MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis strain E/12-94 genome

Total Repeats: 2585

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_022108	GCGA	2	8	999346	999353	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2502	NC_022108	T	6	6	999359	999364	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_022108	TGA	2	6	999371	999376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_022108	AATG	2	8	999428	999435	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_022108	TAG	2	6	999685	999690	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_022108	GAA	2	6	1003069	1003074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_022108	CAA	2	6	1003215	1003220	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2508	NC_022108	A	6	6	1005031	1005036	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_022108	TGC	2	6	1005039	1005044	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2510	NC_022108	GAG	2	6	1006482	1006487	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_022108	T	7	7	1006488	1006494	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_022108	TCA	2	6	1008222	1008227	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2513	NC_022108	GAG	2	6	1008295	1008300	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_022108	G	6	6	1008300	1008305	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2515	NC_022108	CAA	2	6	1008339	1008344	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2516	NC_022108	AG	3	6	1008427	1008432	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_022108	T	6	6	1008453	1008458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_022108	AAG	2	6	1008459	1008464	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_022108	TATTT	2	10	1008476	1008485	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_022108	GTG	2	6	1008503	1008508	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2521	NC_022108	T	6	6	1008520	1008525	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_022108	GAT	2	6	1008577	1008582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2523	NC_022108	CTT	2	6	1008617	1008622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2524	NC_022108	CTGT	2	8	1008690	1008697	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2525	NC_022108	TA	3	6	1008707	1008712	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2526	NC_022108	ATT	2	6	1008737	1008742	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_022108	TGTT	2	8	1008833	1008840	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_022108	GTTT	2	8	1008935	1008942	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_022108	ATG	2	6	1008971	1008976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2530	NC_022108	T	6	6	1010301	1010306	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_022108	TTA	2	6	1010314	1010319	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_022108	GTA	2	6	1018242	1018247	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2533	NC_022108	GAA	2	6	1018255	1018260	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_022108	T	8	8	1018300	1018307	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_022108	AGA	2	6	1018359	1018364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2536	NC_022108	AGA	2	6	1018374	1018379	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2537	NC_022108	GGT	2	6	1018448	1018453	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2538	NC_022108	TCT	2	6	1018543	1018548	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2539	NC_022108	TATT	2	8	1018566	1018573	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2540	NC_022108	T	6	6	1018594	1018599	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2541	NC_022108	TGAA	2	8	1018630	1018637	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2542	NC_022108	CTG	2	6	1018676	1018681	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2543	NC_022108	TTG	2	6	1018739	1018744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2544	NC_022108	GAA	2	6	1018759	1018764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_022108	GAAA	2	8	1020026	1020033	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2546	NC_022108	GAT	2	6	1020034	1020039	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_022108	T	6	6	1020195	1020200	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_022108	CTT	2	6	1020201	1020206	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2549	NC_022108	TC	3	6	1024509	1024514	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2550	NC_022108	TTAGA	2	10	1024540	1024549	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_022108	TC	3	6	1024687	1024692	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2552	NC_022108	TTCT	2	8	1032157	1032164	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2553	NC_022108	TGC	2	6	1032187	1032192	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2554	NC_022108	G	9	9	1032202	1032210	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_022108	GCA	2	6	1032214	1032219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2556	NC_022108	CTTT	2	8	1038437	1038444	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2557	NC_022108	A	6	6	1038448	1038453	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_022108	AAG	2	6	1038532	1038537	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2559	NC_022108	TGT	2	6	1038541	1038546	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2560	NC_022108	TAA	3	9	1038585	1038593	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_022108	A	6	6	1038592	1038597	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_022108	TTA	2	6	1038630	1038635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2563	NC_022108	TGC	2	6	1038693	1038698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2564	NC_022108	A	7	7	1039258	1039264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_022108	AG	4	8	1039276	1039283	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_022108	A	6	6	1042137	1042142	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_022108	AAT	2	6	1042146	1042151	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_022108	TATT	2	8	1042168	1042175	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2569	NC_022108	T	7	7	1042181	1042187	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_022108	TAAAAT	2	12	1042200	1042211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2571	NC_022108	TTTTA	2	10	1042216	1042225	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2572	NC_022108	GGTT	2	8	1042232	1042239	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2573	NC_022108	AGG	2	6	1042261	1042266	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2574	NC_022108	GGAT	2	8	1042300	1042307	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2575	NC_022108	TAA	3	9	1042336	1042344	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2576	NC_022108	GTA	2	6	1042380	1042385	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2577	NC_022108	AGT	2	6	1042411	1042416	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2578	NC_022108	GA	3	6	1042455	1042460	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2579	NC_022108	GT	3	6	1042543	1042548	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2580	NC_022108	CAA	2	6	1042579	1042584	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2581	NC_022108	AGT	2	6	1042605	1042610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_022108	GTG	2	6	1042621	1042626	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2583	NC_022108	CAG	2	6	1042657	1042662	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2584	NC_022108	AGTG	2	8	1042788	1042795	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2585	NC_022108	TGGC	2	8	1042822	1042829	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.