MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Halobacterium salinarum R1 plasmid PHS1

Total Repeats: 3300

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
3001	NC_010366	CTA	2	6	133344	133349	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237294
3002	NC_010366	CGA	2	6	133389	133394	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237294
3003	NC_010366	GCG	2	6	133420	133425	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237294
3004	NC_010366	CGA	2	6	133442	133447	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237294
3005	NC_010366	GAA	2	6	133516	133521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237294
3006	NC_010366	GTC	2	6	133560	133565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237294
3007	NC_010366	GCC	2	6	133571	133576	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237294
3008	NC_010366	GAGC	2	8	133581	133588	25 %	0 %	50 %	25 %	169237294
3009	NC_010366	G	6	6	133604	133609	0 %	0 %	100 %	0 %	169237294
3010	NC_010366	GTG	2	6	133622	133627	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237294
3011	NC_010366	CTT	2	6	133636	133641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237294
3012	NC_010366	GC	4	8	133667	133674	0 %	0 %	50 %	50 %	169237294
3013	NC_010366	CGT	2	6	133708	133713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237294
3014	NC_010366	CAC	2	6	133723	133728	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237294
3015	NC_010366	CGG	2	6	133882	133887	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237294
3016	NC_010366	ATCA	2	8	133921	133928	50 %	25 %	0 %	25 %	169237294
3017	NC_010366	CGC	3	9	133971	133979	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237294
3018	NC_010366	GA	3	6	134003	134008	50 %	0 %	50 %	0 %	169237294
3019	NC_010366	GCG	2	6	134026	134031	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237294
3020	NC_010366	CGA	2	6	134046	134051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237294
3021	NC_010366	TAG	2	6	134058	134063	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237294
3022	NC_010366	GAG	2	6	134236	134241	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237294
3023	NC_010366	CGA	2	6	134250	134255	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237294
3024	NC_010366	TCGG	2	8	134289	134296	0 %	25 %	50 %	25 %	169237294
3025	NC_010366	TTG	2	6	134420	134425	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3026	NC_010366	CAA	2	6	134534	134539	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3027	NC_010366	TTAG	2	8	134550	134557	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
3028	NC_010366	GGC	2	6	134578	134583	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3029	NC_010366	GGAA	2	8	134602	134609	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3030	NC_010366	GAG	2	6	134611	134616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3031	NC_010366	CCT	2	6	134639	134644	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3032	NC_010366	CGC	2	6	134781	134786	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237295
3033	NC_010366	GGGT	2	8	134856	134863	0 %	25 %	75 %	0 %	169237295
3034	NC_010366	TCG	2	6	134909	134914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3035	NC_010366	CGA	2	6	134925	134930	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3036	NC_010366	GTTGAC	2	12	134950	134961	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	169237295
3037	NC_010366	GAG	2	6	135049	135054	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237295
3038	NC_010366	CGA	2	6	135123	135128	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3039	NC_010366	CGA	2	6	135231	135236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3040	NC_010366	CGG	2	6	135240	135245	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237295
3041	NC_010366	GCAA	2	8	135335	135342	50 %	0 %	25 %	25 %	169237295
3042	NC_010366	CGA	2	6	135357	135362	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3043	NC_010366	GAAGTC	2	12	135388	135399	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	169237295
3044	NC_010366	CGT	2	6	135456	135461	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3045	NC_010366	CGA	2	6	135471	135476	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3046	NC_010366	CGA	2	6	135483	135488	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237295
3047	NC_010366	GAG	2	6	135520	135525	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237295
3048	NC_010366	CGG	2	6	135533	135538	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237295
3049	NC_010366	GTG	2	6	135640	135645	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237295
3050	NC_010366	GAT	2	6	135721	135726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237295
3051	NC_010366	GCG	2	6	135754	135759	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237295
3052	NC_010366	TCC	2	6	135785	135790	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237295
3053	NC_010366	CCG	2	6	135823	135828	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237295
3054	NC_010366	AGA	2	6	135857	135862	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237295
3055	NC_010366	CGCT	2	8	135893	135900	0 %	25 %	25 %	50 %	169237295
3056	NC_010366	CAA	2	6	135947	135952	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3057	NC_010366	CCT	2	6	136013	136018	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3058	NC_010366	ACC	2	6	136080	136085	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3059	NC_010366	G	6	6	136091	136096	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
3060	NC_010366	ATAG	2	8	136111	136118	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3061	NC_010366	TTG	2	6	136137	136142	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3062	NC_010366	CTT	2	6	136180	136185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237296
3063	NC_010366	GTCT	2	8	136243	136250	0 %	50 %	25 %	25 %	169237296
3064	NC_010366	GCG	2	6	136267	136272	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237296
3065	NC_010366	GAC	2	6	136355	136360	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237296
3066	NC_010366	CGT	2	6	136378	136383	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237296
3067	NC_010366	CTG	2	6	136439	136444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237296
3068	NC_010366	TCGG	2	8	136445	136452	0 %	25 %	50 %	25 %	169237296
3069	NC_010366	CAG	2	6	136454	136459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237296
3070	NC_010366	AACA	2	8	136532	136539	75 %	0 %	0 %	25 %	169237296
3071	NC_010366	CG	3	6	136573	136578	0 %	0 %	50 %	50 %	169237296
3072	NC_010366	TCG	2	6	136647	136652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237296
3073	NC_010366	CGGCA	2	10	136933	136942	20 %	0 %	40 %	40 %	169237296
3074	NC_010366	CAT	2	6	137027	137032	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237296
3075	NC_010366	TCG	2	6	137036	137041	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3076	NC_010366	CTG	2	6	137067	137072	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3077	NC_010366	CTG	2	6	137086	137091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3078	NC_010366	CAA	2	6	137101	137106	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3079	NC_010366	GCG	2	6	137159	137164	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3080	NC_010366	CCA	2	6	137228	137233	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3081	NC_010366	CGG	2	6	137275	137280	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3082	NC_010366	TGC	2	6	137286	137291	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3083	NC_010366	TC	3	6	137342	137347	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3084	NC_010366	AC	3	6	137377	137382	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3085	NC_010366	CAG	2	6	137421	137426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3086	NC_010366	ACCG	2	8	137434	137441	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
3087	NC_010366	CGTG	2	8	137479	137486	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3088	NC_010366	GCG	2	6	137487	137492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3089	NC_010366	CGACG	2	10	137512	137521	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
3090	NC_010366	AT	3	6	137525	137530	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3091	NC_010366	GAG	2	6	137602	137607	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3092	NC_010366	TCGC	2	8	137614	137621	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
3093	NC_010366	CTG	2	6	137636	137641	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237297
3094	NC_010366	CGG	2	6	137671	137676	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237297
3095	NC_010366	CGT	2	6	137679	137684	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237297
3096	NC_010366	CAAG	2	8	137768	137775	50 %	0 %	25 %	25 %	169237297
3097	NC_010366	ATG	2	6	137861	137866	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237297
3098	NC_010366	GGA	2	6	137958	137963	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237297
3099	NC_010366	TGC	2	6	138001	138006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237298
3100	NC_010366	CGCC	2	8	138017	138024	0 %	0 %	25 %	75 %	169237298
3101	NC_010366	CAG	2	6	138064	138069	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237298
3102	NC_010366	GCG	2	6	138101	138106	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237298
3103	NC_010366	CGCTG	2	10	138125	138134	0 %	20 %	40 %	40 %	169237298
3104	NC_010366	GAG	2	6	138159	138164	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237298
3105	NC_010366	GT	3	6	138185	138190	0 %	50 %	50 %	0 %	169237298
3106	NC_010366	CCA	2	6	138216	138221	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237298
3107	NC_010366	GTC	2	6	138307	138312	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237298
3108	NC_010366	GC	3	6	138340	138345	0 %	0 %	50 %	50 %	169237298
3109	NC_010366	CCG	2	6	138378	138383	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	169237298
3110	NC_010366	CTC	2	6	138396	138401	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237298
3111	NC_010366	GAC	2	6	138464	138469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237298
3112	NC_010366	CT	3	6	138561	138566	0 %	50 %	0 %	50 %	169237298
3113	NC_010366	CAT	2	6	138567	138572	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	169237298
3114	NC_010366	GCA	2	6	138575	138580	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237298
3115	NC_010366	GTC	2	6	138594	138599	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237298
3116	NC_010366	GAC	2	6	138660	138665	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237298
3117	NC_010366	GCTC	2	8	138704	138711	0 %	25 %	25 %	50 %	169237299
3118	NC_010366	ACG	2	6	138712	138717	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237299
3119	NC_010366	CGAC	2	8	138764	138771	25 %	0 %	25 %	50 %	169237299
3120	NC_010366	GCT	2	6	138792	138797	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237299
3121	NC_010366	CCAGAC	2	12	138847	138858	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	169237299
3122	NC_010366	CGG	2	6	138866	138871	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237299
3123	NC_010366	CAG	2	6	138928	138933	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237299
3124	NC_010366	CAC	2	6	138979	138984	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	169237299
3125	NC_010366	CAG	2	6	139055	139060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237299
3126	NC_010366	GGT	2	6	139077	139082	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237299
3127	NC_010366	AGA	2	6	139092	139097	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	169237299
3128	NC_010366	CGA	2	6	139107	139112	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237299
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3131	NC_010366	AGCG	2	8	139175	139182	25 %	0 %	50 %	25 %	169237299
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3139	NC_010366	ACTGA	2	10	139399	139408	40 %	20 %	20 %	20 %	169237299
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3143	NC_010366	CCGG	2	8	139627	139634	0 %	0 %	50 %	50 %	169237299
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3150	NC_010366	GTA	2	6	139915	139920	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3151	NC_010366	GAT	2	6	139954	139959	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237301
3152	NC_010366	ACG	2	6	140114	140119	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237301
3153	NC_010366	TCG	2	6	140120	140125	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237301
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3158	NC_010366	ACAG	2	8	140323	140330	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
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3160	NC_010366	GTT	3	9	140451	140459	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3161	NC_010366	GGCA	2	8	140529	140536	25 %	0 %	50 %	25 %	169237302
3162	NC_010366	CGT	2	6	140550	140555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237302
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3164	NC_010366	GCC	2	6	140695	140700	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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3166	NC_010366	TGG	2	6	140733	140738	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3167	NC_010366	TCA	2	6	140740	140745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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3183	NC_010366	GTT	2	6	141703	141708	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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3221	NC_010366	GAAG	2	8	143437	143444	50 %	0 %	50 %	0 %	169237308
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3227	NC_010366	GCG	2	6	143769	143774	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237308
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3235	NC_010366	GAG	2	6	144002	144007	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	169237308
3236	NC_010366	CCG	2	6	144023	144028	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3237	NC_010366	CGAG	2	8	144185	144192	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
3238	NC_010366	GGA	2	6	144200	144205	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3239	NC_010366	CGC	2	6	144232	144237	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3240	NC_010366	GCG	2	6	144322	144327	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
3241	NC_010366	CAAC	2	8	144356	144363	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
3242	NC_010366	GCT	2	6	144385	144390	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3243	NC_010366	CTT	2	6	144455	144460	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3244	NC_010366	GTAA	2	8	144499	144506	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3245	NC_010366	GGGGGT	2	12	144525	144536	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	169237309
3246	NC_010366	GTA	2	6	144582	144587	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237309
3247	NC_010366	GGC	2	6	144666	144671	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	169237309
3248	NC_010366	TCG	2	6	144739	144744	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237309
3249	NC_010366	TCT	2	6	144788	144793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237309
3250	NC_010366	GT	3	6	144803	144808	0 %	50 %	50 %	0 %	169237309
3251	NC_010366	CGT	2	6	144836	144841	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237309
3252	NC_010366	AGTG	2	8	144882	144889	25 %	25 %	50 %	0 %	169237309
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3254	NC_010366	GCT	2	6	144994	144999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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3256	NC_010366	CTC	2	6	145152	145157	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	169237310
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3258	NC_010366	TCGA	2	8	145206	145213	25 %	25 %	25 %	25 %	169237310
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3260	NC_010366	TACT	2	8	145307	145314	25 %	50 %	0 %	25 %	169237310
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3268	NC_010366	TC	3	6	145520	145525	0 %	50 %	0 %	50 %	169237310
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3271	NC_010366	CT	3	6	145676	145681	0 %	50 %	0 %	50 %	169237310
3272	NC_010366	GGTT	2	8	145748	145755	0 %	50 %	50 %	0 %	169237310
3273	NC_010366	GTG	2	6	145800	145805	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	169237310
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3277	NC_010366	GAC	2	6	146001	146006	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	169237310
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3279	NC_010366	TGA	2	6	146044	146049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	169237310
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3282	NC_010366	AC	3	6	146231	146236	50 %	0 %	0 %	50 %	169237311
3283	NC_010366	TGACGG	2	12	146263	146274	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	169237311
3284	NC_010366	TCT	2	6	146505	146510	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	169237311
3285	NC_010366	TC	3	6	146547	146552	0 %	50 %	0 %	50 %	169237311
3286	NC_010366	TGC	2	6	146567	146572	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	169237311
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3289	NC_010366	GGT	2	6	146770	146775	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3290	NC_010366	TCT	2	6	146829	146834	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3291	NC_010366	GAC	2	6	146930	146935	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3292	NC_010366	GTT	2	6	146936	146941	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3293	NC_010366	GAAGA	2	10	147017	147026	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
3294	NC_010366	AAG	2	6	147091	147096	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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3297	NC_010366	AGTTC	2	10	147286	147295	20 %	40 %	20 %	20 %	169237312
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3299	NC_010366	CT	3	6	147588	147593	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
3300	NC_010366	CTC	2	6	147615	147620	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.