MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC100

Total Repeats: 3240

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001869	TGA	2	6	413	418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803548
2	NC_001869	TCG	2	6	424	429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803548
3	NC_001869	GAC	2	6	435	440	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803548
4	NC_001869	TCT	2	6	460	465	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803548
5	NC_001869	GAA	2	6	468	473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803548
6	NC_001869	CTC	2	6	504	509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803548
7	NC_001869	GCTG	2	8	558	565	0 %	25 %	50 %	25 %	10803548
8	NC_001869	TTC	2	6	567	572	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803548
9	NC_001869	CG	3	6	602	607	0 %	0 %	50 %	50 %	10803548
10	NC_001869	TCG	2	6	628	633	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803548
11	NC_001869	GTC	2	6	708	713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803548
12	NC_001869	GTCACG	2	12	733	744	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	10803548
13	NC_001869	GGC	2	6	793	798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803548
14	NC_001869	GAT	2	6	909	914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803549
15	NC_001869	GTGGG	2	10	1008	1017	0 %	20 %	80 %	0 %	10803549
16	NC_001869	GAC	2	6	1101	1106	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803549
17	NC_001869	CTT	2	6	1122	1127	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803549
18	NC_001869	GTC	2	6	1149	1154	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803549
19	NC_001869	GGTG	2	8	1158	1165	0 %	25 %	75 %	0 %	10803549
20	NC_001869	TGA	2	6	1341	1346	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803550
21	NC_001869	GTC	2	6	1382	1387	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803550
22	NC_001869	GTT	2	6	1422	1427	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803550
23	NC_001869	GAG	2	6	1521	1526	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803550
24	NC_001869	ATA	2	6	1527	1532	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10803550
25	NC_001869	GTCT	2	8	1584	1591	0 %	50 %	25 %	25 %	10803550
26	NC_001869	CGA	2	6	1617	1622	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803550
27	NC_001869	CGC	2	6	1635	1640	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803550
28	NC_001869	GT	3	6	1680	1685	0 %	50 %	50 %	0 %	10803550
29	NC_001869	TGC	2	6	1694	1699	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803550
30	NC_001869	ATG	2	6	1740	1745	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803550
31	NC_001869	GA	3	6	1898	1903	50 %	0 %	50 %	0 %	10803551
32	NC_001869	CGGG	2	8	1910	1917	0 %	0 %	75 %	25 %	10803551
33	NC_001869	CAG	2	6	2029	2034	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803551
34	NC_001869	GGT	2	6	2078	2083	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803551
35	NC_001869	CGC	2	6	2146	2151	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803551
36	NC_001869	CTG	2	6	2193	2198	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803551
37	NC_001869	CGG	2	6	2201	2206	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803551
38	NC_001869	CCAC	2	8	2216	2223	25 %	0 %	0 %	75 %	10803551
39	NC_001869	TCG	2	6	2272	2277	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803551
40	NC_001869	TCC	2	6	2281	2286	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803551
41	NC_001869	GCG	2	6	2318	2323	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803551
42	NC_001869	TCC	2	6	2338	2343	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803551
43	NC_001869	GCG	2	6	2348	2353	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803551
44	NC_001869	CCGTC	2	10	2408	2417	0 %	20 %	20 %	60 %	10803551
45	NC_001869	CGT	2	6	2480	2485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803551
46	NC_001869	TGA	2	6	2501	2506	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803551
47	NC_001869	GCT	2	6	2559	2564	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803551
48	NC_001869	GAC	2	6	2571	2576	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803551
49	NC_001869	CGT	2	6	2597	2602	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803551
50	NC_001869	CAT	2	6	2649	2654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803551
51	NC_001869	GAG	2	6	2694	2699	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803551
52	NC_001869	CGCT	2	8	2715	2722	0 %	25 %	25 %	50 %	10803551
53	NC_001869	AAC	2	6	2733	2738	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10803551
54	NC_001869	CGT	2	6	2765	2770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803551
55	NC_001869	CGA	2	6	2774	2779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803551
56	NC_001869	TGA	2	6	2783	2788	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803551
57	NC_001869	GAA	2	6	2799	2804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803551
58	NC_001869	ACT	2	6	2856	2861	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803551
59	NC_001869	TCGC	2	8	2948	2955	0 %	25 %	25 %	50 %	10803551
60	NC_001869	CGT	2	6	3089	3094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803552
61	NC_001869	CGA	2	6	3197	3202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803552
62	NC_001869	GGA	2	6	3296	3301	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803552
63	NC_001869	ACG	2	6	3346	3351	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803552
64	NC_001869	CGG	2	6	3356	3361	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803552
65	NC_001869	CGT	2	6	3374	3379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803552
66	NC_001869	GTC	2	6	3396	3401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803552
67	NC_001869	CG	3	6	3405	3410	0 %	0 %	50 %	50 %	10803552
68	NC_001869	GCT	2	6	3467	3472	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803552
69	NC_001869	TTC	2	6	3502	3507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803552
70	NC_001869	GGA	2	6	3524	3529	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803552
71	NC_001869	GC	3	6	3533	3538	0 %	0 %	50 %	50 %	10803552
72	NC_001869	TCG	2	6	3586	3591	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803552
73	NC_001869	TTG	2	6	3663	3668	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803552
74	NC_001869	CCA	2	6	3698	3703	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10803552
75	NC_001869	TCG	2	6	4270	4275	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803553
76	NC_001869	CTG	2	6	4300	4305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803553
77	NC_001869	TAC	2	6	4317	4322	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803553
78	NC_001869	TGG	2	6	4346	4351	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803553
79	NC_001869	CGA	2	6	4427	4432	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803553
80	NC_001869	CAG	2	6	4440	4445	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803553
81	NC_001869	TAA	2	6	4492	4497	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10803553
82	NC_001869	CTA	2	6	4589	4594	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803553
83	NC_001869	AG	3	6	4718	4723	50 %	0 %	50 %	0 %	10803554
84	NC_001869	AT	3	6	4761	4766	50 %	50 %	0 %	0 %	10803554
85	NC_001869	AGA	2	6	4781	4786	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803554
86	NC_001869	T	6	6	4789	4794	0 %	100 %	0 %	0 %	10803554
87	NC_001869	ATT	2	6	4994	4999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10803555
88	NC_001869	GAC	2	6	5030	5035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803555
89	NC_001869	GTC	2	6	5048	5053	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803555
90	NC_001869	AG	3	6	5075	5080	50 %	0 %	50 %	0 %	10803555
91	NC_001869	GTC	2	6	5220	5225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803555
92	NC_001869	CTC	2	6	5236	5241	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803555
93	NC_001869	ACC	2	6	5273	5278	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10803555
94	NC_001869	AC	3	6	5324	5329	50 %	0 %	0 %	50 %	10803555
95	NC_001869	TATAA	2	10	5338	5347	60 %	40 %	0 %	0 %	10803555
96	NC_001869	CT	3	6	5373	5378	0 %	50 %	0 %	50 %	10803555
97	NC_001869	ATG	2	6	5400	5405	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803555
98	NC_001869	GAT	2	6	5548	5553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803556
99	NC_001869	ACA	2	6	5573	5578	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10803556
100	NC_001869	TGG	2	6	5581	5586	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803556
101	NC_001869	GGT	2	6	5598	5603	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803556
102	NC_001869	TCT	2	6	5639	5644	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803556
103	NC_001869	TGAA	2	8	5687	5694	50 %	25 %	25 %	0 %	10803556
104	NC_001869	TG	3	6	5723	5728	0 %	50 %	50 %	0 %	10803556
105	NC_001869	AAG	2	6	5795	5800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803556
106	NC_001869	CGC	2	6	5808	5813	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803556
107	NC_001869	TTG	2	6	5814	5819	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803556
108	NC_001869	CAA	2	6	5857	5862	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10803556
109	NC_001869	GTC	2	6	5876	5881	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803556
110	NC_001869	CTG	2	6	5884	5889	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803556
111	NC_001869	CTTG	2	8	5911	5918	0 %	50 %	25 %	25 %	10803556
112	NC_001869	GTT	2	6	6035	6040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803556
113	NC_001869	TAC	2	6	6175	6180	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803556
114	NC_001869	TCT	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803556
115	NC_001869	TAC	2	6	6406	6411	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803556
116	NC_001869	TCA	2	6	6437	6442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803556
117	NC_001869	TGG	2	6	6457	6462	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803556
118	NC_001869	TTC	2	6	6502	6507	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803556
119	NC_001869	GGA	2	6	6530	6535	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803556
120	NC_001869	TGT	2	6	6772	6777	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803556
121	NC_001869	TTG	2	6	6836	6841	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803556
122	NC_001869	CGG	2	6	6848	6853	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803556
123	NC_001869	TCT	2	6	6869	6874	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803556
124	NC_001869	CATT	2	8	6887	6894	25 %	50 %	0 %	25 %	10803556
125	NC_001869	CTT	2	6	6899	6904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803556
126	NC_001869	AGT	2	6	6931	6936	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803556
127	NC_001869	GAG	2	6	7234	7239	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803556
128	NC_001869	TCC	2	6	7289	7294	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803556
129	NC_001869	TAG	2	6	7368	7373	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803556
130	NC_001869	TAT	2	6	7408	7413	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10803556
131	NC_001869	TCG	2	6	7433	7438	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803556
132	NC_001869	GTA	2	6	7458	7463	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803556
133	NC_001869	T	7	7	7484	7490	0 %	100 %	0 %	0 %	10803556
134	NC_001869	CAT	2	6	7521	7526	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803556
135	NC_001869	TTGA	2	8	7606	7613	25 %	50 %	25 %	0 %	10803556
136	NC_001869	TAG	2	6	7642	7647	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803556
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138	NC_001869	TTG	2	6	7745	7750	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803556
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141	NC_001869	CTT	2	6	7878	7883	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803557
142	NC_001869	GCA	2	6	7901	7906	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803557
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145	NC_001869	TCT	2	6	8090	8095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803557
146	NC_001869	GGC	2	6	8164	8169	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803557
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149	NC_001869	TTC	3	9	8311	8319	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803557
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155	NC_001869	GACA	2	8	8566	8573	50 %	0 %	25 %	25 %	10803557
156	NC_001869	TCA	2	6	8582	8587	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803557
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158	NC_001869	TCG	2	6	9248	9253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803558
159	NC_001869	CAG	2	6	9262	9267	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803558
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161	NC_001869	TGCA	2	8	9399	9406	25 %	25 %	25 %	25 %	10803558
162	NC_001869	CAA	3	9	9417	9425	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	10803558
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165	NC_001869	CTG	2	6	9463	9468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803558
166	NC_001869	ATTACC	2	12	9471	9482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803558
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257	NC_001869	GACT	2	8	15491	15498	25 %	25 %	25 %	25 %	10803559
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259	NC_001869	CGCT	2	8	15545	15552	0 %	25 %	25 %	50 %	10803559
260	NC_001869	GAA	2	6	15777	15782	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803560
261	NC_001869	CA	3	6	15797	15802	50 %	0 %	0 %	50 %	10803560
262	NC_001869	TCG	2	6	15910	15915	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803560
263	NC_001869	TCG	2	6	15937	15942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803560
264	NC_001869	GAT	2	6	16075	16080	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803560
265	NC_001869	TCG	2	6	16143	16148	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803560
266	NC_001869	GGAT	2	8	16177	16184	25 %	25 %	50 %	0 %	10803560
267	NC_001869	CGA	2	6	16186	16191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803560
268	NC_001869	CACG	2	8	16207	16214	25 %	0 %	25 %	50 %	10803560
269	NC_001869	GGT	2	6	16355	16360	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803561
270	NC_001869	TCGCC	2	10	16364	16373	0 %	20 %	20 %	60 %	10803561
271	NC_001869	TGT	2	6	16500	16505	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803561
272	NC_001869	GCA	2	6	16512	16517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803561
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274	NC_001869	TGG	2	6	16549	16554	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803561
275	NC_001869	CGA	2	6	16660	16665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803562
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277	NC_001869	TTG	2	6	16693	16698	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803562
278	NC_001869	ATT	2	6	16704	16709	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	10803562
279	NC_001869	CGA	2	6	16779	16784	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803563
280	NC_001869	TCG	2	6	16814	16819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803563
281	NC_001869	TTCT	2	8	16855	16862	0 %	75 %	0 %	25 %	10803563
282	NC_001869	GCG	2	6	16887	16892	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803563
283	NC_001869	TCCG	2	8	16961	16968	0 %	25 %	25 %	50 %	10803563
284	NC_001869	GAG	2	6	17014	17019	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803563
285	NC_001869	TTG	2	6	17041	17046	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	10803563
286	NC_001869	GTC	2	6	17074	17079	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803563
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289	NC_001869	TCG	2	6	17165	17170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803563
290	NC_001869	TCT	2	6	17189	17194	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803563
291	NC_001869	ACC	2	6	17196	17201	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10803563
292	NC_001869	GCG	2	6	17253	17258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803563
293	NC_001869	TCGC	2	8	17270	17277	0 %	25 %	25 %	50 %	10803563
294	NC_001869	CGA	2	6	17283	17288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803563
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301	NC_001869	CTT	2	6	17520	17525	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803563
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375	NC_001869	CTTG	2	8	20843	20850	0 %	50 %	25 %	25 %	10803571
376	NC_001869	TGA	2	6	20852	20857	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803571
377	NC_001869	CCT	2	6	20921	20926	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803571
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380	NC_001869	GCCC	2	8	21020	21027	0 %	0 %	25 %	75 %	10803571
381	NC_001869	TCA	2	6	21049	21054	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803571
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384	NC_001869	GA	3	6	21356	21361	50 %	0 %	50 %	0 %	10803571
385	NC_001869	TCG	2	6	21374	21379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803571
386	NC_001869	ACG	2	6	21436	21441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803571
387	NC_001869	TCC	2	6	21688	21693	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803571
388	NC_001869	GAC	2	6	21708	21713	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803571
389	NC_001869	CGA	2	6	21719	21724	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803571
390	NC_001869	G	6	6	21829	21834	0 %	0 %	100 %	0 %	10803571
391	NC_001869	GAG	2	6	21933	21938	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803571
392	NC_001869	GAG	2	6	22033	22038	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803571
393	NC_001869	GAG	2	6	22176	22181	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803571
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