MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 2616

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
2501	NC_020964	GTA	2	6	996357	996362	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2502	NC_020964	A	6	6	996387	996392	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2503	NC_020964	T	6	6	996421	996426	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2504	NC_020964	TGA	2	6	997892	997897	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2505	NC_020964	TAT	2	6	997905	997910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2506	NC_020964	CCTT	2	8	997935	997942	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2507	NC_020964	A	6	6	999552	999557	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2508	NC_020964	T	7	7	999558	999564	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2509	NC_020964	T	7	7	999567	999573	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2510	NC_020964	T	6	6	999575	999580	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2511	NC_020964	TC	3	6	999596	999601	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2512	NC_020964	TAA	2	6	999604	999609	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2513	NC_020964	ATA	2	6	999612	999617	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2514	NC_020964	CTTT	2	8	999652	999659	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2515	NC_020964	GA	3	6	999677	999682	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2516	NC_020964	TCT	2	6	999697	999702	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2517	NC_020964	TTC	2	6	999733	999738	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2518	NC_020964	GGAA	2	8	999754	999761	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2519	NC_020964	GGA	2	6	999767	999772	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2520	NC_020964	ATT	2	6	999782	999787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2521	NC_020964	A	6	6	1000056	1000061	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2522	NC_020964	AGA	2	6	1002170	1002175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2523	NC_020964	TAA	2	6	1003533	1003538	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2524	NC_020964	A	6	6	1005382	1005387	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2525	NC_020964	GAAG	2	8	1005397	1005404	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2526	NC_020964	AG	3	6	1005417	1005422	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2527	NC_020964	CGCC	2	8	1006836	1006843	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
2528	NC_020964	N	19	19	1006846	1006864	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2529	NC_020964	GGA	2	6	1006868	1006873	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2530	NC_020964	CTG	2	6	1008607	1008612	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2531	NC_020964	AG	3	6	1008666	1008671	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2532	NC_020964	CT	3	6	1008680	1008685	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2533	NC_020964	AGT	2	6	1008746	1008751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2534	NC_020964	TCA	2	6	1008763	1008768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2535	NC_020964	GAG	2	6	1008836	1008841	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2536	NC_020964	G	6	6	1008841	1008846	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
2537	NC_020964	CAA	2	6	1008880	1008885	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2538	NC_020964	AG	3	6	1008968	1008973	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2539	NC_020964	T	6	6	1008994	1008999	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2540	NC_020964	AAG	2	6	1009000	1009005	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2541	NC_020964	TATTT	2	10	1009017	1009026	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2542	NC_020964	GTG	2	6	1009044	1009049	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2543	NC_020964	T	6	6	1009062	1009067	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2544	NC_020964	GAT	2	6	1009119	1009124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2545	NC_020964	CTT	2	6	1009159	1009164	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2546	NC_020964	CTGT	2	8	1009232	1009239	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
2547	NC_020964	TA	3	6	1009249	1009254	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2548	NC_020964	ATT	2	6	1009279	1009284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2549	NC_020964	TTG	2	6	1012598	1012603	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2550	NC_020964	TAA	2	6	1012615	1012620	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2551	NC_020964	AGG	2	6	1018653	1018658	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2552	NC_020964	GCA	2	6	1018707	1018712	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2553	NC_020964	AT	3	6	1018733	1018738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2554	NC_020964	AGG	2	6	1018743	1018748	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2555	NC_020964	CAT	2	6	1018759	1018764	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2556	NC_020964	GTA	2	6	1018785	1018790	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2557	NC_020964	GAA	2	6	1018798	1018803	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2558	NC_020964	T	8	8	1018843	1018850	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2559	NC_020964	AGA	2	6	1018902	1018907	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2560	NC_020964	AGA	2	6	1018917	1018922	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2561	NC_020964	GGT	2	6	1018991	1018996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2562	NC_020964	TCT	2	6	1019086	1019091	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2563	NC_020964	TATT	2	8	1019109	1019116	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2564	NC_020964	T	6	6	1019137	1019142	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2565	NC_020964	TTA	2	6	1020386	1020391	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2566	NC_020964	T	6	6	1020422	1020427	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2567	NC_020964	TAGAA	2	10	1020445	1020454	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
2568	NC_020964	TCC	2	6	1020466	1020471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2569	NC_020964	AGG	2	6	1020505	1020510	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2570	NC_020964	ATA	2	6	1020522	1020527	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2571	NC_020964	GAAA	2	8	1020569	1020576	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2572	NC_020964	GAT	2	6	1020577	1020582	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2573	NC_020964	TTA	2	6	1024894	1024899	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2574	NC_020964	AAT	2	6	1024908	1024913	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2575	NC_020964	AAAC	2	8	1024953	1024960	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2576	NC_020964	TTA	2	6	1024976	1024981	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2577	NC_020964	A	6	6	1024987	1024992	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2578	NC_020964	CTG	2	6	1025001	1025006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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2580	NC_020964	TTAA	2	8	1026349	1026356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2581	NC_020964	AAAG	2	8	1026363	1026370	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
2582	NC_020964	AT	3	6	1026372	1026377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2583	NC_020964	T	6	6	1026394	1026399	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2584	NC_020964	ATT	2	6	1032560	1032565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2586	NC_020964	ATT	2	6	1032625	1032630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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2588	NC_020964	TAAT	2	8	1032650	1032657	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2589	NC_020964	TC	3	6	1032662	1032667	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2590	NC_020964	TG	3	6	1032674	1032679	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
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2593	NC_020964	GAT	2	6	1038888	1038893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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2595	NC_020964	CT	3	6	1038928	1038933	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
2596	NC_020964	AG	3	6	1038942	1038947	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2597	NC_020964	CAAA	2	8	1038967	1038974	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
2598	NC_020964	CTTT	2	8	1038983	1038990	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2599	NC_020964	A	6	6	1038994	1038999	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2600	NC_020964	AAG	2	6	1039078	1039083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2601	NC_020964	TGT	2	6	1039087	1039092	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2602	NC_020964	TAA	3	9	1039131	1039139	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2603	NC_020964	A	6	6	1039138	1039143	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2604	NC_020964	TTA	2	6	1039176	1039181	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2605	NC_020964	A	7	7	1039804	1039810	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2606	NC_020964	AG	4	8	1039822	1039829	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2607	NC_020964	AGA	2	6	1042539	1042544	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2608	NC_020964	A	8	8	1042554	1042561	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2609	NC_020964	TAA	2	6	1042563	1042568	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2610	NC_020964	A	6	6	1042683	1042688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2611	NC_020964	AAT	2	6	1042692	1042697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2612	NC_020964	TATT	2	8	1042714	1042721	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
2613	NC_020964	T	7	7	1042727	1042733	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2614	NC_020964	TAAAAT	2	12	1042746	1042757	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2615	NC_020964	TTTTA	2	10	1042762	1042771	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2616	NC_020964	GGTT	2	8	1042778	1042785	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.