MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS2

Total Repeats: 3466

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010369	GTAGCG	2	12	36	47	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237603
2	NC_010369	TCT	2	6	82	87	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237603
3	NC_010369	CGG	2	6	116	121	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237603
4	NC_010369	GGA	2	6	154	159	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237603
5	NC_010369	CGC	2	6	185	190	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237603
6	NC_010369	CAG	2	6	263	268	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237603
7	NC_010369	CGC	2	6	278	283	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237603
8	NC_010369	CAG	2	6	287	292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237603
9	NC_010369	CAC	2	6	299	304	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237603
10	NC_010369	TCC	2	6	405	410	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237603
11	NC_010369	GAA	2	6	413	418	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237603
12	NC_010369	GTC	2	6	455	460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237603
13	NC_010369	CGA	2	6	481	486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237603
14	NC_010369	AGCG	2	8	507	514	25 %	0 %	50 %	25 %	169237603
15	NC_010369	ATC	2	6	581	586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237603
16	NC_010369	TCC	2	6	648	653	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237603
17	NC_010369	TTTC	2	8	673	680	0 %	75 %	0 %	25 %	169237603
18	NC_010369	CGT	2	6	700	705	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237603
19	NC_010369	GCG	2	6	725	730	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237603
20	NC_010369	TCGA	2	8	746	753	25 %	25 %	25 %	25 %	169237603
21	NC_010369	CGTC	2	8	817	824	0 %	25 %	25 %	50 %	169237603
22	NC_010369	CTC	2	6	890	895	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237603
23	NC_010369	TCA	2	6	912	917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237603
24	NC_010369	ATC	2	6	957	962	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237603
25	NC_010369	TCG	2	6	1014	1019	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237603
26	NC_010369	GA	3	6	1090	1095	50 %	0 %	50 %	0 %	169237603
27	NC_010369	TCA	2	6	1101	1106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237603
28	NC_010369	AGC	2	6	1120	1125	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237603
29	NC_010369	GCG	2	6	1158	1163	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237603
30	NC_010369	TGCG	2	8	2072	2079	0 %	25 %	50 %	25 %	169237604
31	NC_010369	CTG	2	6	2121	2126	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237604
32	NC_010369	TCG	2	6	2149	2154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237604
33	NC_010369	GAC	2	6	2160	2165	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237604
34	NC_010369	CAG	2	6	2172	2177	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237604
35	NC_010369	ACA	2	6	2199	2204	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237604
36	NC_010369	CTC	2	6	2220	2225	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237604
37	NC_010369	ACC	2	6	2227	2232	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237604
38	NC_010369	CTG	2	6	2236	2241	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237604
39	NC_010369	GCG	2	6	2242	2247	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237604
40	NC_010369	GCA	2	6	2271	2276	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237604
41	NC_010369	ATC	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237604
42	NC_010369	AC	3	6	2383	2388	50 %	0 %	0 %	50 %	169237604
43	NC_010369	CCG	2	6	2401	2406	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237604
44	NC_010369	TAT	2	6	2586	2591	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	169237605
45	NC_010369	GCAG	2	8	2687	2694	25 %	0 %	50 %	25 %	169237605
46	NC_010369	AAG	2	6	2696	2701	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237605
47	NC_010369	TCG	2	6	2912	2917	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237606
48	NC_010369	TCG	2	6	2960	2965	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237606
49	NC_010369	GGT	2	6	2967	2972	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237606
50	NC_010369	TCA	2	6	2985	2990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237606
51	NC_010369	CGT	3	9	3018	3026	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237606
52	NC_010369	CCG	2	6	3127	3132	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237606
53	NC_010369	GCT	2	6	3159	3164	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237606
54	NC_010369	GAC	2	6	3170	3175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237606
55	NC_010369	TGT	2	6	3211	3216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237606
56	NC_010369	GTC	2	6	3224	3229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237606
57	NC_010369	GAC	2	6	3230	3235	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237606
58	NC_010369	TCC	2	6	3236	3241	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237606
59	NC_010369	CT	3	6	3248	3253	0 %	50 %	0 %	50 %	169237606
60	NC_010369	CTT	2	6	3285	3290	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237606
61	NC_010369	CTC	2	6	3369	3374	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237607
62	NC_010369	GGT	2	6	3440	3445	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237607
63	NC_010369	TCG	2	6	3541	3546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237607
64	NC_010369	CG	3	6	3563	3568	0 %	0 %	50 %	50 %	169237607
65	NC_010369	CCG	2	6	3590	3595	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237607
66	NC_010369	CGG	2	6	3662	3667	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237607
67	NC_010369	TGGC	2	8	3749	3756	0 %	25 %	50 %	25 %	169237607
68	NC_010369	CGT	2	6	3773	3778	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237607
69	NC_010369	TCG	2	6	3781	3786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237607
70	NC_010369	GGA	2	6	3803	3808	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237607
71	NC_010369	GCA	2	6	3812	3817	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237607
72	NC_010369	TGT	2	6	3902	3907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237607
73	NC_010369	GAT	2	6	3915	3920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237607
74	NC_010369	TCG	2	6	3949	3954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237607
75	NC_010369	TGT	2	6	3992	3997	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237607
76	NC_010369	GAC	2	6	4068	4073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237607
77	NC_010369	TGT	2	6	4122	4127	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237607
78	NC_010369	GCCT	2	8	4143	4150	0 %	25 %	25 %	50 %	169237607
79	NC_010369	GCC	2	6	4573	4578	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237608
80	NC_010369	CGT	2	6	4589	4594	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237608
81	NC_010369	GAA	2	6	4616	4621	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237608
82	NC_010369	CGA	2	6	4639	4644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237608
83	NC_010369	GAAG	2	8	4652	4659	50 %	0 %	50 %	0 %	169237608
84	NC_010369	AGTG	2	8	4661	4668	25 %	25 %	50 %	0 %	169237608
85	NC_010369	GTT	2	6	4709	4714	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237609
86	NC_010369	TTGA	2	8	4718	4725	25 %	50 %	25 %	0 %	169237609
87	NC_010369	ATG	2	6	4774	4779	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237609
88	NC_010369	CGG	2	6	4781	4786	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237609
89	NC_010369	GA	3	6	4804	4809	50 %	0 %	50 %	0 %	169237609
90	NC_010369	TCA	2	6	4834	4839	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237609
91	NC_010369	CCG	2	6	4861	4866	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237609
92	NC_010369	AGCC	2	8	4876	4883	25 %	0 %	25 %	50 %	169237609
93	NC_010369	TAA	2	6	4931	4936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	169237609
94	NC_010369	CGA	3	9	5247	5255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
95	NC_010369	TCA	2	6	5288	5293	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237610
96	NC_010369	TTC	2	6	5315	5320	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237610
97	NC_010369	TCG	2	6	5330	5335	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237610
98	NC_010369	CCG	2	6	5447	5452	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237610
99	NC_010369	CCG	2	6	5489	5494	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237610
100	NC_010369	ACG	2	6	5501	5506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
101	NC_010369	CAG	2	6	5566	5571	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
102	NC_010369	TGC	2	6	5622	5627	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237610
103	NC_010369	CCG	2	6	5679	5684	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237610
104	NC_010369	GCA	2	6	5699	5704	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
105	NC_010369	TTCC	2	8	5716	5723	0 %	50 %	0 %	50 %	169237610
106	NC_010369	GAC	3	9	5788	5796	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
107	NC_010369	CT	3	6	5853	5858	0 %	50 %	0 %	50 %	169237610
108	NC_010369	TC	3	6	5865	5870	0 %	50 %	0 %	50 %	169237610
109	NC_010369	CAG	2	6	5894	5899	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
110	NC_010369	GAT	2	6	5908	5913	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237610
111	NC_010369	GAC	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
112	NC_010369	GTC	2	6	5941	5946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237610
113	NC_010369	TGA	2	6	5955	5960	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237610
114	NC_010369	CGA	2	6	5982	5987	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
115	NC_010369	GAC	2	6	6049	6054	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
116	NC_010369	CGA	2	6	6102	6107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
117	NC_010369	GAA	2	6	6120	6125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237610
118	NC_010369	GAG	2	6	6151	6156	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237610
119	NC_010369	CG	3	6	6180	6185	0 %	0 %	50 %	50 %	169237610
120	NC_010369	CGG	2	6	6259	6264	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237610
121	NC_010369	TAC	2	6	6454	6459	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237610
122	NC_010369	CGA	2	6	6471	6476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237610
123	NC_010369	AGAC	2	8	6790	6797	50 %	0 %	25 %	25 %	169237611
124	NC_010369	ACAA	2	8	6804	6811	75 %	0 %	0 %	25 %	169237611
125	NC_010369	GGA	2	6	6867	6872	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237611
126	NC_010369	G	6	6	6930	6935	0 %	0 %	100 %	0 %	169237611
127	NC_010369	TGG	2	6	6992	6997	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237611
128	NC_010369	TGA	2	6	7052	7057	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237611
129	NC_010369	AGGC	2	8	7177	7184	25 %	0 %	50 %	25 %	169237611
130	NC_010369	CAA	2	6	7253	7258	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237611
131	NC_010369	GTG	2	6	7315	7320	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237611
132	NC_010369	AAC	2	6	7354	7359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237611
133	NC_010369	CGGA	2	8	7393	7400	25 %	0 %	50 %	25 %	169237611
134	NC_010369	GAA	2	6	7407	7412	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237611
135	NC_010369	CCGG	2	8	7454	7461	0 %	0 %	50 %	50 %	169237611
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139	NC_010369	ATCGG	2	10	7610	7619	20 %	20 %	40 %	20 %	169237611
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261	NC_010369	CGT	2	6	15630	15635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237620
262	NC_010369	CCG	2	6	15638	15643	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237620
263	NC_010369	GTC	2	6	15649	15654	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237620
264	NC_010369	GTT	2	6	15676	15681	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237620
265	NC_010369	AGCC	2	8	15686	15693	25 %	0 %	25 %	50 %	169237620
266	NC_010369	CCA	2	6	15724	15729	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237620
267	NC_010369	CTG	2	6	15786	15791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237620
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269	NC_010369	GTG	2	6	15999	16004	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237620
270	NC_010369	CAA	3	9	16007	16015	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237620
271	NC_010369	CGA	2	6	16049	16054	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237620
272	NC_010369	TTC	2	6	16059	16064	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237620
273	NC_010369	GCA	2	6	16088	16093	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237620
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275	NC_010369	CCG	2	6	16369	16374	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237620
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278	NC_010369	TGA	2	6	16549	16554	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237620
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282	NC_010369	ACC	2	6	16687	16692	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237620
283	NC_010369	AGT	2	6	16705	16710	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237620
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286	NC_010369	TTC	2	6	17213	17218	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237621
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289	NC_010369	ATC	2	6	17384	17389	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237621
290	NC_010369	GTC	2	6	17394	17399	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237621
291	NC_010369	TCG	2	6	17421	17426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237621
292	NC_010369	CA	3	6	17431	17436	50 %	0 %	0 %	50 %	169237621
293	NC_010369	CGT	2	6	17440	17445	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237621
294	NC_010369	GGAT	2	8	17465	17472	25 %	25 %	50 %	0 %	169237621
295	NC_010369	GTC	2	6	17480	17485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237621
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302	NC_010369	CGA	2	6	17650	17655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237622
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342	NC_010369	AAG	2	6	20238	20243	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237625
343	NC_010369	ACG	2	6	20352	20357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237625
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345	NC_010369	GAC	2	6	20490	20495	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237625
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357	NC_010369	AGCG	2	8	21235	21242	25 %	0 %	50 %	25 %	169237626
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374	NC_010369	CG	4	8	22027	22034	0 %	0 %	50 %	50 %	169237626
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380	NC_010369	CGG	2	6	22258	22263	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237626
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382	NC_010369	TCG	2	6	22284	22289	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237626
383	NC_010369	CGA	2	6	22321	22326	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237626
384	NC_010369	GGA	2	6	22327	22332	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237626
385	NC_010369	GC	3	6	22449	22454	0 %	0 %	50 %	50 %	169237626
386	NC_010369	CGA	3	9	22483	22491	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237626
387	NC_010369	CCG	2	6	22532	22537	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237626
388	NC_010369	CGA	2	6	22627	22632	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237626
389	NC_010369	TCG	2	6	22665	22670	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237626
390	NC_010369	GCC	2	6	22727	22732	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237626
391	NC_010369	CCAGG	2	10	22769	22778	20 %	0 %	40 %	40 %	169237626
392	NC_010369	GTC	2	6	22793	22798	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237626
393	NC_010369	GAC	2	6	22799	22804	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237626
394	NC_010369	TCGCCC	2	12	22827	22838	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	169237626
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399	NC_010369	CGG	2	6	23318	23323	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237627
400	NC_010369	GAT	2	6	23346	23351	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237627
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403	NC_010369	TCC	2	6	23525	23530	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237627
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419	NC_010369	GT	3	6	23981	23986	0 %	50 %	50 %	0 %	169237627
420	NC_010369	GAG	2	6	24035	24040	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237627
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493	NC_010369	AAC	2	6	29883	29888	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	169237634
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496	NC_010369	TTG	2	6	30199	30204	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	169237634
497	NC_010369	TGA	2	6	30236	30241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237634
498	NC_010369	CCACG	2	10	30272	30281	20 %	0 %	20 %	60 %	169237634
499	NC_010369	CGA	2	6	30317	30322	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237634
500	NC_010369	GAG	2	6	30327	30332	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237634

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