MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis K/SotonK1 complete genome

Total Repeats: 2641

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020965	A	6	6	1803	1808	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020965	AAG	2	6	1820	1825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020965	TGG	2	6	1836	1841	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020965	CTT	2	6	1843	1848	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_020965	T	7	7	1847	1853	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020965	A	6	6	1858	1863	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020965	AAGG	2	8	1909	1916	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020965	T	6	6	2239	2244	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020965	TAA	2	6	2251	2256	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020965	T	7	7	2261	2267	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020965	TC	3	6	2270	2275	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_020965	A	6	6	2333	2338	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020965	GCA	2	6	5655	5660	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_020965	A	6	6	5666	5671	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020965	AGA	2	6	5682	5687	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020965	CAAAAA	2	12	6852	6863	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020965	GGAG	2	8	6906	6913	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020965	CTT	2	6	6962	6967	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_020965	TATG	2	8	7555	7562	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020965	GA	3	6	7598	7603	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020965	A	6	6	7613	7618	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020965	TATTT	2	10	7634	7643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020965	ATTT	2	8	7696	7703	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020965	TTA	2	6	7754	7759	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020965	TTTG	2	8	7788	7795	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020965	GAA	2	6	7803	7808	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020965	ATG	2	6	7838	7843	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020965	A	6	6	9731	9736	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020965	TTC	3	9	9776	9784	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_020965	ATC	2	6	9792	9797	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_020965	A	6	6	9816	9821	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020965	GAA	2	6	9830	9835	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020965	A	6	6	9886	9891	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020965	TATT	2	8	9910	9917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020965	CCT	2	6	9931	9936	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_020965	TAG	2	6	11792	11797	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020965	AGAA	2	8	11802	11809	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020965	CTT	2	6	11842	11847	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020965	TA	3	6	11848	11853	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020965	TCA	2	6	11879	11884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_020965	AAT	2	6	13865	13870	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020965	ACC	2	6	13876	13881	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
43	NC_020965	GGTGT	2	10	13906	13915	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020965	TA	3	6	13939	13944	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020965	ATT	2	6	13973	13978	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020965	AAG	2	6	13990	13995	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020965	TTA	2	6	14016	14021	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020965	AAGG	2	8	14038	14045	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020965	AAG	2	6	14050	14055	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020965	AAC	2	6	14134	14139	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_020965	TA	4	8	14163	14170	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020965	CTT	2	6	15557	15562	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_020965	CAAA	2	8	16672	16679	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_020965	AG	3	6	18115	18120	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020965	GA	3	6	18128	18133	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020965	GTT	2	6	18230	18235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020965	GAA	2	6	18974	18979	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020965	AAT	3	9	19038	19046	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020965	CT	3	6	19050	19055	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020965	TCT	2	6	19066	19071	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_020965	CTT	3	9	20492	20500	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_020965	T	6	6	20499	20504	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020965	T	6	6	20506	20511	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020965	GAA	2	6	21017	21022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020965	A	6	6	21079	21084	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020965	AG	3	6	21116	21121	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020965	A	6	6	21154	21159	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020965	CCT	2	6	21165	21170	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_020965	GGA	2	6	21211	21216	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020965	AGA	3	9	21251	21259	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020965	GA	3	6	21274	21279	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020965	TGG	2	6	21470	21475	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020965	AAC	2	6	21509	21514	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_020965	AGC	2	6	21526	21531	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020965	AGG	2	6	21615	21620	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020965	TGA	2	6	21727	21732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020965	AG	3	6	21791	21796	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020965	TCC	2	6	21844	21849	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
79	NC_020965	CT	3	6	21860	21865	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_020965	CGCT	2	8	21868	21875	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
81	NC_020965	TTAA	2	8	21889	21896	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020965	GTTA	2	8	21926	21933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_020965	GATC	2	8	21981	21988	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
84	NC_020965	AAT	2	6	22020	22025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020965	A	7	7	25160	25166	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020965	TTA	2	6	25173	25178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020965	T	9	9	25188	25196	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020965	GA	3	6	27112	27117	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020965	CT	3	6	27119	27124	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_020965	ACT	2	6	27127	27132	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_020965	A	6	6	27143	27148	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020965	T	7	7	27155	27161	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020965	T	7	7	28469	28475	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020965	TAA	2	6	28480	28485	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020965	TC	3	6	28487	28492	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_020965	ATTG	2	8	28538	28545	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020965	AG	3	6	28570	28575	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020965	AGA	2	6	28592	28597	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020965	AAAGA	2	10	33692	33701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020965	CTG	2	6	33721	33726	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_020965	GA	3	6	36984	36989	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020965	T	9	9	37018	37026	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020965	CTT	2	6	37078	37083	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_020965	AT	3	6	37086	37091	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020965	CT	3	6	39353	39358	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_020965	TAA	2	6	39416	39421	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020965	T	6	6	39436	39441	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020965	AAG	2	6	39457	39462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020965	A	8	8	40714	40721	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020965	CT	3	6	40724	40729	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_020965	T	6	6	40729	40734	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020965	CTC	2	6	40735	40740	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_020965	AAG	2	6	40820	40825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020965	T	8	8	40910	40917	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020965	CT	3	6	42916	42921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
116	NC_020965	TGCAA	2	10	42927	42936	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020965	ATG	2	6	42977	42982	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020965	GAG	2	6	42991	42996	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020965	T	6	6	43036	43041	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020965	T	8	8	43083	43090	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020965	ACC	2	6	43135	43140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_020965	A	6	6	43182	43187	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020965	GA	5	10	43192	43201	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020965	A	7	7	43231	43237	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020965	CAAAA	2	10	43246	43255	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020965	A	7	7	43252	43258	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020965	GAT	2	6	43276	43281	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020965	AAG	2	6	43282	43287	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020965	A	8	8	43320	43327	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020965	GGA	2	6	43334	43339	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020965	TAA	2	6	43432	43437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020965	TC	3	6	44408	44413	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_020965	TGTT	2	8	44417	44424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020965	A	8	8	44456	44463	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020965	T	7	7	44539	44545	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020965	TA	3	6	44561	44566	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020965	AAG	2	6	44573	44578	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020965	GGA	2	6	44617	44622	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020965	AATA	2	8	44656	44663	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020965	ACT	2	6	44664	44669	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_020965	AAG	2	6	46515	46520	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020965	AAGT	2	8	48578	48585	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020965	TAA	2	6	48587	48592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020965	GAA	2	6	48603	48608	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020965	GAAGA	2	10	48611	48620	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020965	AG	3	6	48643	48648	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020965	TGT	2	6	48662	48667	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020965	T	8	8	49208	49215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020965	GTC	2	6	49340	49345	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_020965	AAG	2	6	49362	49367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020965	TAT	2	6	49391	49396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_020965	A	6	6	49536	49541	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020965	T	6	6	49646	49651	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_020965	ATT	3	9	94869	94877	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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