MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L3/404/LN complete genome

Total Repeats: 2669

< Previous123456Next >

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_020974	A	6	6	971453	971458	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2502	NC_020974	CAT	2	6	971479	971484	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2503	NC_020974	TA	3	6	971565	971570	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_020974	ATA	2	6	971634	971639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_020974	CT	4	8	971667	971674	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2506	NC_020974	T	7	7	971679	971685	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_020974	AAT	2	6	971728	971733	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_020974	T	8	8	976028	976035	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_020974	T	8	8	976102	976109	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_020974	ATA	2	6	976119	976124	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_020974	TTA	2	6	976138	976143	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_020974	ACT	2	6	976174	976179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2513	NC_020974	GTG	2	6	976186	976191	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_020974	GAA	2	6	976278	976283	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2515	NC_020974	CTC	2	6	976288	976293	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2516	NC_020974	TAA	2	6	976379	976384	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_020974	TGT	2	6	976395	976400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_020974	AAT	2	6	976533	976538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_020974	T	7	7	976569	976575	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_020974	A	6	6	976603	976608	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2521	NC_020974	ATG	2	6	976689	976694	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_020974	TAG	2	6	976702	976707	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2523	NC_020974	TGG	2	6	976709	976714	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2524	NC_020974	GGA	2	6	976833	976838	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_020974	TCA	2	6	976894	976899	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2526	NC_020974	AG	3	6	976900	976905	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_020974	ATG	2	6	977003	977008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_020974	T	6	6	977016	977021	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_020974	CTT	2	6	979486	979491	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2530	NC_020974	T	8	8	979511	979518	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_020974	GAA	2	6	981718	981723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_020974	CTT	2	6	981793	981798	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2533	NC_020974	T	8	8	981858	981865	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_020974	TTTA	2	8	981913	981920	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_020974	TAAAA	2	10	981928	981937	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2536	NC_020974	ATTT	2	8	981951	981958	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2537	NC_020974	ATAAA	2	10	981959	981968	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2538	NC_020974	AGA	2	6	981971	981976	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2539	NC_020974	ATA	2	6	981987	981992	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2540	NC_020974	CAG	2	6	987260	987265	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2541	NC_020974	GAAA	2	8	987272	987279	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2542	NC_020974	CTT	2	6	987284	987289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2543	NC_020974	T	6	6	987291	987296	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2544	NC_020974	ATA	2	6	987326	987331	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_020974	AT	3	6	987342	987347	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2546	NC_020974	AAT	2	6	987350	987355	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_020974	GA	3	6	990153	990158	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_020974	TTA	2	6	990165	990170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_020974	CT	3	6	990174	990179	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2550	NC_020974	T	8	8	990179	990186	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_020974	GT	3	6	990187	990192	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2552	NC_020974	CTAA	2	8	990208	990215	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2553	NC_020974	TAAG	2	8	990223	990230	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_020974	A	6	6	990288	990293	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_020974	AGA	2	6	990341	990346	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_020974	A	6	6	992752	992757	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_020974	AAG	2	6	992815	992820	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_020974	T	8	8	992821	992828	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2559	NC_020974	GTA	2	6	992868	992873	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2560	NC_020974	A	6	6	992898	992903	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_020974	TGA	2	6	994403	994408	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_020974	TAT	2	6	994416	994421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2563	NC_020974	CCTT	2	8	994446	994453	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2564	NC_020974	A	6	6	996060	996065	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_020974	T	7	7	996066	996072	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_020974	T	6	6	996081	996086	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_020974	TC	3	6	996102	996107	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2568	NC_020974	TAA	2	6	996110	996115	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2569	NC_020974	ATA	2	6	996118	996123	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_020974	CTTT	2	8	996158	996165	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2571	NC_020974	GA	3	6	996183	996188	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2572	NC_020974	TCT	2	6	996203	996208	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2573	NC_020974	TTC	2	6	996239	996244	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2574	NC_020974	GGAA	2	8	996260	996267	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2575	NC_020974	GGA	2	6	996273	996278	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2576	NC_020974	ATT	2	6	996288	996293	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2577	NC_020974	A	6	6	996562	996567	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2578	NC_020974	TAA	2	6	1000041	1000046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2579	NC_020974	TTG	2	6	1000069	1000074	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2580	NC_020974	A	6	6	1001890	1001895	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2581	NC_020974	GAAG	2	8	1001905	1001912	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_020974	AG	3	6	1001925	1001930	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2583	NC_020974	CGCC	2	8	1003345	1003352	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2584	NC_020974	CTG	2	6	1005117	1005122	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2585	NC_020974	AG	3	6	1005176	1005181	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2586	NC_020974	CT	3	6	1005190	1005195	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2587	NC_020974	GTG	2	6	1005257	1005262	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2588	NC_020974	TCA	2	6	1005273	1005278	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2589	NC_020974	AGG	3	9	1005347	1005355	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2590	NC_020974	CAA	2	6	1005390	1005395	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2591	NC_020974	AG	3	6	1005477	1005482	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2592	NC_020974	T	6	6	1005503	1005508	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2593	NC_020974	AAG	2	6	1005509	1005514	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2594	NC_020974	TATTT	2	10	1005526	1005535	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2595	NC_020974	GTG	2	6	1005553	1005558	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2596	NC_020974	T	6	6	1005571	1005576	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2597	NC_020974	GAT	2	6	1005628	1005633	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2598	NC_020974	CTT	2	6	1005668	1005673	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2599	NC_020974	CTGT	2	8	1005741	1005748	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2600	NC_020974	TA	3	6	1005758	1005763	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2601	NC_020974	ATT	2	6	1005788	1005793	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2602	NC_020974	TAA	2	6	1007169	1007174	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2603	NC_020974	TTG	2	6	1009103	1009108	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2604	NC_020974	TAA	2	6	1009120	1009125	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2605	NC_020974	AGG	2	6	1015159	1015164	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2606	NC_020974	GCA	2	6	1015213	1015218	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2607	NC_020974	AT	3	6	1015239	1015244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2608	NC_020974	AGG	2	6	1015249	1015254	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2609	NC_020974	CAT	2	6	1015265	1015270	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2610	NC_020974	GTA	2	6	1015291	1015296	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2611	NC_020974	GAA	2	6	1015304	1015309	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2612	NC_020974	T	8	8	1015349	1015356	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2613	NC_020974	AGA	2	6	1015408	1015413	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2614	NC_020974	AGA	2	6	1015423	1015428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2615	NC_020974	GGT	2	6	1015497	1015502	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2616	NC_020974	TCT	2	6	1015592	1015597	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2617	NC_020974	GT	3	6	1015612	1015617	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2618	NC_020974	T	6	6	1015643	1015648	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2619	NC_020974	TAGAA	2	10	1016950	1016959	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2620	NC_020974	TCC	2	6	1016971	1016976	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2621	NC_020974	AGG	2	6	1017010	1017015	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2622	NC_020974	ATA	2	6	1017027	1017032	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2623	NC_020974	GAAA	2	8	1017074	1017081	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2624	NC_020974	GAT	2	6	1017082	1017087	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2625	NC_020974	TTA	2	6	1021399	1021404	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2626	NC_020974	AAT	2	6	1021413	1021418	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2627	NC_020974	AAAC	2	8	1021458	1021465	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2628	NC_020974	TTA	2	6	1021481	1021486	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2629	NC_020974	A	7	7	1021492	1021498	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2630	NC_020974	CTG	2	6	1021507	1021512	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2631	NC_020974	TC	3	6	1021559	1021564	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2632	NC_020974	TTAGA	2	10	1021590	1021599	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2633	NC_020974	TTAA	2	8	1022825	1022832	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2634	NC_020974	AAAG	2	8	1022839	1022846	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2635	NC_020974	ATT	2	6	1022848	1022853	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2636	NC_020974	T	6	6	1022869	1022874	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2637	NC_020974	G	6	6	1028999	1029004	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2638	NC_020974	ATT	2	6	1029032	1029037	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2639	NC_020974	ATT	2	6	1029097	1029102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2640	NC_020974	T	6	6	1029105	1029110	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2641	NC_020974	TAAT	2	8	1029122	1029129	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2642	NC_020974	TC	3	6	1029134	1029139	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2643	NC_020974	TG	3	6	1029146	1029151	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2644	NC_020974	TTTTC	2	10	1035249	1035258	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2645	NC_020974	GTT	2	6	1035309	1035314	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2646	NC_020974	GAT	2	6	1035325	1035330	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2647	NC_020974	A	6	6	1035352	1035357	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2648	NC_020974	CT	3	6	1035365	1035370	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2649	NC_020974	AG	3	6	1035379	1035384	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2650	NC_020974	CAAA	2	8	1035404	1035411	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2651	NC_020974	T	8	8	1035421	1035428	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2652	NC_020974	A	6	6	1035432	1035437	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2653	NC_020974	AAG	2	6	1035516	1035521	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2654	NC_020974	TGT	2	6	1035525	1035530	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2655	NC_020974	TAA	3	9	1035569	1035577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2656	NC_020974	A	6	6	1035576	1035581	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2657	NC_020974	TTA	2	6	1035614	1035619	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2658	NC_020974	A	7	7	1036272	1036278	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2659	NC_020974	AGA	2	6	1039007	1039012	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2660	NC_020974	A	8	8	1039022	1039029	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2661	NC_020974	TAA	2	6	1039031	1039036	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2662	NC_020974	A	6	6	1039151	1039156	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2663	NC_020974	AAT	2	6	1039160	1039165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2664	NC_020974	TATT	2	8	1039182	1039189	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2665	NC_020974	T	7	7	1039195	1039201	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2666	NC_020974	AATTTT	2	12	1039202	1039213	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2667	NC_020974	TAAAAT	2	12	1039214	1039225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2668	NC_020974	TTTTA	2	10	1039230	1039239	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2669	NC_020974	GGTT	2	8	1039246	1039253	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

< Previous123456Next >

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.