MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD6 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2621

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_020968	A	6	6	996006	996011	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2502	NC_020968	AAG	2	6	996069	996074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_020968	T	8	8	996075	996082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_020968	GTA	2	6	996122	996127	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_020968	A	6	6	996152	996157	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_020968	T	6	6	996186	996191	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_020968	TGA	2	6	997657	997662	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_020968	TAT	2	6	997670	997675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_020968	CCTT	2	8	997700	997707	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2510	NC_020968	A	6	6	999317	999322	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_020968	T	7	7	999323	999329	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_020968	T	7	7	999332	999338	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2513	NC_020968	T	6	6	999340	999345	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_020968	TC	3	6	999361	999366	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2515	NC_020968	TAA	2	6	999369	999374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2516	NC_020968	ATA	2	6	999377	999382	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_020968	CTTT	2	8	999417	999424	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2518	NC_020968	GA	3	6	999442	999447	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_020968	TCT	2	6	999462	999467	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2520	NC_020968	TTC	2	6	999498	999503	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2521	NC_020968	GGAA	2	8	999519	999526	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_020968	GGA	2	6	999532	999537	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2523	NC_020968	ATT	2	6	999547	999552	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2524	NC_020968	A	6	6	999821	999826	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_020968	AGA	2	6	1001935	1001940	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2526	NC_020968	TGG	2	6	1003195	1003200	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_020968	AAG	2	6	1003212	1003217	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2528	NC_020968	TAA	2	6	1003299	1003304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_020968	T	8	8	1003324	1003331	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2530	NC_020968	A	6	6	1005148	1005153	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_020968	GAAG	2	8	1005163	1005170	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_020968	AG	3	6	1005183	1005188	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2533	NC_020968	CGCC	2	8	1006602	1006609	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2534	NC_020968	N	14	14	1006612	1006625	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_020968	GGA	2	6	1006634	1006639	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2536	NC_020968	CTG	2	6	1008373	1008378	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2537	NC_020968	AG	3	6	1008432	1008437	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2538	NC_020968	CT	3	6	1008446	1008451	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2539	NC_020968	AGT	2	6	1008512	1008517	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2540	NC_020968	TCA	2	6	1008529	1008534	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2541	NC_020968	GAG	2	6	1008602	1008607	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2542	NC_020968	G	7	7	1008607	1008613	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2543	NC_020968	CAA	2	6	1008647	1008652	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2544	NC_020968	AG	3	6	1008735	1008740	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_020968	T	6	6	1008761	1008766	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2546	NC_020968	AAG	2	6	1008767	1008772	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2547	NC_020968	TATTT	2	10	1008784	1008793	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_020968	GTG	2	6	1008811	1008816	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_020968	T	6	6	1008829	1008834	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2550	NC_020968	GAT	2	6	1008886	1008891	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_020968	CTT	2	6	1008926	1008931	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2552	NC_020968	CTGT	2	8	1008999	1009006	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2553	NC_020968	TA	3	6	1009016	1009021	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_020968	ATT	2	6	1009046	1009051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_020968	TAA	2	6	1010431	1010436	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_020968	TTG	2	6	1012365	1012370	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_020968	TAA	2	6	1012382	1012387	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_020968	AGG	2	6	1018420	1018425	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2559	NC_020968	GCA	2	6	1018474	1018479	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2560	NC_020968	AT	3	6	1018500	1018505	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_020968	AGG	2	6	1018510	1018515	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_020968	CAT	2	6	1018526	1018531	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2563	NC_020968	GTA	2	6	1018552	1018557	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2564	NC_020968	GAA	2	6	1018565	1018570	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_020968	T	8	8	1018610	1018617	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_020968	AGA	2	6	1018669	1018674	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_020968	AGA	2	6	1018684	1018689	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_020968	GGT	2	6	1018758	1018763	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2569	NC_020968	TCT	2	6	1018853	1018858	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2570	NC_020968	GT	3	6	1018872	1018877	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2571	NC_020968	T	6	6	1018903	1018908	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2572	NC_020968	TTA	2	6	1020152	1020157	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2573	NC_020968	T	6	6	1020188	1020193	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2574	NC_020968	TAGAA	2	10	1020211	1020220	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2575	NC_020968	TCC	2	6	1020232	1020237	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2576	NC_020968	AGG	2	6	1020271	1020276	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2577	NC_020968	ATA	2	6	1020288	1020293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2579	NC_020968	GAT	2	6	1020343	1020348	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2581	NC_020968	AAAG	2	8	1026139	1026146	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_020968	AT	3	6	1026148	1026153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2583	NC_020968	T	6	6	1026170	1026175	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2586	NC_020968	ATT	2	6	1032400	1032405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2587	NC_020968	T	6	6	1032408	1032413	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2588	NC_020968	TAAT	2	8	1032425	1032432	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2589	NC_020968	TC	3	6	1032437	1032442	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2590	NC_020968	TG	3	6	1032449	1032454	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2591	NC_020968	TTTTC	2	10	1038585	1038594	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2592	NC_020968	GTT	2	6	1038645	1038650	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2593	NC_020968	GAT	2	6	1038661	1038666	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2594	NC_020968	A	6	6	1038688	1038693	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2595	NC_020968	CT	3	6	1038701	1038706	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2596	NC_020968	AG	3	6	1038715	1038720	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2597	NC_020968	CAAA	2	8	1038740	1038747	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2598	NC_020968	T	8	8	1038757	1038764	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2599	NC_020968	A	6	6	1038768	1038773	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2600	NC_020968	AAG	2	6	1038852	1038857	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2601	NC_020968	TGG	2	6	1038886	1038891	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2602	NC_020968	ATTTTT	2	12	1038894	1038905	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2603	NC_020968	AAT	2	6	1038906	1038911	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2604	NC_020968	A	6	6	1038912	1038917	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2605	NC_020968	TTA	2	6	1038950	1038955	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2606	NC_020968	TAC	2	6	1039018	1039023	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2607	NC_020968	CA	3	6	1039118	1039123	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
2608	NC_020968	AGA	2	6	1039154	1039159	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2609	NC_020968	TCA	2	6	1039162	1039167	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2610	NC_020968	A	7	7	1039576	1039582	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2611	NC_020968	AG	4	8	1039594	1039601	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2612	NC_020968	AGA	2	6	1042311	1042316	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2613	NC_020968	A	8	8	1042326	1042333	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2614	NC_020968	TAA	2	6	1042335	1042340	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2615	NC_020968	A	6	6	1042455	1042460	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2616	NC_020968	AAT	2	6	1042464	1042469	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2617	NC_020968	TTATT	2	10	1042483	1042492	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2618	NC_020968	T	7	7	1042498	1042504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2619	NC_020968	TAAAAT	2	12	1042517	1042528	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2620	NC_020968	TTTTA	2	10	1042533	1042542	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2621	NC_020968	GGTT	2	8	1042549	1042556	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.