MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Helicobacter pylori PeCan4 plasmid pHPPC4

Total Repeats: 209

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014556	T	6	6	138	143	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_014556	TATT	2	8	153	160	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_014556	A	6	6	184	189	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_014556	AAATG	2	10	211	220	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_014556	ATT	2	6	250	255	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	308183745
6	NC_014556	T	6	6	269	274	0 %	100 %	0 %	0 %	308183745
7	NC_014556	GAA	2	6	291	296	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	308183745
8	NC_014556	GGA	2	6	308	313	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	308183745
9	NC_014556	GAT	2	6	477	482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	308183745
10	NC_014556	GGTA	2	8	540	547	25 %	25 %	50 %	0 %	308183745
11	NC_014556	CAA	2	6	567	572	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183745
12	NC_014556	T	7	7	626	632	0 %	100 %	0 %	0 %	308183745
13	NC_014556	A	7	7	652	658	100 %	0 %	0 %	0 %	308183745
14	NC_014556	TGT	2	6	701	706	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308183745
15	NC_014556	TAT	2	6	732	737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	308183745
16	NC_014556	ATTT	2	8	757	764	25 %	75 %	0 %	0 %	308183745
17	NC_014556	AAAGAA	2	12	840	851	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	308183745
18	NC_014556	TCAA	3	12	864	875	50 %	25 %	0 %	25 %	308183745
19	NC_014556	AGA	2	6	980	985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	308183745
20	NC_014556	AAATT	2	10	1045	1054	60 %	40 %	0 %	0 %	308183745
21	NC_014556	GA	3	6	1068	1073	50 %	0 %	50 %	0 %	308183745
22	NC_014556	A	7	7	1099	1105	100 %	0 %	0 %	0 %	308183745
23	NC_014556	A	6	6	1119	1124	100 %	0 %	0 %	0 %	308183745
24	NC_014556	GTG	2	6	1136	1141	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	308183745
25	NC_014556	AGGG	2	8	1165	1172	25 %	0 %	75 %	0 %	308183745
26	NC_014556	T	7	7	1181	1187	0 %	100 %	0 %	0 %	308183745
27	NC_014556	ATG	2	6	1188	1193	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	308183745
28	NC_014556	CAAG	2	8	1229	1236	50 %	0 %	25 %	25 %	308183745
29	NC_014556	AG	3	6	1328	1333	50 %	0 %	50 %	0 %	308183745
30	NC_014556	AAT	2	6	1494	1499	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183745
31	NC_014556	A	7	7	1563	1569	100 %	0 %	0 %	0 %	308183745
32	NC_014556	GTG	2	6	1616	1621	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	308183745
33	NC_014556	AC	3	6	1630	1635	50 %	0 %	0 %	50 %	308183745
34	NC_014556	AG	3	6	1676	1681	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_014556	AGAAA	2	10	1703	1712	80 %	0 %	20 %	0 %	308183746
36	NC_014556	TGT	2	6	1777	1782	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308183746
37	NC_014556	GTA	2	6	1802	1807	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	308183746
38	NC_014556	ATG	2	6	1830	1835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	308183746
39	NC_014556	T	6	6	1851	1856	0 %	100 %	0 %	0 %	308183746
40	NC_014556	ATG	2	6	1944	1949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	308183746
41	NC_014556	T	6	6	1983	1988	0 %	100 %	0 %	0 %	308183746
42	NC_014556	TTG	2	6	2026	2031	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308183746
43	NC_014556	T	6	6	2060	2065	0 %	100 %	0 %	0 %	308183746
44	NC_014556	TCA	2	6	2082	2087	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183746
45	NC_014556	ATT	2	6	2093	2098	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	308183746
46	NC_014556	T	6	6	2097	2102	0 %	100 %	0 %	0 %	308183746
47	NC_014556	AAGT	2	8	2159	2166	50 %	25 %	25 %	0 %	308183746
48	NC_014556	TGAT	2	8	2184	2191	25 %	50 %	25 %	0 %	308183746
49	NC_014556	ATC	2	6	2204	2209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183746
50	NC_014556	T	7	7	2226	2232	0 %	100 %	0 %	0 %	308183746
51	NC_014556	CTTC	2	8	2289	2296	0 %	50 %	0 %	50 %	308183746
52	NC_014556	ATTTG	2	10	2320	2329	20 %	60 %	20 %	0 %	308183746
53	NC_014556	TTCT	2	8	2361	2368	0 %	75 %	0 %	25 %	308183746
54	NC_014556	TTAG	2	8	2406	2413	25 %	50 %	25 %	0 %	308183746
55	NC_014556	CT	3	6	2482	2487	0 %	50 %	0 %	50 %	308183747
56	NC_014556	T	7	7	2525	2531	0 %	100 %	0 %	0 %	308183747
57	NC_014556	CTT	2	6	2534	2539	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	308183747
58	NC_014556	ACTTT	2	10	2596	2605	20 %	60 %	0 %	20 %	308183747
59	NC_014556	ACA	2	6	2700	2705	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_014556	AT	3	6	2769	2774	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_014556	AAAC	2	8	2860	2867	75 %	0 %	0 %	25 %	308183748
62	NC_014556	ATT	2	6	2870	2875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	308183748
63	NC_014556	A	7	7	2931	2937	100 %	0 %	0 %	0 %	308183748
64	NC_014556	TC	3	6	2946	2951	0 %	50 %	0 %	50 %	308183748
65	NC_014556	CT	3	6	2965	2970	0 %	50 %	0 %	50 %	308183748
66	NC_014556	CAA	2	6	2994	2999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183748
67	NC_014556	A	6	6	3005	3010	100 %	0 %	0 %	0 %	308183748
68	NC_014556	TAA	2	6	3025	3030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183748
69	NC_014556	TAA	2	6	3097	3102	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183748
70	NC_014556	AAC	2	6	3129	3134	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183748
71	NC_014556	GCG	2	6	3211	3216	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	308183749
72	NC_014556	CTAA	2	8	3297	3304	50 %	25 %	0 %	25 %	308183749
73	NC_014556	CT	4	8	3315	3322	0 %	50 %	0 %	50 %	308183749
74	NC_014556	TGA	2	6	3377	3382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	308183749
75	NC_014556	A	6	6	3433	3438	100 %	0 %	0 %	0 %	308183749
76	NC_014556	ACA	2	6	3451	3456	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183749
77	NC_014556	AC	3	6	3470	3475	50 %	0 %	0 %	50 %	308183749
78	NC_014556	TTGAT	2	10	3517	3526	20 %	60 %	20 %	0 %	308183749
79	NC_014556	AAAAC	2	10	3638	3647	80 %	0 %	0 %	20 %	308183749
80	NC_014556	CACAA	2	10	3660	3669	60 %	0 %	0 %	40 %	308183749
81	NC_014556	CAT	2	6	3764	3769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183749
82	NC_014556	T	6	6	3773	3778	0 %	100 %	0 %	0 %	308183749
83	NC_014556	TAC	2	6	3873	3878	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183749
84	NC_014556	AG	3	6	3909	3914	50 %	0 %	50 %	0 %	308183749
85	NC_014556	GA	3	6	3937	3942	50 %	0 %	50 %	0 %	308183749
86	NC_014556	TAA	2	6	3974	3979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183749
87	NC_014556	ACT	2	6	3992	3997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183749
88	NC_014556	ACAA	2	8	4036	4043	75 %	0 %	0 %	25 %	308183749
89	NC_014556	CTA	2	6	4046	4051	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183749
90	NC_014556	CAA	2	6	4125	4130	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183749
91	NC_014556	ACA	2	6	4136	4141	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183749
92	NC_014556	A	6	6	4198	4203	100 %	0 %	0 %	0 %	308183749
93	NC_014556	TCA	2	6	4277	4282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183749
94	NC_014556	GAAA	2	8	4320	4327	75 %	0 %	25 %	0 %	308183749
95	NC_014556	ACCA	2	8	4385	4392	50 %	0 %	0 %	50 %	308183749
96	NC_014556	A	6	6	4415	4420	100 %	0 %	0 %	0 %	308183749
97	NC_014556	AAAGA	2	10	4504	4513	80 %	0 %	20 %	0 %	308183749
98	NC_014556	CAG	2	6	4577	4582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	308183749
99	NC_014556	CTTGAA	2	12	4629	4640	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	308183749
100	NC_014556	AG	3	6	4641	4646	50 %	0 %	50 %	0 %	308183749
101	NC_014556	ATT	2	6	4677	4682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	308183749
102	NC_014556	AG	4	8	4701	4708	50 %	0 %	50 %	0 %	308183749
103	NC_014556	AG	4	8	4710	4717	50 %	0 %	50 %	0 %	308183749
104	NC_014556	AGAA	2	8	4751	4758	75 %	0 %	25 %	0 %	308183749
105	NC_014556	ACA	2	6	4803	4808	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183749
106	NC_014556	TCAAA	2	10	4824	4833	60 %	20 %	0 %	20 %	308183749
107	NC_014556	AAC	2	6	4893	4898	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183749
108	NC_014556	CAAG	2	8	4902	4909	50 %	0 %	25 %	25 %	308183749
109	NC_014556	CTT	2	6	5006	5011	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	308183749
110	NC_014556	AG	3	6	5058	5063	50 %	0 %	50 %	0 %	308183749
111	NC_014556	ACA	2	6	5076	5081	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183749
112	NC_014556	A	6	6	5113	5118	100 %	0 %	0 %	0 %	308183749
113	NC_014556	GA	3	6	5127	5132	50 %	0 %	50 %	0 %	308183749
114	NC_014556	TTG	2	6	5172	5177	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308183751
115	NC_014556	AAT	2	6	5265	5270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183751
116	NC_014556	TCA	2	6	5272	5277	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183751
117	NC_014556	GT	3	6	5301	5306	0 %	50 %	50 %	0 %	308183751
118	NC_014556	T	6	6	5334	5339	0 %	100 %	0 %	0 %	308183751
119	NC_014556	AAAAT	2	10	5341	5350	80 %	20 %	0 %	0 %	308183751
120	NC_014556	TGC	2	6	5384	5389	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	308183751
121	NC_014556	ACA	2	6	5404	5409	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	308183751
122	NC_014556	AAT	2	6	5497	5502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183751
123	NC_014556	TCA	2	6	5539	5544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183751
124	NC_014556	TC	3	6	5560	5565	0 %	50 %	0 %	50 %	308183751
125	NC_014556	CT	3	6	5580	5585	0 %	50 %	0 %	50 %	308183751
126	NC_014556	GTT	2	6	5592	5597	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	308183751
127	NC_014556	ATC	2	6	5613	5618	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	308183751
128	NC_014556	TGG	2	6	5671	5676	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	308183751
129	NC_014556	ATA	2	6	5719	5724	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183751
130	NC_014556	AAT	2	6	5758	5763	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183751
131	NC_014556	AG	3	6	5829	5834	50 %	0 %	50 %	0 %	308183751
132	NC_014556	T	6	6	5906	5911	0 %	100 %	0 %	0 %	308183751
133	NC_014556	ATTTG	2	10	5918	5927	20 %	60 %	20 %	0 %	308183751
134	NC_014556	AAT	2	6	5966	5971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183751
135	NC_014556	TATT	2	8	5980	5987	25 %	75 %	0 %	0 %	308183751
136	NC_014556	A	6	6	5994	5999	100 %	0 %	0 %	0 %	308183751
137	NC_014556	AATT	2	8	6084	6091	50 %	50 %	0 %	0 %	308183751
138	NC_014556	ATA	2	6	6100	6105	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	308183751
139	NC_014556	A	6	6	6117	6122	100 %	0 %	0 %	0 %	308183751
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141	NC_014556	AT	3	6	6159	6164	50 %	50 %	0 %	0 %	308183751
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.