	0 %	0 %	208435472
31	NC_011334	CATG	2	8	2655	2662	25 %	25 %	25 %	25 %	208435472
32	NC_011334	GA	3	6	2667	2672	50 %	0 %	50 %	0 %	208435472
33	NC_011334	A	6	6	2714	2719	100 %	0 %	0 %	0 %	208435472
34	NC_011334	GAAA	2	8	2757	2764	75 %	0 %	25 %	0 %	208435472
35	NC_011334	A	6	6	2788	2793	100 %	0 %	0 %	0 %	208435472
36	NC_011334	ATGC	2	8	2845	2852	25 %	25 %	25 %	25 %	208435473
37	NC_011334	GAAA	2	8	2882	2889	75 %	0 %	25 %	0 %	208435473
38	NC_011334	ACC	2	6	2913	2918	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	208435473
39	NC_011334	CAAAT	2	10	2924	2933	60 %	20 %	0 %	20 %	208435473
40	NC_011334	A	7	7	3021	3027	100 %	0 %	0 %	0 %	208435473
41	NC_011334	TGA	2	6	3043	3048	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435473
42	NC_011334	ATCA	2	8	3062	3069	50 %	25 %	0 %	25 %	208435473
43	NC_011334	CTTG	2	8	3088	3095	0 %	50 %	25 %	25 %	208435473
44	NC_011334	TGA	2	6	3166	3171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435473
45	NC_011334	TGG	2	6	3178	3183	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	208435473
46	NC_011334	A	6	6	3188	3193	100 %	0 %	0 %	0 %	208435473
47	NC_011334	CAA	2	6	3222	3227	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435473
48	NC_011334	CAT	2	6	3301	3306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435473
49	NC_011334	TCA	2	6	3414	3419	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435473
50	NC_011334	TAC	2	6	3443	3448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435473
51	NC_011334	A	6	6	3752	3757	100 %	0 %	0 %	0 %	208435474
52	NC_011334	ATA	2	6	3787	3792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435474
53	NC_011334	TATG	2	8	3891	3898	25 %	50 %	25 %	0 %	208435474
54	NC_011334	AT	3	6	4003	4008	50 %	50 %	0 %	0 %	208435474
55	NC_011334	AT	3	6	4064	4069	50 %	50 %	0 %	0 %	208435474
56	NC_011334	AGT	2	6	4082	4087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435474
57	NC_011334	A	6	6	4143	4148	100 %	0 %	0 %	0 %	208435474
58	NC_011334	AAG	2	6	4185	4190	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	208435474
59	NC_011334	CT	3	6	4206	4211	0 %	50 %	0 %	50 %	208435474
60	NC_011334	TGT	2	6	4228	4233	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435474
61	NC_011334	T	7	7	4255	4261	0 %	100 %	0 %	0 %	208435474
62	NC_011334	ATC	2	6	4278	4283	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435474
63	NC_011334	A	6	6	4287	4292	100 %	0 %	0 %	0 %	208435474
64	NC_011334	AAT	2	6	4296	4301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435474
65	NC_011334	GTA	2	6	4338	4343	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435474
66	NC_011334	AATG	2	8	4431	4438	50 %	25 %	25 %	0 %	208435474
67	NC_011334	TCT	2	6	4447	4452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	208435474
68	NC_011334	A	7	7	4574	4580	100 %	0 %	0 %	0 %	208435474
69	NC_011334	AC	3	6	4584	4589	50 %	0 %	0 %	50 %	208435474
70	NC_011334	AC	3	6	4643	4648	50 %	0 %	0 %	50 %	208435474
71	NC_011334	AC	3	6	4672	4677	50 %	0 %	0 %	50 %	208435474
72	NC_011334	TGT	2	6	4921	4926	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435475
73	NC_011334	GCTAG	2	10	5001	5010	20 %	20 %	40 %	20 %	208435475
74	NC_011334	A	6	6	5028	5033	100 %	0 %	0 %	0 %	208435475
75	NC_011334	T	6	6	5093	5098	0 %	100 %	0 %	0 %	208435475
76	NC_011334	ATC	2	6	5099	5104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435475
77	NC_011334	TAT	2	6	5116	5121	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	208435475
78	NC_011334	ACA	2	6	5132	5137	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	208435475
79	NC_011334	A	7	7	5221	5227	100 %	0 %	0 %	0 %	208435475
80	NC_011334	TTG	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435475
81	NC_011334	CAAA	2	8	5275	5282	75 %	0 %	0 %	25 %	208435475
82	NC_011334	T	6	6	5288	5293	0 %	100 %	0 %	0 %	208435475
83	NC_011334	A	6	6	5302	5307	100 %	0 %	0 %	0 %	208435475
84	NC_011334	TTC	2	6	5309	5314	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	208435475
85	NC_011334	ATC	2	6	5336	5341	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435475
86	NC_011334	CTA	2	6	5367	5372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435475
87	NC_011334	T	7	7	5486	5492	0 %	100 %	0 %	0 %	208435475
88	NC_011334	AAT	2	6	5546	5551	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435475
89	NC_011334	ATGA	2	8	5658	5665	50 %	25 %	25 %	0 %	208435475
90	NC_011334	TAA	2	6	5668	5673	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435475
91	NC_011334	TCAT	2	8	5742	5749	25 %	50 %	0 %	25 %	208435475
92	NC_011334	TTC	2	6	5754	5759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	208435475
93	NC_011334	AAT	2	6	5837	5842	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435475
94	NC_011334	AAG	2	6	6326	6331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	208435476
95	NC_011334	TGT	2	6	6405	6410	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435476
96	NC_011334	GTT	2	6	6439	6444	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435476
97	NC_011334	TTTGA	2	10	6504	6513	20 %	60 %	20 %	0 %	208435476
98	NC_011334	TTG	2	6	6528	6533	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435476
99	NC_011334	CTT	2	6	6578	6583	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	208435476
100	NC_011334	CT	4	8	6620	6627	0 %	50 %	0 %	50 %	208435476
101	NC_011334	TAA	2	6	6654	6659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435476
102	NC_011334	TGT	2	6	6662	6667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435476
103	NC_011334	CT	3	6	6691	6696	0 %	50 %	0 %	50 %	208435476
104	NC_011334	TTCAAG	2	12	6697	6708	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	208435476
105	NC_011334	CTG	2	6	6755	6760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	208435476
106	NC_011334	TAA	2	6	6780	6785	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	208435476
107	NC_011334	CT	3	6	6808	6813	0 %	50 %	0 %	50 %	208435476
108	NC_011334	TTCTT	2	10	6823	6832	0 %	80 %	0 %	20 %	208435476
109	NC_011334	T	6	6	6917	6922	0 %	100 %	0 %	0 %	208435476
110	NC_011334	TTGG	2	8	6944	6951	0 %	50 %	50 %	0 %	208435477
111	NC_011334	GTT	2	6	6972	6977	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435477
112	NC_011334	CTT	2	6	7010	7015	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	208435477
113	NC_011334	TCCTTG	2	12	7033	7044	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	208435477
114	NC_011334	ATG	2	6	7054	7059	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435477
115	NC_011334	ATG	2	6	7090	7095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435477
116	NC_011334	ATG	2	6	7105	7110	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435477
117	NC_011334	TGT	2	6	7196	7201	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435477
118	NC_011334	TTG	2	6	7207	7212	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435477
119	NC_011334	CT	3	6	7246	7251	0 %	50 %	0 %	50 %	208435477
120	NC_011334	TAG	2	6	7286	7291	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435477
121	NC_011334	GTT	2	6	7293	7298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435477
122	NC_011334	CT	3	6	7394	7399	0 %	50 %	0 %	50 %	208435477
123	NC_011334	CT	3	6	7423	7428	0 %	50 %	0 %	50 %	208435477
124	NC_011334	TGA	2	6	8184	8189	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435478
125	NC_011334	GTT	2	6	8203	8208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435478
126	NC_011334	TTA	2	6	8235	8240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	208435478
127	NC_011334	TTA	2	6	8307	8312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	208435478
128	NC_011334	T	6	6	8327	8332	0 %	100 %	0 %	0 %	208435478
129	NC_011334	TTG	2	6	8338	8343	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435478
130	NC_011334	GA	3	6	8386	8391	50 %	0 %	50 %	0 %	208435478
131	NC_011334	T	7	7	8400	8406	0 %	100 %	0 %	0 %	208435478
132	NC_011334	T	8	8	8470	8477	0 %	100 %	0 %	0 %	208435478
133	NC_011334	AAAGT	2	10	8769	8778	60 %	20 %	20 %	0 %	208435479
134	NC_011334	AAGA	2	8	8831	8838	75 %	0 %	25 %	0 %	208435479
135	NC_011334	ATG	2	6	8868	8873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	208435479
136	NC_011334	TTA	2	6	8888	8893	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	208435479
137	NC_011334	TAC	2	6	8911	8916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	208435479
138	NC_011334	GAA	2	6	8918	8923	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	208435479
139	NC_011334	A	6	6	9000	9005	100 %	0 %	0 %	0 %	208435480
140	NC_011334	A	6	6	9024	9029	100 %	0 %	0 %	0 %	208435480
141	NC_011334	A	6	6	9044	9049	100 %	0 %	0 %	0 %	208435480
142	NC_011334	AG	3	6	9154	9159	50 %	0 %	50 %	0 %	208435480
143	NC_011334	GTT	2	6	9243	9248	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	208435480
144	NC_011334	AAGCG	2	10	9771	9780	40 %	0 %	40 %	20 %	208435481
145	NC_011334	A	6	6	9891	9896	100 %	0 %	0 %	0 %	208435481

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.