MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter pylori HPAG1 plasmid pHPAG1

Total Repeats: 130

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008087	ATT	2	6	483	488	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564599
2	NC_008087	AGA	2	6	489	494	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564599
3	NC_008087	AC	3	6	500	505	50 %	0 %	0 %	50 %	108564599
4	NC_008087	ACAAAA	2	12	531	542	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	108564599
5	NC_008087	GAAAAA	2	12	637	648	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	108564599
6	NC_008087	CAA	2	6	656	661	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
7	NC_008087	AACC	2	8	672	679	50 %	0 %	0 %	50 %	108564599
8	NC_008087	ACC	2	6	730	735	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	108564599
9	NC_008087	TAA	2	6	750	755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564599
10	NC_008087	ATT	2	6	906	911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564599
11	NC_008087	CTTG	2	8	927	934	0 %	50 %	25 %	25 %	108564599
12	NC_008087	ACA	2	6	935	940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
13	NC_008087	AG	3	6	967	972	50 %	0 %	50 %	0 %	108564599
14	NC_008087	TACT	2	8	1102	1109	25 %	50 %	0 %	25 %	108564599
15	NC_008087	CAA	2	6	1110	1115	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
16	NC_008087	AG	3	6	1255	1260	50 %	0 %	50 %	0 %	108564599
17	NC_008087	A	6	6	1369	1374	100 %	0 %	0 %	0 %	108564599
18	NC_008087	AAC	2	6	1427	1432	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
19	NC_008087	AAACAA	2	12	1453	1464	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	108564599
20	NC_008087	TTGAA	2	10	1568	1577	40 %	40 %	20 %	0 %	108564599
21	NC_008087	ACA	2	6	1634	1639	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
22	NC_008087	A	7	7	1649	1655	100 %	0 %	0 %	0 %	108564599
23	NC_008087	AGCA	2	8	1687	1694	50 %	0 %	25 %	25 %	108564599
24	NC_008087	CAA	2	6	1719	1724	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564599
25	NC_008087	TGTT	2	8	1745	1752	0 %	75 %	25 %	0 %	108564599
26	NC_008087	A	6	6	1768	1773	100 %	0 %	0 %	0 %	108564599
27	NC_008087	AGA	2	6	1785	1790	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564599
28	NC_008087	ACGA	2	8	1819	1826	50 %	0 %	25 %	25 %	108564599
29	NC_008087	GAA	2	6	1843	1848	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564599
30	NC_008087	ATGC	2	8	2073	2080	25 %	25 %	25 %	25 %	108564600
31	NC_008087	GAAA	2	8	2110	2117	75 %	0 %	25 %	0 %	108564600
32	NC_008087	CAAAT	2	10	2152	2161	60 %	20 %	0 %	20 %	108564600
33	NC_008087	A	7	7	2249	2255	100 %	0 %	0 %	0 %	108564600
34	NC_008087	TGA	2	6	2271	2276	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564600
35	NC_008087	ATCA	2	8	2290	2297	50 %	25 %	0 %	25 %	108564600
36	NC_008087	TTGA	2	8	2317	2324	25 %	50 %	25 %	0 %	108564600
37	NC_008087	TGA	2	6	2394	2399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564600
38	NC_008087	TGG	2	6	2406	2411	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	108564600
39	NC_008087	A	6	6	2416	2421	100 %	0 %	0 %	0 %	108564600
40	NC_008087	CAA	2	6	2450	2455	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564600
41	NC_008087	CAT	2	6	2532	2537	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108564600
42	NC_008087	TCA	2	6	2645	2650	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108564600
43	NC_008087	TAC	2	6	2674	2679	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108564600
44	NC_008087	ACA	2	6	2699	2704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564600
45	NC_008087	ATCA	2	8	3838	3845	50 %	25 %	0 %	25 %	108564601
46	NC_008087	AAGAA	2	10	3941	3950	80 %	0 %	20 %	0 %	108564601
47	NC_008087	CAA	2	6	3958	3963	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
48	NC_008087	CAA	2	6	4043	4048	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
49	NC_008087	TAA	2	6	4052	4057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564601
50	NC_008087	GTT	2	6	4212	4217	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564601
51	NC_008087	GAAACT	2	12	4266	4277	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	108564601
52	NC_008087	ATTGA	2	10	4320	4329	40 %	40 %	20 %	0 %	108564601
53	NC_008087	TACT	2	8	4386	4393	25 %	50 %	0 %	25 %	108564601
54	NC_008087	CAA	2	6	4394	4399	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
55	NC_008087	CTT	2	6	4420	4425	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108564601
56	NC_008087	A	6	6	4650	4655	100 %	0 %	0 %	0 %	108564601
57	NC_008087	AAC	2	6	4708	4713	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
58	NC_008087	AAACAA	2	12	4734	4745	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	108564601
59	NC_008087	TTGAA	2	10	4849	4858	40 %	40 %	20 %	0 %	108564601
60	NC_008087	ACA	2	6	4915	4920	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
61	NC_008087	A	7	7	4930	4936	100 %	0 %	0 %	0 %	108564601
62	NC_008087	AGCA	2	8	4968	4975	50 %	0 %	25 %	25 %	108564601
63	NC_008087	CAA	2	6	5000	5005	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564601
64	NC_008087	TGTT	2	8	5026	5033	0 %	75 %	25 %	0 %	108564601
65	NC_008087	A	6	6	5049	5054	100 %	0 %	0 %	0 %	108564601
66	NC_008087	AGA	2	6	5066	5071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564601
67	NC_008087	ACGA	2	8	5100	5107	50 %	0 %	25 %	25 %	108564601
68	NC_008087	GAA	2	6	5124	5129	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564601
69	NC_008087	TC	3	6	5465	5470	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
70	NC_008087	T	6	6	5479	5484	0 %	100 %	0 %	0 %	108564602
71	NC_008087	TGT	2	6	5516	5521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
72	NC_008087	CT	3	6	5534	5539	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
73	NC_008087	AAG	2	6	5586	5591	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	108564602
74	NC_008087	CTTG	2	8	5688	5695	0 %	50 %	25 %	25 %	108564602
75	NC_008087	GTT	2	6	5699	5704	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
76	NC_008087	TTTGA	2	10	5764	5773	20 %	60 %	20 %	0 %	108564602
77	NC_008087	TTG	2	6	5788	5793	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
78	NC_008087	TTTC	2	8	5838	5845	0 %	75 %	0 %	25 %	108564602
79	NC_008087	TAA	2	6	5914	5919	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564602
80	NC_008087	TGT	2	6	5922	5927	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
81	NC_008087	CT	3	6	5951	5956	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
82	NC_008087	CTG	2	6	6015	6020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	108564602
83	NC_008087	TAA	2	6	6040	6045	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	108564602
84	NC_008087	GTA	2	6	6093	6098	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
85	NC_008087	CTT	2	6	6129	6134	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108564602
86	NC_008087	TTGG	2	8	6204	6211	0 %	50 %	50 %	0 %	108564602
87	NC_008087	GTT	2	6	6232	6237	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
88	NC_008087	CTT	2	6	6270	6275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	108564602
89	NC_008087	TCCTTG	2	12	6293	6304	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	108564602
90	NC_008087	ATG	2	6	6350	6355	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
91	NC_008087	ATG	2	6	6365	6370	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
92	NC_008087	TGT	2	6	6456	6461	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
93	NC_008087	TTG	2	6	6467	6472	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
94	NC_008087	CT	3	6	6506	6511	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
95	NC_008087	TAG	2	6	6546	6551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
96	NC_008087	GTT	2	6	6553	6558	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
97	NC_008087	ATT	2	6	6632	6637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564602
98	NC_008087	CT	3	6	6654	6659	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
99	NC_008087	CT	3	6	6683	6688	0 %	50 %	0 %	50 %	108564602
100	NC_008087	GTA	2	6	6719	6724	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
101	NC_008087	A	6	6	6819	6824	100 %	0 %	0 %	0 %	108564602
102	NC_008087	TGA	2	6	6826	6831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564602
103	NC_008087	GTT	2	6	6937	6942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
104	NC_008087	TGT	2	6	6946	6951	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
105	NC_008087	GT	3	6	7122	7127	0 %	50 %	50 %	0 %	108564602
106	NC_008087	TGT	2	6	7141	7146	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564602
107	NC_008087	TCA	2	6	7215	7220	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	108564602
108	NC_008087	CA	3	6	7250	7255	50 %	0 %	0 %	50 %	108564602
109	NC_008087	AG	4	8	7275	7282	50 %	0 %	50 %	0 %	108564602
110	NC_008087	TTAG	2	8	7293	7300	25 %	50 %	25 %	0 %	108564602
111	NC_008087	GTT	2	6	7433	7438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564603
112	NC_008087	ATTG	2	8	7442	7449	25 %	50 %	25 %	0 %	108564603
113	NC_008087	GTT	2	6	7463	7468	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564603
114	NC_008087	TTA	2	6	7495	7500	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564603
115	NC_008087	TTA	2	6	7567	7572	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	108564603
116	NC_008087	T	6	6	7587	7592	0 %	100 %	0 %	0 %	108564603
117	NC_008087	TTG	2	6	7598	7603	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	108564603
118	NC_008087	AG	3	6	7627	7632	50 %	0 %	50 %	0 %	108564603
119	NC_008087	T	7	7	7660	7666	0 %	100 %	0 %	0 %	108564603
120	NC_008087	T	8	8	7730	7737	0 %	100 %	0 %	0 %	108564603
121	NC_008087	A	6	6	7955	7960	100 %	0 %	0 %	0 %	108564604
122	NC_008087	AAAGT	2	10	8026	8035	60 %	20 %	20 %	0 %	108564604
123	NC_008087	AAGA	2	8	8088	8095	75 %	0 %	25 %	0 %	108564604
124	NC_008087	A	7	7	8100	8106	100 %	0 %	0 %	0 %	108564604
125	NC_008087	AG	3	6	8144	8149	50 %	0 %	50 %	0 %	108564604
126	NC_008087	AG	3	6	8205	8210	50 %	0 %	50 %	0 %	108564604
127	NC_008087	AT	3	6	8211	8216	50 %	50 %	0 %	0 %	108564604
128	NC_008087	TGA	2	6	8295	8300	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	108564605
129	NC_008087	ACA	2	6	8319	8324	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	108564605
130	NC_008087	CTAA	2	8	8378	8385	50 %	25 %	0 %	25 %	108564606

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.