MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain D/14-96 genome

Total Repeats: 2603

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_022109	TC	3	6	171783	171788	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
502	NC_022109	AGG	2	6	171809	171814	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
503	NC_022109	AG	3	6	171915	171920	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
504	NC_022109	CT	3	6	171933	171938	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
505	NC_022109	AAAC	2	8	171943	171950	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
506	NC_022109	T	6	6	172917	172922	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
507	NC_022109	AAG	2	6	172937	172942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
508	NC_022109	ATA	2	6	172990	172995	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
509	NC_022109	AAC	2	6	173014	173019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
510	NC_022109	ATT	2	6	173042	173047	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
511	NC_022109	AGA	2	6	173066	173071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
512	NC_022109	T	7	7	173076	173082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
513	NC_022109	A	6	6	173086	173091	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
514	NC_022109	GTAT	2	8	173125	173132	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
515	NC_022109	TTA	2	6	173137	173142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
516	NC_022109	A	6	6	173142	173147	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
517	NC_022109	ATT	2	6	173234	173239	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
518	NC_022109	TTCA	2	8	173292	173299	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
519	NC_022109	GGAA	2	8	178313	178320	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
520	NC_022109	TGA	2	6	178347	178352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
521	NC_022109	TAT	2	6	178382	178387	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
522	NC_022109	TG	3	6	178424	178429	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
523	NC_022109	TTGA	2	8	179500	179507	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
524	NC_022109	ATG	2	6	179519	179524	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
525	NC_022109	TGA	3	9	179528	179536	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
526	NC_022109	TGA	2	6	179562	179567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
527	NC_022109	CTG	2	6	179583	179588	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
528	NC_022109	TGA	2	6	180588	180593	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
529	NC_022109	TTCC	2	8	180718	180725	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
530	NC_022109	ACA	2	6	180745	180750	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
531	NC_022109	TGT	2	6	180786	180791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
532	NC_022109	AAAC	2	8	180821	180828	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
533	NC_022109	AGAAA	2	10	182108	182117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
534	NC_022109	AAGA	2	8	182129	182136	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
535	NC_022109	T	8	8	182153	182160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
536	NC_022109	AGAAAA	2	12	182171	182182	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
537	NC_022109	A	7	7	182179	182185	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
538	NC_022109	TCG	2	6	182220	182225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
539	NC_022109	ACT	2	6	182868	182873	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
540	NC_022109	TAT	2	6	183867	183872	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
541	NC_022109	GA	3	6	183907	183912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
542	NC_022109	AGA	2	6	183949	183954	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
543	NC_022109	GTT	2	6	185229	185234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
544	NC_022109	GTT	4	12	185627	185638	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
545	NC_022109	T	6	6	185644	185649	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
546	NC_022109	T	7	7	185652	185658	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
547	NC_022109	T	6	6	185664	185669	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
548	NC_022109	T	7	7	185714	185720	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
549	NC_022109	A	7	7	185736	185742	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
550	NC_022109	T	6	6	185759	185764	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
551	NC_022109	CGATA	2	10	187482	187491	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
552	NC_022109	T	6	6	187495	187500	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
553	NC_022109	TCC	2	6	187515	187520	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
554	NC_022109	ACA	3	9	187521	187529	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
555	NC_022109	AGT	2	6	187539	187544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
556	NC_022109	AAAC	2	8	187564	187571	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
557	NC_022109	TGC	2	6	187630	187635	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
558	NC_022109	AGT	2	6	187698	187703	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
559	NC_022109	AGT	2	6	187721	187726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
560	NC_022109	TTG	2	6	187729	187734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
561	NC_022109	TAT	2	6	187809	187814	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
562	NC_022109	T	6	6	187828	187833	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
563	NC_022109	GCA	2	6	187881	187886	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
564	NC_022109	CTT	2	6	187896	187901	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
565	NC_022109	GGAC	2	8	187923	187930	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
566	NC_022109	AAG	2	6	188033	188038	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
567	NC_022109	TTG	2	6	188055	188060	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
568	NC_022109	CAT	2	6	188065	188070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
569	NC_022109	T	7	7	188104	188110	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
570	NC_022109	TAA	2	6	188183	188188	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
571	NC_022109	TTG	2	6	188211	188216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
572	NC_022109	AAG	2	6	192012	192017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
573	NC_022109	TC	3	6	192022	192027	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
574	NC_022109	TGT	2	6	192378	192383	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
575	NC_022109	ATGC	2	8	192738	192745	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
576	NC_022109	GTT	2	6	192746	192751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
577	NC_022109	T	6	6	192976	192981	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
578	NC_022109	ATT	2	6	192989	192994	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
579	NC_022109	T	6	6	193005	193010	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
580	NC_022109	AGA	2	6	195037	195042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
581	NC_022109	AAC	2	6	195044	195049	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
582	NC_022109	ATA	2	6	195064	195069	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
583	NC_022109	T	7	7	195089	195095	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
584	NC_022109	TGA	2	6	195199	195204	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
585	NC_022109	CTC	2	6	195973	195978	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
586	NC_022109	CTA	2	6	196295	196300	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
587	NC_022109	ATTT	2	8	196328	196335	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
588	NC_022109	AACT	2	8	196339	196346	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
589	NC_022109	A	7	7	196814	196820	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
590	NC_022109	AG	3	6	196836	196841	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
591	NC_022109	AAT	2	6	196846	196851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
592	NC_022109	T	8	8	196866	196873	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
593	NC_022109	T	6	6	196912	196917	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
594	NC_022109	TAC	2	6	196956	196961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
595	NC_022109	ATT	2	6	196965	196970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
596	NC_022109	TAT	2	6	198605	198610	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
597	NC_022109	CTAAG	2	10	202612	202621	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
598	NC_022109	T	6	6	202720	202725	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
599	NC_022109	GAAA	2	8	202732	202739	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
600	NC_022109	A	7	7	202737	202743	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
601	NC_022109	T	6	6	203510	203515	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
602	NC_022109	CAT	2	6	203539	203544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
603	NC_022109	CT	3	6	203585	203590	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
604	NC_022109	AAT	2	6	203632	203637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
605	NC_022109	TAG	2	6	203668	203673	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
606	NC_022109	AAT	2	6	203681	203686	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
607	NC_022109	AAG	2	6	203779	203784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
608	NC_022109	CTT	2	6	203790	203795	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
609	NC_022109	GA	4	8	206644	206651	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
610	NC_022109	T	7	7	206674	206680	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
611	NC_022109	CT	4	8	206692	206699	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
612	NC_022109	A	6	6	206701	206706	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
613	NC_022109	GAA	2	6	206735	206740	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
614	NC_022109	TTA	2	6	208290	208295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
615	NC_022109	ATT	2	6	213081	213086	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
616	NC_022109	CCTT	2	8	215863	215870	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
617	NC_022109	GAA	2	6	215885	215890	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
618	NC_022109	TTG	2	6	215902	215907	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
619	NC_022109	A	6	6	215914	215919	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
620	NC_022109	TA	3	6	216783	216788	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
621	NC_022109	A	7	7	217930	217936	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
622	NC_022109	TAA	2	6	217937	217942	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
623	NC_022109	AG	4	8	217962	217969	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
624	NC_022109	A	6	6	217987	217992	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
625	NC_022109	GAA	2	6	217997	218002	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
626	NC_022109	GTC	2	6	219534	219539	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
627	NC_022109	CTAT	2	8	219589	219596	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
628	NC_022109	T	6	6	219605	219610	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
629	NC_022109	ATT	2	6	219707	219712	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
630	NC_022109	TCT	2	6	219732	219737	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
631	NC_022109	TCC	2	6	219784	219789	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
632	NC_022109	ATG	2	6	219807	219812	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
633	NC_022109	GCAA	2	8	219832	219839	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
634	NC_022109	TTTTAC	2	12	220991	221002	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
635	NC_022109	A	7	7	221053	221059	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
636	NC_022109	TAA	2	6	221107	221112	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
637	NC_022109	ATTTC	2	10	221134	221143	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
638	NC_022109	CT	3	6	221155	221160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
639	NC_022109	AATT	2	8	221167	221174	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
640	NC_022109	T	6	6	221571	221576	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
641	NC_022109	TC	3	6	224155	224160	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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