MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Deinococcus radiodurans R1 plasmid CP1

Total Repeats: 205

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_000959	GCC	2	6	558	563	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_000959	TTTTC	2	10	601	610	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_000959	TCCTAC	2	12	679	690	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
4	NC_000959	TG	3	6	2826	2831	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_000959	CTG	2	6	2885	2890	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_000959	ATT	2	6	2990	2995	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_000959	AGG	2	6	3031	3036	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_000959	TGC	2	6	3037	3042	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_000959	GAA	2	6	3081	3086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_000959	CAG	2	6	3102	3107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_000959	CTC	2	6	3108	3113	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_000959	TCGG	2	8	3149	3156	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
13	NC_000959	GC	3	6	3286	3291	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_000959	GCC	2	6	3302	3307	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_000959	CG	3	6	3319	3324	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_000959	GCC	2	6	3591	3596	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_000959	ATC	2	6	3612	3617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_000959	ACA	2	6	3683	3688	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_000959	CAG	2	6	3714	3719	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_000959	TCC	2	6	3742	3747	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_000959	TCG	2	6	3820	3825	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_000959	AGC	3	9	3826	3834	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_000959	AAGGC	2	10	3957	3966	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_000959	A	6	6	4259	4264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_000959	CTG	2	6	4367	4372	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_000959	ATT	2	6	4381	4386	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_000959	T	6	6	4393	4398	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_000959	TGAG	2	8	4510	4517	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
29	NC_000959	TGAC	2	8	4678	4685	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_000959	TCA	2	6	5417	5422	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_000959	GCTT	2	8	5427	5434	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_000959	GGCG	2	8	8109	8116	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
33	NC_000959	TCC	2	6	8171	8176	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_000959	TGG	2	6	8179	8184	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_000959	ATC	2	6	8197	8202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_000959	GGGT	2	8	8209	8216	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
37	NC_000959	G	6	6	8221	8226	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
38	NC_000959	CCAC	2	8	8241	8248	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
39	NC_000959	CTC	2	6	10223	10228	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_000959	CGGT	2	8	10246	10253	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_000959	TAG	2	6	10347	10352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_000959	TCA	2	6	10367	10372	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_000959	CGC	2	6	10374	10379	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
44	NC_000959	T	6	6	10394	10399	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_000959	CAAT	2	8	10400	10407	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_000959	CAG	2	6	11043	11048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_000959	ACC	2	6	11107	11112	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_000959	CTG	2	6	11421	11426	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_000959	GCT	2	6	11449	11454	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_000959	GAT	2	6	11495	11500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_000959	ACC	2	6	11532	11537	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
52	NC_000959	CGAACA	2	12	11551	11562	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_000959	GTC	2	6	11627	11632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_000959	GAC	2	6	11677	11682	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_000959	CCA	2	6	11725	11730	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_000959	CAGC	2	8	11735	11742	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
57	NC_000959	AGC	2	6	11763	11768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_000959	TCG	2	6	11814	11819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_000959	AGG	2	6	11919	11924	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_000959	GCT	2	6	11937	11942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_000959	GAG	2	6	11957	11962	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_000959	TTG	2	6	11987	11992	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_000959	CCT	2	6	12118	12123	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_000959	GCTGT	2	10	12141	12150	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_000959	CGC	2	6	12151	12156	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_000959	GAG	2	6	12238	12243	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_000959	ACA	2	6	12251	12256	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_000959	CAA	2	6	12287	12292	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_000959	GC	3	6	12294	12299	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
70	NC_000959	CATG	2	8	12362	12369	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_000959	GGC	2	6	12411	12416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_000959	ACGC	2	8	12547	12554	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
73	NC_000959	AAG	2	6	12565	12570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_000959	CAG	2	6	12597	12602	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_000959	CGG	2	6	12611	12616	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_000959	TCT	2	6	12681	12686	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_000959	TG	3	6	12697	12702	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_000959	TTG	2	6	13334	13339	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_000959	ACG	2	6	13428	13433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_000959	CCG	2	6	13458	13463	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_000959	GTC	2	6	14712	14717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_000959	TC	3	6	14716	14721	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_000959	CTT	2	6	14723	14728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_000959	CGC	2	6	14737	14742	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_000959	GCT	2	6	14745	14750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_000959	CT	3	6	14831	14836	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
87	NC_000959	AGG	2	6	14843	14848	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_000959	TGG	2	6	17029	17034	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_000959	GCA	2	6	17139	17144	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_000959	CGA	2	6	17157	17162	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_000959	GCT	2	6	17181	17186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_000959	GACC	2	8	17196	17203	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
93	NC_000959	TGC	2	6	17204	17209	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_000959	ACA	2	6	17285	17290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_000959	CGT	2	6	17310	17315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_000959	CGAC	2	8	17345	17352	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
97	NC_000959	CAG	2	6	17385	17390	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_000959	CGT	2	6	17481	17486	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_000959	GCT	2	6	17521	17526	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_000959	GCC	2	6	17556	17561	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_000959	GGC	2	6	17570	17575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_000959	CGG	2	6	17594	17599	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_000959	ACCC	2	8	21277	21284	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
104	NC_000959	TGC	2	6	21368	21373	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_000959	TG	3	6	21386	21391	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_000959	TGCTGG	2	12	21491	21502	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_000959	GTG	2	6	21521	21526	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_000959	A	8	8	23907	23914	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_000959	CAC	2	6	23993	23998	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_000959	CCTG	2	8	24030	24037	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
111	NC_000959	AAACC	2	10	24049	24058	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
112	NC_000959	TAC	2	6	24062	24067	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_000959	GT	3	6	24093	24098	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_000959	AGGG	2	8	24255	24262	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
115	NC_000959	CG	3	6	24277	24282	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_000959	T	6	6	24287	24292	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_000959	C	7	7	24373	24379	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
118	NC_000959	TTC	2	6	24404	24409	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_000959	CTC	2	6	24459	24464	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_000959	GAC	2	6	24599	24604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_000959	CTCC	2	8	24613	24620	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
122	NC_000959	CCT	2	6	24629	24634	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_000959	CATA	2	8	24862	24869	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_000959	CTTT	2	8	24876	24883	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_000959	CCT	2	6	24891	24896	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_000959	AGC	2	6	25614	25619	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_000959	GGA	2	6	25622	25627	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_000959	CTC	2	6	25629	25634	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
129	NC_000959	GCGG	2	8	25685	25692	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
130	NC_000959	GTC	2	6	25702	25707	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_000959	CCT	2	6	25770	25775	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_000959	CT	3	6	25774	25779	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_000959	TGC	2	6	25788	25793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_000959	TGG	2	6	25819	25824	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_000959	AG	3	6	25883	25888	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_000959	GA	3	6	25893	25898	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_000959	CAGT	2	8	25899	25906	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_000959	AGGG	2	8	26653	26660	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
139	NC_000959	GGC	2	6	26761	26766	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_000959	AGC	2	6	26934	26939	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_000959	A	6	6	27047	27052	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_000959	ATAC	2	8	27062	27069	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_000959	GTA	2	6	28905	28910	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_000959	CAG	2	6	30056	30061	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_000959	TCC	2	6	30138	30143	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_000959	GAT	2	6	30148	30153	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_000959	GAG	2	6	30160	30165	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_000959	ATC	2	6	30171	30176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_000959	AGA	2	6	30214	30219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_000959	CTT	2	6	30263	30268	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_000959	CCTG	2	8	31174	31181	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_000959	TCG	2	6	31260	31265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_000959	CCA	2	6	31311	31316	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
154	NC_000959	GGGT	2	8	31357	31364	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
155	NC_000959	CGG	2	6	31372	31377	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_000959	AAG	2	6	31405	31410	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
157	NC_000959	GCG	2	6	31442	31447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_000959	GCA	2	6	31475	31480	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_000959	CTG	2	6	31552	31557	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
160	NC_000959	TAA	2	6	31597	31602	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
161	NC_000959	TCA	2	6	31644	31649	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_000959	C	6	6	31689	31694	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
163	NC_000959	CAC	2	6	31730	31735	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
164	NC_000959	TCC	2	6	31897	31902	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
165	NC_000959	GGA	2	6	31908	31913	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_000959	TCTA	2	8	33396	33403	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
167	NC_000959	CTT	2	6	33712	33717	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_000959	GCT	2	6	33721	33726	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_000959	TCT	2	6	34007	34012	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
170	NC_000959	CTT	2	6	34049	34054	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
171	NC_000959	GCT	2	6	34058	34063	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
172	NC_000959	GCT	2	6	34087	34092	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_000959	GAT	2	6	34133	34138	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
174	NC_000959	TCG	2	6	34161	34166	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_000959	CCA	2	6	34167	34172	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
176	NC_000959	CGAACA	2	12	34188	34199	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_000959	GTC	2	6	34264	34269	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_000959	GAC	2	6	34314	34319	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
179	NC_000959	CCA	2	6	34362	34367	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
180	NC_000959	CAGC	2	8	34372	34379	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
181	NC_000959	GAA	2	6	34398	34403	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_000959	TGG	2	6	34576	34581	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
183	NC_000959	GAC	2	6	34588	34593	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_000959	GCT	2	6	34623	34628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
185	NC_000959	TCT	2	6	34656	34661	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
186	NC_000959	TGA	2	6	34706	34711	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
187	NC_000959	CTC	2	6	34718	34723	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
188	NC_000959	ATC	2	6	34730	34735	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
189	NC_000959	AGG	2	6	34739	34744	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
190	NC_000959	GCGT	2	8	34787	34794	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
191	NC_000959	CTG	2	6	34822	34827	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
192	NC_000959	AGC	2	6	34828	34833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
193	NC_000959	AGG	2	6	35011	35016	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
194	NC_000959	TGA	2	6	35102	35107	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
195	NC_000959	CAG	2	6	35125	35130	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
196	NC_000959	CTG	2	6	35147	35152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
197	NC_000959	TGC	2	6	35169	35174	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
198	NC_000959	GCA	2	6	35182	35187	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
199	NC_000959	ATTG	2	8	35219	35226	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
200	NC_000959	A	6	6	35272	35277	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
201	NC_000959	TGG	2	6	36220	36225	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
202	NC_000959	GAG	2	6	42659	42664	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
203	NC_000959	GACA	2	8	44858	44865	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
204	NC_000959	CGT	2	6	45600	45605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
205	NC_000959	TGA	2	6	45661	45666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.