MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 chromosome

Total Repeats: 53236

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_002607	CGG	2	6	254	259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789341
2	NC_002607	CTGGCC	2	12	293	304	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	15789341
3	NC_002607	CCG	2	6	342	347	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789341
4	NC_002607	GCGGT	2	10	351	360	0 %	20 %	60 %	20 %	15789341
5	NC_002607	CAA	2	6	439	444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15789341
6	NC_002607	CG	4	8	466	473	0 %	0 %	50 %	50 %	15789341
7	NC_002607	GCG	2	6	492	497	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789341
8	NC_002607	ACC	2	6	591	596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15789341
9	NC_002607	TCT	2	6	639	644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15789341
10	NC_002607	GCAGC	2	10	649	658	20 %	0 %	40 %	40 %	15789341
11	NC_002607	CG	3	6	703	708	0 %	0 %	50 %	50 %	15789341
12	NC_002607	CAAC	2	8	717	724	50 %	0 %	0 %	50 %	15789341
13	NC_002607	GACA	2	8	730	737	50 %	0 %	25 %	25 %	15789341
14	NC_002607	TCG	2	6	813	818	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789341
15	NC_002607	GCG	2	6	891	896	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789341
16	NC_002607	CGA	3	9	925	933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789341
17	NC_002607	GCAC	2	8	939	946	25 %	0 %	25 %	50 %	15789341
18	NC_002607	ACCA	2	8	969	976	50 %	0 %	0 %	50 %	15789341
19	NC_002607	G	6	6	1022	1027	0 %	0 %	100 %	0 %	15789341
20	NC_002607	GCG	2	6	1044	1049	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789341
21	NC_002607	CGC	2	6	1051	1056	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789341
22	NC_002607	CGG	2	6	1123	1128	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789341
23	NC_002607	CGA	2	6	1201	1206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789341
24	NC_002607	ACT	2	6	1224	1229	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15789341
25	NC_002607	CCG	2	6	1230	1235	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789341
26	NC_002607	CGT	2	6	1255	1260	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789341
27	NC_002607	GCG	2	6	1275	1280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789341
28	NC_002607	CG	3	6	1310	1315	0 %	0 %	50 %	50 %	15789341
29	NC_002607	CAG	2	6	1325	1330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789341
30	NC_002607	CG	3	6	1334	1339	0 %	0 %	50 %	50 %	15789341
31	NC_002607	TCG	4	12	1416	1427	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789341
32	NC_002607	CAT	2	6	1455	1460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15789342
33	NC_002607	CGG	2	6	1535	1540	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789342
34	NC_002607	CG	3	6	1541	1546	0 %	0 %	50 %	50 %	15789342
35	NC_002607	CGT	2	6	1560	1565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789342
36	NC_002607	TCCGGC	2	12	1573	1584	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	15789342
37	NC_002607	GCTT	2	8	1610	1617	0 %	50 %	25 %	25 %	15789342
38	NC_002607	CGG	2	6	1628	1633	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789342
39	NC_002607	GAG	2	6	1690	1695	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15789342
40	NC_002607	CGC	2	6	1696	1701	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789342
41	NC_002607	CG	3	6	1810	1815	0 %	0 %	50 %	50 %	15789342
42	NC_002607	CCT	2	6	1821	1826	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15789342
43	NC_002607	AC	4	8	1855	1862	50 %	0 %	0 %	50 %	15789342
44	NC_002607	CGG	2	6	1878	1883	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789342
45	NC_002607	CAG	2	6	1888	1893	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789342
46	NC_002607	CG	3	6	1905	1910	0 %	0 %	50 %	50 %	15789342
47	NC_002607	CTG	2	6	1936	1941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789342
48	NC_002607	CGA	2	6	1944	1949	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789342
49	NC_002607	GAG	3	9	2014	2022	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15789342
50	NC_002607	TCAC	2	8	2042	2049	25 %	25 %	0 %	50 %	15789342
51	NC_002607	GAG	2	6	2062	2067	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15789342
52	NC_002607	TCG	2	6	2090	2095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789342
53	NC_002607	AC	3	6	2106	2111	50 %	0 %	0 %	50 %	15789342
54	NC_002607	TGGCG	2	10	2146	2155	0 %	20 %	60 %	20 %	15789343
55	NC_002607	ATCA	2	8	2253	2260	50 %	25 %	0 %	25 %	15789343
56	NC_002607	CAA	2	6	2291	2296	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15789343
57	NC_002607	CGCAGG	2	12	2341	2352	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	15789343
58	NC_002607	CGAA	2	8	2354	2361	50 %	0 %	25 %	25 %	15789343
59	NC_002607	TGA	2	6	2363	2368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15789343
60	NC_002607	CGT	2	6	2387	2392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789343
61	NC_002607	TTC	2	6	2420	2425	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15789343
62	NC_002607	GTCACC	2	12	2448	2459	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	15789343
63	NC_002607	ACA	2	6	2485	2490	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15789343
64	NC_002607	ACCA	2	8	2538	2545	50 %	0 %	0 %	50 %	15789343
65	NC_002607	CCG	2	6	2548	2553	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789343
66	NC_002607	ACG	2	6	2590	2595	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789343
67	NC_002607	ATC	2	6	2619	2624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15789343
68	NC_002607	ACC	3	9	2625	2633	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15789343
69	NC_002607	CGG	2	6	2642	2647	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789343
70	NC_002607	TCG	2	6	2659	2664	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789343
71	NC_002607	GAG	2	6	2790	2795	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15789343
72	NC_002607	AAC	2	6	2841	2846	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	15789343
73	NC_002607	TGG	2	6	2899	2904	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15789343
74	NC_002607	TGA	2	6	2932	2937	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15789343
75	NC_002607	TGC	2	6	2968	2973	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789343
76	NC_002607	GC	3	6	2972	2977	0 %	0 %	50 %	50 %	15789343
77	NC_002607	AGC	2	6	3215	3220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789343
78	NC_002607	GC	3	6	3333	3338	0 %	0 %	50 %	50 %	15789344
79	NC_002607	ACC	2	6	3343	3348	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15789344
80	NC_002607	CTC	2	6	3352	3357	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15789344
81	NC_002607	TCG	2	6	3395	3400	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
82	NC_002607	CGA	2	6	3432	3437	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789344
83	NC_002607	TCG	3	9	3485	3493	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
84	NC_002607	GCG	2	6	3538	3543	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789344
85	NC_002607	CCGACG	2	12	3569	3580	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	15789344
86	NC_002607	CGC	2	6	3648	3653	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
87	NC_002607	TTG	2	6	3658	3663	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15789344
88	NC_002607	GTC	2	6	3664	3669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
89	NC_002607	GT	3	6	3680	3685	0 %	50 %	50 %	0 %	15789344
90	NC_002607	CGT	2	6	3717	3722	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
91	NC_002607	TAC	3	9	3742	3750	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	15789344
92	NC_002607	GCA	2	6	3771	3776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789344
93	NC_002607	GCT	2	6	3789	3794	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
94	NC_002607	CTG	2	6	3829	3834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
95	NC_002607	GTG	3	9	3835	3843	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15789344
96	NC_002607	GCT	2	6	3861	3866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
97	NC_002607	CGG	2	6	3867	3872	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789344
98	NC_002607	GAGCGC	2	12	3873	3884	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	15789344
99	NC_002607	CGC	3	9	3882	3890	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
100	NC_002607	GTG	2	6	3913	3918	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15789344
101	NC_002607	CGG	2	6	3932	3937	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789344
102	NC_002607	CTG	2	6	3949	3954	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
103	NC_002607	CCG	2	6	3975	3980	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
104	NC_002607	ACC	2	6	4055	4060	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15789344
105	NC_002607	CCGT	2	8	4103	4110	0 %	25 %	25 %	50 %	15789344
106	NC_002607	CGA	2	6	4140	4145	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789344
107	NC_002607	CGC	2	6	4197	4202	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
108	NC_002607	CGC	2	6	4221	4226	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
109	NC_002607	GCT	2	6	4230	4235	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
110	NC_002607	GTTC	2	8	4236	4243	0 %	50 %	25 %	25 %	15789344
111	NC_002607	CG	3	6	4263	4268	0 %	0 %	50 %	50 %	15789344
112	NC_002607	CGC	2	6	4295	4300	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
113	NC_002607	CGC	2	6	4317	4322	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
114	NC_002607	CCG	2	6	4331	4336	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
115	NC_002607	GCG	2	6	4337	4342	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789344
116	NC_002607	GCT	2	6	4404	4409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
117	NC_002607	TGC	2	6	4428	4433	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
118	NC_002607	CGGC	2	8	4445	4452	0 %	0 %	50 %	50 %	15789344
119	NC_002607	CAC	2	6	4494	4499	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	15789344
120	NC_002607	GCG	2	6	4505	4510	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	15789344
121	NC_002607	CGC	2	6	4512	4517	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
122	NC_002607	CGT	2	6	4524	4529	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
123	NC_002607	CGA	2	6	4532	4537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789344
124	NC_002607	AGG	2	6	4568	4573	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	15789344
125	NC_002607	TCG	2	6	4583	4588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
126	NC_002607	ACG	2	6	4633	4638	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789344
127	NC_002607	TCT	3	9	4661	4669	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	15789344
128	NC_002607	GC	3	6	4729	4734	0 %	0 %	50 %	50 %	15789344
129	NC_002607	GCT	2	6	4749	4754	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
130	NC_002607	GTT	2	6	4776	4781	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	15789344
131	NC_002607	TCG	2	6	4829	4834	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
132	NC_002607	GGT	2	6	4872	4877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15789344
133	NC_002607	CCG	2	6	4891	4896	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	15789344
134	NC_002607	TCG	2	6	4915	4920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
135	NC_002607	CG	4	8	4961	4968	0 %	0 %	50 %	50 %	15789344
136	NC_002607	TCG	2	6	4994	4999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789344
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138	NC_002607	CGA	2	6	5052	5057	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789344
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266	NC_002607	CGT	2	6	10168	10173	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789348
267	NC_002607	GCCT	2	8	10181	10188	0 %	25 %	25 %	50 %	15789348
268	NC_002607	CCCCGT	2	12	10202	10213	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	15789348
269	NC_002607	GTG	3	9	10226	10234	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	15789348
270	NC_002607	CGT	3	9	10249	10257	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789348
271	NC_002607	CGCT	2	8	10269	10276	0 %	25 %	25 %	50 %	15789348
272	NC_002607	ACG	2	6	10316	10321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789348
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287	NC_002607	ACGACC	2	12	10575	10586	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	15789348
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289	NC_002607	TCG	2	6	10620	10625	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	15789348
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293	NC_002607	ACG	3	9	10764	10772	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	15789348
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382	NC_002607	ACAA	2	8	17479	17486	75 %	0 %	0 %	25 %	15789357
383	NC_002607	AGT	2	6	17514	17519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	15789357
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392	NC_002607	GC	3	6	18405	18410	0 %	0 %	50 %	50 %	15789358
393	NC_002607	CTC	2	6	18414	18419	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	15789358
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395	NC_002607	GAA	2	6	18546	18551	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	15789358
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