MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Herbaspirillum seropedicae SmR1 chromosome

Total Repeats: 139543

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
131501	NC_014323	CAT	2	6	5207673	5207678	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313825
131502	NC_014323	CGC	2	6	5207727	5207732	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313825
131503	NC_014323	GCG	2	6	5207740	5207745	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313825
131504	NC_014323	CG	3	6	5207744	5207749	0 %	0 %	50 %	50 %	300313825
131505	NC_014323	GTG	2	6	5207776	5207781	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300313825
131506	NC_014323	CAGCG	2	10	5207806	5207815	20 %	0 %	40 %	40 %	300313825
131507	NC_014323	GGC	2	6	5207820	5207825	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313825
131508	NC_014323	GGC	2	6	5207875	5207880	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313825
131509	NC_014323	CGG	2	6	5207985	5207990	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313825
131510	NC_014323	CGA	2	6	5208024	5208029	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313825
131511	NC_014323	GCA	2	6	5208036	5208041	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313825
131512	NC_014323	TGG	2	6	5208053	5208058	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300313825
131513	NC_014323	GC	3	6	5208076	5208081	0 %	0 %	50 %	50 %	300313825
131514	NC_014323	TGG	2	6	5208116	5208121	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300313825
131515	NC_014323	GGCCT	2	10	5208185	5208194	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
131516	NC_014323	CGGGC	2	10	5208203	5208212	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131517	NC_014323	GCC	2	6	5208277	5208282	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131518	NC_014323	TGA	2	6	5208318	5208323	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131519	NC_014323	ACC	2	6	5208334	5208339	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131520	NC_014323	CCG	2	6	5208396	5208401	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313826
131521	NC_014323	ATGC	2	8	5208416	5208423	25 %	25 %	25 %	25 %	300313826
131522	NC_014323	CG	4	8	5208455	5208462	0 %	0 %	50 %	50 %	300313826
131523	NC_014323	CGA	2	6	5208520	5208525	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313826
131524	NC_014323	CCTGC	2	10	5208527	5208536	0 %	20 %	20 %	60 %	300313826
131525	NC_014323	GCC	2	6	5208539	5208544	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313826
131526	NC_014323	GTGCC	2	10	5208606	5208615	0 %	20 %	40 %	40 %	300313826
131527	NC_014323	GCCACG	2	12	5208632	5208643	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300313826
131528	NC_014323	GCTGG	2	10	5208661	5208670	0 %	20 %	60 %	20 %	300313826
131529	NC_014323	GCA	2	6	5208724	5208729	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313826
131530	NC_014323	GCCTGG	2	12	5208732	5208743	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	300313826
131531	NC_014323	GC	4	8	5208756	5208763	0 %	0 %	50 %	50 %	300313826
131532	NC_014323	GGC	2	6	5208769	5208774	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313826
131533	NC_014323	CG	3	6	5208788	5208793	0 %	0 %	50 %	50 %	300313826
131534	NC_014323	GTG	2	6	5208794	5208799	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300313826
131535	NC_014323	CGC	2	6	5208840	5208845	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313826
131536	NC_014323	AGG	2	6	5208852	5208857	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	300313826
131537	NC_014323	CGC	2	6	5208877	5208882	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313826
131538	NC_014323	TGC	2	6	5208903	5208908	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313826
131539	NC_014323	GCC	2	6	5208909	5208914	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313826
131540	NC_014323	AGC	2	6	5208952	5208957	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313827
131541	NC_014323	GC	3	6	5208956	5208961	0 %	0 %	50 %	50 %	300313827
131542	NC_014323	GC	3	6	5208990	5208995	0 %	0 %	50 %	50 %	300313827
131543	NC_014323	GCTG	2	8	5209000	5209007	0 %	25 %	50 %	25 %	300313827
131544	NC_014323	GCT	3	9	5209010	5209018	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313827
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131546	NC_014323	TGC	2	6	5209087	5209092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313827
131547	NC_014323	CGGC	2	8	5209105	5209112	0 %	0 %	50 %	50 %	300313827
131548	NC_014323	CGC	2	6	5209120	5209125	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313827
131549	NC_014323	GCTG	2	8	5209135	5209142	0 %	25 %	50 %	25 %	300313827
131550	NC_014323	GAT	2	6	5209166	5209171	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313827
131551	NC_014323	GTG	2	6	5209194	5209199	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300313827
131552	NC_014323	GCGCG	2	10	5209200	5209209	0 %	0 %	60 %	40 %	300313827
131553	NC_014323	TGA	3	9	5209228	5209236	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313827
131554	NC_014323	TCA	2	6	5209249	5209254	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313827
131555	NC_014323	GGC	2	6	5209316	5209321	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313827
131556	NC_014323	GCGG	2	8	5209343	5209350	0 %	0 %	75 %	25 %	300313827
131557	NC_014323	A	6	6	5209379	5209384	100 %	0 %	0 %	0 %	300313827
131558	NC_014323	TGCCGC	2	12	5209423	5209434	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131559	NC_014323	CGA	2	6	5209450	5209455	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313828
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131562	NC_014323	ATC	2	6	5209555	5209560	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313828
131563	NC_014323	GCT	2	6	5209563	5209568	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313828
131564	NC_014323	CGTG	2	8	5209573	5209580	0 %	25 %	50 %	25 %	300313828
131565	NC_014323	GCA	2	6	5209614	5209619	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313828
131566	NC_014323	GC	3	6	5209687	5209692	0 %	0 %	50 %	50 %	300313828
131567	NC_014323	TCC	2	6	5209700	5209705	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	300313828
131568	NC_014323	GC	3	6	5209733	5209738	0 %	0 %	50 %	50 %	300313828
131569	NC_014323	CGC	2	6	5209761	5209766	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313828
131570	NC_014323	GCG	2	6	5209800	5209805	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313828
131571	NC_014323	TTC	2	6	5209831	5209836	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300313828
131572	NC_014323	GCA	2	6	5209845	5209850	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313828
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131576	NC_014323	GC	3	6	5210013	5210018	0 %	0 %	50 %	50 %	300313828
131577	NC_014323	GCG	2	6	5210034	5210039	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313828
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131584	NC_014323	GGCGC	2	10	5210317	5210326	0 %	0 %	60 %	40 %	300313828
131585	NC_014323	GCA	2	6	5210397	5210402	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313828
131586	NC_014323	GCG	2	6	5210422	5210427	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313828
131587	NC_014323	GGT	2	6	5210532	5210537	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131588	NC_014323	TCT	2	6	5210614	5210619	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131589	NC_014323	T	7	7	5210636	5210642	0 %	100 %	0 %	0 %	300313829
131590	NC_014323	GAT	2	6	5210656	5210661	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313829
131591	NC_014323	GAT	2	6	5210685	5210690	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313829
131592	NC_014323	CAA	3	9	5210695	5210703	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	300313829
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131594	NC_014323	GCCCAG	2	12	5210740	5210751	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	300313829
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131597	NC_014323	GTA	2	6	5210923	5210928	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313829
131598	NC_014323	GC	3	6	5210957	5210962	0 %	0 %	50 %	50 %	300313829
131599	NC_014323	CAT	2	6	5211133	5211138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313829
131600	NC_014323	CGT	2	6	5211180	5211185	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131601	NC_014323	CATC	2	8	5211186	5211193	25 %	25 %	0 %	50 %	300313829
131602	NC_014323	GC	4	8	5211311	5211318	0 %	0 %	50 %	50 %	300313829
131603	NC_014323	CGG	2	6	5211387	5211392	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313829
131604	NC_014323	GGT	2	6	5211418	5211423	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	300313829
131605	NC_014323	CAC	2	6	5211430	5211435	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300313829
131606	NC_014323	GCC	2	6	5211458	5211463	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313829
131607	NC_014323	GCA	2	6	5211477	5211482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131608	NC_014323	CCAG	2	8	5211492	5211499	25 %	0 %	25 %	50 %	300313829
131609	NC_014323	TCA	2	6	5211615	5211620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313829
131610	NC_014323	GC	3	6	5211709	5211714	0 %	0 %	50 %	50 %	300313829
131611	NC_014323	GCT	2	6	5211814	5211819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131612	NC_014323	TGA	2	6	5211828	5211833	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313829
131613	NC_014323	C	6	6	5211845	5211850	0 %	0 %	0 %	100 %	300313829
131614	NC_014323	GCT	2	6	5211861	5211866	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131615	NC_014323	ATC	2	6	5211869	5211874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313829
131616	NC_014323	GGC	2	6	5211890	5211895	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313829
131617	NC_014323	GGC	2	6	5211922	5211927	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313829
131618	NC_014323	TGC	2	6	5211941	5211946	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131619	NC_014323	GCG	2	6	5211947	5211952	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313829
131620	NC_014323	TGC	2	6	5211975	5211980	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131621	NC_014323	GCC	2	6	5212003	5212008	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313829
131622	NC_014323	ATC	2	6	5212037	5212042	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313829
131623	NC_014323	ACC	2	6	5212043	5212048	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	300313829
131624	NC_014323	CAG	2	6	5212060	5212065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131625	NC_014323	GCA	2	6	5212074	5212079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313829
131626	NC_014323	GCC	2	6	5212094	5212099	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131627	NC_014323	GCC	2	6	5212101	5212106	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131628	NC_014323	CG	3	6	5212107	5212112	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131629	NC_014323	CGGC	2	8	5212134	5212141	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131630	NC_014323	GGC	2	6	5212157	5212162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313830
131631	NC_014323	CACG	2	8	5212201	5212208	25 %	0 %	25 %	50 %	300313830
131632	NC_014323	AGGCGC	2	12	5212245	5212256	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	300313830
131633	NC_014323	AGCG	2	8	5212278	5212285	25 %	0 %	50 %	25 %	300313830
131634	NC_014323	TTC	2	6	5212316	5212321	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300313830
131635	NC_014323	CGA	2	6	5212360	5212365	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313830
131636	NC_014323	CAG	2	6	5212373	5212378	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313830
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131638	NC_014323	CGAG	2	8	5212447	5212454	25 %	0 %	50 %	25 %	300313830
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131642	NC_014323	CGATGC	2	12	5212495	5212506	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	300313830
131643	NC_014323	GC	3	6	5212526	5212531	0 %	0 %	50 %	50 %	300313830
131644	NC_014323	CAG	2	6	5212532	5212537	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313830
131645	NC_014323	CG	3	6	5212540	5212545	0 %	0 %	50 %	50 %	300313830
131646	NC_014323	CGGT	2	8	5212599	5212606	0 %	25 %	50 %	25 %	300313830
131647	NC_014323	ATG	2	6	5212629	5212634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313830
131648	NC_014323	CCGT	2	8	5212680	5212687	0 %	25 %	25 %	50 %	300313830
131649	NC_014323	GCA	2	6	5212693	5212698	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313830
131650	NC_014323	CGT	2	6	5212765	5212770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313830
131651	NC_014323	TCT	2	6	5212828	5212833	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300313830
131652	NC_014323	TCG	2	6	5212839	5212844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313830
131653	NC_014323	TGC	2	6	5212870	5212875	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131654	NC_014323	ATTGCG	2	12	5212898	5212909	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	300313831
131655	NC_014323	TGC	2	6	5212963	5212968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313831
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131658	NC_014323	GTC	2	6	5213018	5213023	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313831
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131660	NC_014323	GC	3	6	5213124	5213129	0 %	0 %	50 %	50 %	300313831
131661	NC_014323	CGGC	2	8	5213173	5213180	0 %	0 %	50 %	50 %	300313831
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131668	NC_014323	GC	3	6	5213454	5213459	0 %	0 %	50 %	50 %	300313831
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131683	NC_014323	CGG	2	6	5214092	5214097	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313831
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131688	NC_014323	GTGC	2	8	5214198	5214205	0 %	25 %	50 %	25 %	300313831
131689	NC_014323	TGCC	2	8	5214273	5214280	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
131690	NC_014323	CTG	2	6	5214303	5214308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131691	NC_014323	AAG	2	6	5214366	5214371	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131692	NC_014323	CTTAT	2	10	5214388	5214397	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131693	NC_014323	TGC	2	6	5214415	5214420	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131694	NC_014323	CCA	2	6	5214422	5214427	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
131695	NC_014323	GCCC	2	8	5214453	5214460	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
131696	NC_014323	TGC	2	6	5214463	5214468	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131697	NC_014323	GGCCG	2	10	5214491	5214500	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131698	NC_014323	CAA	2	6	5214530	5214535	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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131700	NC_014323	TCG	2	6	5214608	5214613	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131701	NC_014323	CCG	2	6	5214618	5214623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
131702	NC_014323	ATG	2	6	5214654	5214659	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	300313832
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131704	NC_014323	CTGCC	2	10	5214697	5214706	0 %	20 %	20 %	60 %	300313832
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131706	NC_014323	CTG	2	6	5214735	5214740	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313832
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131712	NC_014323	GCA	2	6	5214874	5214879	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313832
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131714	NC_014323	CGG	2	6	5214953	5214958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313832
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131722	NC_014323	GCC	2	6	5215080	5215085	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313832
131723	NC_014323	CGA	2	6	5215094	5215099	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313832
131724	NC_014323	TTC	2	6	5215146	5215151	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300313832
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131726	NC_014323	GCC	2	6	5215187	5215192	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313832
131727	NC_014323	TTC	2	6	5215209	5215214	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	300313832
131728	NC_014323	GCT	2	6	5215217	5215222	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313832
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131845	NC_014323	GCC	2	6	5219835	5219840	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	300313836
131846	NC_014323	ACG	2	6	5219842	5219847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313836
131847	NC_014323	CG	4	8	5219852	5219859	0 %	0 %	50 %	50 %	300313836
131848	NC_014323	GCG	3	9	5219871	5219879	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	300313836
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131905	NC_014323	GGAT	2	8	5222155	5222162	25 %	25 %	50 %	0 %	300313838
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131909	NC_014323	CGCCTG	2	12	5222395	5222406	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	300313839
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131939	NC_014323	CTT	2	6	5223425	5223430	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131940	NC_014323	CCTT	2	8	5223465	5223472	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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131943	NC_014323	TCA	2	6	5223753	5223758	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	300313840
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131994	NC_014323	CAGC	2	8	5225171	5225178	25 %	0 %	25 %	50 %	300313840
131995	NC_014323	GAAGA	2	10	5225189	5225198	60 %	0 %	40 %	0 %	300313840
131996	NC_014323	GCA	2	6	5225275	5225280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313840
131997	NC_014323	GCT	2	6	5225357	5225362	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	300313840
131998	NC_014323	GCA	2	6	5225407	5225412	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	300313840
131999	NC_014323	CAT	2	6	5225488	5225493	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132000	NC_014323	GTG	2	6	5225570	5225575	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

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