MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Tremblaya phenacola PAVE

Total Repeats: 419

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021555	CCT	2	6	4925	4930	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_021555	ATG	2	6	4943	4948	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021555	T	7	7	12022	12028	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021555	CTTT	2	8	12035	12042	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_021555	TGC	2	6	12090	12095	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021555	T	7	7	12098	12104	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021555	A	6	6	12105	12110	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021555	T	6	6	13453	13458	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021555	GAA	2	6	13468	13473	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021555	ACA	2	6	13504	13509	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021555	CTT	2	6	14676	14681	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021555	TGCC	2	8	14701	14708	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
13	NC_021555	AAC	2	6	16107	16112	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_021555	GTTTT	2	10	17398	17407	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021555	C	6	6	17424	17429	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16	NC_021555	T	6	6	17434	17439	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021555	GAG	2	6	17511	17516	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021555	AAT	2	6	17521	17526	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021555	TTA	2	6	17545	17550	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021555	ATT	2	6	17614	17619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021555	CAT	2	6	19572	19577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021555	CAG	2	6	19608	19613	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021555	TAA	2	6	22101	22106	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021555	AGG	2	6	22177	22182	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021555	TAT	2	6	22212	22217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021555	TAA	2	6	23282	23287	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021555	GTTT	2	8	24475	24482	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021555	AAC	2	6	26752	26757	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021555	GAT	2	6	26800	26805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021555	CAT	2	6	26829	26834	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_021555	AAG	2	6	26900	26905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021555	GAG	3	9	29444	29452	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021555	AAAT	2	8	30660	30667	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021555	AAG	2	6	30690	30695	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021555	TTTGG	2	10	30957	30966	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021555	TAA	2	6	31006	31011	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021555	TCTT	2	8	31038	31045	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_021555	CTT	2	6	31064	31069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021555	CT	4	8	31191	31198	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_021555	TC	3	6	31236	31241	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_021555	AGA	2	6	31254	31259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021555	TGC	2	6	31369	31374	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021555	AGG	2	6	31387	31392	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021555	GGA	2	6	31398	31403	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021555	TTGGGT	2	12	31418	31429	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021555	AGC	3	9	31502	31510	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_021555	A	6	6	31540	31545	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021555	A	6	6	34580	34585	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021555	A	6	6	34588	34593	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021555	T	6	6	34594	34599	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021555	TCA	2	6	34629	34634	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021555	A	8	8	34634	34641	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021555	TCTTTT	2	12	34675	34686	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021555	T	6	6	34683	34688	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021555	AG	3	6	34731	34736	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021555	TTC	2	6	34769	34774	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021555	CA	3	6	34776	34781	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_021555	TAGCT	2	10	34786	34795	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021555	AAT	2	6	34802	34807	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021555	TTG	2	6	34814	34819	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021555	GGT	2	6	34852	34857	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021555	TCC	2	6	34886	34891	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_021555	GCA	2	6	35074	35079	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021555	TGA	2	6	35089	35094	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021555	TAA	2	6	35185	35190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021555	TAAT	2	8	35270	35277	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021555	G	6	6	35278	35283	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021555	T	6	6	35284	35289	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021555	GGA	2	6	35290	35295	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021555	TGGT	2	8	35321	35328	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021555	TCT	2	6	35335	35340	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021555	TCT	2	6	35392	35397	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021555	CT	3	6	35396	35401	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021555	TGG	2	6	35409	35414	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021555	CT	3	6	35484	35489	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
76	NC_021555	CAT	2	6	35508	35513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021555	TGT	2	6	35532	35537	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021555	ACC	3	9	35586	35594	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_021555	TTA	2	6	35667	35672	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021555	A	8	8	35681	35688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021555	TTG	2	6	35700	35705	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021555	T	6	6	35711	35716	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021555	CTA	2	6	35717	35722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_021555	CTA	2	6	35725	35730	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021555	AATC	2	8	35744	35751	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
86	NC_021555	A	6	6	35779	35784	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021555	ACT	2	6	35811	35816	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021555	AAC	2	6	35867	35872	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021555	TCAGA	2	10	35902	35911	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021555	TGC	2	6	35916	35921	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021555	AAAG	2	8	35932	35939	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021555	TTGG	2	8	35955	35962	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021555	AG	3	6	35999	36004	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021555	AAAG	2	8	36024	36031	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021555	GA	3	6	36039	36044	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021555	TGT	2	6	36072	36077	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021555	GAT	2	6	36117	36122	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021555	AATTG	2	10	36129	36138	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021555	A	7	7	36149	36155	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021555	AGAAAA	2	12	36170	36181	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021555	GA	3	6	36222	36227	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021555	TGA	2	6	36251	36256	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021555	GAG	2	6	36315	36320	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021555	GA	4	8	36462	36469	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021555	TGG	2	6	42467	42472	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021555	CCCTC	2	10	42563	42572	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
107	NC_021555	AACTT	2	10	42896	42905	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021555	CAG	2	6	42912	42917	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021555	TTC	2	6	42925	42930	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_021555	TC	3	6	42929	42934	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_021555	GAA	2	6	42946	42951	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021555	AAC	2	6	42964	42969	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_021555	AGA	2	6	43017	43022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021555	TTG	2	6	43056	43061	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021555	CAGT	2	8	44752	44759	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_021555	CAGCT	2	10	45162	45171	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_021555	CA	4	8	45175	45182	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021555	TC	4	8	45243	45250	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_021555	CT	3	6	45259	45264	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_021555	CAG	2	6	45311	45316	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_021555	GCT	2	6	45328	45333	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_021555	AAC	2	6	45348	45353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021555	AAG	2	6	49213	49218	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021555	CAA	2	6	49232	49237	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021555	TTTG	2	8	53475	53482	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021555	TCC	2	6	53504	53509	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_021555	CTT	2	6	53592	53597	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021555	CTT	2	6	53634	53639	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_021555	ACC	2	6	53683	53688	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_021555	AAAG	2	8	53756	53763	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021555	GTT	2	6	56364	56369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021555	T	9	9	56420	56428	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021555	TTCTT	2	10	56443	56452	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_021555	TC	3	6	56471	56476	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_021555	TTC	2	6	56479	56484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_021555	TTCTT	2	10	56498	56507	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_021555	CTTT	2	8	56513	56520	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_021555	TC	3	6	56527	56532	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
139	NC_021555	T	6	6	56545	56550	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021555	A	6	6	56567	56572	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021555	TTTTG	2	10	56577	56586	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021555	T	6	6	56595	56600	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021555	TGC	2	6	56627	56632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_021555	ATCAG	2	10	56664	56673	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021555	ACCAA	2	10	56698	56707	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_021555	GGTT	2	8	56735	56742	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021555	A	7	7	58102	58108	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021555	CTT	2	6	58117	58122	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_021555	AC	3	6	58151	58156	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
150	NC_021555	CCA	2	6	58162	58167	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
151	NC_021555	AGA	2	6	58200	58205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021555	CTCCCC	2	12	59148	59159	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
153	NC_021555	CTG	2	6	59398	59403	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_021555	CTTCA	2	10	59427	59436	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
155	NC_021555	AAT	2	6	59789	59794	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_021555	GTT	2	6	59836	59841	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021555	CCCAA	2	10	62679	62688	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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161	NC_021555	A	7	7	62698	62704	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021555	CTG	2	6	62785	62790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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166	NC_021555	C	6	6	65000	65005	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
167	NC_021555	GGA	2	6	65025	65030	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_021555	CAA	2	6	65336	65341	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_021555	TAAT	2	8	65349	65356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_021555	CTT	2	6	65391	65396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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178	NC_021555	A	7	7	65414	65420	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
179	NC_021555	TGA	2	6	65429	65434	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_021555	GA	3	6	65563	65568	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
184	NC_021555	ACA	2	6	65589	65594	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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186	NC_021555	CT	3	6	70598	70603	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
187	NC_021555	A	8	8	70647	70654	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_021555	TAA	2	6	70765	70770	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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193	NC_021555	AAG	2	6	70868	70873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_021555	T	7	7	121342	121348	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
275	NC_021555	T	7	7	121381	121387	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
276	NC_021555	TTAC	2	8	121574	121581	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
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282	NC_021555	GA	3	6	121675	121680	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
283	NC_021555	TTC	2	6	121722	121727	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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285	NC_021555	TCTTT	2	10	123531	123540	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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287	NC_021555	TAA	2	6	129277	129282	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_021555	CTTTTT	2	12	129304	129315	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
289	NC_021555	T	6	6	129326	129331	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_021555	TCA	2	6	129369	129374	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
292	NC_021555	TC	3	6	129398	129403	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
293	NC_021555	A	6	6	129410	129415	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
294	NC_021555	G	6	6	129416	129421	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
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296	NC_021555	AAT	2	6	147747	147752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_021555	TAAAA	2	10	147773	147782	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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409	NC_021555	CAAA	2	8	160107	160114	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
410	NC_021555	GAG	2	6	160123	160128	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
411	NC_021555	TAA	2	6	160131	160136	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
412	NC_021555	TTTCTT	2	12	165285	165296	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
413	NC_021555	TCA	2	6	165320	165325	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
414	NC_021555	GGTA	2	8	167313	167320	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
415	NC_021555	GA	4	8	170558	170565	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
416	NC_021555	ACC	2	6	170578	170583	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
417	NC_021555	A	7	7	170686	170692	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
418	NC_021555	T	7	7	170693	170699	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
419	NC_021555	A	8	8	170716	170723	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.