MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2624

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_020967	CT	3	6	993453	993458	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2502	NC_020967	T	7	7	993458	993464	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_020967	GT	3	6	993465	993470	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_020967	CTAA	2	8	993486	993493	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
2505	NC_020967	TAAG	2	8	993501	993508	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_020967	AGA	2	6	993619	993624	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2507	NC_020967	A	6	6	996030	996035	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_020967	AAG	2	6	996093	996098	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_020967	T	8	8	996099	996106	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_020967	GTA	2	6	996146	996151	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_020967	A	6	6	996176	996181	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2512	NC_020967	T	6	6	996210	996215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2513	NC_020967	TGA	2	6	997681	997686	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_020967	TAT	2	6	997694	997699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2515	NC_020967	CCTT	2	8	997724	997731	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2516	NC_020967	A	6	6	999341	999346	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2517	NC_020967	T	7	7	999347	999353	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2518	NC_020967	T	7	7	999356	999362	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_020967	T	6	6	999364	999369	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_020967	TC	3	6	999385	999390	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2521	NC_020967	TAA	2	6	999393	999398	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_020967	ATA	2	6	999401	999406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2523	NC_020967	CTTT	2	8	999441	999448	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2524	NC_020967	GA	3	6	999466	999471	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_020967	TCT	2	6	999486	999491	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2526	NC_020967	TTC	2	6	999522	999527	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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2529	NC_020967	ATT	2	6	999571	999576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2530	NC_020967	A	6	6	999845	999850	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2531	NC_020967	AGA	2	6	1001959	1001964	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_020967	TAA	2	6	1003322	1003327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2533	NC_020967	A	6	6	1005171	1005176	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_020967	GAAG	2	8	1005186	1005193	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2535	NC_020967	AG	3	6	1005206	1005211	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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2538	NC_020967	CTG	2	6	1008396	1008401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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2540	NC_020967	CT	3	6	1008469	1008474	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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2544	NC_020967	G	6	6	1008630	1008635	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_020967	CAA	2	6	1008669	1008674	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2546	NC_020967	AG	3	6	1008757	1008762	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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2548	NC_020967	AAG	2	6	1008789	1008794	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_020967	TATTT	2	10	1008806	1008815	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2550	NC_020967	GTG	2	6	1008833	1008838	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_020967	T	6	6	1008851	1008856	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2554	NC_020967	CTGT	2	8	1009021	1009028	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2555	NC_020967	TA	3	6	1009038	1009043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2556	NC_020967	ATT	2	6	1009068	1009073	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_020967	TTG	2	6	1012387	1012392	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_020967	TAA	2	6	1012404	1012409	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2559	NC_020967	AGG	2	6	1018442	1018447	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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2562	NC_020967	AGG	2	6	1018532	1018537	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2563	NC_020967	CAT	2	6	1018548	1018553	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2564	NC_020967	GTA	2	6	1018574	1018579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_020967	GAA	2	6	1018587	1018592	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_020967	T	8	8	1018632	1018639	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_020967	AGA	2	6	1018691	1018696	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_020967	AGA	2	6	1018706	1018711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2569	NC_020967	GGT	2	6	1018780	1018785	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_020967	TCT	2	6	1018875	1018880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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2572	NC_020967	T	6	6	1018926	1018931	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2573	NC_020967	TTA	2	6	1020175	1020180	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2589	NC_020967	AAAG	2	8	1026159	1026166	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
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2594	NC_020967	ATT	2	6	1032421	1032426	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2595	NC_020967	T	6	6	1032429	1032434	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2596	NC_020967	TAAT	2	8	1032446	1032453	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2597	NC_020967	TC	3	6	1032458	1032463	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2598	NC_020967	TG	3	6	1032470	1032475	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2599	NC_020967	TTC	2	6	1038651	1038656	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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2601	NC_020967	GAT	2	6	1038684	1038689	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2602	NC_020967	A	6	6	1038711	1038716	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2603	NC_020967	CT	3	6	1038724	1038729	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2604	NC_020967	AG	3	6	1038738	1038743	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2605	NC_020967	CAAA	2	8	1038763	1038770	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2606	NC_020967	CTTT	2	8	1038779	1038786	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2607	NC_020967	A	6	6	1038790	1038795	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2608	NC_020967	AAG	2	6	1038874	1038879	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2609	NC_020967	TGT	2	6	1038883	1038888	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2610	NC_020967	TAA	3	9	1038927	1038935	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2611	NC_020967	A	6	6	1038934	1038939	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2612	NC_020967	TTA	2	6	1038972	1038977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2613	NC_020967	A	7	7	1039600	1039606	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2614	NC_020967	AG	4	8	1039618	1039625	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2615	NC_020967	AGA	2	6	1042335	1042340	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2616	NC_020967	A	8	8	1042350	1042357	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2617	NC_020967	TAA	2	6	1042359	1042364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2618	NC_020967	A	6	6	1042479	1042484	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2619	NC_020967	AAT	2	6	1042488	1042493	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2620	NC_020967	TATT	2	8	1042510	1042517	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2621	NC_020967	T	7	7	1042523	1042529	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2622	NC_020967	TAAAAT	2	12	1042542	1042553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2623	NC_020967	TTTTA	2	10	1042558	1042567	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2624	NC_020967	GGTT	2	8	1042574	1042581	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.