MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Halobacillus halophilus DSM 2266 plasmid PL16

Total Repeats: 374

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017669	GAG	2	6	43	48	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017669	GTA	2	6	76	81	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017669	TTAT	2	8	189	196	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017669	GCG	2	6	197	202	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017669	GAAA	2	8	226	233	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017669	AGC	2	6	241	246	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017669	CGT	2	6	256	261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017669	T	6	6	274	279	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017669	TAT	2	6	323	328	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017669	AGG	2	6	355	360	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017669	ATGA	2	8	371	378	50 %	25 %	25 %	0 %	386716457
12	NC_017669	GAA	2	6	397	402	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716457
13	NC_017669	A	6	6	419	424	100 %	0 %	0 %	0 %	386716457
14	NC_017669	ACT	2	6	448	453	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716457
15	NC_017669	GACG	2	8	524	531	25 %	0 %	50 %	25 %	386716457
16	NC_017669	CAAC	2	8	535	542	50 %	0 %	0 %	50 %	386716457
17	NC_017669	A	6	6	545	550	100 %	0 %	0 %	0 %	386716457
18	NC_017669	AAAGA	2	10	563	572	80 %	0 %	20 %	0 %	386716457
19	NC_017669	TCAA	2	8	600	607	50 %	25 %	0 %	25 %	386716457
20	NC_017669	A	7	7	626	632	100 %	0 %	0 %	0 %	386716457
21	NC_017669	AAC	2	6	686	691	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716457
22	NC_017669	GCA	3	9	728	736	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716457
23	NC_017669	TAA	2	6	805	810	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716457
24	NC_017669	TCG	2	6	851	856	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386716457
25	NC_017669	T	8	8	954	961	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017669	TAAA	2	8	1031	1038	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017669	A	6	6	1036	1041	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017669	A	6	6	1144	1149	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017669	TAAA	2	8	1206	1213	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017669	GGA	2	6	1266	1271	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017669	TTA	2	6	1325	1330	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017669	TTC	2	6	1382	1387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017669	CT	3	6	1422	1427	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017669	GAGG	2	8	1443	1450	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017669	TCC	2	6	1466	1471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_017669	ATTA	2	8	1476	1483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017669	TAA	2	6	1620	1625	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017669	GGTC	2	8	1713	1720	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017669	TTTTA	2	10	1894	1903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017669	AAC	2	6	1966	1971	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017669	CGG	2	6	1987	1992	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017669	GA	3	6	2061	2066	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017669	GGATT	2	10	2119	2128	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017669	GAG	3	9	2206	2214	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017669	ATC	2	6	2236	2241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017669	GCA	2	6	2257	2262	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017669	AGG	2	6	2272	2277	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017669	GGTA	2	8	2286	2293	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017669	GGA	2	6	2363	2368	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017669	GAA	2	6	2386	2391	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017669	AGACGT	2	12	2438	2449	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017669	GGCAA	2	10	2502	2511	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017669	AAAG	2	8	2521	2528	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017669	AGA	2	6	2552	2557	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017669	GAG	2	6	2654	2659	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017669	GAG	2	6	2663	2668	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017669	CGA	2	6	2716	2721	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017669	TTA	2	6	2734	2739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017669	TCA	2	6	2762	2767	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017669	GCA	2	6	2843	2848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017669	CAA	2	6	2871	2876	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017669	GCA	2	6	2974	2979	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017669	TCG	2	6	3027	3032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017669	ACTA	2	8	3059	3066	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017669	ACTA	2	8	3079	3086	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017669	GA	3	6	3102	3107	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017669	CA	3	6	3109	3114	50 %	0 %	0 %	50 %	386716458
68	NC_017669	GAA	2	6	3119	3124	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716458
69	NC_017669	GA	4	8	3149	3156	50 %	0 %	50 %	0 %	386716458
70	NC_017669	GAAA	2	8	3161	3168	75 %	0 %	25 %	0 %	386716458
71	NC_017669	GCA	2	6	3177	3182	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
72	NC_017669	CGA	2	6	3320	3325	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
73	NC_017669	GCA	2	6	3348	3353	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716458
74	NC_017669	GGC	2	6	3368	3373	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
75	NC_017669	ACA	2	6	3383	3388	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716458
76	NC_017669	ACC	3	9	3396	3404	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386716458
77	NC_017669	ACCA	2	8	3540	3547	50 %	0 %	0 %	50 %	386716458
78	NC_017669	CGG	2	6	3593	3598	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716458
79	NC_017669	GTA	2	6	3600	3605	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716458
80	NC_017669	TAT	2	6	3654	3659	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
81	NC_017669	TTA	2	6	3661	3666	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716458
82	NC_017669	AGG	2	6	3719	3724	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716458
83	NC_017669	AAT	2	6	3730	3735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716458
84	NC_017669	TAA	2	6	3742	3747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716459
85	NC_017669	AG	3	6	3770	3775	50 %	0 %	50 %	0 %	386716459
86	NC_017669	GA	3	6	3796	3801	50 %	0 %	50 %	0 %	386716459
87	NC_017669	AGC	3	9	3897	3905	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716459
88	NC_017669	AGGAG	2	10	3910	3919	40 %	0 %	60 %	0 %	386716459
89	NC_017669	ACG	2	6	3971	3976	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017669	CA	3	6	4014	4019	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017669	GAC	2	6	4105	4110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017669	ACG	2	6	4112	4117	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017669	AAC	2	6	4118	4123	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017669	CCG	2	6	4141	4146	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
95	NC_017669	GAAAC	2	10	4225	4234	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017669	CT	3	6	4300	4305	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017669	T	8	8	4305	4312	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017669	GAC	2	6	4316	4321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017669	ACA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017669	CAAA	2	8	4349	4356	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017669	ACG	2	6	4358	4363	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017669	CGT	2	6	4387	4392	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017669	ATT	2	6	4400	4405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017669	TTA	2	6	4521	4526	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017669	TTA	2	6	4536	4541	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017669	GCA	2	6	4545	4550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017669	CT	3	6	4594	4599	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_017669	CCT	2	6	4644	4649	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_017669	TAAA	2	8	4657	4664	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017669	TAA	2	6	4705	4710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017669	AAAT	2	8	4731	4738	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017669	T	7	7	4778	4784	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017669	AT	3	6	4786	4791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017669	TCG	2	6	4830	4835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017669	GA	4	8	4844	4851	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017669	TGAA	2	8	4945	4952	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017669	TA	4	8	4992	4999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017669	ATAG	2	8	5049	5056	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017669	ACG	2	6	5068	5073	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017669	AAAT	2	8	5132	5139	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017669	A	7	7	5152	5158	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017669	A	6	6	5220	5225	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017669	ATCA	2	8	5267	5274	50 %	25 %	0 %	25 %	386716460
124	NC_017669	A	6	6	5287	5292	100 %	0 %	0 %	0 %	386716460
125	NC_017669	AAAAG	2	10	5313	5322	80 %	0 %	20 %	0 %	386716460
126	NC_017669	AAG	4	12	5320	5331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
127	NC_017669	TTTGGG	2	12	5357	5368	0 %	50 %	50 %	0 %	386716460
128	NC_017669	TAATCG	2	12	5378	5389	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386716460
129	NC_017669	GGC	2	6	5407	5412	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716460
130	NC_017669	ACG	2	6	5441	5446	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
131	NC_017669	GAA	2	6	5521	5526	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
132	NC_017669	GAA	2	6	5533	5538	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
133	NC_017669	GAA	2	6	5545	5550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386716460
134	NC_017669	GAC	2	6	5830	5835	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716460
135	NC_017669	AGG	2	6	5895	5900	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386716460
136	NC_017669	GAT	2	6	5994	5999	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017669	GA	3	6	6002	6007	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017669	AC	3	6	6017	6022	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_017669	GGC	2	6	6028	6033	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_017669	T	7	7	6046	6052	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017669	AT	3	6	6054	6059	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017669	ATT	2	6	6112	6117	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386716461
143	NC_017669	TC	3	6	6136	6141	0 %	50 %	0 %	50 %	386716461
144	NC_017669	AAT	2	6	6145	6150	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386716461
145	NC_017669	ATC	2	6	6181	6186	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386716461
146	NC_017669	AGC	2	6	6255	6260	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386716461
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278	NC_017669	AGT	2	6	11524	11529	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386716464
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280	NC_017669	AGAA	2	8	11567	11574	75 %	0 %	25 %	0 %	386716464
281	NC_017669	GGC	2	6	11586	11591	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386716464
282	NC_017669	AAAG	2	8	11659	11666	75 %	0 %	25 %	0 %	386716464
283	NC_017669	CAA	2	6	11674	11679	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386716464
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285	NC_017669	GA	3	6	11724	11729	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.