MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Hyphomonas neptunium ATCC 15444 chromosome

Total Repeats: 82576

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008358	GAG	2	6	120	125	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_008358	TG	4	8	185	192	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008358	CA	3	6	204	209	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_008358	AG	3	6	248	253	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008358	CGC	2	6	344	349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797376
6	NC_008358	GC	3	6	352	357	0 %	0 %	50 %	50 %	114797376
7	NC_008358	ATT	2	6	388	393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	114797376
8	NC_008358	GC	3	6	481	486	0 %	0 %	50 %	50 %	114797376
9	NC_008358	GCC	2	6	568	573	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797376
10	NC_008358	ACA	2	6	608	613	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	114797376
11	NC_008358	ATT	2	6	628	633	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	114797376
12	NC_008358	CGCT	2	8	661	668	0 %	25 %	25 %	50 %	114797376
13	NC_008358	ATG	2	6	670	675	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114797376
14	NC_008358	TTC	2	6	715	720	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114797376
15	NC_008358	CCTG	2	8	815	822	0 %	25 %	25 %	50 %	114797376
16	NC_008358	TGG	2	6	856	861	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	114797376
17	NC_008358	CCG	2	6	899	904	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797376
18	NC_008358	GAA	2	6	954	959	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114797376
19	NC_008358	CGC	2	6	1032	1037	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797376
20	NC_008358	AGA	2	6	1043	1048	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114797376
21	NC_008358	TGC	2	6	1072	1077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114797376
22	NC_008358	GCC	2	6	1134	1139	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114798603
23	NC_008358	GCC	3	9	1151	1159	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114798603
24	NC_008358	GC	3	6	1219	1224	0 %	0 %	50 %	50 %	114798603
25	NC_008358	CAA	2	6	1225	1230	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	114798603
26	NC_008358	GCTG	2	8	1258	1265	0 %	25 %	50 %	25 %	114798603
27	NC_008358	CGG	2	6	1312	1317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114798603
28	NC_008358	CGA	2	6	1339	1344	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114798603
29	NC_008358	CTG	2	6	1359	1364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114798603
30	NC_008358	A	6	6	1378	1383	100 %	0 %	0 %	0 %	114798603
31	NC_008358	GC	3	6	1449	1454	0 %	0 %	50 %	50 %	114798603
32	NC_008358	AGA	2	6	1504	1509	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114798603
33	NC_008358	TC	3	6	1549	1554	0 %	50 %	0 %	50 %	114798603
34	NC_008358	GC	3	6	1587	1592	0 %	0 %	50 %	50 %	114798603
35	NC_008358	ATT	2	6	1617	1622	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	114798603
36	NC_008358	GCT	2	6	1642	1647	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114798603
37	NC_008358	TCT	2	6	1698	1703	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114799600
38	NC_008358	ATGG	2	8	1754	1761	25 %	25 %	50 %	0 %	114799600
39	NC_008358	CG	3	6	1765	1770	0 %	0 %	50 %	50 %	114799600
40	NC_008358	CCAG	2	8	1844	1851	25 %	0 %	25 %	50 %	114799600
41	NC_008358	GATG	2	8	1969	1976	25 %	25 %	50 %	0 %	114799600
42	NC_008358	GGA	2	6	2045	2050	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	114799600
43	NC_008358	CG	3	6	2083	2088	0 %	0 %	50 %	50 %	114799600
44	NC_008358	AGA	2	6	2154	2159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114799600
45	NC_008358	CG	4	8	2163	2170	0 %	0 %	50 %	50 %	114799600
46	NC_008358	GC	3	6	2183	2188	0 %	0 %	50 %	50 %	114799600
47	NC_008358	CT	3	6	2221	2226	0 %	50 %	0 %	50 %	114799600
48	NC_008358	CTG	2	6	2228	2233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114799600
49	NC_008358	TCG	2	6	2237	2242	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114799600
50	NC_008358	CCG	2	6	2294	2299	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114799600
51	NC_008358	TCT	2	6	2306	2311	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114799600
52	NC_008358	GAAG	2	8	2349	2356	50 %	0 %	50 %	0 %	114799600
53	NC_008358	GC	4	8	2373	2380	0 %	0 %	50 %	50 %	114799600
54	NC_008358	CAT	2	6	2495	2500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114799600
55	NC_008358	ATC	2	6	2502	2507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114799600
56	NC_008358	ATG	2	6	2584	2589	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114797191
57	NC_008358	GGC	2	6	2622	2627	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114797191
58	NC_008358	CGA	2	6	2714	2719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114797191
59	NC_008358	GGAA	2	8	2741	2748	50 %	0 %	50 %	0 %	114797191
60	NC_008358	GC	3	6	2809	2814	0 %	0 %	50 %	50 %	114797191
61	NC_008358	CTG	2	6	2838	2843	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114797191
62	NC_008358	GGC	2	6	2853	2858	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114797191
63	NC_008358	GTT	2	6	2883	2888	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	114797191
64	NC_008358	CCGG	2	8	2927	2934	0 %	0 %	50 %	50 %	114797191
65	NC_008358	AGCG	2	8	2992	2999	25 %	0 %	50 %	25 %	114797191
66	NC_008358	TGA	2	6	3073	3078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114797191
67	NC_008358	GA	3	6	3094	3099	50 %	0 %	50 %	0 %	114797191
68	NC_008358	ATC	2	6	3176	3181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114798147
69	NC_008358	GAT	2	6	3199	3204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114798147
70	NC_008358	GAC	2	6	3296	3301	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114798147
71	NC_008358	ATT	2	6	3338	3343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	114798147
72	NC_008358	CAT	2	6	3373	3378	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114798147
73	NC_008358	CAT	2	6	3445	3450	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114798147
74	NC_008358	GCT	2	6	3577	3582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114798147
75	NC_008358	GCT	2	6	3616	3621	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114798147
76	NC_008358	GGT	2	6	3623	3628	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	114798147
77	NC_008358	CG	3	6	3635	3640	0 %	0 %	50 %	50 %	114798147
78	NC_008358	GGGAG	2	10	3661	3670	20 %	0 %	80 %	0 %	114798147
79	NC_008358	GCTT	2	8	3709	3716	0 %	50 %	25 %	25 %	114798147
80	NC_008358	GC	3	6	3736	3741	0 %	0 %	50 %	50 %	114798147
81	NC_008358	TTG	2	6	3756	3761	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	114798147
82	NC_008358	CGC	2	6	3818	3823	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114798742
83	NC_008358	GC	4	8	3836	3843	0 %	0 %	50 %	50 %	114798742
84	NC_008358	CG	3	6	3849	3854	0 %	0 %	50 %	50 %	114798742
85	NC_008358	AG	3	6	3872	3877	50 %	0 %	50 %	0 %	114798742
86	NC_008358	GCC	2	6	3915	3920	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114798742
87	NC_008358	GAT	2	6	3939	3944	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114798742
88	NC_008358	GC	3	6	3948	3953	0 %	0 %	50 %	50 %	114798742
89	NC_008358	CAG	2	6	3984	3989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114798742
90	NC_008358	GACCT	2	10	3999	4008	20 %	20 %	20 %	40 %	114798742
91	NC_008358	GA	3	6	4101	4106	50 %	0 %	50 %	0 %	114798742
92	NC_008358	CGG	2	6	4188	4193	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114798742
93	NC_008358	GA	3	6	4213	4218	50 %	0 %	50 %	0 %	114798742
94	NC_008358	GCT	2	6	4265	4270	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114798742
95	NC_008358	TGGGG	2	10	4275	4284	0 %	20 %	80 %	0 %	114798742
96	NC_008358	CGG	2	6	4289	4294	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114798742
97	NC_008358	CAC	2	6	4386	4391	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_008358	CGC	2	6	4435	4440	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_008358	GGC	2	6	4477	4482	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114799709
100	NC_008358	GTTC	2	8	4492	4499	0 %	50 %	25 %	25 %	114799709
101	NC_008358	GCG	2	6	4530	4535	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114799709
102	NC_008358	GCCG	2	8	4648	4655	0 %	0 %	50 %	50 %	114799709
103	NC_008358	GAA	2	6	4703	4708	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114799709
104	NC_008358	GCG	2	6	4716	4721	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114799709
105	NC_008358	TGCGC	2	10	4774	4783	0 %	20 %	40 %	40 %	114799709
106	NC_008358	GCT	2	6	4786	4791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114799709
107	NC_008358	GCGAC	2	10	4836	4845	20 %	0 %	40 %	40 %	114799709
108	NC_008358	GC	5	10	4848	4857	0 %	0 %	50 %	50 %	114799709
109	NC_008358	GCA	2	6	4911	4916	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114799709
110	NC_008358	GA	3	6	4959	4964	50 %	0 %	50 %	0 %	114799709
111	NC_008358	TCC	2	6	5009	5014	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114799709
112	NC_008358	GCT	2	6	5029	5034	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114799709
113	NC_008358	CGA	2	6	5035	5040	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114799709
114	NC_008358	GCC	2	6	5051	5056	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114799709
115	NC_008358	TC	3	6	5064	5069	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_008358	GAG	2	6	5082	5087	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008358	TGC	2	6	5122	5127	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114797762
118	NC_008358	GCG	2	6	5180	5185	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114797762
119	NC_008358	CCGC	2	8	5236	5243	0 %	0 %	25 %	75 %	114797762
120	NC_008358	CGA	2	6	5259	5264	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114797762
121	NC_008358	CGC	2	6	5324	5329	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797762
122	NC_008358	CGC	2	6	5348	5353	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797762
123	NC_008358	CGC	2	6	5364	5369	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797762
124	NC_008358	CGGCA	2	10	5392	5401	20 %	0 %	40 %	40 %	114797762
125	NC_008358	GCCT	2	8	5413	5420	0 %	25 %	25 %	50 %	114797762
126	NC_008358	CGC	2	6	5431	5436	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797762
127	NC_008358	ATC	2	6	5495	5500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114797762
128	NC_008358	GGAA	2	8	5506	5513	50 %	0 %	50 %	0 %	114797762
129	NC_008358	CGC	2	6	5555	5560	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797762
130	NC_008358	GC	3	6	5559	5564	0 %	0 %	50 %	50 %	114797762
131	NC_008358	CAC	2	6	5653	5658	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114797762
132	NC_008358	GGC	2	6	5696	5701	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114797762
133	NC_008358	TTC	2	6	5735	5740	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114797762
134	NC_008358	CG	3	6	5868	5873	0 %	0 %	50 %	50 %	114797762
135	NC_008358	TGGA	2	8	5903	5910	25 %	25 %	50 %	0 %	114797762
136	NC_008358	GAA	2	6	5924	5929	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114797762
137	NC_008358	TCT	2	6	5964	5969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114797762
138	NC_008358	GC	3	6	6012	6017	0 %	0 %	50 %	50 %	114797762
139	NC_008358	CCT	2	6	6060	6065	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114797762
140	NC_008358	CCT	2	6	6133	6138	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114797762
141	NC_008358	CGG	2	6	6154	6159	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114797762
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244	NC_008358	GCA	2	6	10381	10386	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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255	NC_008358	GC	3	6	10831	10836	0 %	0 %	50 %	50 %	114797544
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259	NC_008358	GAA	2	6	11246	11251	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114798033
260	NC_008358	TCT	2	6	11347	11352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114798033
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262	NC_008358	TCA	3	9	11374	11382	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114798033
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264	NC_008358	CA	3	6	11408	11413	50 %	0 %	0 %	50 %	114798033
265	NC_008358	GCGG	2	8	11425	11432	0 %	0 %	75 %	25 %	114798033
266	NC_008358	CAC	2	6	11438	11443	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114798033
267	NC_008358	ATCG	2	8	11450	11457	25 %	25 %	25 %	25 %	114798033
268	NC_008358	GTC	2	6	11618	11623	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114798033
269	NC_008358	TTG	2	6	11631	11636	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	114798033
270	NC_008358	CGG	2	6	11638	11643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114798033
271	NC_008358	CGAA	2	8	11760	11767	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
272	NC_008358	GGC	2	6	11779	11784	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114799488
273	NC_008358	GCG	2	6	11832	11837	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114799488
274	NC_008358	ATA	2	6	11844	11849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	114799488
275	NC_008358	CT	3	6	11906	11911	0 %	50 %	0 %	50 %	114799488
276	NC_008358	TTC	2	6	11931	11936	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114799488
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288	NC_008358	GA	3	6	12334	12339	50 %	0 %	50 %	0 %	114799488
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291	NC_008358	TCC	2	6	12544	12549	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114799488
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296	NC_008358	GGCAG	2	10	12757	12766	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
297	NC_008358	GC	3	6	12890	12895	0 %	0 %	50 %	50 %	114799979
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301	NC_008358	GGA	2	6	13095	13100	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	114799979
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323	NC_008358	CG	3	6	13925	13930	0 %	0 %	50 %	50 %	114800170
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383	NC_008358	GCCC	2	8	16170	16177	0 %	0 %	25 %	75 %	114799580
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389	NC_008358	CT	3	6	16371	16376	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
390	NC_008358	GCA	2	6	16387	16392	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114797696
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395	NC_008358	CG	4	8	16556	16563	0 %	0 %	50 %	50 %	114797696
396	NC_008358	CGC	2	6	16569	16574	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797696
397	NC_008358	GCC	4	12	16624	16635	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114797696
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399	NC_008358	CCT	2	6	16658	16663	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114797696
400	NC_008358	CAT	2	6	16710	16715	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114797696
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