MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Halobacterium sp. NRC-1 plasmid pNRC100

Total Repeats: 4359

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
4001	NC_001869	GC	3	6	176580	176585	0 %	0 %	50 %	50 %	10803713
4002	NC_001869	CGA	2	6	176589	176594	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4003	NC_001869	GC	3	6	176647	176652	0 %	0 %	50 %	50 %	10803713
4004	NC_001869	GC	3	6	176661	176666	0 %	0 %	50 %	50 %	10803713
4005	NC_001869	CGT	2	6	176667	176672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4006	NC_001869	CTC	2	6	176677	176682	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803713
4007	NC_001869	GGGC	2	8	176690	176697	0 %	0 %	75 %	25 %	10803713
4008	NC_001869	GTC	2	6	176740	176745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4009	NC_001869	AGG	2	6	176754	176759	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803713
4010	NC_001869	GT	3	6	176771	176776	0 %	50 %	50 %	0 %	10803713
4011	NC_001869	TGG	2	6	176799	176804	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803713
4012	NC_001869	GCG	2	6	176834	176839	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803713
4013	NC_001869	GTC	2	6	176840	176845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4014	NC_001869	GTC	2	6	176848	176853	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4015	NC_001869	TCC	2	6	176906	176911	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803713
4016	NC_001869	CGT	2	6	176997	177002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4017	NC_001869	CGGT	2	8	177011	177018	0 %	25 %	50 %	25 %	10803713
4018	NC_001869	ACGC	2	8	177021	177028	25 %	0 %	25 %	50 %	10803713
4019	NC_001869	GAT	2	6	177037	177042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803713
4020	NC_001869	TCG	2	6	177056	177061	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4021	NC_001869	AGG	2	6	177065	177070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803713
4022	NC_001869	GAG	2	6	177086	177091	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803713
4023	NC_001869	GCA	2	6	177105	177110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4024	NC_001869	CGT	2	6	177123	177128	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4025	NC_001869	CTTCGA	2	12	177132	177143	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	10803713
4026	NC_001869	CGT	2	6	177147	177152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4027	NC_001869	GC	3	6	177157	177162	0 %	0 %	50 %	50 %	10803713
4028	NC_001869	GGT	2	6	177186	177191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	10803713
4029	NC_001869	CGT	2	6	177195	177200	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4030	NC_001869	CGA	2	6	177225	177230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4031	NC_001869	GCC	2	6	177241	177246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803713
4032	NC_001869	GTC	2	6	177274	177279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4033	NC_001869	TCG	2	6	177302	177307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4034	NC_001869	GTC	2	6	177310	177315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4035	NC_001869	GACGT	2	10	177347	177356	20 %	20 %	40 %	20 %	10803713
4036	NC_001869	GAG	2	6	177406	177411	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803713
4037	NC_001869	GTC	2	6	177493	177498	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803713
4038	NC_001869	AGT	2	6	177662	177667	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4039	NC_001869	AGAC	2	8	177731	177738	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4040	NC_001869	AGT	2	6	177819	177824	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	10803714
4041	NC_001869	CGA	2	6	177843	177848	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803714
4042	NC_001869	GACT	2	8	177882	177889	25 %	25 %	25 %	25 %	10803714
4043	NC_001869	TCG	2	6	177944	177949	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803714
4044	NC_001869	AGG	2	6	177953	177958	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803714
4045	NC_001869	CGA	2	6	177963	177968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803714
4046	NC_001869	AC	3	6	178015	178020	50 %	0 %	0 %	50 %	10803715
4047	NC_001869	CGTC	2	8	178027	178034	0 %	25 %	25 %	50 %	10803715
4048	NC_001869	CGC	2	6	178061	178066	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803715
4049	NC_001869	GC	3	6	178065	178070	0 %	0 %	50 %	50 %	10803715
4050	NC_001869	CCA	2	6	178102	178107	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10803715
4051	NC_001869	GAC	2	6	178113	178118	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803715
4052	NC_001869	AAG	2	6	178122	178127	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803715
4053	NC_001869	CAT	2	6	178133	178138	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803715
4054	NC_001869	CGC	2	6	178171	178176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803715
4055	NC_001869	TCC	2	6	178249	178254	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	10803715
4056	NC_001869	GAA	2	6	178268	178273	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803715
4057	NC_001869	GAC	2	6	178352	178357	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803715
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4059	NC_001869	GAA	2	6	178370	178375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803715
4060	NC_001869	CGA	2	6	178379	178384	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803715
4061	NC_001869	CCA	2	6	178396	178401	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10803715
4062	NC_001869	ACG	2	6	178480	178485	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803715
4063	NC_001869	GAC	2	6	178488	178493	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803715
4064	NC_001869	ACG	2	6	178498	178503	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803715
4065	NC_001869	CAC	2	6	178508	178513	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10803715
4066	NC_001869	GGCCGA	2	12	178547	178558	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	10803715
4067	NC_001869	ACC	2	6	178639	178644	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4068	NC_001869	GGTC	2	8	178678	178685	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4069	NC_001869	GGA	2	6	178688	178693	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4070	NC_001869	CCG	2	6	178700	178705	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803716
4071	NC_001869	CAG	3	9	178768	178776	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4072	NC_001869	GCG	2	6	178815	178820	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803716
4073	NC_001869	ACG	2	6	178823	178828	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4074	NC_001869	TC	3	6	178832	178837	0 %	50 %	0 %	50 %	10803716
4075	NC_001869	CAG	2	6	178840	178845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
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4077	NC_001869	CAG	2	6	178897	178902	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4078	NC_001869	GC	3	6	178917	178922	0 %	0 %	50 %	50 %	10803716
4079	NC_001869	CGA	2	6	178980	178985	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4080	NC_001869	AG	3	6	178987	178992	50 %	0 %	50 %	0 %	10803716
4081	NC_001869	CGA	2	6	178995	179000	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
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4083	NC_001869	CGA	2	6	179055	179060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4084	NC_001869	GAC	2	6	179074	179079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
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4087	NC_001869	CGC	2	6	179167	179172	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803716
4088	NC_001869	CAC	2	6	179215	179220	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	10803716
4089	NC_001869	CCGG	2	8	179248	179255	0 %	0 %	50 %	50 %	10803716
4090	NC_001869	CAG	2	6	179269	179274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4091	NC_001869	CGA	2	6	179295	179300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4092	NC_001869	GCT	2	6	179340	179345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4093	NC_001869	CGA	3	9	179382	179390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4094	NC_001869	CG	3	6	179436	179441	0 %	0 %	50 %	50 %	10803716
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4097	NC_001869	CGTC	2	8	179541	179548	0 %	25 %	25 %	50 %	10803716
4098	NC_001869	CGA	2	6	179652	179657	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803716
4099	NC_001869	GTCA	2	8	179683	179690	25 %	25 %	25 %	25 %	10803716
4100	NC_001869	CAGT	2	8	179797	179804	25 %	25 %	25 %	25 %	10803717
4101	NC_001869	GAC	2	6	179822	179827	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803717
4102	NC_001869	CGA	2	6	179833	179838	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803717
4103	NC_001869	GAG	2	6	179871	179876	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803717
4104	NC_001869	CTCG	2	8	179882	179889	0 %	25 %	25 %	50 %	10803717
4105	NC_001869	GGC	2	6	179920	179925	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	10803717
4106	NC_001869	CGC	2	6	179957	179962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803717
4107	NC_001869	ATC	2	6	179985	179990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803717
4108	NC_001869	CT	3	6	180009	180014	0 %	50 %	0 %	50 %	10803717
4109	NC_001869	GGGT	2	8	180119	180126	0 %	25 %	75 %	0 %	10803717
4110	NC_001869	GCCG	2	8	180349	180356	0 %	0 %	50 %	50 %	10803717
4111	NC_001869	GAC	2	6	180404	180409	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803717
4112	NC_001869	CTT	2	6	180449	180454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	10803717
4113	NC_001869	CGA	2	6	180481	180486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803717
4114	NC_001869	TCA	2	6	180514	180519	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	10803717
4115	NC_001869	CGC	2	6	180557	180562	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	10803717
4116	NC_001869	GAC	2	6	180644	180649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	10803717
4117	NC_001869	CCGACG	2	12	180678	180689	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	10803717
4118	NC_001869	GAG	2	6	180696	180701	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	10803717
4119	NC_001869	ACGT	2	8	180705	180712	25 %	25 %	25 %	25 %	10803717
4120	NC_001869	AAG	2	6	180768	180773	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	10803717
4121	NC_001869	GCT	2	6	180946	180951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	10803717
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4123	NC_001869	GA	4	8	181008	181015	50 %	0 %	50 %	0 %	10803717
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4358	NC_001869	AGCA	2	8	191305	191312	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4359	NC_001869	CTAA	2	8	191319	191326	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.