MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Helicobacter pylori F30 plasmid pHPF30

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017369	A	6	6	12	17	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017369	CAA	2	6	46	51	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_017369	CAA	2	6	112	117	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017369	CAT	2	6	128	133	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017369	TTTCT	2	10	365	374	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017369	TG	3	6	398	403	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017369	T	6	6	410	415	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017369	GGT	2	6	431	436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017369	AAT	2	6	440	445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017369	T	7	7	448	454	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017369	AT	3	6	503	508	50 %	50 %	0 %	0 %	385218262
12	NC_017369	A	6	6	588	593	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
13	NC_017369	ATA	2	6	623	628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218262
14	NC_017369	TATG	2	8	727	734	25 %	50 %	25 %	0 %	385218262
15	NC_017369	AT	3	6	839	844	50 %	50 %	0 %	0 %	385218262
16	NC_017369	AT	3	6	900	905	50 %	50 %	0 %	0 %	385218262
17	NC_017369	AGT	2	6	918	923	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218262
18	NC_017369	A	6	6	979	984	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
19	NC_017369	CT	3	6	1042	1047	0 %	50 %	0 %	50 %	385218262
20	NC_017369	TGT	2	6	1064	1069	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218262
21	NC_017369	T	7	7	1091	1097	0 %	100 %	0 %	0 %	385218262
22	NC_017369	GAA	2	6	1109	1114	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218262
23	NC_017369	A	6	6	1123	1128	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
24	NC_017369	GTA	2	6	1174	1179	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218262
25	NC_017369	AATG	2	8	1267	1274	50 %	25 %	25 %	0 %	385218262
26	NC_017369	TCT	2	6	1283	1288	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218262
27	NC_017369	A	8	8	1410	1417	100 %	0 %	0 %	0 %	385218262
28	NC_017369	TATT	2	8	1461	1468	25 %	75 %	0 %	0 %	385218262
29	NC_017369	AC	3	6	1479	1484	50 %	0 %	0 %	50 %	385218262
30	NC_017369	AC	3	6	1508	1513	50 %	0 %	0 %	50 %	385218262
31	NC_017369	AAT	2	6	1571	1576	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218262
32	NC_017369	TAA	2	6	1634	1639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218262
33	NC_017369	TGT	2	6	1757	1762	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218263
34	NC_017369	ATC	2	6	1803	1808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
35	NC_017369	GCTAG	2	10	1837	1846	20 %	20 %	40 %	20 %	385218263
36	NC_017369	A	6	6	1864	1869	100 %	0 %	0 %	0 %	385218263
37	NC_017369	T	6	6	1929	1934	0 %	100 %	0 %	0 %	385218263
38	NC_017369	ATC	2	6	1935	1940	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
39	NC_017369	TAT	2	6	1952	1957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218263
40	NC_017369	ACA	2	6	1968	1973	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385218263
41	NC_017369	A	7	7	2057	2063	100 %	0 %	0 %	0 %	385218263
42	NC_017369	CAAA	2	8	2111	2118	75 %	0 %	0 %	25 %	385218263
43	NC_017369	T	6	6	2124	2129	0 %	100 %	0 %	0 %	385218263
44	NC_017369	A	6	6	2138	2143	100 %	0 %	0 %	0 %	385218263
45	NC_017369	TTC	2	6	2145	2150	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218263
46	NC_017369	ATC	2	6	2172	2177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
47	NC_017369	CTA	2	6	2203	2208	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218263
48	NC_017369	T	7	7	2322	2328	0 %	100 %	0 %	0 %	385218263
49	NC_017369	AAT	2	6	2382	2387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218263
50	NC_017369	ATT	2	6	2409	2414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218263
51	NC_017369	GGT	2	6	2456	2461	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385218263
52	NC_017369	ATGA	2	8	2494	2501	50 %	25 %	25 %	0 %	385218263
53	NC_017369	TAA	2	6	2504	2509	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218263
54	NC_017369	TCAT	2	8	2578	2585	25 %	50 %	0 %	25 %	385218263
55	NC_017369	TTC	2	6	2590	2595	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218263
56	NC_017369	AAT	2	6	2673	2678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218263
57	NC_017369	ATAA	2	8	2734	2741	75 %	25 %	0 %	0 %	385218263
58	NC_017369	TAAC	2	8	2753	2760	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017369	ATA	2	6	2878	2883	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017369	AAT	2	6	2886	2891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017369	T	7	7	2897	2903	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017369	TAA	2	6	2924	2929	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017369	T	6	6	2932	2937	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017369	A	6	6	2994	2999	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017369	T	6	6	3004	3009	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017369	TC	3	6	3042	3047	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
67	NC_017369	TGT	2	6	3093	3098	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
68	NC_017369	AAG	2	6	3163	3168	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385218264
69	NC_017369	GTT	2	6	3276	3281	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
70	NC_017369	TTTGA	2	10	3341	3350	20 %	60 %	20 %	0 %	385218264
71	NC_017369	TTG	2	6	3365	3370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
72	NC_017369	TTTC	2	8	3415	3422	0 %	75 %	0 %	25 %	385218264
73	NC_017369	CT	4	8	3457	3464	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
74	NC_017369	CT	4	8	3466	3473	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
75	NC_017369	TAA	2	6	3491	3496	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385218264
76	NC_017369	TGT	2	6	3499	3504	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
77	NC_017369	CT	3	6	3528	3533	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
78	NC_017369	TTCAAG	2	12	3534	3545	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385218264
79	NC_017369	CTG	2	6	3592	3597	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385218264
80	NC_017369	CT	3	6	3645	3650	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
81	NC_017369	TTCTT	2	10	3660	3669	0 %	80 %	0 %	20 %	385218264
82	NC_017369	CTT	2	6	3706	3711	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218264
83	NC_017369	GTT	2	6	3809	3814	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
84	NC_017369	CTT	2	6	3847	3852	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385218264
85	NC_017369	TCCTTG	2	12	3870	3881	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	385218264
86	NC_017369	ATG	2	6	3927	3932	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218264
87	NC_017369	ATG	2	6	3942	3947	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385218264
88	NC_017369	TGT	2	6	4033	4038	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
89	NC_017369	TTG	2	6	4044	4049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
90	NC_017369	CT	3	6	4083	4088	0 %	50 %	0 %	50 %	385218264
91	NC_017369	GTT	3	9	4157	4165	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
92	NC_017369	GA	3	6	4188	4193	50 %	0 %	50 %	0 %	385218264
93	NC_017369	GTGTT	2	10	4208	4217	0 %	60 %	40 %	0 %	385218264
94	NC_017369	T	6	6	4263	4268	0 %	100 %	0 %	0 %	385218264
95	NC_017369	TCA	2	6	4321	4326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385218264
96	NC_017369	ATT	2	6	4330	4335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218264
97	NC_017369	TTG	2	6	4356	4361	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
98	NC_017369	CCTTG	2	10	4388	4397	0 %	40 %	20 %	40 %	385218264
99	NC_017369	TAT	2	6	4434	4439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385218264
100	NC_017369	TGT	2	6	4541	4546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
101	NC_017369	TGT	2	6	4561	4566	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385218264
102	NC_017369	T	7	7	4566	4572	0 %	100 %	0 %	0 %	385218264
103	NC_017369	TG	3	6	4731	4736	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017369	TG	3	6	4774	4779	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017369	TGAG	2	8	4879	4886	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017369	AG	4	8	4885	4892	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017369	TTAG	2	8	4903	4910	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017369	TAAC	2	8	5021	5028	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017369	GTT	2	6	5043	5048	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017369	ATTG	2	8	5052	5059	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017369	TTA	2	6	5105	5110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017369	GATTT	2	10	5128	5137	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017369	ATT	2	6	5140	5145	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017369	T	6	6	5197	5202	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017369	TTG	2	6	5208	5213	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017369	AG	3	6	5237	5242	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017369	T	7	7	5270	5276	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017369	TGTTT	2	10	5364	5373	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017369	G	8	8	5399	5406	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017369	GATT	2	8	5509	5516	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017369	A	6	6	5662	5667	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017369	AAGA	2	8	5704	5711	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017369	AG	3	6	5759	5764	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017369	AG	3	6	5820	5825	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017369	GCT	2	6	5903	5908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017369	TGA	2	6	5909	5914	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017369	AGT	2	6	5915	5920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017369	ACA	2	6	5933	5938	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017369	ACA	2	6	6046	6051	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_017369	GTT	2	6	6086	6091	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017369	TTC	2	6	6102	6107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017369	GAAT	2	8	6121	6128	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017369	ATC	2	6	6150	6155	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017369	TGAA	2	8	6162	6169	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017369	ATT	2	6	6197	6202	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017369	AAC	2	6	6245	6250	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017369	C	6	6	6336	6341	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
138	NC_017369	CTAAAA	2	12	6548	6559	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_017369	GTT	2	6	6587	6592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017369	TTA	2	6	6594	6599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017369	GC	4	8	6641	6648	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017369	CTT	2	6	6732	6737	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017369	ATAAC	2	10	6745	6754	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017369	ATAAC	2	10	6767	6776	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017369	ATAAC	2	10	6789	6798	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017369	TTAT	2	8	6821	6828	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.